一种检测幽门螺杆菌基因及药物代谢型的Miseq测序方法技术

本发明专利技术提供了一种同时检测幽门螺杆菌基因及药物代谢型的Miseq测序方法，其包括以下几步：设计覆盖UreB、23SrRNA、gyrA、CYP2C19*2、CYP2C19*3基因待测区域的特异性引物，形成Primer Pool；提取宿主和幽门螺杆菌基因组进行扩增：二次扩增进行文库制备、纯化、定量；Miseq高通量测序和分析；计算出耐药比例和药物代谢酶类型。本发明专利技术利用多重PCR技术将待测片段在一个反应中实现扩增，结合Miseq测序和分析，即可获得幽门螺杆菌感染情况、耐药情况及宿主药物代谢酶CYP2C19基因多态性类型，有利于指导临床关于幽门螺杆菌的检测和根除。

Miseq sequencing method for detecting Helicobacter pylori gene and drug metabolism type

The invention provides a method for simultaneous detection of Helicobacter pylori gene and drug metabolism in type Miseq sequencing method, comprising the following steps: UreB, 23SrRNA, gyrA cover design, CYP2C19*2, gene specific primers for CYP2C19*3 testing region, the formation of Primer Pool; extraction of host and Helicobacter pylori genome amplification: two amplified library preparation, purification and quantitative high-throughput sequencing and analysis; Miseq; calculate the proportion of drug resistance and drug metabolizing enzyme type. The invention uses multiple PCR technology to be tested to achieve fragment amplification in a reaction, combined with Miseq sequencing and analysis, can be obtained, drug resistance and host drug metabolizing enzyme CYP2C19 gene polymorphism types of Helicobacter pylori infection, to guide the clinical detection of Helicobacter pylori infection and eradication.

【技术实现步骤摘要】
一种检测幽门螺杆菌基因及药物代谢型的Miseq测序方法
本专利技术涉及分子生物学检测领域，具体涉及一种基于Miseq高通量测序技术同时检测幽门螺杆菌特异性基因、幽门螺杆菌耐药基因和宿主药物代谢酶CYP2C19基因的方法。
技术介绍
幽门螺杆菌(Helicobacterpylori)是一种螺旋形弯曲、微需氧的革兰氏阴性菌，被广泛证实为多种上消化道疾病的致病因子，是慢性胃炎、消化性溃疡、胃黏膜相关淋巴组织(MALT)淋巴瘤的最主要病因，也是胃癌发生的重要诱因之一。临床上根除幽门螺杆菌的常用方法为两种抗生素加上一种质子泵抑制剂(PPI)的三联疗法或者加上铋剂的四联疗法。但是，目前幽门螺杆菌的根除率正在不断下降，其中细菌的耐药性和PPI的使用剂量不当是根除失败的主要原因。幽门螺杆菌对抗生素耐药的分子机制已被广泛研究，其中较为重要的两种抗生素克拉霉素和喹诺酮类药物的耐药机制已被研究的较为清晰。研究表明超过90％的克拉霉素耐药的幽门螺杆菌都有23SrRNA的2142和2143位点发生突变，常见的突变有A2142G、A2143G、A2143C三种，也有一些其他的突变，如T2182C、C2245T、本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种检测幽门螺杆菌基因及药物代谢型的Miseq测序方法，其特征在于，通过二次扩增目的基因，结合Miseq测序仪可检测幽门螺杆菌特异性基因、幽门螺杆菌耐药基因和宿主药物代谢酶CYP2C19基因。

【技术特征摘要】
1.一种检测幽门螺杆菌基因及药物代谢型的Miseq测序方法，其特征在于，通过二次扩增目的基因，结合Miseq测序仪可检测幽门螺杆菌特异性基因、幽门螺杆菌耐药基因和宿主药物代谢酶CYP2C19基因。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，设计覆盖UreB、23SrRNA、gyrA、CYP2C19*2、CYP2C19*3基因待测区域的特异性引物，其扩增产物在360-460bp，并在引物末端加上测序接头序列。3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，将各正向引物的5’端加上接头和测序引物序列TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG，各反向引物5’端加上接头序列GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG，并将引物按比例混合，形成PrimerPool。4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，PrimerP...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨比特，许佩松，杨宁敏，
申请(专利权)人：杭州致远医学检验所有限公司，
类型：发明
国别省市：浙江,33