免疫原性突变体肽筛选平台制造技术

本公开内容提供经由一系列选择步骤鉴定疾病特异性免疫原性肽的方法。通过本公开内容的方法鉴定的免疫原性表位对于在基于肽的免疫疗法，优选癌症疗法中的使用是可应用的。此外，本公开内容的方法可以以高通量方式实施，并且充当个性化疫苗开发和疗法的手段。还提供的是免疫原性肽的组合物以及包含所述组合物的治疗方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】免疫原性突变体肽筛选平台对相关申请的交叉引用本申请要求2014年9月10日提交的美国临时申请No.62/048,742的优先权，通过提及将其全部完整收入本文用于所有目的。ASCII文本文件上的序列表的提交通过提及将ASCII文本文件上的以下提交的内容整体收入本文：序列表的计算机可读形式(CRF)(文件名：146392027600SeqList.txt，记录日期：2015年9月9日，大小：6KB)。专利
本公开内容涉及鉴定可用于开发免疫治疗剂的突变体肽的方法。专利技术背景牵涉细胞介导的免疫的细胞毒性T淋巴细胞(细胞毒性T细胞或CD8T细胞)通过在细胞表面上扫描肽表位或抗原监测细胞健康的变化。肽表位源自细胞蛋白，并且充当允许细胞呈现当前细胞过程的证据的显示机制。处理天然的和非天然的蛋白质(通常分别称为自身和非自体)进行肽表位呈递。自天然蛋白质周转和有缺陷的核糖体产物衍生大多数自身肽。可以自事件(诸如病毒性和细菌性感染、疾病和癌症)过程中生成的蛋白质衍生非自身肽。人肿瘤在特征上含有大量的体细胞突变。继而，含有突变的肽的表达可以由适应性免疫系统识别为非自身新表位。在识别非自身抗原时，细胞本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种自个体中的疾病组织鉴定疾病特异性免疫原性突变体肽的方法，其包括：a)提供所述个体中的所述疾病组织的一组变体编码序列，每种变体编码序列与参照样品相比具有所述序列中的变异；并且b)自该组变体编码序列选择免疫原性变体编码序列，其中所述选择步骤包括预测包含由所述变体编码序列编码的变体氨基酸的肽的免疫原性，由此鉴定所述疾病特异性免疫原性突变体肽。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.09.10 US 62/048,7421.一种自个体中的疾病组织鉴定疾病特异性免疫原性突变体肽的方法，其包括：a)提供所述个体中的所述疾病组织的一组变体编码序列，每种变体编码序列与参照样品相比具有所述序列中的变异；并且b)自该组变体编码序列选择免疫原性变体编码序列，其中所述选择步骤包括预测包含由所述变体编码序列编码的变体氨基酸的肽的免疫原性，由此鉴定所述疾病特异性免疫原性突变体肽。2.一种自个体中的疾病组织鉴定疾病特异性免疫原性突变体肽的方法，其包括：a)基于所述个体中的所述疾病组织的基因组序列获得第一组变体编码序列，每种变体编码序列与参照样品相比具有所述序列中的变异；b)基于所述个体中的所述疾病组织的转录物组序列自所述第一组选择第二组表达变体编码序列；c)基于由所述表达变体编码序列编码的肽结合MHCI类分子(MHCI)的预测能力自所述第二组选择第三组表位变体编码序列；d)自所述第三组选择免疫原性变体编码序列，包括预测包含由所述表位变体编码序列编码的变体氨基酸的肽的免疫原性；由此鉴定所述疾病特异性免疫原性突变体肽。3.权利要求1或2的方法，其中所述方法进一步包括：i)自所述疾病组织获得多数与MHCI分子结合的肽；ii)将所述MHCI结合的肽提交基于质谱术的测序；iii)将所述MHCI结合的肽的质谱术衍生的序列信息与所述免疫原性变体编码序列关联。4.一种自个体中的疾病组织鉴定疾病特异性免疫原性突变体肽的方法，其包括：a)自个体的患病组织获得多数与MHC分子结合的肽；b)将所述MHC结合的肽提交基于质谱术的测序；并c)将所述MHC结合的肽的质谱术衍生的序列信息与所述个体中的疾病组织的一组变体编码序列关联，每种变体编码序列与参照样品相比具有所述序列中的变异，由此鉴定所述疾病特异性免疫原性突变体肽。5.一种自个体中的疾病组织鉴定疾病特异性免疫原性突变体肽的方法，其包括：a)基于所述个体中的疾病组织的基因组序列获得第一组变体编码序列，每种变体编码序列与参照样品相比具有所述序列中的变异；b)基于所述个体中的疾病组织的转录物组序列自所述第一组选择第二组表达变体编码序列；c)基于由所述表达变体编码序列编码的肽结合MHCI类分子(MHCI)的预测能力自所述第二组选择第三组表位变体编码序列；d)自所述疾病组织获得多数与MHCI分子结合的肽；e)将所述MHCI结合的肽提交基于质谱术的测序；f)将所述MHCI结合的肽的质谱术衍生的序列信息与所述第三组表位变体编码序列关联；由此鉴定所述疾病特异性免疫原性突变体肽。6.权利要求4或5的方法，其进一步包括预测所述疾病特异性免疫原性突变体肽的免疫原性，其中所述疾病特异性免疫原性突变体肽包含变体氨基酸。7.权利要求1-3和6中任一项的方法，其中预测免疫原性基于下述参数中的一项或多项：i)所述肽对所述MHCI分子的结合亲和力；ii)含有所述肽的肽前体的蛋白质水平；iii)编码所述肽前体的转录物的表达水平；iv)免疫蛋白酶体对所述肽前体的加工效率；v)所述肽前体的表达时机；vi)所述肽对TCR分子的结合亲和力；vii)变体氨基酸在所述肽内的位置；xiii)在与MHCI分子结合时所述肽的溶剂暴露；ix)在与MHCI分子结合时所述变体氨基酸的溶剂暴露；和x)所述肽中芳香族残基的含量；xi)在与野生型残基相比时所述变体氨基酸的特性；xii)所述肽前体的性质。8.权利...

【专利技术属性】
技术研发人员：L·德拉马尔，P·卢帕杜斯，I·梅尔曼，M·亚达夫，S·琼琼瓦拉，J·莱尔，
申请(专利权)人：豪夫迈·罗氏有限公司，
类型：发明
国别省市：瑞士,CH