与循环肿瘤细胞相关的方法和测定法技术

本文描述的技术涉及例如通过检测一些循环肿瘤细胞(CTC)标记基因的表达方面的改变来对CTC进行检测的方法。还可靶向CTC标记基因的异常表达(例如CTCs表达指征方面的改变)，从而治疗癌症。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】相关申请的交叉引用根据35U.S.C.§119(e)，本申请要求2013年12月20日递交的美国临时申请No.61/918,816和2014年2月10日递交的美国临时申请No.61/937,883的权益，以引用的方式将其内容整体并入本文。政府支持本专利技术是在由国立卫生研究院授予的基金号2R01CA129933的联邦基金的支持下完成。美国政府对本专利技术享有一定的权利。
本文所述的技术涉及癌症的诊断和治疗。
技术介绍
循环肿瘤细胞(CTCs)从原发肿瘤脱落进入血流，介导癌症向远端器官的扩散(转移)。因此，血流中存在的循环肿瘤细胞(CTCs)最终导致癌症扩散至远端器官。然而，CTCs极为罕见，估计每毫升血液的一百亿正常血细胞中有1到10个肿瘤细胞。就这一点而言，循环肿瘤细胞的分离和分子分析产生了明显的技术挑战(Pantel等，NatRevCancer20088：329-340；Yu等，JCellBiol2011192：373-382)。
技术实现思路
如本文所述，本专利技术人识别了大量基因，该基因的表达为CTCs所特有的。具体而言，这些基因的表达区别了CTCs与原发肿瘤细胞。因此，本文提供了与CTCs的检测相关的方法和测定法(assays)，包括诊断和预后的方法和测定法。进而，本文提供了靶向这些CTCs标记(例如用来抑制转移)来对癌症进行的治疗。在一个方面，本文所述的为检测样本中的循环肿瘤细胞(CTCs)的方法，所述方法包括：测量所述样本中的PC-CTC标记基因表达产物的水平；以及，如果检测到的所述标记基因表达产物的水平高于参比水平，则确定存在PC-CTCs。在一些实施方式中，所述CTCs为胰腺癌CTCs。在一些实施方式中，所述方法进一步包括从所述样本中分离所述CTCs的第一步骤。在一些实施方式中，所述表达产物为核酸。在一些实施方式中，利用选自于由如下所组成的组中的方法对所述表达产物的水平进行确定：RT-PCR；定量RT-PCR；Northern印迹；基于微阵列的表达分析；下一代测序以及RNA原位杂交。在一些实施方式中，所述表达产物为多肽。在一些实施方式中，利用选自于由如下所组成的组中的方法对所述表达产物的水平进行确定：Western印迹；免疫沉淀；酶联免疫吸附测定法(ELISA)；放射性免疫测定法(RIA)；夹心测定法；荧光原位杂交(FISH)；免疫组织学染色；放射性免疫分析测定法；免疫荧光测定法；质谱法；FACS以及免疫电泳测定法。在一些实施方式中，所述CTC标记基因选自表7或表8。在一些实施方式中，所述CTC标记基因选自于由如下所组成的组：ABI3BP；ADAMTS5；ADAMTSL1；ANG；ARSA；C1RL；C3；C4A；C4B；CCDC80；CD109；CHI3L1；CLEC3B；CMTM3；CMTM7；COL14A1；COL1A2；COL3A1；COL4A6；CSF1；DAG1；DCN；DMKN；FBLN1；FGF1；FMOD；GPC3；GPC4；HMGB1；IFNAR2；IGFBP5；IL16；LAMA4；LTBP4；MFAP1A；NID2；OGN；PDAP1；PF4；PLAT；PODN；PRELP；RSPO1；SERPING1；SLURP1；SOD3；SPARC；SPOCK2；SPON2；SULF1；SULF2；TGFB2；TGM2；THBD；THBS1；THSD4；TIMP2；TNXB；TPT1；TWSG1和WNT4。在一些实施方式中，所述CTC标记基因选自于由如下所组成的组：ALDH1A1；ALDH1A2；IGFBP5；KLF4；DCN；SPARC；WNT；TGFB2；VEGF；COL1A2；COL3A1和TIMP2。在一些实施方式中，所述CTC标记基因选自于由如下所组成的组：ALDH1A2；IGFBP5；KLF4；DCN和SPARC。在一个方面，本文所述的为对受试者中的癌症进行治疗的方法，所述方法包括：向受试者给予治疗有效量的CTC标记基因靶向治疗剂(therapy)。在一些实施方式中，所述癌症为胰腺癌。在一些实施方式中，所述CTC标记基因靶向治疗剂包括CTC标记基因的抑制剂。在一些实施方式中，所述抑制剂为抗体试剂。在一些实施方式中，所述抑制剂为抑制性核酸试剂。在一些实施方式中，所述CTC标记基因靶向治疗剂包括CTC标记基因结合抗体试剂和化疗剂。在一些实施方式中，所述受试者为被确定具有升高水平的存在于血液和/或癌间质中的CTC标记基因和/或升高水平的CTCs的受试者。在一个方面，本文所述的为确定受试者是否有可能对CTC标记基因靶向治疗剂的治疗作出响应的方法，所述方法包括：对存在于血液和/或癌间质中的CTC标记基因表达产物的水平进行测量；以及如果与参比水平相比，所述表达产物的水平升高，则确定受试者有可能对所述治疗作出响应。在一些实施方式中，所述方法进一步包括从所述样本中分离所述CTCs的第一步骤。在一些实施方式中，所述癌症为胰腺癌。在一些实施方式中，所述表达产物为核酸。在一些实施方式中，利用选自于由如下所组成的组中的方法对所述表达产物的水平进行确定：RT-PCR；定量RT-PCR；Northern印迹；基于微阵列的表达分析；下一代测序以及RNA原位杂交。在一些实施方式中，所述表达产物为多肽。在一些实施方式中，利用选自于由如下所组成的组中的方法对所述表达产物的水平进行确定：Western印迹；免疫沉淀；酶联免疫吸附测定法(ELISA)；放射性免疫测定法(RIA)；夹心测定法；荧光原位杂交(FISH)；免疫组织学染色；放射性免疫分析测定法；免疫荧光测定法；质谱法；FACS以及免疫电泳测定法。在一些实施方式中，所述PC-CTC标记基因选自表7或表8。在一些实施方式中，所述CTC标记基因选自于由如下所组成的组：ABI3BP；ADAMTS5；ADAMTSL1；ANG；ARSA；C1RL；C3；C4A；C4B；CCDC80；CD109；CHI3L1；CLEC3B；CMTM3；CMTM7；COL14A1；COL1A2；COL3A1；COL4A6；CSF1；DAG1；DCN；DMKN；FBLN1；FGF1；FMOD；GPC3；GPC4；HMGB1；IFNAR2；IGFBP5；IL16；LAMA4；LTBP4；MFAP1A；NID2；OGN；PDAP1；PF4；PLAT；PODN；PRELP；RSPO1；SERPING1；SLURP1；SOD3；SPARC；SPOCK2；SPON2；SULF1；SULF2；TGFB2；TGM2；THBD；THBS1；THSD4；TIMP2；TNXB；TPT1；TWSG1和WNT4。在一些实施方式中，所述CTC标记基因选自于由如下所组成的组：ALDH1A1；ALDH1A2；IGFBP5；KLF4；DCN；SPARC；WNT；TGFB2；VEGF；COL1A2；COL3A1和TIMP2。在一些实施方式中，所述CTC标记基因选自于由如下所组成的组：ALDH1A2；IGFBP5；KLF4；DCN和SPARC。在一个方面，本文所述的为监测对受试者进行的治疗的方法，所述方法包括：向有需要的受试者给予癌症治疗剂；对存在于血液和/或癌间质中的CTC标记基因表达产物的水平本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种检测样本中的循环肿瘤细胞(CTCs)的方法，所述方法包括：测量所述样本中的PC‑CTC标记基因表达产物的水平；以及如果检测到的所述标记基因表达产物的水平高于参比水平，则确定存在PC‑CTCs。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2013.12.20 US 61/918,816;2014.02.10 US 61/937,8831.一种检测样本中的循环肿瘤细胞(CTCs)的方法，所述方法包括：测量所述样本中的PC-CTC标记基因表达产物的水平；以及如果检测到的所述标记基因表达产物的水平高于参比水平，则确定存在PC-CTCs。2.如权利要求1所述的方法，其中，所述CTCs为胰腺癌CTCs。3.如权利要求1-2中任一项所述的方法，其中，所述方法进一步包括从所述样本中分离所述CTCs的第一步骤。4.如权利要求1-3中任一项所述的方法，其中，所述表达产物为核酸。5.如权利要求4所述的方法，其中，利用选自于由如下所组成的组中的方法对所述表达产物的水平进行确定：RT-PCR；定量RT-PCR；Northern印迹；基于微阵列的表达分析；下一代测序以及RNA原位杂交。6.如权利要求1-3中任一项所述的方法，其中，所述表达产物为多肽。7.如权利要求6所述的方法，其中，利用选自于由如下所组成的组中的方法对所述表达产物的水平进行确定：Western印迹；免疫沉淀；酶联免疫吸附测定法(ELISA)；放射性免疫测定法(RIA)；夹心测定法；荧光原位杂交(FISH)；免疫组织学染色；放射性免疫分析测定法；免疫荧光测定法；质谱法；FACS以及免疫电泳测定法。8.如权利要求1-7中任一项所述的方法，其中，所述CTC标记基因选自表7、表8或表14。9.如权利要求1-8中任一项所述的方法，其中，所述CTC标记基因选自于由如下所组成的组：ABI3BP；ADAMTS5；ADAMTSL1；ANG；ARSA；C1RL；C3；C4A；C4B；CCDC80；CD109；CHI3L1；CLEC3B；CMTM3；CMTM7；COL14A1；COL1A2；COL3A1；COL4A6；CSF1；DAG1；DCN；DMKN；FBLN1；FGF1；FMOD；GPC3；GPC4；HMGB1；IFNAR2；IGFBP5；IL16；LAMA4；LTBP4；MFAP1A；NID2；OGN；PDAP1；PF4；PLAT；PODN；PRELP；RSPO1；SERPING1；SLURP1；SOD3；SPARC；SPOCK2；SPON2；SULF1；SULF2；TGFB2；TGM2；THBD；THBS1；THSD4；TIMP2；TNXB；TPT1；TWSG1和WNT4。10.如权利要求1-8中任一项所述的方法，其中，所述CTC标记基因选自于由如下所组成的组：ALDH1A1；ALDH1A2；IGFBP5；KLF4；DCN；SPARC；WNT；TGFB2；VEGF；COL1A2；COL3A1和TIMP2。11.如权利要求1-9中任一项所述的方法，其中，所述CTC标记基因选自于由如下所组成的组：ALDH1A2；IGFBP5；KLF4；DCN和SPARC。12.如权利要求1-9中任一项所述的方法，其中，所述CTC标记基因选自于由如下所组成的组：ALDH1A2；IGFBP5；KLF4和DCN。13.如权利要求1-9中任一项所述的方法，其中，所述CTC标记基因选自于由如下所组成的组：TPT1；HMGB1；SPON2；SPARC和ARSA。14.如权利要求1-9中任一项所述的方法，其中，所述CTC标记基因选自于由如下所组成的组：IL6ST；ARSA；TIMP2；CD55；SULF2；ITGA6；SDC4；CDON和SV2A。15.一种对受试者中的癌症进行治疗的方法，所述方法包括：向所述受试者给予治疗有效量的CTC标记基因靶向治疗剂。16.如权利要求15所述的方法，其中，所述癌症为胰腺癌。17.如权利要求15-16中任一项所述的方法，其中，所述CTC标记基因靶向治疗剂包括CTC标记基因的抑制剂。18.如权利要求17所述的方法，其中，所述抑制剂为抗体试剂。19.如权利要求17所述的方法，其中，所述抑制剂为抑制性核酸试剂。20.如权利要求15-19中任一项所述的方法，其中，所述CTC标记基因靶向治疗剂包括CTC标记基因结合抗体试剂和化疗剂。21.如权利要求15-20中任一项所述的方法，其中，所述受试者为被确定具有升高水平的存在于血液和/或癌间质中的CTC标记基因和/或升高水平的CTCs的受试者。22.如权利要求15-21中任一项所述的方法，其中，所述CTC标记基因靶向治疗剂包括CTC标记基因结合抗体试剂，所述CTC标记基因结合抗体试剂结合选自于由如下所组成的组中的标记基因：IL6ST、SULF2和SV2A。23.一种确定受试者是否有可能对CTC标记基因靶向治疗剂的治疗作出响应的方法，所述方法包括：对存在于血液和/或癌间质中的CTC标记基因表达产物的水平进行测量；以及如果与参比水平相比，所述表达产物的水平升高，则确定受试者有可能对所述治疗作出响应。24.如权利要求23所述的方法，其中，所述方法进一步包括从所述样本中分离所述CTCs的第一步骤。25.如权利要求23-24中任一项所述的方法，其中，所述癌为胰腺癌。26.如权利要求23-25中任一项所述的方法，其中，所述表达产物为核酸。27.如权利要求26所述的方法，其中，利用选自于由如下所组成的组中的方法对所述表达产物的水平进行确定：RT-PCR；定量RT-PCR；Northern印迹；基于微阵列的表达分析；下一代测序以及RNA原位杂交。28.如权利要求23-26中任一项所述的方法，其中，所述表达产物为多肽。29.如权利要求28所述的方法，其中，利用选自于由如下所组成的组中的方法对所述表达产物的水平进行确定：Western印迹；免疫沉淀；酶联免疫吸附测定法(ELISA)；放射性免疫测定法(RIA)；夹心测定法；荧光原位杂交(FISH)；免疫组织学染色；放射性免疫分析测定...

【专利技术属性】
技术研发人员：戴维·T·廷，丹尼尔·A·哈伯，夏伊阿迈拉·马赫斯瓦兰，
申请(专利权)人：通用医疗公司，
类型：发明
国别省市：美国;US