一种孕妇外周血中胎儿游离DNA比例的定量方法技术
【技术实现步骤摘要】
一种孕妇外周血中胎儿游离DNA比例的定量方法
本专利技术涉及DNA定量领域，尤其涉及一种孕妇外周血中胎儿游离DNA比例的定量方法。
技术介绍
无创产前基因检测是通过采集孕妇外周血(5ml)，提取其中的游离DNA，采用高通量测序技术，结合生物信息分析，得出胎儿患染色体非整倍体（21-三体又称唐氏综合征，18-三体，13-三体）的风险。研究发现，从孕4周开始，在孕妇外周血中即可检测到胎儿的游离DNA。随着孕周增大，胎儿游离DNA含量也随之增加。孕12周后，通过抽取孕妇外周血并从中提取出胎儿游离DNA，利用新一代基因测序技术并结合生物信息学分析手段，便可准确判断胎儿是否患有染色体病。该方法最佳检测时间为孕早、中期，具有无创取样、无流产风险、高灵敏度，准确性高的特点。无创产前基因检测技术通过分析孕妇外周血中DNA来判断胎儿是否存在染色体非整倍体，而不是针对性的分析胎儿的DNA，因此当胎儿DNA比例过低时（<3%）,可能因为胎儿DNA量太少而不能被检测出来染色体是否有异常，所以胎儿DNA的含量对检测结果的准确性和敏感性都起到了重要的作用。在一份检测结果中，如果知道胎儿...
【技术保护点】
一种孕妇外周血中胎儿游离DNA比例的定量方法，其特征在于，包括步骤：A、设计位点：在人类基因组中，找出突变频率在0.4‑0.6的SNP位点；B、设计引物：根据设计的SNP位点，设计出覆盖SNP位点的SNP引物；C、提取样品DNA；D、扩增含有SNP位点的DNA片段：将样品DNA、多重PCR反应酶和SNP 引物混匀后，进行PCR反应得到PCR产物；E、纯化扩增到的PCR产物；F、末端修复：将PCR产物、末端修复酶与末端修复酶缓冲液混合，室温下孵育进行反应得到混合DNA液；G、片段筛选：对步骤F所得混合DNA液进行片段筛选及纯化，得到平末端DNA片段；H、接头连接：将所得的平末...
【技术特征摘要】
1.一种孕妇外周血中胎儿游离DNA比例的定量方法，其特征在于，包括步骤：A、设计位点：在人类基因组中，找出突变频率在0.4-0.6的SNP位点；B、设计引物：根据设计的SNP位点，设计出覆盖SNP位点的SNP引物；C、提取样品DNA；D、扩增含有SNP位点的DNA片段：将样品DNA、多重PCR反应酶和SNP引物混匀后，进行PCR反应得到PCR产物；E、纯化扩增到的PCR产物；F、末端修复：将PCR产物、末端修复酶与末端修复酶缓冲液混合，室温下孵育进行反应得到混合DNA液；G、片段筛选：对步骤F所得混合DNA液进行片段筛选及纯化，得到平末端DNA片段；H、接头连接：将所得的平末端DNA片段与连接酶、连接酶缓冲液、及指定接头混合后，室温下孵育进行反应得到混合DNA液；I、片段筛选：对步骤H所得混合DNA液进行片段筛选及纯化，得到加接头的DNA片段；J、PCR扩增：对所得加接头的DNA片段进行PCR扩增及纯化，得到小片段文库；K、文库检测：对小片段文库检测浓度和片段大小；L、高通量测序：对检测合格的小片段文库进行高通量测序；M、数据预处理：将高通量测序得到的数据首先经过低质量过滤，筛选出长度大于100bp的序列；N、序列比对：将预处理后的序列与人类基因组序列进行比对；O、序列筛选：根据比对的结果，筛选出uniqueread的序列；P、SNP数据统计：根据比对结果及SNP位点的位置统计出SNP位点的覆盖深度、碱基种类、每种碱基对应数目；Q、根据统计结果，对每个SNP位点中四种碱基的出现次数进行排序，然后计算出SNP位点的覆盖深度Depth，并根据排序结果求出SNP位点的测序错误率Error；根据每行的覆盖深度Depth和测序错误率Error，求出SNP位点的平均覆盖度和测序错误率的较大值ErrorUp；根据平均覆盖度或者用户自定的覆盖深度，对SNP位点进行过滤；或根据每个SNP位点的测序错误率Error是否大于ErrorUp来过滤；R、计算每个SNP距离：对每一个SNP位点，计算出可能的胎儿游离DNA浓度Conc在四种SNP组合类型下所有SNP位点到相应胎儿游离DNA浓度的距离TypeDistance；U、计算出总距离：找出每一SNP位点在四种SNP组合类型下对应最小的TypeDistance，最后求和：AllDistance=sum（TypeDistance...
【专利技术属性】
技术研发人员：陈洪亮，郑海灵，祝兴强，段利朋，
申请(专利权)人：厦门万基生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：福建;35
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