新的短核苷酸串联重复序列位点及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种新的短核苷酸串联重复序列位点及其应用，短串联重复序列基因座G8S0001，序列如SEQ ID NO.:1所示，用于制备(a)用于遗传关系分析的试剂或试剂盒；(b)用于个体识别的试剂或试剂盒；(c)用于亲子鉴定或血缘分析的试剂或试剂盒；(d)用于检测抽提羊水中是否存在母血污染的试剂或试剂盒；和/或(e)用于检测骨髓移植后受体中的白细胞是否被供体细胞取代的试剂盒。短串联重复序列基因座G8S0001区分度高，能够有效地分析遗传关系。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及一种短核苷酸串联重复序列位点及其应用。
技术介绍
短串联重复序列(Short Tandem Repeat.STR)，又称微卫星DNA(microsatellite DNA)，是一类重复单位2-6bp，重复次数10-60，片段长度在400bp以下的DNA串联重复序列；其产生原因是DNA复制过程中滑动，或在复制和修复时滑动链与互补链碱基错配，导致一个或几个重复单位的缺失或插入。STR具有在基因组中分布广泛、等位基因多、杂合度高、分型结果稳定，STR遗传符合孟得尔遗传定律(Koreth,J.,et al.1996.Microsatellites and PCR ge-nomic analysis.J.Pathol.178:239-248.)等特点，并且多个STR基因座联合检测时，个体识别力和非父排除率高。因而STR以其遗传多态性等特征，已被作为第二代遗传标记广泛应用于医学个体识别、人类遗传图谱绘制、亲子鉴定、法医物证检验等领域,有效地推动了法医鉴定学从以往物证样本的个体排除向个体识别全面转换。目前，个体识别的技术主要采用STR-PCR检测,对多个STR基因座联合分型，以确定亲权关系或个体识别等，在实验方法都相对成熟，但在STR基因座的选择上，没有统一标准。国内外生产商提供的检测试剂盒中所用的位点不尽相同。早期欧美选用10个STR基因座加1个性别决定基因(E.A.Cotton,R.F.Allsop,J.F.Guest,R.R.E.Frazier,P.Koumi,I.P.Callow,A.Seager,R.L.Sparkes,Validation of thePlusTM system for use in forensic casework,Forensic Sci.Int.112(2000)151–161.)。后来随着技术发展、数据库增多，比对信息难度加大，STR基因座的选择也在不断改进。现在比较有影响力的数据库CODIS(Combined DNA Index System)是由美国FBI基于13个STR基因座(D3S1358，vWA，D16S539，D5S818，D7S820，CSF1PO，D13S317，TPOX，D8S1179，D21S11，D18S51，TH01，FGA.)构建,因而现在大多数STR检测试剂盒生产商也在这13个核心基因座的基础上增加或删减一些位点以提高检测效率及准确率(D.J.French,R.L.Howard,N.Gale,T.Brown,D.G.McDowell,P.G.Debenhan,Interrogation of short tandem repeats using fluorescent probes and melting curve analysis:A step towards rapid DNA identity screening.Forensic Science.(2008)333-339)。例如Promega公司的System试剂盒包括了13个核心基因座，并增加了PentaD、PentaE和AMELO三个基因座；美国ABI公司的PCR Amplification Kit则是13个核心基因座加上D2S1338、D19S433和AMELO；其公司的另外两款试剂盒PlusTM PCR Amplification Kit和PCR Amplification Kit也做了相应基因座位点的增减。国内生产类似检测试剂盒的单位也有很多，例如公安部二所推广的DNA TyperTM15，中德美联生物技术有限公司的AGCU EX22 STR荧光检测试剂盒,所检测基因座增至22个。以上试剂盒选择的STR基因座的优点在于,以13个得到公认的核心基因座为基础，附加一些其它位点以丰富所检测得到的信息量，能较全面的反应出个体间的差异性，进而完成个体识别、父权判定等工作。但是所用的这些基因座中并非都是最优选择，例如FGA基因座存在序列长度过长、重复单元多但跨度不连续，从而影响了与其它位点的兼容性，不利于与多个基因座联合检测的多重体系运用；D19S433基因座则位于基因组中高度重复序列区，扩增引物设计存在较大麻烦，并且该位点的稳定性不高，应用于个体识别时所提供的可用信息质量和区分度都不高；再如D21S11基因座除了存在位于基因组中高度重复序列区域的问题之外，还发现在该基因座所在区域中可能存在CNV(基因拷贝数变异的情况；在遇到基因拷贝数非正常的样本检测时，会降低该位点STR分型的准确度，在个人识别中采用该基因座的效果也会大打折扣。随着人类基因组图谱的建立及测序技术的发展，以较低的成本，在较快的时间内对个人全基因组重测序成为可能，进而能在较大的信息量下筛选出区分度更高的STR基因座，推动了应用于个体识别等研究中的STR基因座的选择与更新。因此，为克服兼容性差、存在CNV或位于高度重复序列区域等缺陷，本领域尚需一种新型的具有高区分度的短串联重复序列。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供一种新型的短串联重复序列基因座，不存在CNV，且不位于高度重复序列区域，具有高区分度。本专利技术的第一方面，提供一种分离的短串联重复序列基因座G8S0001，序列如SEQ ID NO.:1所示。本专利技术的第二方面，提供一种分离的核苷酸序列，所述核苷酸序列的结构如下：                           X1-X2-X3式中，X1为SEQ ID NO.:2中第1-800位；X2为含有≥2个重复单元ttcc的遗传多态区；X3为SEQ ID NO.:2中第860-1660位。本专利技术的第三方面，提供第一方面所述的短串联重复序列基因座G8S0001的用途，用于制备：(a)用于遗传关系分析的试剂或试剂盒；(b)用于个体识别的试剂或试剂盒；(c)用于亲子鉴定或血缘分析的试剂或试剂盒；(d)用于检测抽提羊水中是否存在母血污染的试剂或试剂盒；和/或(e)用于检测骨髓移植后受体中的白细胞是否被供体细胞取代的试剂盒。在另一优选例中，所述的试剂包括(i)引物或引物对；(ii)探针；(iii)核酸芯片。在另一优选例中，所述的引物对的序列如SEQ ID NO.:3和SEQ ID NO.:4所示。本专利技术的第四方面，提供一种特异性扩增短串联重复序列基因座G8S0001的引物对，所述的引物对的序列如SEQ ID NO.:3和SEQ ID NO.:4所示。在另一优选例中，所述短串联重复序列基因座G本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种分离的短串联重复序列基因座G8S0001，其特征在于，所述基因座的序列如SEQ ID NO.:1所示。

【技术特征摘要】
1.一种分离的短串联重复序列基因座G8S0001，其特征在于，所述基因座的
序列如SEQ ID NO.:1所示。
2.一种分离的核苷酸序列，其特征在于，所述核苷酸序列的结构如下：
X1-X2-X3
式中，X1为SEQ ID NO.:2中第1-800位；
X2为含有≥2个重复单元ttcc的遗传多态区；
X3为SEQ ID NO.:2中第860-1660位。
3.如权利要求1所述的短串联重复序列基因座G8S0001的用途，其特征在于，
用于制备：
(a)用于遗传关系分析的试剂或试剂盒；
(b)用于个体识别的试剂或试剂盒；
(c)用于亲子鉴定或血缘分析的试剂或试剂盒；
(d)用于检测抽提羊水中是否存在母血污染的试剂或试剂盒；和/或
(e)用于检测骨髓移植后受体中的白细胞是否被供体细胞取代的试剂盒。
4.如权利要求3所述的用途，其特征在于，所述的试剂包括(i)引物或引物
对；(ii)探针；(iii)核酸芯片。
5.如权利要求4所述的用途，其特征在于，所述的引物对的序列如SEQ ID NO.:
3和SEQ ID NO.:4所示。
6.一种特异性扩增短串联重复序列基因座G8S0001的引物对，其特征在于，
所述的引物对的序列如SEQ ID NO.:3和SEQ ID NO.:4所示。
7.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括：
(a)用于特异性扩增短串联重复序列基因座G8S0001的引物对；
(b)使用说明书。
8.如权利要求7所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括(c)特异性
扩增选自下组的一种或多种基因座的引物对：
D3S1358、vWA、D16S539、D5S818、D7S820、CSF1PO、D13S317、TPOX、D8S1179、
D21S11、D18S51、TH01、FGA、D2S1338、D19S433、AMELO。
9.一种扩增体系，其特征在于，所述扩增体系包括：
(a)...

【专利技术属性】
技术研发人员：姜正文，马瑞晓，张希，
申请(专利权)人：天昊生物医药科技苏州有限公司，
类型：发明
国别省市：江苏;32