用于检测基因组中的结构重排的方法和组合物技术

本文公开了用于使用锁核酸引物来检测涉及未知融合配偶体的基因融合的组合物、试剂盒和方法。在一些实施方案中，所述组合物包含化合物，所述化合物包含至少两个通过5

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于检测基因组中的结构重排的方法和组合物


[0001]本公开涉及基因组学领域。更具体地，本公开涉及检测基因组重排的领域。

技术介绍

[0002]基因融合在癌症中很常见。一些基因融合是癌症驱动突变，针对其已经开发了靶向疗法。检测基因融合的能力可有助于检测和诊断癌症，跟踪肿瘤负荷随时间的变化，以及为癌症患者确定最佳的个体化治疗。检测基因组重排的传统方法涉及繁琐的多步骤程序，诸如单倍型融合PCR和连接单倍型，参见Turner等人，(2008)Long range，high throughput haplotype determination via haplotype fusion PCR and ligation haplotyping，Nucl.Acids Res.36：e82。最近的下一代基于测序的技术能够识别各种基因融合。然而，这需要大量的测序来捕获和验证足够数量的融合序列。这种方法的成本和复杂性使其不适合临床使用。
[0003]对于一些基因，检测基因融合会因多种融合配偶体的出现而变得更加复杂。例如，神经营养原肌球蛋白受体激酶基因(NTRK 1、2和3)可以与任意数量的N末端(5
′‑
)配偶体融合，参见Solomon等人(2019)Identifying patients with NTRK fusion cancer，Ann.Oncol.Nov；30Suppl 8：viii16
‑
viii22。由于存在针对活化NTRK的有效疗法，因此用于识别具有NTRK基因融合的合格患者的经济有效的临床试验至关重要。类似地，成纤维细胞生长因子受体基因(FGFR 2和3)可以与任意数量的C末端(3
′‑
)配偶体融合，产生组成型活性受体激酶蛋白，参见Facchinetti等人(2020)Facts and New Hopes on Selective FGFR Inhibitors in Solid Tumors，Clin.Cancer Res.2020Feb 15；26(4)：764
‑
774。随着多种FGFR激酶抑制剂正在开发中，需要用来识别各种肿瘤类型中具有FGFR基因融合的合格患者的实践临床试验。

技术实现思路

[0004]基于上述，需要以较低的成本利用较少测序来鉴定基因融合，以增加患者获得可能挽救生命的疗法的机会。
[0005]本公开涉及用于检测核酸样品中的一种或多种基因融合的组合物、试剂盒和方法。在一些实施例中，本公开提供一种或多种各自具有式(I)的化合物：
[0006][Olig1]‑
([R1]o
‑
[R2]p
)
q
‑
[L1]t
‑
[Z]‑
[L2]u
‑
[W]v
‑
[Olig2]ꢀꢀ
(I)，
[0007]其中
[0008]o为0或1；
[0009]p为0或1；
[0010]q为0或1；
[0011]t为0、1或2；
[0012]u为0、1或2；
[0013]v为0或1；
[0014]R1为具有约1个与约24个之间核苷酸的寡核苷酸；
[0015]R2为具有2个与约48个之间碳原子的经取代或未取代的、饱和或不饱和、直链或环状脂肪族基团，任选地被一个或多个选自O、N或S的杂原子取代；
[0016]L1和L2独立地为具有1个与约16个之间碳原子的经取代或未取代的、饱和或不饱和、直链或环状脂肪族基团，任选地包含一个或多个选自O、N或S的杂原子，并且任选地包含一个或多个羰基基团；
[0017]Z为选自以下的部分：三唑、二氢哒嗪、磷酸酯键合、酰胺键合、硫醚键合、异噁唑啉、腙、肟醚和氯
‑
s
‑
三嗪键合；
[0018]W为具有1个与约12个之间碳原子的经取代或未取代的、饱和或不饱和、脂肪族或芳香族基团，任选地被一个或多个选自O、N、S的杂原子取代，前提是W包含至少一个可光切割的、可酶促切割的、可化学切割的、或pH敏感的基团；
[0019]Olig1为包含约1个与约30个之间核苷酸的寡核苷酸；并且
[0020]Olig2为包含约1个与约30个之间核苷酸的寡核苷酸。
[0021]在一些实施例中，式(I)化合物可用于促进基因融合的检测。在这方面，本公开还涉及使用一种或多种式(I)化合物检测基因融合的方法。在一些实施例中，式(I)化合物促进基因融合的捕获，其中一种融合配偶体用于样品(例如组织学样品、细胞学样品等)中的一种或多种基因融合的检测、扩增和/或测序。本文进一步描述了本公开的这些和其他方面。
[0022]在本公开的第一方面是一种检测核酸样品中的基因融合的方法，所述方法包括：(a)使样品与聚合酶(例如具有聚合酶活性和链置换活性的核酸聚合酶)以及与具有式(I)的化合物接触：
[0023][Olig1]‑
([R1]o
‑
[R2]p
)
q
‑
[L1]t
‑
[Z]‑
[L2]u
‑
[W]v
‑
[Olig2]ꢀꢀ
(I)，
[0024]其中
[0025]o为0或1；
[0026]p为0或1；
[0027]q为0或1；
[0028]t为0、1或2；
[0029]u为0、1或2；
[0030]v为0或1；
[0031]R1为具有约1个与约24个之间核苷酸的寡核苷酸；
[0032]R2为具有2个与约48个之间碳原子的经取代或未取代的、饱和或不饱和、直链或环状脂肪族基团，任选地被一个或多个选自O、N或S的杂原子取代：
[0033]L1和L2独立地为具有1个与约16个之间碳原子的经取代或未取代的、饱和或不饱和、直链或环状脂肪族基团，任选地包含一个或多个选自O、N或S的杂原子，并且任选地包含一个或多个羰基基团；
[0034]Z为选自以下的部分：三唑、二氢哒嗪、磷酸酯键合、酰胺键合、硫醚键合、异噁唑啉、腙、肟醚和氯
‑
s
‑
三嗪键合；
[0035]W为具有1个与约12个之间碳原子的经取代或未取代的、饱和或不饱和、脂肪族或芳香族基团，任选地被一个或多个选自O、N、S的杂原子取代，前提是W包含至少一个可光切
割的、可酶促切割的、可化学切割的、或pH敏感的基团；
[0036]Olig1为包含约1个与约30个之间核苷酸并且包含能够与已知融合配偶体杂交的锚定序列的寡核苷酸，并且其中Olig1具有不可延伸的3
′
端；并且
[0037]Olig2为包含约1个与约30个之间核苷酸并且包含可延伸的3
′
端的寡核苷酸；以及
[0038](b)用聚合酶延伸具有式(I)的化本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种检测核酸样品中的基因融合的方法，所述方法包括(a)使所述核酸样品与(i)具有聚合酶活性和链置换活性的核酸聚合酶和(ii)具有式(I)的化合物接触：[Olig1]
‑
([R1]
o
‑
[R2]
p
)
q
‑
[L1]
t
‑
[Z]
‑
[L2]
u
‑
[W]
v
‑
[Olig2]
ꢀꢀꢀꢀ
(I)，其中o为0或1；p为0或1；q为0或1；t为0、1或2；u为0、1或2；v为0或1；R1为具有约1个与约24个之间核苷酸的寡核苷酸；R2为具有2个与约48个之间碳原子的经取代或未取代的、饱和或不饱和、直链或环状脂肪族基团，任选地包含一个或多个选自O、N或S的杂原子；L1和L2独立地为具有1个与约16个之间碳原子的经取代或未取代的、饱和或不饱和、直链或环状脂肪族基团，任选地包含一个或多个选自O、N或S的杂原子，并且任选地包含一个或多个羰基基团；Z为选自以下的部分：三唑、二氢哒嗪、磷酸酯连接基、酰胺连接基、硫醚连接基、异噁唑啉、腙、肟醚和氯
‑
s
‑
三嗪连接基；W为具有1个与约12个之间碳原子的经取代或未取代的、饱和或不饱和、脂肪族或芳香族基团，任选地包含一个或多个选自O、N、S的杂原子，前提是W包含至少一个可光切割的、可酶促切割的、可化学切割的、或pH敏感的基团；Olig1为包含约1个与约30个之间核苷酸并且包含能够与已知融合配偶体杂交的锚定序列的寡核苷酸，并且其中Olig1具有不可延伸的3
′
端；并且Olig2为包含约1个与约30个之间核苷酸并且包含可延伸的3
′
端的寡核苷酸；以及(b)用所述核酸聚合酶延伸Olig2的3
′
端，其中延伸产物包含未知融合配偶体的一部分、已知融合配偶体的一部分和融合断点的拷贝，由此形成所述基因融合的第一链拷贝。2.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括形成所述基因融合的双链拷贝的文库；其中所述文库的形成包括：将衔接子连接到基因融合的拷贝，其中衔接子包含条形码和引物结合位点。3.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括通过包括以下的方法扩增所述基因融合的拷贝：(a)将包含所述基因融合的拷贝的所述样品分成多个反应体积；其中每个反应体积包含能够与拷贝链和所述拷贝链的互补序列杂交的正向和反向扩增引物，以及第一可检测地标记的探针；(b)进行扩增反应，其中所述反应包括用所述探针进行检测的步骤；(c)确定已检测到所述探针的反应体积的数量，由此检测所述基因融合。4.一种具有式(I)的化合物，[Olig1]
‑
([R1]
o
‑
[R2]
p
)
q
‑
[L1]t
‑
[Z]
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[L2]
u
‑
[W]
v
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[Olig2]
ꢀꢀꢀꢀ
(I)，
其中o为0或1；p为0或1；q为0或1；t为0、1或2；u为0、1或2；v为0或1；R1为具有约1个与约24个之间核苷酸的寡核苷酸；R2为具有2个与约48个之间碳原子的经取代或未取代的、饱和或不饱和、直链或环状脂肪族基团，任选地包含一个或多个选自O、N或S的杂原子；L1和L2独立地为具有1个与约16个之间碳原子的经取代或未取代的、饱和或不饱和、直链或环状脂肪族基团，任选地包含一个或多个选自O、N或S的杂原子，并且任选地包含一个或多个羰基基团；Z为选自以下的部分：三唑、二氢哒嗪、磷酸酯连接基、酰胺连接基、硫醚连接基、异噁唑啉、腙、肟醚和氯
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s
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三嗪连接基；W为具有1个与约12个之间碳原子的经取代或未取代的、饱和或不饱和、脂肪族或芳香族基团，任选地包含一个或多个选自O、N、S的杂原子，前提是W包含至少一个可光切割的、可酶促切割的、可化学切割的、或pH敏感的基团；Olig1为具有约1个与约30个之间核苷酸的寡核苷酸，并且其中Olig1具有不可延伸的3
′
端；并且Olig2为具有约1个与约30个之间核苷酸的寡核苷酸，并且其中Olig2具有可延伸的3
′
端。5.根据权利要求4所述的化合物，其中R2包...

【专利技术属性】
技术研发人员：A，
申请(专利权)人：豪夫迈，
类型：发明
国别省市：