一种用于检测早发性卵巢功能不全遗传学病因的标志物组合及应用制造技术

本发明专利技术涉及一种用于检测早发性卵巢功能不全遗传学病因的标志物组合及应用。早发性卵巢功能不全(POI)的病因复杂，包括遗传因素、自身免疫、环境因素以及医源性因素等。本发明专利技术针对POI的易感基因进行了测定，筛选到可用于POI诊断的22个致病突变位点，可用于POI的遗传因素发病原因诊断。另外，本发明专利技术还首次建立用于POI诊断的基因检测芯片，可实现发病原因的高效、低成本病因检测。低成本病因检测。

【技术实现步骤摘要】
一种用于检测早发性卵巢功能不全遗传学病因的标志物组合及应用


[0001]本专利技术属于基因检测
，涉及一种用于检测早发性卵巢功能不全遗传学病因的标志物组合、所述标志物组合在早发性卵巢功能不全遗传学病因诊断中的应用，还具体涉及一种用于早发性卵巢功能不全遗传学病因的检测芯片及检测方法。

技术介绍

[0002]公开该
技术介绍
部分的信息仅仅旨在增加对本专利技术的总体背景的理解，而不必然被视为承认或以任何形式暗示该信息构成已经成为本领域一般技术人员所公知的现有技术。
[0003]早发性卵巢功能不全(Premature ovarian insufficiency,POI)，指女性于40岁之前发生卵巢功能衰竭，主要表现为月经异常(闭经、月经稀发或频发)、促性腺激素水平升高(FSH>25U/L)和雌激素水平波动性下降，40岁前的女性群体发病率为3.7％。近年来，随着生育年龄推迟、环境污染加重、带瘤生存期延长等因素，POI发病率明显上升。POI不仅导致不孕，还易伴发全身多系统疾病，如骨质疏松、心血管疾病、精神神经疾患以及肿瘤等，影响女性的身心健康。
[0004]POI的病因复杂，包括遗传因素、自身免疫疾病、感染、环境因素以及医源性因素等。流行病学研究表明POI具有显著的遗传倾向，有研究证实当母亲的绝经年龄在45岁之前时，女儿患早绝经或POI的风险增加6倍(OR，95％CI:6.02,3.4
‑
10.7)，双生子研究中也显示绝经年龄的遗传度高达53
‑
71％。因此，遗传因素是POI的重要致病因素之一，包括染色体异常和基因突变。
[0005]候选基因Sanger测序是POI致病基因的经典研究策略，通常根据模式动物的POI表型或与已知POI致病基因的相关性筛选候选基因，通过对POI患者进行单基因Sanger测序，验证候选基因与POI的相关性，并描述POI人群中的突变携带率。但这种方法存在基因覆盖度低、检测成本高等弊端。
[0006]近年来，随着高通量测序技术的迅速发展，Sanger测序逐渐被二代测序取代。基于二代测序的基因检测是指将若干基因对应的探针设计到同一张芯片上以捕获目标DNA并用于后续基因检测。它能够同时对多个候选基因进行检测，具有高效、快速、低成本的特点。
[0007]中国专利文献202010421306.X公开了1种女性POI易感基因检测试剂盒，涵盖中国汉族女性POI的4个易感基因的9个SNP位点。中国专利文献202010351682.6公开了1种用于卵巢早衰基因检测的标志物组合及检测试剂盒，共检测15个卵巢早衰易感基因的SNP位点。中国专利文献202010729479.8公开了1种卵巢早衰基因检测的标志物组合，包括17个基因的47个SNP位点以及针对于这些SNP位点的引物和检测方法。
[0008]以上专利仅针对特定SNP位点进行检测，且位点数量有限，无法发现POI患者的其他致病位点，而基因panel目前尚未在POI疾病中有所应用。

技术实现思路

[0009]针对现有技术中POI病因诊断存在低效、成本高的技术问题，本专利技术目的在于提供一种可发现多种POI致病基因的检测芯片，所述检测芯片上固定与POI相关基因的探针，可用于筛选与POI发病相关的SNP位点。为了实现该技术目的，本专利技术首先针对POI遗传学检测的易感基因进行了筛选，提供了一种与POI遗传学病因相关的标志物组合，并且本专利技术筛选的标志物组合物中确认了与POI发病相关的22个致病突变位点，可作为POI病因诊断标志物在临床加以应用。
[0010]基于上述研究成果，本专利技术提供以下技术方案：
[0011]本专利技术第一方面，提供一种用于检测早发性卵巢功能不全遗传学病因的标志物组合，所述标志物组合选自AMH，AMHR2，BMP15，BMPR2，CSB
‑
PGBD3，FIGLA，FOXL2，FSHR，GDF9，HFM1，KHDRBS1，LHX8，MCM8，MCM9，MSH4，MSH5，NANOS3，NOBOX，NR5A1，NUP107，PGRMC1，POLR2C，SMC1B，SOHLH1，SPIDR，STAG3，SYCE1，WT1，ERCC6
‑
PGBD3中的几种或全部。
[0012]上述标志物组合覆盖与POI发病相关的致病基因，为了快速实现对早发性卵巢功能不全遗传学病因的诊断，本专利技术还开发了用于识别上述基因中突变情况的检测芯片，相比现有基因突变筛选技术具有高精度、高效率、低成本的优点，应用于POI患者的遗传学病因筛选，对疾病的早期诊断、及时干预和改善预后具有重要意义。通过检测芯片，检测人员可以快速获得上述基因中发生的突变情况，并通过ACMG评级确定其中与POI发病相关的突变基因。
[0013]进一步的，本专利技术在上述遗传学病因确诊方法的研究中，还筛选到了与早发性卵巢功能不全相关的22个致病突变位点，有望作为诊断标志物应用于POI的临床诊断。
具体实施方式
[0014]应该指出，以下详细说明都是例示性的，旨在对本专利技术提供进一步的说明。除非另有指明，本文使用的所有技术和科学术语具有与本专利技术所属
的普通技术人员通常理解的相同含义。
[0015]需要注意的是，这里所使用的术语仅是为了描述具体实施方式，而非意图限制根据本专利技术的示例性实施方式。如在这里所使用的，除非上下文另外明确指出，否则单数形式也意图包括复数形式，此外，还应当理解的是，当在本说明书中使用术语“包含”和/或“包括”时，其指明存在特征、步骤、操作、器件、组件和/或它们的组合。
[0016]本专利技术第一方面，提供一种用于检测早发性卵巢功能不全遗传学病因的标志物组合，所述标志物组合包括AMH，AMHR2，BMP15，BMPR2，CSB
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PGBD3，FIGLA，FOXL2，FSHR，GDF9，HFM1，KHDRBS1，LHX8，MCM8，MCM9，MSH4，MSH5，NANOS3，NOBOX，NR5A1，NUP107，PGRMC1，POLR2C，SMC1B，SOHLH1，SPIDR，STAG3，SYCE1，WT1，ERCC6
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PGBD3中的几种或全部。
[0017]在模式动物的研究中，上述基因参与卵巢功能的维持，并且上述基因功能缺失会导致动物POI表型；另外，已有研究报道，在POI患者中发现上述基因的致病突变。因此，本专利技术认为，将上述基因组合，可以覆盖目前已知的大多数早发性卵巢功能不全遗传学病因，可用于POI遗传发病因素的诊断。基于现有高通量检测手段，对上述标志物组合进行检测，可以实现遗传发病因素的快速、高效检测。进一步的，所述组合中标志物的个数为2～29个；进一步的，标志物的个数为8～27个，或9～26个、或10～25个、11～22个。
[0018]另外，上述用于检测的标志物组合中，所述检测指标包括但不限于上述基因或编码蛋白的表达量、组蛋白修饰情况(包括甲基化、乙酰化、磷酸化、腺苷酸化、泛素化等)、基因突变本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于检测早发性卵巢功能不全遗传学病因的标志物组合，其特征在于，所述标志物组合包括AMH，AMHR2，BMP15，BMPR2，CSB
‑
PGBD3，FIGLA，FOXL2，FSHR，GDF9，HFM1，KHDRBS1，LHX8，MCM8，MCM9，MSH4，MSH5，NANOS3，NOBOX，NR5A1，NUP107，PGRMC1，POLR2C，SMC1B，SOHLH1，SPIDR，STAG3，SYCE1，WT1，ERCC6
‑
PGBD3中的几种或全部。2.如权利要求1所述用于检测早发性卵巢功能不全遗传学病因的标志物组合，其特征在于，所述组合中标志物的个数为2～29个；进一步的，标志物的个数为8～27个，或9～26个、或10～25个、11～22个；或，所述标志物组合中，所述检测指标包括但不限于上述基因或编码蛋白的表达量、组蛋白修饰情况，包括甲基化、乙酰化、磷酸化、腺苷酸化、泛素化或基因突变情况。3.权利要求1或2所述标志物组合在早发性卵巢功能不全遗传学病因筛查领域的应用；优选的，所述在早发性卵巢功能不全遗传学病因诊断中的应用，包括但不限于以下任意一种形式：(1)所述标志物组合的检测试剂、器械及系统在制备早发性卵巢功能不全遗传学病因检测产品中的应用；(2)基于标志物突变的情况，对患者早发性卵巢功能不全的病因进行判断。4.权利要求3所述标志物组合在早发性卵巢功能不全遗传学病因筛查领域的应用，其特征在于，(1)方面中，所述标志物组合的检测试剂包括但不限于基于焦磷酸测序法、单链构象异构多态分析技术、聚合酶链反应
‑
限制性片段长度多态性分析技术、探针扩增阻滞突变系统、高效液相色谱法方法对上述标志物组合进行检测所涉及的化学试剂或核酸物质；或，(1)方面中，所述标志物组合的检测器械的具体实例为基因芯片，所述基因芯片载体包括但不限于载玻片、硅片或膜；或，(2)方面中，对患者早发性卵巢功能不全病因的判断方式如下：检测上述标志物组合中基因突变情况，对检测到的突变进行ACMG评级，从而获取致病性或可疑致病性的突变。5.一种用于早发性卵巢功能不全遗传学病因的检测芯片，其特征在于，所述芯片上负载用于识别权利要求1或2所述标志物组合中基因突变的生化试剂；优选的，所述生化试剂为生物素标记的探针。6.一种检测早发性卵巢功能不全遗传学病因的方法，其特征在于，所述检测方法步骤如下：获取受试者DNA样本，通过PCR扩增对DNA进行标记和富集，将扩增后的DNA与权利要求5所述基因芯片杂交并测序。7.如权利要求6所述检测早发性卵巢功能不全遗传学病因的方法，其特征在于，所述受试者DNA样本可来源于临床生物样本，包括但不限于血清、血浆、全血、分泌物、棉拭子、脓液、体液、组织、器官中的任意一种；进一步的，采用受试者的外周血作为来源进行DNA样本的抽提。8.一种早发性卵巢功能不全的诊断标志物，其特征在于，所述诊断标志物选自以下突变基因：NOBOX,NM_001080413.3 c.2041dupG；FOXL2，NM_023067.4 c.1045C>G；BMPR2，NM_001204.7 c.1042G>A；
SMC1B，NM_148674.5 c.863A>G；FSHR，NM_000145.4 c.884C>T；FSHR，NM_000145.4 c.374T>G；MSH4，NM_002440.4 c.2220_2223del；MSH4，NM_002440.4 c.2728C>T；FIGLA，NM_001004311.3 c.11C>A；FOXL2，NM_023067.4 c.789C>A；MSH5，NM_002441.4 c.826C>T；MSH4，NM_002440.4 c.1063A>G；SPIDR，NM_001282916.1 c.566+1G>T；SPIDR，NM_001282916.1 c.2054delC；GDF9，NM_005260.5 c.1283G>C；MSH4，NM_002440.4 c.2220_2223del；MSH4，NM_002440.4 c.2374A>G；FSHR，NM_000145.4 c.374T>G；BMPR2，NM_001204.7 c.1585C>T；BMPR2，NM_001204.7 c.2618G>A；FIGLA，NM_001004311.3 c.319C>T；FIGLA，NM_001004311.3 c.11C>A；AMHR2，NM_020547.3 c.775C>T；AMHR2，NM_020547.3 c.515G>A；FOXL2，NM_023067.4 c.1045C>G；GDF9，NM_005260.5 c.946C>T；POLR2C，NM_032940.3 c.544G>T；HFM1，NM_001017975.6 c.1978
‑
2A>C；HFM1，NM_001017975.6 c.1880T>C；BMP15，NM_005448.2 c.208A>C；FOXL2，NM_023067.4 c.1045C>G；NR5A1，NM_004959.5 c.250C>T；MSH4，NM_002440.4 c.1855A>G；FOXL2，NM_023067.4 c.1045C>G；NOBOX，NM_001080413.3 c.1298G>T；SOHLH1，NM_001101677.2 c.244C>G；BMPR2，NM_001204.7 c.1481C>T；NR5A1，NM_004959.5 c.565C>A；PGRMC1，NM_006667.5 c.418G>C；ERCC6
‑
PGBD3，NM_001277059.2 c.814G>A；PGRMC1...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈子江，秦莹莹，郭婷，
申请(专利权)人：山东大学，
类型：发明
国别省市：