一种用于检测DDX11基因突变的试剂盒及其专用捕获探针组制造技术

本发明专利技术公开了一种用于检测DDX11基因突变的试剂盒及其应用。本发明专利技术的试剂盒包括用于检测DDX11基因突变的探针组，所述探针组由探针1‑探针36组成。本发明专利技术的试剂盒不仅可用于检测肿瘤基因组层面的DDX11体细胞突变和胚系突变，也可用于血液肿瘤患者，特别是急性髓系细胞白血病患者的辅助诊断、微小残留病监测和预后的评估等，且本发明专利技术试剂盒的检测方法简便、灵敏，将在医学检测领域发挥重要作用。

A Kit for Detecting DDX11 Gene Mutation and Its Special Capture Probe Group

【技术实现步骤摘要】
一种用于检测DDX11基因突变的试剂盒及其专用捕获探针组
本专利技术属于医学检测
，具体涉及一种用于检测DDX11基因突变的试剂盒及其专用捕获探针组。
技术介绍
尽管急性髓系白血病(Acutemyeloidleukemia，AML)患者经过标准诱导方案化疗可以获得70％～80％的完全缓解率，但仅50％患者能被治愈。部分患者即使在强烈的诱导化疗及标准的巩固治疗甚至异基因造血干细胞移植后仍面临着疾病的进展和/或复发。分子诊断技术的发展在AML的精准分型和个体化治疗中起了巨大推动作用。但尽管如此，AML患者的临床预后仍然展示出巨大的异质性，复发仍然是临床医生及AML患者所共同面临的挑战之一，而新型生物学标记物的发现是实现AML个体化诊疗的必经之路。DDX11(DEAD/H-boxhelicase11)基因定位于染色体12p11，编码一种ATP依赖性的DNA解螺旋酶，参与多种生物过程，如DNA复制、DNA修复和异染色质组织以及核糖体RNA合成等，在维持基因组稳定性中起到重要作用。DDX11基因缺陷与许多影响基因组稳定性的疾病有关。人类DDX11基因的突变与华沙破裂综合征这一罕见的遗传疾病相关，伴随广泛的染色体断裂和染色单体凝聚缺陷。此外，越来越多的证据表明DDX11基因在肿瘤的发生发展中存在重要的作用。Bhattacharya等报道在黑色素瘤从非侵袭性进展到高度恶性的侵袭性黑色素瘤的过程中，DDX11基因的表达量显著增高，通过DDX11-特异性si-RNA敲低该基因在黑色素瘤细胞系WM1158中的表达，观察到黑色素瘤细胞增殖受抑，凋亡细胞增多。FarinaA和ParishJL等也采用DDX11靶向的si-RNA干扰其在Hela细胞系中的表达，观察到敲低组中Hela细胞分裂过程中染色单体凝聚严重缺陷。但目前尚未见DDX11在血液肿瘤中的相关研究报道。
技术实现思路
本专利技术的一个目的是提供用于检测DDX11基因突变的探针组。本专利技术提供的用于检测DDX11基因突变的探针组由探针1-探针36组成：所述探针1为序列表中序列1所示的单链DNA分子；所述探针2为序列表中序列2所示的单链DNA分子；所述探针3为序列表中序列3所示的单链DNA分子；所述探针4为序列表中序列4所示的单链DNA分子；所述探针5为序列表中序列5所示的单链DNA分子；所述探针6为序列表中序列6所示的单链DNA分子；所述探针7为序列表中序列7所示的单链DNA分子；所述探针8为序列表中序列8所示的单链DNA分子；所述探针9为序列表中序列9所示的单链DNA分子；所述探针10为序列表中序列10所示的单链DNA分子；所述探针11为序列表中序列11所示的单链DNA分子；所述探针12为序列表中序列12所示的单链DNA分子；所述探针13为序列表中序列13所示的单链DNA分子；所述探针14为序列表中序列14所示的单链DNA分子；所述探针15为序列表中序列15所示的单链DNA分子；所述探针16为序列表中序列16所示的单链DNA分子；所述探针17为序列表中序列17所示的单链DNA分子；所述探针18为序列表中序列18所示的单链DNA分子；所述探针19为序列表中序列19所示的单链DNA分子；所述探针20为序列表中序列20所示的单链DNA分子；所述探针21为序列表中序列21所示的单链DNA分子；所述探针22为序列表中序列22所示的单链DNA分子；所述探针23为序列表中序列23所示的单链DNA分子；所述探针24为序列表中序列24所示的单链DNA分子；所述探针25为序列表中序列25所示的单链DNA分子；所述探针26为序列表中序列26所示的单链DNA分子；所述探针27为序列表中序列27所示的单链DNA分子；所述探针28为序列表中序列28所示的单链DNA分子；所述探针29为序列表中序列29所示的单链DNA分子；所述探针30为序列表中序列30所示的单链DNA分子；所述探针31为序列表中序列31所示的单链DNA分子；所述探针32为序列表中序列32所示的单链DNA分子；所述探针33为序列表中序列33所示的单链DNA分子；所述探针34为序列表中序列34所示的单链DNA分子；所述探针35为序列表中序列35所示的单链DNA分子；所述探针36为序列表中序列36所示的单链DNA分子。上述探针组中，所述每条探针均标记生物素。具体的，所述每条探针的5’端均标记生物素。本专利技术的另一个目的是提供用于检测DDX11基因突变的试剂盒。本专利技术提供的用于检测DDX11基因突变的试剂盒包括上述探针组。进一步的，所述试剂盒还可包括构建文库所需的试剂和/或PCR扩增所需试剂。所述构建文库所需的试剂具体可包括末端修复所需试剂、加A尾所需试剂。所述PCR扩增所需试剂具体可为KAPAHiFiHotStartReadyMix(2X)试剂盒(KAPA，KK2602)中的试剂。更进一步的，所述试剂盒还可包括基因组DNA提取所需试剂和/或纯化试剂。本专利技术还有一个目的是提供上述探针组或上述试剂盒或检测DDX11基因是否发生突变的物质的新用途。本专利技术提供了上述探针组或上述试剂盒在检测或辅助检测待测样本中DDX11基因突变或变异中的应用。本专利技术还提供了上述探针组或上述试剂盒在制备检测或辅助检测待测样本中DDX11基因突变或变异的产品中的应用。本专利技术还提供了上述探针组或上述试剂盒在检测或辅助检测待测患者是否患有急性髓系白血病中的应用。本专利技术还提供了上述探针组或上述试剂盒在制备检测或辅助检测待测患者是否患有急性髓系白血病的产品中的应用。本专利技术还提供了检测DDX11基因是否发生突变的物质在诊断或辅助诊断急性髓系白血病中的应用。本专利技术还提供了检测DDX11基因是否发生突变的物质在制备诊断或辅助诊断急性髓系白血病的产品中的应用。本专利技术还提供了检测DDX11基因是否发生突变的物质在检测或辅助检测待测患者是否患有急性髓系白血病中的应用。本专利技术还提供了检测DDX11基因是否发生突变的物质在制备检测或辅助检测待测患者是否患有急性髓系白血病的产品中的应用。DDX11基因作为靶标在急性髓系白血病诊断中的应用也属于本专利技术的保护范围。本专利技术还有一个目的是提供检测或辅助检测待测患者是否患有急性髓系白血病的产品。本专利技术提供的检测或辅助检测待测患者是否患有急性髓系白血病的产品包括检测DDX11基因是否发生突变的物质。上述应用或产品中，所述检测DDX11基因是否发生突变的物质为上述探针组。上述应用或产品中，若待测患者DDX11基因发生突变或变异，则待测患者患有或候选患有急性髓系白血病。所述突变或变异的类型具体可为下述实施例的表2中所示。本专利技术的最后一个目的是提供一种检测或辅助检测待测样本中DDX11基因突变或变异的方法。本专利技术提供的检测或辅助检测待测样本中DDX11基因突变或变异的方法包括如下步骤：1)将待测样本的基因组DNA进行片段化后，构建gDNA文库；2)用上述探针组与所述gDNA文库杂交，得到杂交产物；3)对所述杂交产物进行测序，根据测序结果分析待测样本中DDX11基因的突变或变异情况。上述方法中，所述1)中，所述片段化为将基因组DNA打断成长度为200-300bp的片段。所述gDNA文库的构建方法可按照如下步骤进行：将片段化的DNA片段进行末端修复；然后将本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.用于检测DDX11基因突变的探针组，其由探针1‑探针36组成：所述探针1为序列表中序列1所示的单链DNA分子；所述探针2为序列表中序列2所示的单链DNA分子；所述探针3为序列表中序列3所示的单链DNA分子；所述探针4为序列表中序列4所示的单链DNA分子；所述探针5为序列表中序列5所示的单链DNA分子；所述探针6为序列表中序列6所示的单链DNA分子；所述探针7为序列表中序列7所示的单链DNA分子；所述探针8为序列表中序列8所示的单链DNA分子；所述探针9为序列表中序列9所示的单链DNA分子；所述探针10为序列表中序列10所示的单链DNA分子；所述探针11为序列表中序列11所示的单链DNA分子；所述探针12为序列表中序列12所示的单链DNA分子；所述探针13为序列表中序列13所示的单链DNA分子；所述探针14为序列表中序列14所示的单链DNA分子；所述探针15为序列表中序列15所示的单链DNA分子；所述探针16为序列表中序列16所示的单链DNA分子；所述探针17为序列表中序列17所示的单链DNA分子；所述探针18为序列表中序列18所示的单链DNA分子；所述探针19为序列表中序列19所示的单链DNA分子；所述探针20为序列表中序列20所示的单链DNA分子；所述探针21为序列表中序列21所示的单链DNA分子；所述探针22为序列表中序列22所示的单链DNA分子；所述探针23为序列表中序列23所示的单链DNA分子；所述探针24为序列表中序列24所示的单链DNA分子；所述探针25为序列表中序列25所示的单链DNA分子；所述探针26为序列表中序列26所示的单链DNA分子；所述探针27为序列表中序列27所示的单链DNA分子；所述探针28为序列表中序列28所示的单链DNA分子；所述探针29为序列表中序列29所示的单链DNA分子；所述探针30为序列表中序列30所示的单链DNA分子；所述探针31为序列表中序列31所示的单链DNA分子；所述探针32为序列表中序列32所示的单链DNA分子；所述探针33为序列表中序列33所示的单链DNA分子；所述探针34为序列表中序列34所示的单链DNA分子；所述探针35为序列表中序列35所示的单链DNA分子；所述探针36为序列表中序列36所示的单链DNA分子。...

【技术特征摘要】
1.用于检测DDX11基因突变的探针组，其由探针1-探针36组成：所述探针1为序列表中序列1所示的单链DNA分子；所述探针2为序列表中序列2所示的单链DNA分子；所述探针3为序列表中序列3所示的单链DNA分子；所述探针4为序列表中序列4所示的单链DNA分子；所述探针5为序列表中序列5所示的单链DNA分子；所述探针6为序列表中序列6所示的单链DNA分子；所述探针7为序列表中序列7所示的单链DNA分子；所述探针8为序列表中序列8所示的单链DNA分子；所述探针9为序列表中序列9所示的单链DNA分子；所述探针10为序列表中序列10所示的单链DNA分子；所述探针11为序列表中序列11所示的单链DNA分子；所述探针12为序列表中序列12所示的单链DNA分子；所述探针13为序列表中序列13所示的单链DNA分子；所述探针14为序列表中序列14所示的单链DNA分子；所述探针15为序列表中序列15所示的单链DNA分子；所述探针16为序列表中序列16所示的单链DNA分子；所述探针17为序列表中序列17所示的单链DNA分子；所述探针18为序列表中序列18所示的单链DNA分子；所述探针19为序列表中序列19所示的单链DNA分子；所述探针20为序列表中序列20所示的单链DNA分子；所述探针21为序列表中序列21所示的单链DNA分子；所述探针22为序列表中序列22所示的单链DNA分子；所述探针23为序列表中序列23所示的单链DNA分子；所述探针24为序列表中序列24所示的单链DNA分子；所述探针25为序列表中序列25所示的单链DNA分子；所述探针26为序列表中序列26所示的单链DNA分子；所述探针27为序列表中序列27所示的单链DNA分子；所述探针28为序列表中序列28所示的单链DNA分子；所述探针29为序列表中序列29所示的单链DNA分子；所述探针30为序列表中序列30所示的单链DNA分子；所述探针31为序列表中序列31所示的单链DNA分子；所述探针32为序列表中序列32所示的单链DNA分子；所述探针33为序列表中序列33所示的单链DNA分子；所...

【专利技术属性】
技术研发人员：阮国瑞，黄晓军，周亚兰，江浩，吴利新，王子龙，
申请(专利权)人：北京大学人民医院北京大学第二临床医学院，
类型：发明
国别省市：北京,11