用于扩增免疫球蛋白重链CDR3编码序列的引物组合物及其用途制造技术

本发明专利技术涉及用于扩增免疫球蛋白重链CDR3编码序列的引物组合物，富集免疫球蛋白重链CDR3编码序列的方法，构建免疫球蛋白重链CDR3编码序列的测序文库的方法，确定免疫球蛋白重链CDR3编码序列的序列信息的方法，确定个体免疫状态的方法，确定个体免疫状态的系统。该引物组合物包括第一引物组，所述第一引物组由至少一种V区引物组成，所述至少一种V区引物的每一种均包含与至少一个V基因片段互补的序列；以及第二引物组，所述第二引物组由至少一种J区引物组成，所述至少一种J区引物的每一种均包含与至少一个J基因片段互补的序列。利用该引物组合物，能够有效地对免疫球蛋白重链CDR3编码序列进行富集，从而为对CDR3进行深入研究提供了便利的工具。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及生物
具体地，本专利技术涉及用于扩增免疫球蛋白重链⑶R3编码序列的引物组合物及其用途。更具体地，本专利技术涉及用于扩增免疫球蛋白重链⑶R3编码序列的引物组合物，富集免疫球蛋白重链⑶R3编码序列的方法，构建免疫球蛋白重链⑶R3编码序列的测序文库的方法，确定免疫球蛋白重链CDR3编码序列的序列信息的方法，确定个体免疫状态的方法，确定个体免疫状态的系统。
技术介绍
免疫球蛋白、T细胞受体和HLA(人类白细胞抗原)是人类基因组中最活跃的分子，决定和反映了人和环境的相互作用。免疫大分子的多样性使得机体能识别无数的外来物质和清除体内产生的部分代谢物。免疫大分子多样性产生的机制主要有基因重排、体细胞突变、非模板核苷酸的插入与缺失等。免疫球蛋白重链重排指V、D、J三种基因片段重排形成多种CDR3编码序列，首先是DJ基因片段重排，重排后的基因片段再与V基因进行组合，得到编码CDR3的基因；在免疫球蛋白轻链中，先进行K链基因重排，若重排失败，则λ链基因开始重排，由重排、非模板核苷酸的插入与缺失等机制产生多种多样特异性的基因片段。由此，一个个体内可能产生1011个特异性的分子。免疫系统是机体抵御病原菌入侵与免疫调节的重要系统，对其研究有很重要的意义。然而，目前对于⑶R3的研究仍有待改进。
技术实现思路
本专利技术旨在至少解决现有技术中存在的技术问题之一。为此，本专利技术的一个目的在于提出一种能够有效地对免疫球蛋白重链⑶R3编码序列进行富集的手段。 根据本专利技术的一个方面，本专利技术提出了一种用于扩增免疫球蛋白重链CDR3编码序列的引物组合物。根据本专利技术的实施例，该引物组合物包括第一引物组，所述第一引物组由至少一种V区引物组成，所述至少一种V区引物的每一种均包含与至少一个V基因片段互补的序列；以及第二引物组，所述第二引物组由至少一种J区引物组成，所述至少一种J区引物的每一种均包含与至少一个J基因片段互补的序列。利用该引物组合物，能够有效地对免疫球蛋白重链CDR3编码序列进行富集，从而为对CDR3进行深入研究提供了便利的工具。在本专利技术的又一方面，本专利技术提出了一种构建免疫球蛋白重链CDR3编码序列的测序文库的方法。包括以下步骤:根据前面所述的方法，获得富集所述免疫球蛋白重链CDR3编码序列的扩增产物；以及针对所述扩增产物，构建DNA测序文库，所述DNA测序文库构成所述免疫球蛋白重链CDR3编码序列的测序文库。由此，可以在对重链CDR3编码序列进行富集的基础上，构建可以用于测序的测序文库。根据本专利技术的再一方面，本专利技术提出了一种确定免疫球蛋白重链CDR3编码序列的序列信息的方法。根据本专利技术的实施例，该确定免疫球蛋白重链CDR3编码序列的序列信息的方法包括以下步骤:根据前面所述的方法，构建免疫球蛋白重链CDR3测序文库；以及对所述免疫球蛋白重链CDR3测序文库进行测序，以便确定所述免疫球蛋白重链CDR3编码序列的序列信息。本专利技术再一方面提出了一种确定个体免疫状态的方法。根据本专利技术的实施例，该确定个体免疫状态的方法包括以下步骤:根据前面所述的方法，对所述个体的免疫球蛋白重链CDR3编码序列进行测序，以便获得由多个测序数据构成的测序结果；以及基于所述测序结果，确定所述个体的免疫状态。通过该方法，能够有效地获得个体的免疫球蛋白重链CDR3编码序列的序列信息，从而可以有效地确定个体免疫状态。本专利技术的又一方面提出了一种确定个体免疫状态的系统。根据本专利技术的实施例，该确定个体免疫状态的系统包括:免疫球蛋白重链CDR3编码序列富集装置，所述免疫球蛋白重链CDR3编码序列富集装置中设置有前面所述的引物组合物，以便对所述个体的核酸样本富集免疫球蛋白重链CDR3编码序列；文库构建装置，所述文库构建装置与所述免疫球蛋白重链CDR3编码序列富集装置相连，以便针对所述经过富集的免疫球蛋白重链CDR3编码序列构建免疫球蛋白重链CDR3编码序列测序文库；测序装置，所述测序装置与所述文库构建装置相连，用于对所述免疫球蛋白重链⑶R3编码序列测序文库进行测序，以便获得由多个测序数据构成的测序结果；以及分析装置，所述分析装置与所述测序装置相连，用于对基于所述测序结果，确定所述个体的免疫状态。由此，利用该系统，能够有效地实施前述确定个体免疫状态的方法，从而能够有效地确定个体的免疫状态。本专利技术的又一方面提出了一种试剂盒。根据本专利技术的实施例，该所述试剂盒中设置有前面所述的引物组合物。由此，利用该试剂盒能够用于检测免疫球蛋白重链的V-J重排，或者用于检测免疫球蛋白重链CDR3的编码序列。本专利技术的附加方面和优点将在下面的描述中部分给出，部分将从下面的描述中变得明显，或通过本专利技术 的实践了解到。附图说明本专利技术的上述和/或附加的方面和优点从结合下面附图对实施例的描述中将变得明显和容易理解，其中:图1是免疫球蛋白重链中包含VH、Dh和Jh构成的⑶R3的结构示意图；图2是根据本专利技术一个实施例的对免疫球蛋白重链CDR3编码序列进行富集和测序的流程不意图；图3是根据本专利技术一个实施例的用于确定个体的免疫状态的系统结构示意图；图4是根据本专利技术一个实施例的多重PCR产物琼脂糖凝胶电泳结果；图5是根据本专利技术一个实施例的对免疫球蛋白重链CDR3编码序列测序后，所得到的V-J基因片段配对分布及风度的结果示意图。具体实施例方式下面详细描述本专利技术的实施例，所述实施例的示例在附图中示出，其中自始至终相同或类似的标号表示相同或类似的元件或具有相同或类似功能的元件。下面通过参考附图描述的实施例是示例性的，仅用于解释本专利技术，而不能理解为对本专利技术的限制。需要说明的是在本文中所使用的术语“第一”、“第二”等仅用于方便描述目的，而不能理解为指示或暗示相对重要性。在本专利技术的描述中，除非另有说明，“多个”的含义是两个或两个以上。根据本专利技术的一个方面，本专利技术提出了一种用于扩增免疫球蛋白重链CDR3编码序列的弓I物组合物。根据本专利技术的实施例，该引物组合物包括第一弓I物组和第二引物组。其中，第一引物组由至少一种V区引物组成，所述第二引物组由至少一种J区引物组成。在本文中所使用的术语“V区引物”指的是这样的一种引物，其能够特异性地识别免疫球蛋白重链家族中的V基因片段，从而可以引导进行聚合酶链式反应，由此第一引物组中所包含的V区引物的每一种均包含与至少一个V基因片段互补的序列。类似的，在本文中所使用的术语“J区引物”指的是这样的一种引物，其能够特异性地识别免疫球蛋白重链家族中的J基因片段，从而可以引导进行聚合酶链式反应，由此第一引物组中所包含的J区引物的每一种均包含与至少一个J基因片段互补的序列。进而，在V区引物和j区引物的引导下，可以通过扩增反应例如PCR扩增，从含有重链编码基因的核酸样本中特异性地扩增包含V基因片段和J基因片段的编码序列。由于免疫球蛋白重链的CDR3是由V、D、J基因片段重排产物所编码的，因而通过特异性识别V和J基因片段引物，即第一引物组和第二引物组，能够有效地从包含CDR3编码序列的核酸样本中扩增获得CDR3编码序列的扩增产物，另外，基于CDR1、⑶R2属于V基因，并没有参与重排过程；在重链中，⑶R3是V-D-J重排的产物，因而通过采用根据本专利技术实施例的引物组合物，能够高特异性地从样本中扩增富集获得CDR3的本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于扩增免疫球蛋白重链CDR3序列的引物组合物，其特征在于，包括：第一引物组，所述第一引物组由至少一种V区引物组成，所述至少一种V区引物的每一种均包含与至少一个V基因片段互补的序列；以及第二引物组，所述第二引物组由至少一种J区引物组成，所述至少一种J区引物的每一种均包含与至少一个J基因片段互补的序列，任选地，所述V区引物是正义链引物，所述J区引物是反义链引物，任选地，所述免疫球蛋白为人类免疫球蛋白，任选地，所述第一引物组的至少一种引物包含与多个V基因片段的保守区互补的序列，任选地，所述V区引物具有选自SEQ?ID?NO：1?20所示的核苷酸序列，任选地，所述第二引物组的至少一种包含与多个J基因片段的保守区互补的序列，任选地，所述第二引物组由一种引物构成，该引物包含与多个J基因片段的保守区互补的序列，任选地，所述J区引物具有如SEQ?ID?NO：21所示的核苷酸序列。

【技术特征摘要】

【专利技术属性】
技术研发人员：洪雪玉，刘晓，曾晓静，苏政，张俊杰，王俊，
申请(专利权)人：深圳华大基因科技有限公司，深圳华大基因研究院，
类型：发明
国别省市：