高通量生物芯片检测结果的一种判读工具制造技术

本发明专利技术涉及到一个对生物芯片的检测结果进行判读的工具，尤其是设计出用于对单张芯片容量在一千个探针以上的高通量生物芯片的检测结果。该工具整合了以下三类有代表性的芯片判读方法，包括：1)基于正常样本进行背景校正的方法；2)基于超几何分布对组合探针进行复合判读的方法；3)基于已知数据库的探针结合自由能谱的比对方法。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及到对高通量生物芯片的检测结果进行判读的工具，该工具集成了以下三个部分的判读方法:1、基于正常样本进行背景校正的方法；2、基于超几何分布对组合探针进行复合判读的方法；3、基于已知数据库的探针结合自由能谱的比对方法。
技术介绍
生物芯片技术起源于核酸分子杂交。一般是指高密度固定在支持介质上的生物信息分子(如基因片段、cDNA片段或多肽、蛋白质)的微阵列杂交型芯片(microarrays),阵列中每个分子的序列及位置都是已知的，并且是预先设定好的序列点阵。生物芯片可以实现对生命机体的生物组分进行准确、快速、大信息量的检测。目前常见的生物芯片主要分为三类:基因芯片、蛋白质芯片和芯片实验室。生物芯片的主要特点包括:1)通量高。一张芯片上的一个点阵可以对一份样本同时分析成千上万种的病原体，而一张芯片上有可以同时分析数十个临床样本；2)快速、准确和灵敏。单次检测I天即可完成，加之高通量特异性，检测效力明显优于现有的其他方法；由于检测过程中采用全封闭的荧光自动化检测系统，集合特异性探针，检测准确度高、灵敏度好；3)可检测未知病原体。现有病原体检测方法，只能对已知病原体进行确认，对于未本文档来自技高网...

【技术保护点】
使用基于正常样本进行背景校正的方法，去除动物体内分布正常的微生物群落背景。首先需要用制备的芯片去杂交分析多份正常人或者动物取得的样本，得到每种微生物探针在正常情况下信号强度的均值Mnorm以及相应的标准差SDnorm。然后，使用芯片与待测样本进行杂交，得到每种探针的信号强度值t。全部的信号强度值都需要进行对数变换，以减小噪音信号的影响。对于每一种微生物的每一个探针，我们都可以计算其在待测样本中的富集程度，使用Z?score进行度量：Z-score(t)=t-MnormSDnorm.

【技术特征摘要】
1.使用基于正常样本进行背景校正的方法，去除动物体内分布正常的微生物群落背景。首先需要用制备的芯片去杂交分析多份正常人或者动物取得的样本，得到每种微生物探针在正常情况下信号强度的均值Mnmi以及相应的标准差SDnOTm。然后，使用芯片与待测样本进行杂交，得到每种探针的信号强度值t。全部的信号强度值都需要进行对数变换，以减小噪音信号的影响。对于每一种微生物的每一个探针，我们都可以计算其在待测样本中的 富集程度，使用z-score进行度量:2.基于超几何分布的多探针组的复合判读方法采用了基于超几何分布的复合判读标准来评价某类目标检测物是否富集。具体的计算原理如公式所示:3.基于已知数据库的探针结合自由能谱的比对方法 1)、构造理论探针结合自由能矩阵 从待识别物种的全基因组序列数据库中下载芯片中相应种类的微生物的全...

【专利技术属性】
技术研发人员：张鑫磊，蒋小云，肖琛，
申请(专利权)人：北京健数通生物计算技术有限公司，
类型：发明
国别省市：