高通量检测脊椎动物病原体基因芯片的探针设计方法技术

本发明专利技术涉及一种生物芯片的探针设计方法，尤其是设计出用于对以脊椎动物为宿主的病毒、细菌、真菌等病原体进行高通量检测的探针。本发明专利技术提供的方法，包括：1)针对检测对象为细菌、真菌以及原生动物三类病原体的，以rRNA为模板的探针设计方法；2)针对检测对象为病毒，以结构蛋白编码序列为模板的探针设计方法。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及生物芯片探针的一种设计方法。尤其是基于此方法设计得到的探针用来对以脊椎动物为宿主的病毒、细菌、真菌、原生动物进行高通量检测，本专利技术对不同类型的病原体分别采用了有针对性的设计流程。
技术介绍
传染病是由各种病原体引起的能在人与人、动物与动物或人与动物之间相互传播的一类疾病。每种传染病都有其特异的病原体，包括病毒、细菌、真菌、原虫、螺旋体、立克茨体等。传染病与其他种类疾病相比，具有发病强度高、传播速度快、波及范围广、地域性和季节性强等特点，传染病产生的危害性极大，不但患者死亡率高，而且容易导致社会恐慌心理，产生的次级危害往往更大，直接影响社会的经济活动和人的正常生活秩序。虽然传染病理论上分为人与人、动物与动物或人与动物专有传染病，但是许多传染性疾病，甚至包括流行病，都起于人畜共通的特性，要区分哪些疾病从感染动物逐步演化成可以感染人类并不简单，但有证据显示麻疹、天花、流行性感冒、白喉等皆是如此。而艾滋病、感冒和结核也都来自人类以外的物种。人畜通病在国际间引起密切关注，因为它们通常是过去未被发现的疾病，或是毒力在演化过程中增强，或偶然传入不具对抗该疾病之免疫力的族群或物种本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种针对细菌、真菌以及原生动物三类病原体的探针，其特征是一种基于16S?rRNA或18S?rRNA序列模板的设计方法为基础的探针，包括：从RibosomalDatabase?Project(RDP)数据库里得到目标物种的rRNA序列，抽提出物种内部的保守的序列区域；(1)通过系统发生分析，对多个物种的代表性序列构建进化树，从进化树的分支中找到目标物种的最近邻物种；(2)将两个物种进行序列比对得到种间的保守区；(3)从目标物种的种内保守区域中去除这部分种间保守区，得到目标物种的特异性区域，作为备选序列；(4)针对该备选序列进行探针设计，对得到的备选探针进行特异性评估，去除那些可能产生交叉杂交的低...

【技术特征摘要】
1.一种针对细菌、真菌以及原生动物三类病原体的探针，其特征是一种基于16SrRNA或18S rRNA序列模板的设计方法为基础的探针，包括:从RibosomalDatabaseProject(RDP)数据库里得到目标物种的rRNA序列，抽提出物种内部的保守的序列区域； (1)通过系统发生分析，对多个物种的代表性序列构建进化树，从进化树的分支中找到目标物种的最近邻物种； (2)将两个物种进行序列比对得到种间的保守区； (3)从目标物种的种内保守区域中去除这部分种间保守区，得到目标物种的特异性区域，作为备选序列； (...

【专利技术属性】
技术研发人员：张鑫磊，蒋小云，肖琛，
申请(专利权)人：北京健数通生物计算技术有限公司，
类型：发明
国别省市：