基于SLAFseq技术的大规模样品基因分型方法技术

本发明专利技术提供一种基于SLAF-seq技术进行大规模样品基因分型的方法，其是利用SLAF-seq技术降低基因组的复杂度，并对大规模样品进行基因分型。利用该技术对基因组进行高通量测序，对样品进行标记开发、遗传图谱绘制及全基因组关联分析。该方法与传统的方法相比优点在于通量大幅度提高，成本大幅度降低。该方法主要应用于标记开发、遗传图谱绘制及全基因组关联分析。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术提供一种基于SLAF-seq技术的大规模样品基因分型方法，其核心技术是利用SLAF-seq技术降低基因组复杂度并进行高通量测序，进行标记开发、遗传图谱绘制及全基因组关联分析。
技术介绍
随着具有高通量、低成本、测序错误率低、测序读长短特点的新一代测序技术和生物信息学的发展，使得该测序技术进行高通量标记开发成为可能。SLAF-seq (SpecificLength Amplified Fragments sequencing)是一种简化基因组深度测序技术,在高通量测序技术的基础上，利用生物信息学方法对目标物种的参考基因组或已知BAC序列进行系统分析，根据基因组的GC含量、重复序列情况和基因组特点等信息，设计标记开发方案，以保证SLAF标签密度、均匀性、效率和分析的准确性。根据基因组特性，利用SLAF-seq技术对大规模样品进行研究，通过数学算法解决传统方法通量低和准确性不高的问题，提高生物学分析的准确性，降低成本，提高效率。目前还未见利用SLAF-seq技术对大规模样品进行基因分型的报道。
技术实现思路
本专利技术的目的是利用SLAF-seq技术降低基因组复杂度并进行高通量测序本文档来自技高网...

【技术保护点】
基于SLAFseq的大规模样品基因分型方法，其基于SLAFseq技术降低基因组复杂度并进行高通量测序，对大规模样品进行标记开发及遗传图谱绘制、全基因组关联分析，包括如下步骤：1）对经性状鉴定的各样品的DNA进行检测；2）对样品基因组的复杂性进行降低处理，获得复杂性降低的DNA样品；3）利用二级引物库中的引物对复杂性降低后的样品DNA进行PCR扩增，使特异性长度片段扩增前后丰度一致；4）将扩增后的特异性长度片段连接标准测序接头，利用高通量测序方式进行测序；5）比较测序结果，获得SLAF标记，进行遗传图谱绘制或全基因组关联分析。

【技术特征摘要】
1.于SLAFseq的大规模样品基因分型方法,其基于SLAFseq技术降低基因组复杂度并进行高通量测序，对大规模样品进行标记开发及遗传图谱绘制、全基因组关联分析，包括如下步骤: 1)对经性状鉴定的各样品的DNA进行检测； 2)对样品基因组的复杂性进行降低处理，获得复杂性降低的DNA样品； 3)利用二级引物库中的引物对复杂性降低后的样品DNA进行PCR扩增，使特异性长度片段扩增前后丰度一致； 4)将扩增后的特异性长度片段连接标准测序接头，利用高通量测序方式进行测序； 5)比较测序结果，获得SLAF标记，进行遗传图谱绘制或全基因组关联分析。2.权利要求1所述的方法，其特征在于，大规模样品来自动物、植物或微生物。3.权利要求1所述的方法，其特征在于，所述样品为自然群体或遗传分离群体；所述遗传分离群体为经鉴定的性状分离群体，包括F2、BCl、DH等目标性状分离的群体。4.权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤2)中DNA复杂性降低方法是任何有选择性的减少基因组复杂度的方法，包括限制性内切酶酶切产物PCR扩增或酶切产物选择性吸附。5.权利要...

【专利技术属性】
技术研发人员：郑洪坤，
申请(专利权)人：北京百迈客生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：