本发明专利技术公开了单核苷酸多态性rs6871626在检测麻风病易感基因中的应用。本发明专利技术所保护的一个技术方案是检测人基因组中rs6871626的多态性或基因型的物质在制备检测与麻风病相关的单核苷酸多态性的产品中的应用。可将检测rs6871626的多态性的物质与其它物质（如检测其它的与麻风病相关的单核苷酸多态性的物质）联合在一起制备筛查麻风病患者的产品。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及单核苷酸多态性rs6871626在检测麻风病易感基因中的应用。
技术介绍
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)指基因组单个核苷酸的变异，它是最微小的变异单元，是由单个核苷酸对置换、颠换、插入或缺失所形成的变异形式。单核苷酸多态性是基因组上高密度的遗传标志，在人类基因组中已发现的SNP数量超过3000万。作为第三代遗传标记SNP数量众多、分布密集，易于检测，因而是理想的基因分型目标。SNP分型检测在疾病基因组(如疾病易感性)，药物基因组(药效、药物代谢差异和不良反应)和群体进化等研究中具有重大意义。目前已有多种方法可用于SNP检测，如DNA测序、限制性酶切片段长度多态性、单 链构象多态性、变性高效液相色谱、SNP芯片。其中，SNP芯片包括基于核酸杂交反应的芯片、基于单碱基延伸反应的芯片、基于等位基因特异性引物延伸反应的芯片、基于“一步法”反应的芯片、基于引物连接反应的芯片、基于限制性内切酶反应的芯片、基于蛋白DNA结合反应的芯片，及基于荧光分子DNA结合反应的芯片(张小燕等。用基因芯片检测单核苷酸多态性反应原理。中国生物工程杂志。2005，25(11):52 56)。麻风病是一种由麻风分枝杆菌感染所致的慢性传染病，在发展中国家这仍然是一个严重的健康问题，每年全球新发病例数为250000。主要侵犯皮肤和外周神经，并导致不可逆性的神经功能损害和慢性致畸致残。这已被证明在麻风的流行中环境因素和宿主遗传因素起着至关重要的作用，估计遗传因素高达57%。世界卫生组织的方案把麻风病的临床表现分为结核型和瘤型，分别对应了 Thl (细胞介导)和Th2 (体液介导)组织的人体的免疫应答。麻风病多样性的临床表现反映出人体对同种病原体的两种截然不同的免疫应答，这就说明遗传易感性在麻风发病中的重要性。遗传研究的结果表明遗传与麻风易感性和其临床亚型的病情进展都有关联。
技术实现思路
本专利技术所要解决的技术问题是提供单核苷酸多态性rs6871626在麻风病方面的新用途。本专利技术所提供的新用途是下述I) -9)中的至少一种I)检测人基因组中rs6871626的多态性或基因型的物质在制备检测与麻风病相关的单核苷酸多态性的产品中的应用；2)检测人基因组中rs6871626的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定与麻风病相关的单核苷酸多态性的产品中的应用；3)检测人基因组中rs6871626的多态性或基因型的物质在制备筛查麻风病患者产品中的应用；4)检测人基因组中rs6871626的多态性或基因型的物质在制备检测麻风病易感性产品中的应用；5)人基因组中的单核苷酸多态性在制备检测麻风病易感基因的产品中的应用，其中，所述单核苷酸多态性是refSNP ID为rs6871626的DNA序列多态性；6)人基因组中的单核苷酸多态性在制备鉴定或辅助鉴定麻风病易感基因的产品中的应用，其中，所述单核苷酸多态性是refSNP ID为rs6871626的DNA序列多态性；7)人基因组中rs6871626的多态性在制备筛查麻风病患者产品中的应用；8)人基因组中rs6871626的多态性在制备检测麻风病易感性产品中的应用；9)包括检测人基因组中rs6871626多态性的物质的产品，为a)_d)中的任一种产品 a)检测与麻风病相关的单核苷酸多态性的产品，b)鉴定或辅助鉴定与麻风病相关的单核苷酸多态性的产品，c)筛查麻风病患者产品，d)检测麻风病易感性产品。 在本专利技术的实施例中，所述麻风病具体为中国汉族及少数民族人群麻风病。Rs6871626是人染色体5q33上的一个二等位多态性的SNP位点，该变异是转换(A/C，在其互补链上则为T/G)。所述rs6871626基因型是AA、AC或CC。所述AA是rs6871626位点为A的纯合型，所述CC是rs6871626位点为C的纯合型，所述AC是rs6871626位点为A和C的杂合型。所述检测人基因组中rs6871626的多态性或基因型具体可为检测rs6871626的核苷酸种类。实验证明，rs6871626在由5503个麻风病患者组成的病例群体和由4971个正常人组成的病例对照群体的P值是3. 95X 10_18，相对危险度是O. 75，说明rs6871626是与麻风病相关的单核苷酸多态性。实验证明，rs6871626的三个基因型中，CC基因型的个体在正常人群体中的比例是45. 5%，明显低于麻风病患者群体中的比例51. 5%。在实际应用中，可将检测rs6871626的多态性的物质与其它物质(如检测其它的与麻风病相关的单核苷酸多态性的物质)联合在一起制备筛查麻风病患者的产品。其中，检测人基因组中rs6871626的多态性的物质可为通过下述至少一种方法确定rs6871626的多态性所需的试剂和/或仪器DNA测序、限制性酶切片段长度多态性、单链构象多态性、变性高效液相色谱和SNP芯片。其中，SNP芯片包括基于核酸杂交反应的芯片、基于单碱基延伸反应的芯片、基于等位基因特异性引物延伸反应的芯片、基于“一步法”反应的芯片、基于引物连接反应的芯片、基于限制性内切酶反应的芯片、基于蛋白DNA结合反应的芯片，及基于荧光分子DNA结合反应的芯片。所述产品可为试剂或试剂盒，还可为试剂或试剂盒和仪器的组合产品，如由引物和DNA测序仪组成的组合产品，由PCR试剂和DNA测序试剂和DNA测序仪组成的组合产品。本专利技术的一个实施例中，采用PCR引物扩增包括rs6871626在内的基因组DNA片段，以得到的PCR扩增产物为模板，采用单碱基延伸引物进行单碱基延伸反应，对得到的延伸产物的序列进行检测，确定rs6871626的多态性和基因型。所述PCR引物在序列上没有特殊要求，只要能扩增出包括rs6871626在内的基因组DNA片段即可，具体可为序列I和序列2所示的单链DNA。所述延伸引物根据人基因组中rs6871626上游(不包括该SNP位点)设计，所述延伸引物的最后I位核苷酸对应于人基因组中rs6871626的前I位核苷酸，如所述延伸引物具体可为序列表中的序列5所示的单链DMNA，当然也可将序列5所示的单链DNA按照人基因组中rs6871626的下游序列延长一个以上核苷酸，或按照人基因组中rs6871626的下游序列缺失一个以上核苷酸，只要能使该单碱基延伸引物的3'末端延伸出rs6871626位点的核苷酸即可。本专利技术在一个来自中国人群的样本(5503个麻风病患者和4971个健康者)中发现rs6871626是与麻风病相关的单核苷酸多态性。可将检测rs6871626的多态性的物质与其它物质(如检测其它的与麻风病相关的单核苷酸多态性的物质)联合在一起制备筛查麻风病患者的产品。附图说明图I为rs2058660的关联区域。 左侧纵轴显示为SNP的P值，右侧纵轴显示为重组率，横轴显示其物理位置。各区域中SNP与本实验阳性SNP位点rs2058660的相关系数(r2)用不同颜色标记，箭头指示的为本实验的阳性SNP rs2058660、区域中P值最小SNP位点以及以往报道过的SNP，P值最小的SNP位点rsl916307、以往报道与哮喘相关的位点rs3771166均与本实验阳性SNP位点rs2058660本文档来自技高网...
【技术保护点】
检测人基因组中rs6871626的多态性或基因型的物质在制备检测与麻风病相关的单核苷酸多态性的产品中的应用。
【技术特征摘要】
【专利技术属性】
技术研发人员：刘红，刘健，张福仁，
申请(专利权)人：山东省皮肤病性病防治研究所，
类型：发明
国别省市：
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