利用蛋白组芯片全面分析蛋白活性制造技术

本发明专利技术涉及蛋白组芯片，它具有在一个物种中表达的所有蛋白的大部分的阵列。本发明专利技术还涉及制备蛋白组芯片的方法。本发明专利技术还涉及利用蛋白组芯片以高处理量的方式系统地分析一个物种中所有蛋白的相互作用的方法。本发明专利技术还涉及以高密度阵列方式制备和纯化嵌合蛋白的方法。本发明专利技术还涉及通过将双重标记的融合蛋白连接在固体支持物上制备蛋白阵列的方法。本发明专利技术还涉及用于确定一种信号是否是阳性的方法。（*该技术在2022年保护过期，可自由使用*）

【技术实现步骤摘要】
本专利技术是在政府支持下完成的，由国家卫生研究院(NIH)给予许可编号CA77808和GM62480。政府可拥有本专利技术的某些权利。相关申请本申请要求2001年5月11日提交的美国临时申请60/290,583和2001年7月26日提交的美国临时申请60/308,149的权益，上述每一份申请都被以全文形式引入本文作为参考。1.专利
本专利技术涉及蛋白组芯片(proteome chips)，它包括具有在单一物种中表达的所有蛋白的大部分的阵列。本专利技术还涉及制备蛋白组芯片的方法。本专利技术还涉及利用蛋白组芯片以高处理量的方式系统地分析一个物种中所有蛋白相互作用的方法。本专利技术还涉及以高密度阵列方式制备和纯化真核蛋白的方法。本专利技术还涉及通过将双重标记的融合蛋白连接在固体支持物上制备蛋白阵列的方法。本专利技术还涉及用于确定信号是否是阳性的方法。2.
技术介绍
后基因组测序时代的一项繁重的任务是了解由基因组所编码的每一种蛋白的功能、修饰和调控(Fields等，1999，Proc Natl Acad Sci.968825；Goffeau等，1996，Science 274563)。目前，本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种包括多种蛋白的可定位寻址的阵列，每一种蛋白位于固体支持物的不同位置上，其中所述多种蛋白包括由一个物种中的至少５０％的已知基因编码的至少一种蛋白。

【技术特征摘要】
US 2001-5-11 60/290,583;US 2001-7-26 60/308,1491.一种包括多种蛋白的可定位寻址的阵列，每一种蛋白位于固体支持物的不同位置上，其中所述多种蛋白包括由一个物种中的至少50％的已知基因编码的至少一种蛋白。2.如权利要求1的阵列，其中所述多种蛋白包括由一个物种中的至少70％的已知基因编码的至少一种蛋白。3.一种包括多种蛋白的可定位寻址的阵列，每一种蛋白位于固体支持物的不同位置上，其中所述多种蛋白包括在一个物种中表达的所有蛋白的至少50％，其中蛋白的同种型和剪接变体是作为一种蛋白统计的。4.一种包括多种蛋白的可定位寻址的阵列，每一种蛋白位于固体支持物的不同位置上，其中所述多种蛋白包括在一个物种中表达的至少1000种蛋白。5.一种包括多种蛋白的可定位寻址的阵列，每一种蛋白位于固体支持物的不同位置上，其中所述多种蛋白总体上包括由一个物种中至少1000种不同的已知基因编码的蛋白。6.如权利要求1、3、4或5的阵列，其中所述蛋白是按照蛋白的分类组构在所述阵列上的。7.如权利要求6的阵列，其中所述分类是根据丰度、功能、酶促活性、同源性、蛋白家族、与特定代谢途径的关系或翻译后修饰进行的。8.如权利要求1、3、4或5的阵列，其中所述蛋白通过His标记结合在固体支持物上。9.如权利要求1、3、4或5的阵列，其中所述固体支持物包括镍。10.如权利要求1、3、4或5的阵列，其中所述固体支持物包括镍包被的载玻片。11.一种制备可定位寻址的阵列的方法，包括以下步骤将多种蛋白结合在固体支持物的表面上，每一种蛋白位于固体支持物的不同位置上，其中所述多种蛋白包括由一个物种中的至少50％的已知基因编码的至少一种蛋白。12.一种制备可定位寻址的阵列的方法，包括以下步骤将多种蛋白结合在固体支持物的表面上，每一种蛋白位于固体支持物的不同位置上，其中所述多种蛋白包括在一个物种中表达的所有蛋白的至少50％，其中蛋白的同种型和剪接变体是作为一种蛋白统计的。13.一种制备可定位寻址的阵列的方法，包括以下步骤将多种蛋白结合在固体支持物上，每一种蛋白位于固体支持物的不同位置上，其中所述多种蛋白包括在一个物种中表达的至少1000种蛋白。14.一种制备可定位寻址的阵列的方法，包括以下步骤将多种蛋白结合在固体支持物上，每一种蛋白位于固体支持物的不同位置上，其中所述多种蛋白总体上包括由一个物种中的至少1000种不同的已知基因编码的蛋白。15.一种制备可定位寻址的阵列的方法，包括以下步骤将多种融合蛋白结合在固体支持物表面上，每一种融合蛋白位于固体支持物的不同位置上，其中所述融合蛋白包括第一标记、第二标记和由一种生物体的基因组核酸编码的蛋白序列。16.如权利要求15的方法，其中在所述结合步骤之前，是一个通过让所述蛋白与所述第一标记的结合配偶体接触而纯化所述蛋白的步骤，并且，在所述结合步骤中用所述第二标记将所述蛋白结合在固体支持物上。17.如权利要求16的方法，其中所述第一标记是GST标记，而第二标记是His标记。18.如权利要求15的方法，其中所述第一标记和第二标记存在于所述蛋白的氨基末端。19.如权利要求15的方法，其中所述第一标记和第二标记存在于所述蛋白的羧基末端。20.一种制备和分离多种纯化的蛋白样品的方法，包括以下步骤在多位点阵列的多个位点的每一个位点上(a)生长具有与调控序列可操作地连接的异源核苷酸序列的真核细胞；(b)让所述调控序列与诱导物接触，该诱导物能增强由所述异源核苷酸序列编码的蛋白的表达；(c)裂解所述细胞，产生细胞裂解物；(d)将所述细胞裂解物或来自它的含有蛋白的样品与一种结合制剂接触，形成所述蛋白和结合制剂的复合物；和(e)从所述复合物中分离所述蛋白；其中每一个步骤是以多阵列方式进行的。21.如权利要求20的方法，其中每一个位点是一个孔。22.如权利要求20的方法，其中所述蛋白是包括与所述结合制剂结合的亲和标记的融合蛋白。23.如权利要求20的方法，其中所述细胞是酵母细胞。24.如权利要求20的方法，其中所述裂解步骤是用颜料振荡器完成的。25.一种检测脂结合蛋白的方法，包括以下步骤(a)将包括脂类的探针与包括多种蛋白的可定位寻址的阵列接触，每一种蛋白位于固体支持物的不同位置上；和(b)检测所有蛋白-探针相互作用，其中在所述固体支持物的一个位置上检测到相互作用，表明了在该位置上存在脂结合蛋白。26.如权利要求25的方法，其中所述脂类是磷脂。27.如权利要求26的方法，其中所述磷脂是磷脂酰胆碱或磷脂酰肌醇。28.如权利要求25的方法，其中所述探针包括脂质体。29.一种检测结合蛋白的方法，包括以下步骤(a)将一种探针与包括多种蛋白的可定位寻址的阵列接触，每一种蛋白位于固体支持物的不同位置上，其中所述多种蛋白包括由一个物种中的至少50％的已知基因所编码的至少一种蛋白；和(b)检测所有蛋白-探针相互作用。30.一种检测结合蛋白的方法，包括以下步骤(a)将一种探针与包括多种蛋白的可定位寻址的阵列接触，每一种蛋白位于固体支持物的不同位置上，其中所述多种蛋白包括在一个物种中表达的所有蛋白的至少50％，其中蛋白同种型和剪接变体作为一种蛋白统计；和(b)检测所有蛋白-探针相互作用。31.一种检测结合蛋白的方法，包括以下步骤(a)将一种探针与包括多种蛋白的可定位寻址的阵列接触，每一种蛋白位于固体支持物的不同位置上，其中所述多种蛋白包括在一个物种中表达的至少1000种蛋白；和(b)检测所有蛋白-探针相互作用。32.一种检测结合蛋白的方法，包括以下步骤(a)将一种蛋白与包括多种蛋白的可定位寻址的阵列接触，每一种蛋白位于固体支持物的不同位置上，其中多种蛋白总体上包括由一个物种中的至少1000种不同的已知基因编码的蛋白；和(b)检测所有蛋白-探针相互作用。33.一种检测结合蛋白的方法，包括以下步骤(a)将一种探针与包括多种融合蛋白的可定位寻址的阵列接触，每一种融合蛋白位于固体支持物的不同位置上，其中所述融合蛋白包括第一标记、第二标记和由一种生物体的基因组核酸所编码的蛋白序列；和(b)检测所有蛋白-探针相互作用。34.如权利要求29、30、31、32或33的方法，其中所述探针包括核酸、蛋白、小分子、药物候选物或脂类。35.如权利要求34的方法，其中所述核酸包括RNA或DNA。36.如权利要求34的方法，其中所述探针是酵母蛋白。37.如权利要求36的方法，其中所述酵母蛋白是Myo2、Rho1、Rho2、Rho3、Rho4、Cdcl1、Cdcl2或Hsl7。38.如权利要求34的方法，其中所述探针是抗体。39.如权利要求38的方法，其中所述抗体是针对细胞周期蛋白，激酶，GST，Clb5，Cla4，Ste20，Cdc42，PI(3，4)P2，PI(4)P，SPA2，CLB1，CLB2或Cdcl1的。40.如权利要求34的方法，其中所述探针是钙调蛋白。41.如权利要求34的方法，其中所述探针包括选自下列的小分子ATP，GTP，cAMP，磷酸酪氨酸，磷酸丝氨酸和磷酸苏氨酸。42.如权利要求34的方法，其中所述探针包括磷脂酰胆碱或磷脂酰肌醇。43.如权利要求34的方法，其中所述探针包括脂质体。44.如权利要求25、29、30、31、32或33的方法，其中所述探针来自哺乳动物。45.如权利要求44的方法，其中所述哺乳动物是人。46.如权利要求44的方法，其中所述多种蛋白是非人的。47.如权利要求25、29、30、31、32或33的方法，其中所述多种蛋白通过His标记结合在固体支持物上。48.如权利要求25、29、30、31、32或33的方法，其中所述固体支持物包括镍。49.如权利要求25、29、30、31、32或33的方法，其中所述固体支持物包括镍包被的载玻片。50.如权利要求34的方法，还包括确定一种探针的身份的步骤，在所述检测步骤中检测到了该探针与一种蛋白的相互作用。51.如权利要求50的方法，其中所述相互作用表明被鉴定的探针是抗细菌、抗真菌或抗病毒蛋白。52.一种标记用于结合实验中的蛋白的方法，包括以下步骤(a)将所述蛋白的不同的等份样品与生物素转运化合物在一定条件下接触一定的时间，产生在不同的等份样品中被生物素化到不同程度的所述蛋白；和(b)将不同的等份样品组合在一起，产生生物素化程度不同的蛋白的样品。53...

【专利技术属性】
技术研发人员：M斯奈德，H朱，P博通，SM比德林迈尔，M比尔金，AJ卡萨马约尔，M格尔斯泰因，R扬森，N蓝，
申请(专利权)人：耶鲁大学，
类型：发明
国别省市：US[美国]