【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
技术介绍
1、尽管近年来癌症治疗的进步提高了整体癌症的存活率，癌症仍然是排名全球死因第二名(1)。在美国，迄今仅建议针对结直肠癌、乳腺癌、宫颈癌、肺癌与前列腺癌对一般风险或无症状群体进行筛检(2)。由于缺乏符合成本效益的诊断工具，对盛行率较低的癌症进行群体筛检仍具有挑战性(3)。
2、循环肿瘤dna(circulating tumor dna，ctdna)通过肿瘤细胞释放到血管内，并携带着起源细胞的基因和表观遗传印记(4)。然而，癌症突变的多样性和这些突变在广大的基因组区域的盛行，使得开发以突变为基础的泛癌症诊断检测具有挑战性(5)。dna甲基化变化出现在癌症发生的早期(6，7)。然而，为开发生物标记物(8-10)，迄今的大部分研究皆调查个别癌症中血浆无细胞dna(cfdna)的甲基化模式，然而近期的研究却很少调查多种癌症(11，12)。胃肠道(gi)癌，包含结直肠癌(crc)、食道鳞状上皮细胞癌(escc)、食道腺癌(eac)、胃癌(gc)、肝癌(hcc)和胰管腺癌(pdac)是导致全球癌症相关死亡的第二大原因；然而，目前尚未有基于血液的针对胃肠道癌的早期检测和群体筛检的方法。由于除结直肠癌以外，其它胃肠道癌的盛行率低，以及缺少具成本效益的筛检工具(13)，导致大部分胃肠道癌在晚期才被发现，造成其高死亡率。
技术实现思路
1、本文提供诊断患者的癌症的方法，包括检测来自患者的dna样本中多个基因区域内的甲基化cpg位点水平，以及在dna样本中多个基因区域内的甲基化cp
2、本文提供治疗对其有需要的患者的癌症的方法，包括检测从患者获得的dna样本中多个基因区域内的甲基化cpg位点相较于标准对照的增加水平；以及治疗患者的癌症。在实施方案中，治疗患者的癌症包括给予患者有效量的抗癌剂。在实施方案中，治疗患者的癌症包括手术去除患者的癌症、给予患者有效量的放射线疗法、给予患者有效量的化学疗法、给予患者有效量的标靶治疗、给予患者有效量的免疫疗法，或其两者或更多者的组合。
3、本文提供监测癌症患者的治疗或监测患者罹癌风险的方法，包括在第一时间点检测来自患者dna样本中多个基因区域甲基化cpg位点的水平；在第二时间点检测来自患者dna样本多个基因区域甲基化cpg位点的水平，其中，第二时间点晚于第一时间点；比较第二时间点的甲基化cpg位点水平与第一时间点的甲基化cpg位点水平，从而监测治疗或监测风险。
4、本文提供检测具罹癌风险的个体的dna甲基化水平的方法，包括确定个体dna样本中多个基因区域内cpg位点的甲基化程度。
5、本文所述方法的实施方案中：(i)癌症是胃肠道癌并且多个基因区域包括表pgi中的至少50个不同的基因区域；(ii)癌症是结直肠癌并且多个基因区域包括表crc中的至少5个不同的基因区域；(iii)癌症是肝细胞癌并且多个基因区域包括表hcc中的至少5个不同的基因区域；(vi)癌症是食道鳞状上皮细胞癌并且多个基因区域包括表escc中的至少5个不同的基因区域；(v)癌症是胃癌并且多个基因区域包括表gc中的至少5个不同的基因区域；(vi)癌症是食道腺癌并且多个基因区域包括表eac中的至少5个不同的基因区域；(vii)癌症是胰管腺癌并且多个基因区域包括表pdac中的至少5个不同的基因区域；或者(viii)癌症是胃肠道癌，选自结直肠癌、肝癌、食道癌和胰腺癌，并且多个基因区域包括表mcc中的至少50个不同的基因区域。
6、本文提供自有罹患胃肠道癌风险的个体制备dna级分(fraction)的方法，所述方法包括从个体的生物体液中大体上无细胞的样本提取出dna以获取胞外dna；根据包括本文公开的任何一种方法和实施方案来确定有罹癌风险个体的dna甲基化水平。
7、本文详细描述了这些和其它实施方案。
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1.一种诊断患者的癌症的方法，所述方法包括：
2.一种治疗对其有需要的癌症患者的方法，所述方法包括：
3.一种在对其有其需要的患者中监测罹癌风险，或监测罹患癌症的患者的治疗的方法，所述方法包括：
4.一种检测处于罹癌风险的患者的DNA甲基化水平的方法，所述方法包括确定来自所述患者的DNA样本中多个基因区域内的CpG位点的甲基化程度；
5.根据权利要求1所述的方法，其中CpG位点相较于标准对照的增加的甲基化水平表示罹癌风险较高。
6.根据权利要求1所述的方法，其中：
7.根据权利要求6所述的方法，其中：
8.根据权利要求7所述的方法，其中：
9.根据权利要求1所述的方法，其中：(i)所述癌症是胃肠道癌。
10.根据权利要求9所述的方法，其中所述多个基因区域包括表PGI中的前50个基因区域。
11.根据权利要求9所述的方法，其中所述多个基因区域包括表PGI中的前150个基因区域。
12.根据权利要求1所述的方法，其中：(ii)所述癌症是结直肠癌。
...【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种诊断患者的癌症的方法，所述方法包括：
2.一种治疗对其有需要的癌症患者的方法，所述方法包括：
3.一种在对其有其需要的患者中监测罹癌风险，或监测罹患癌症的患者的治疗的方法，所述方法包括：
4.一种检测处于罹癌风险的患者的dna甲基化水平的方法，所述方法包括确定来自所述患者的dna样本中多个基因区域内的cpg位点的甲基化程度；
5.根据权利要求1所述的方法，其中cpg位点相较于标准对照的增加的甲基化水平表示罹癌风险较高。
6.根据权利要求1所述的方法，其中：
7.根据权利要求6所述的方法，其中：
8.根据权利要求7所述的方法，其中：
9.根据权利要求1所述的方法，其中：(i)所述癌症是胃肠道癌。
10.根据权利要求9所述的方法，其中所述多个基因区域包括表pgi中的前50个基因区域。
11.根据权利要求9所述的方法，其中所述多个基因区域包括表pgi中的前150个基因区域。
12.根据权利要求1所述的方法，其中：(ii)所述癌症是结直肠癌。
13.根据权利要求12所述的方法，其中所述多个基因区域包括表crc中的前10个基因区域。
14.根据权利要求12所述的方法，其中所述多个基因区域包括表crc中的前50个基因区域。
15.根据权利要求1所述的方法，其中：(iii)所述癌症是肝细胞癌。
16.根据权利要求15所述的方法，其中所述多个基因区域包括表hcc中的前10个基因区域。
17.根据权利要求15所述的方法，其中所述多个基因区域包括表hcc中的前50个基因区域。
18.根据权利要求1所述的方法，其中：(iv)所述癌症是食道鳞状上皮细胞癌。
19.根据权利要求18所述的方法，其中所述多个基因区域包括表escc中的前10个基因区域。
20.根据权利要求18所述的方法，其中所述多个基因区域包括表escc中的前50个基因区域。
21.根据权利要求1所述的方法，其中：(v)所述癌症是胃癌。
22.根据权利要求21所述的方法，其中所述多个基因区域包括表gc中的前10个基因区域。
23.根据权利要求21所述的方法，其中所述...
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