用于捕获靶核酸的组合物和方法技术

提供了用于核酸分离和纯化的捕获混合物和活化的捕获混合物。所述混合物包括月桂基硫酸锂、氢氧化锂、两性离子磺酸缓冲剂，以及任选地蛋白酶K、包括第一特异性结合配偶体(SBP)的捕获探针和固定于固体载体上的第二特异性结合配偶体。还提供了相关的组合、方法、用途和试剂盒。剂盒。

【技术实现步骤摘要】
用于捕获靶核酸的组合物和方法
[0001]本申请是申请日为2020年11月13日、申请号为202080079234.3、专利技术名称为“用于捕获靶核酸的组合物和方法”的专利技术专利申请的分案申请。
[0002]相关申请的交叉引用
[0003]本申请根据35U.S.C.
§
119(e)要求于2019年11月14日提交的美国临时申请号62/935,376的权益，该美国临时申请的公开内容通过援引以其整体并入本文。


[0004]本公开涉及分子生物学领域，更特别地，涉及用于通过使用捕获混合物从混合物(诸如样品)中分离核酸的方法和组合物，该捕获混合物包括与一种或多种靶核酸以及与固定于固体载体上的特异性结合配偶体杂化的探针群体、包括特异性结合配偶体的固体载体、月桂基硫酸锂、氢氧化锂以及两性离子磺酸缓冲剂，以允许与混合物的其他组分分离。
[0005]序列表
[0006]本申请与电子格式的序列表一同提交。序列表以创建于2020年10月27日的标题为“2020
‑
10
‑
27_01159
‑
0041
‑
00PCT_SEQ_LIST_ST25.txt”的文件的形式提供，大小为12,288字节。序列表的电子格式的信息通过援引以其整体并入本文。

技术实现思路

[0007]许多分子生物学程序，诸如核酸的体外扩增和体外杂交，包括从其他样品组分中分离(例如，捕获)核酸以促进后续步骤。核酸分离的方法可以分离样品中存在的所有核酸，基于物理特征分离不同类型的核酸或从样品中分离特定核酸。许多方法涉及复杂的程序、使用苛刻的化学品或条件，或者需要很长时间才能完成该核酸分离。一些方法涉及使用专门的寡核苷酸，每个寡核苷酸对预期的靶核酸都具有特异性，这增加了方法的设计、优化和性能的复杂性，特别是如果期望分离多于一种靶核酸或期望的靶核酸的序列未知时。一些方法不需要特定的靶序列就可以分离靶核酸，但是不能高效地分离所有序列。因此，对于将感兴趣的核酸与其他样品组分分离，仍然需要具有改进的简单性、捕获效率和速度的捕获混合物。本公开旨在满足这些需求，和/或提供其他益处，或至少向公众提供有用的选择。
[0008]因此，以下实施方式在本公开提供的实施方式中。
[0009]实施方式1是一种用于从样品中分离靶核酸的捕获混合物，所述捕获混合物包括：
[0010](a)月桂基硫酸锂；
[0011](b)氢氧化锂；以及
[0012](c)两性离子磺酸缓冲剂；
[0013]其中：
[0014](i)所述月桂基硫酸锂以相对于所述混合物中的总固体的按重量计约5％
‑
35％的浓度或约35
‑
120g/L的浓度存在；和/或
[0015](ii)所述氢氧化锂以相对于所述混合物中的总固体的按重量计约6％
‑
15％的浓度或约14
‑
50g/L的浓度存在；和/或
[0016](iii)所述捕获混合物包括C2‑6二羧酸；和/或
[0017](iv)所述捕获混合物包括蛋白酶K；和/或
[0018](v)所述捕获混合物包括(1)第一捕获探针群体，所述第一捕获探针群体包括第一区域和第二区域，所述第一区域的长度为至少约12个残基并且包括至少一个聚(k)序列，所述聚(k)序列包括包含G和U/T核苷酸的随机序列，或非随机重复(G和U/T)序列，或其组合；所述第二区域包括第一特异性结合配偶体(SBP)，其中所述SBP能够特异性结合第二特异性结合配偶体(SBP2)；和(2)第二捕获探针群体，所述第二捕获探针群体包括第一区域和第二区域，所述第一区域的长度为至少约12个残基并包括聚(r)序列，所述聚(r)序列包括包含G和A核苷酸的随机序列、非随机重复(A和G)序列，或其组合；所述第二区域包括第三特异性结合配偶体(SBP3)，其中所述SBP3能够特异性结合所述SBP2；和/或
[0019](vi)(1)所述第一捕获探针群体；
[0020](vii)(2)任选地，所述第二捕获探针群体；以及
[0021](viii)(3)包括固定于其上的所述SBP2的固体载体；
[0022]其中所述捕获探针的总浓度为约1
‑
10mg/L，和/或固体载体是珠粒，并且所述珠粒以相对于所述混合物中的总固体的按重量计约0.15％
‑
1％或约300
‑
2200mg/L的浓度存在；和/或
[0023](ix)所述捕获混合物不包括磷酸盐缓冲液诸如NaH2PO4/Na2HPO4缓冲液，螯合剂诸如EDTA或EGTA，或LiCl中的一种或多种。
[0024]实施方式2是根据实施方式1所述的捕获混合物，其中，所述捕获混合物包括水。
[0025]实施方式3是根据实施方式1或实施方式2所述的捕获混合物，其中所述月桂基硫酸锂以相对于所述混合物中的总固体的按重量计约5％
‑
35％的浓度或约20
‑
120g/L的浓度存在。
[0026]实施方式4是根据实施方式1或实施方式2所述的捕获混合物，其中所述月桂基硫酸锂以相对于所述混合物中的总固体的按重量计约8％
‑
15％，或约9％
‑
12％，或约11％的浓度或约20
‑
45g/L，或约25
‑
40g/L，或约25
‑
35g/L，或约30g/L，或约39g/L的浓度存在。
[0027]实施方式5是根据实施方式3所述的捕获混合物，其中所述月桂基硫酸锂以相对于所述混合物中的总固体的按重量计约5％
‑
35％的浓度或约35
‑
120g/L的浓度存在。
[0028]实施方式6是根据实施方式5所述的捕获混合物，其中所述月桂基硫酸锂以相对于所述混合物中的总固体的按重量计9％
‑
30％，或约9％
‑
14％，或约10％
‑
13％，或约25％
‑
30％，或约11％的浓度或约35
‑
40g/L，或约100g/L的浓度存在。
[0029]实施方式7是根据实施方式1至4中的任一项所述的捕获混合物，其中所述氢氧化锂以相对于所述混合物中的总固体的按重量计约6％
‑
15％的浓度或约14
‑
40g/L的浓度存在。
[0030]实施方式8是根据实施方式7所述的捕获混合物，其中所述氢氧化锂以相对于所述混合物中的总固体的按重量计约8％
‑
13％，或约10％
‑
12.5％，或约10％
‑
11％，或约10.4％的浓度或约17
‑
40g/L，或约18
‑
20g/L，或约27
‑
30g/L，或约37g/L，或本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于从样品中分离靶核酸的捕获混合物，所述捕获混合物包括：(a)月桂基硫酸锂；(b)氢氧化锂；以及(c)两性离子磺酸缓冲剂；其中：(i)所述月桂基硫酸锂以相对于所述混合物中的总固体的按重量计约5％
‑
35％的浓度或约35
‑
120g/L的浓度存在；和/或(ii)所述氢氧化锂以相对于所述混合物中的总固体的按重量计约6％
‑
15％的浓度或约14
‑
50g/L的浓度存在；和/或(iii)所述捕获混合物包括C2‑6二羧酸；和/或(iv)所述捕获混合物包括蛋白酶K；和/或(v)所述捕获混合物包括(1)第一捕获探针群体，所述第一捕获探针群体包括第一区域和第二区域，所述第一区域的长度为至少约12个残基并且包括至少一个聚(k)序列，所述聚(k)序列包括包含G和U/T核苷酸的随机序列，或非随机重复(G和U/T)序列，或其组合；所述第二区域包括第一特异性结合配偶体(SBP)，其中所述SBP能够特异性结合第二特异性结合配偶体(SBP2)；和(2)第二捕获探针群体，所述第二捕获探针群体包括第一区域和第二区域，所述第一区域的长度为至少约12个残基并包括聚(r)序列，所述聚(r)序列包括包含G和A核苷酸的随机序列、非随机重复(A和G)序列，或其组合；所述第二区域包括第三特异性结合配偶体(SBP3)，其中所述SBP3能够特异性结合所述SBP2；和/或(vi)(1)所述第一捕获探针群体；(2)任选地，所述第二捕获探针群体；以及(3)包括固定于其上的所述SBP2的固体载体；其中所述捕获探针的总浓度为约1
‑
10mg/L，和/或固体载体是珠粒，并且所述珠粒以相对于所述混合物中的总固体的按重量计约0.15％
‑
1％或约300
‑
2800mg/L的浓度存在；和/或(vii)所述捕获混合物不包括磷酸盐缓冲液诸如NaH2PO4/Na2HPO4缓冲液，螯合剂诸如EDTA或EGTA，或LiCl中的一种或多种。2.根据权利要求1所述的捕获混合物，其中，所述捕获混合物包括水。3.根据前述权利要求中任一项所述的捕获混合物，其中，所述两性离子磺酸缓冲剂是4
‑
(2
‑
羟乙基)
‑1‑
哌嗪乙磺酸(HEPES)，其以相对于所述混合物中的总固体的约50％
‑
85％，或约52.5％
‑
...

【专利技术属性】
技术研发人员：M，
申请(专利权)人：简，
类型：发明
国别省市：