核酸的序列特异性靶向转座和选择以及分选制造技术

本文描述了可用于介导核酸的序列特异性靶向转座的多种不同类型的靶向转座体复合物。本文还描述了一种表征包含期望样品和不需要的样品两者的样品混合池中的期望样品的方法，该方法包括：从双链核酸产生测序数据，首先对包含来自混合池的多个核酸样品的文库进行测序，其中每个核酸文库包含来自单个样品的核酸和独特样品条形码以将来自该单个样品的核酸与来自该文库中其他样品的核酸区分开；分析该测序数据并鉴定与来自期望样品的测序数据相关联的独特样品条形码；对该文库进行选择步骤，包括从期望样品富集核酸样品以及/或者从不需要的样品耗尽核酸样品；以及对该核酸文库进行重新测序。进行重新测序。进行重新测序。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】核酸的序列特异性靶向转座和选择以及分选
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求2020年8月18日各自提交的美国临时申请63/066,905和63/066,906；2021年3月18日提交的US 63/162,775；2021年3月19日提交的US 63/163,381；2021年3月31日提交的US 63/168,753；以及2021年8月2日提交的US 63/228,344的优先权的权益，这些临时申请中的每一篇以引用方式全文并入本文以用于任何目的。
[0003]序列表
[0004]本申请与电子格式的序列表一起提交。序列表以创建于2021年7月28日的名称为“2021
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07
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0020
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00PCT_Seq_List_ST25”的文件提供，该文件大小为4,096字节。序列表的电子格式的信息以引用方式全文并入本文。
[0005]说明


[0006]本公开涉及核酸的序列特异性靶向转座。靶向转座体复合物可用于介导序列特本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种靶向转座体复合物，包含：a.转座酶；b.第一转座子，包含：i.3'转座子末端序列，ii.5'衔接子序列，以及c.与指导RNA缔合的无催化活性的内切核酸酶，其中所述指导RNA能够指导内切核酸酶结合到一个或多个感兴趣的核酸序列；以及d.第二转座子，包含所述转座子末端序列的互补序列。2.根据权利要求1所述的靶向转座体复合物，其中所述无催化活性的内切核酸酶来自蓝细菌贺氏伪枝藻属(ShCAST)，任选地其中：a.所述gRNA和所述转座酶中的至少一者是生物素化的，并且其中生物素化的所述gRNA和所述转座酶中的至少一者能够与链霉抗生物素蛋白包被的小珠偶联；b.ShCAST包含Cas12K；c.所述转座酶包含Tn5或Tn7样转座酶；并且/或者d.所述第一转座子包含P5衔接子和P7衔接子中的至少一者。3.一种靶向转座体复合物，包含：a.转座酶，b.第一转座子，包含i.3'转座子末端序列；ii.5'衔接子序列；以及c.锌指DNA结合结构域，其中所述锌指DNA结合结构域能够结合到一个或多个感兴趣的核酸序列；以及d.第二转座子，包含所述转座子末端序列的互补序列。4.根据权利要求3所述的靶向转座体复合物，其中所述锌指DNA结合结构域包含在锌指核酸酶中，任选地其中所述锌指核酸酶是无催化活性的。5.根据权利要求3或4所述的靶向转座体复合物，其中所述一个或多个感兴趣的核酸序列包含在与组蛋白缔合的DNA中，任选地其中所述与组蛋白缔合的DNA是无细胞DNA。6.一种靶向生成靶核酸的带5'标签的片段的方法，包括：a.将包含双链核酸的样品和作为靶向转座体复合物的根据权利要求1至5中任一项所述的转座体复合物混合；以及b.通过将所述第一转座子的3'端接合到所述片段的5'端以产生多个带5'标签的片段，通过所述转座酶将所述核酸片段化成多个片段。7.一种生成带标签的核酸片段的文库的方法，包括：a.将包含双链核酸的样品、作为靶向转座体复合物的根据权利要求1至5中任一项所述的第一转座体复合物和第二转座体复合物混合，所述第二转座体复合物包含i.转座酶；ii.第一转座子，包含3'转座子末端序列和5'衔接子序列；以及iii.第二转座子，包含5'转座子末端序列，其中所述5'转座子末端序列与所述3'转座子末端序列互补；以及
b.通过将每个第一转座子的3'端接合到所述靶片段的5'端以产生由所述第一转座体复合物生成的多个第一带5'标签的靶片段和由所述第二转座体复合物生成的多个第二带5'标签的靶片段，通过所述转座酶将所述核酸片段化成多个片段。8.一种生成带标签的核酸片段的文库的方法，包括：a.将包含双链核酸的样品、作为靶向转座体复合物的根据权利要求1至5中任一项所述的第一转座体复合物和作为靶向转座体复合物的根据权利要求1至5中任一项所述的第二转座体复合物混合；以及b.通过将每个第一转座子的3'端接合到所述靶片段的5'端以产生由所述第一转座体复合物生成的多个第一带5'标签的靶片段和由所述第二转座体复合物生成的多个第二带5'标签的靶片段，通过所述转座酶将所述核酸片段化成多个片段。9.根据权利要求6至8中任一项所述的方法，其中将包含双链核酸的样品与一种或多种靶向的转座体复合物混合包括：a.将所述样品与锌指DNA结合结构域或无催化活性的内切核酸酶混合，其中所述锌指DNA结合结构域或无催化活性的内切核酸酶结合到第一结合配偶体，以及b.添加所述转座酶以及第一转座子和第二转座子，其中所述转座酶结合到第二结合配偶体，其中所述转座酶能够通过所述第一结合配偶体和第二结合配偶体的配对结合到所述锌指DNA结合结构域或无催化活性的内切核酸酶。10.一种靶向转座体复合物，包含：a.转座酶，b.第一转座子，包含i.3'转座子末端序列；ii.5'衔接子序列；以及iii.用重组酶包被的靶向寡核苷酸，其中所述靶向寡核苷酸能够结合到一个或多个感兴趣的核酸序列；以及c.第二转座子，包含5'转座子末端序列，其中所述5'转座子末端序列与所述3'转座子末端序列互补。11.根据权利要求10所述的转座体复合物，其中所述靶向寡核苷酸的序列与所述一个或多个感兴趣的核酸序列完全或部分互补并且/或者其中所述重组酶是UVSX、Rec233或RecA。12.一种试剂盒或组合物，包含作为靶向转座体复合物的根据权利要求10或权利要求11所述的第一转座体复合物和第二转座体复合物，所述第二转座体复合物包含：i.转座酶；ii.第一转座子，包含3'转座子末端序列和5'衔接子序列；以及iii.第二转座子，包含5'转座子末端序列，其中所述5'转座子末端序列与所述3'转座子末端序列互补。13.一种靶向生成靶核酸的带5'标签的片段的方法，包括：a.将包含双链核酸的样品和作为靶向转座体复合物的根据权利要求10或11所述的转座体复合物混合；b.通过所述重组酶启动所述核酸的链侵入；以及
c.通过将所述第一转座子的3'端接合到所述片段的5'端以产生多个带5'标签的片段，通过所述转座酶将所述核酸片段化成多个片段。14.一种生成带标签的核酸片段的文库的方法，包括：a.将包含双链核酸的样品、作为靶向转座体复合物的根据权利要求10或11所述的第一转座体复合物和第二转座体复合物混合，所述第二转座体复合物包含i.转座酶；ii.第一转座子，包含3'转座子末端序列和5'衔接子序列；以及iii.第二转座子，包含5'转座子末端序列，其中所述5'转座子末端序列与所述3'转座子末端序列互补；b.通过所述重组酶启动所述核酸的链侵入；以及c.通过将每个第一转座子的3'端接合到所述靶片段的5'端以产生由所述第一转座体复合物生成的多个第一带5'标签的靶片段和由所述第二转座体复合物生成的多个第二带5'标签的靶片段，通过所述转座酶将所述核酸片段化成多个片段。15.一种生成带标签的核酸片段的文库的方法，包括：a.将包含双链核酸的样品、作为靶向转座体复合物的根据权利要求10或11所述的第一转座体复合物和作为靶向转座体复合物的根据权利要求...

【专利技术属性】
技术研发人员：弗兰克，
申请(专利权)人：ILLUMINA剑桥有限公司，
类型：发明
国别省市：