本发明专利技术涉及微生物鉴定技术领域，尤其涉及一种嗜热链球菌CICC 6038菌株的鉴定方法及其引物、试剂盒和应用。本发明专利技术提出如SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列在用于鉴定嗜热链球菌CICC 6038菌株中的应用。本发明专利技术提出嗜热链球菌CICC 6038菌株的鉴定方法，提取待测菌株的基因组DNA，针对SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列设计引物，对基因组DNA进行扩增，通过对比实际扩增产物与目的扩增产物的长度，以及多态性位点碱基的情况判定嗜热链球菌CICC 6038菌株。本发明专利技术利用链球菌属的特有保守基因序列，提出了一种简单、快速的嗜热链球菌CICC 6038菌株鉴定方法。法。
【技术实现步骤摘要】
嗜热链球菌CICC 6038菌株的鉴定方法及其引物、试剂盒和应用
[0001]本专利技术涉及微生物鉴定
，尤其涉及一种嗜热链球菌CICC 6038菌株的鉴定方法及其引物、试剂盒和应用。
技术介绍
[0002]嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)细胞形态多为球形或者卵球形，成对或链状，无芽孢、无鞭毛、无运动性，单体直径通常在1μm以下，为革兰氏阳性菌。嗜热链球菌是最常用的天然发酵乳酸菌菌种之一，能够加速原料乳酸化，促进牛奶蛋白凝乳，具有抗氧化活性、调节肠道菌群、抑制病原微生物等益生特性，改善发酵乳制品的质地及风味从而提升其应用价值。
[0003]研究表明，与其他链球菌菌种相比，嗜热链球菌不具有致病性而具备良好的发酵特性。嗜热链球菌产酸、糖代谢、蛋白水解、产活性物质、后酸化等代谢特征在其菌株水平具有特异性，直接影响发酵乳制品的成本和质地。嗜热链球菌CICC 6038遗传性状稳定，乳酸代谢能力强，后酸化较弱，是一株极具开发潜力的优质发酵剂菌株。因此，快速、精准的“株”水平鉴定方法是嗜热链球菌CICC 6038菌株研究开发和商业化应用的重要技术保障，对其工业化生产具有重要的意义。
[0004]NCBI GenBank数据库中已收录超过200株嗜热链球菌的基因组数据。然而，大多数常用的微生物测序手段只能将微生物鉴定到种(species)水平，但嗜热链球菌不同分离株之间存在潜在的功能差异。因此，需要针对性地开发每一株目标菌株的专属性鉴定方法，实现其“株”水平的快速且精准的鉴定。
技术实现思路
[0005]为了解决上述技术问题，本专利技术提供了一种简单、快速鉴定嗜热链球菌CICC 6038菌株的方法及其引物、试剂盒和应用。
[0006]本专利技术提出如SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列在鉴定嗜热链球菌CICC 6038菌株中的应用。
[0007]可选的，SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列上的第208位、第537位的碱基为多态性位点。
[0008]本专利技术提出了一种嗜热链球菌CICC 6038菌株的鉴定方法，至少包括以下步骤：
[0009]S1、提取待测菌株的基因组DNA；
[0010]S2、针对SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列设计引物，引物的目的扩增产物覆盖至少一个SEQ ID NO:1的多态性位点；
[0011]S3、利用引物对基因组DNA进行扩增，获得实际扩增产物；
[0012]S4、如实际扩增产物与目的扩增产物的长度不一致，则待测菌株鉴定为非嗜热链球菌CICC 6038；
[0013]S5、如实际扩增产物与目的扩增产物的长度一致，对实际扩增产物进行测序，并与SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列进行对比：
[0014]如实际扩增产物多态性位点的碱基与SEQ ID NO:1相同，待测菌株鉴定为嗜热链球菌CICC 6038；
[0015]如实际扩增产物多态性位点的碱基与SEQ ID NO:1不同，待测菌株鉴定为非嗜热链球菌CICC 6038。
[0016]可选的，嗜热链球菌CICC 6038菌株的鉴定方法至少包括以下步骤：
[0017]S1、提取待测菌株的基因组DNA；
[0018]S2、针对SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列设计引物，引物的目的扩增产物至少覆盖SEQ ID NO:1的第208位～第537位的碱基；所述目的扩增产物的长度为330bp～762bp；
[0019]S3、利用引物对基因组DNA进行扩增，获得实际扩增产物；
[0020]S4、如实际扩增产物与目的扩增产物的长度不一致，则待测菌株鉴定为非嗜热链球菌CICC 6038；
[0021]S5、如实际扩增产物与目的扩增产物的长度一致，对实际扩增产物进行测序，并与SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列进行对比：
[0022]如实际扩增产物在SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列的对应位置上第208位的碱基为T且第537位的碱基为C，待测菌株鉴定为嗜热链球菌CICC 6038；
[0023]如实际扩增产物在SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列的对应位置上第208位的碱基不为T或第537位的碱基不为C，待测菌株鉴定为非嗜热链球菌CICC 6038。
[0024]可选的，在S2中，目的扩增产物的长度为400bp～600bp。
[0025]可选的，在S2中，引物的目的扩增产物至少覆盖SEQ ID NO:1的第119位～第625位的碱基。
[0026]可选的，引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示。
[0027]本专利技术提出一种于鉴定嗜热链球菌CICC 6038菌株的试剂盒，应用SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列进行菌株鉴定，包括采用PCR技术和基因测序技术检测SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列上的多态性位点。
[0028]可选的，试剂盒内包括核酸扩增试剂，核酸扩增试剂内至少含有如SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列的引物对。
[0029]本专利技术提出一种用于鉴定嗜热链球菌CICC 6038菌株的引物，其核苷酸序列如SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示。
[0030]本专利技术实施例提供的技术方案与现有技术相比具有如下优点：
[0031]本专利技术利用了链球菌属的特有保守基因序列，提出了一种简单、快速鉴定嗜热链球菌CICC 6038菌株的方法。
[0032]在优选的技术方案中，本专利技术的引物在链球菌属上特异性良好且在“株”水平上可以精准、快速鉴定CICC 6038菌株。
附图说明
[0033]图1是保守基因6038GL000641与其44个NCBI库中近缘序列构建的进化发育树；
[0034]图2是3对引物的特异性扩增验证电泳图；1为CICC 6038，2为CICC 6222，3为
CICC10135R，4为CICC 10387，5为CICC 10465，6为CICC 25094，7为CICC 25139；
[0035]图3是SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示引物对的特异性扩增验证电泳图；1为CICC6038
‑
1，2为CICC 6038
‑
2，3为CICC 6038
‑
3，4为CICC 6058，5为CICC 6063，6为CICC6222，7为CICC 10135R，8为CICC 10138R，9为CICC 10141R，10为CICC 10387，11为CICC 10465，12为CICC 25139，13为CICC 25094，14为CICC 6246，15为CICC 24337，16为CICC 6081，17为CICC 6117，18为CICC 6132，19为空白；
[0036]图4是SEQ ID NO:1所示序列与嗜热链球菌26条同源本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.如SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列在鉴定嗜热链球菌CICC 6038菌株中的应用。2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列上的第208位、第537位的碱基为多态性位点。3.一种嗜热链球菌CICC 6038菌株的鉴定方法，其特征在于，至少包括以下步骤：S1、提取待测菌株的基因组DNA；S2、针对SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列设计引物，所述引物的目的扩增产物覆盖至少一个SEQ ID NO:1的多态性位点；S3、利用所述引物对所述基因组DNA进行扩增，获得实际扩增产物；S4、如所述实际扩增产物与所述目的扩增产物的长度不一致，则所述待测菌株鉴定为非嗜热链球菌CICC 6038；S5、如所述实际扩增产物与所述目的扩增产物的长度一致，对所述实际扩增产物进行测序，并与SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列进行对比：如所述实际扩增产物多态性位点的碱基与SEQ ID NO:1相同，所述待测菌株鉴定为嗜热链球菌CICC 6038；如所述实际扩增产物多态性位点的碱基与SEQ ID NO:1不同，所述待测菌株鉴定为非嗜热链球菌CICC 6038。4.根据权利要求3所述的鉴定方法，其特征在于，至少包括以下步骤：S1、提取待测菌株的基因组DNA；S2、针对SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列设计引物，在使用一对引物的情况下，所述引物的目的扩增产物至少覆盖所述SEQ ID NO:1的第208位～第537位的碱基；所述目的扩增产物的长度为330bp～762bp；S3、利用所述引物对所述基因组DNA进行扩增，获得实际扩增产物；S4、如所述实际扩增产物与所述目的扩增产物的长度不一...
【专利技术属性】
技术研发人员：姚粟，宋智泉，葛媛媛，于学健，程坤，陈亚伟，刘蕊，郭立峥，刘波，刘冲，赵晓鑫，
申请(专利权)人：中国食品发酵工业研究院有限公司，
类型：发明
国别省市：
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