辣椒中与控制果实维生素C含量紧密连锁的SNP及其CAPS特异性引物、鉴定方法技术

本申请涉及分子检测领域，具体涉及辣椒中与控制果实维生素C含量紧密连锁的SNP及其CAPS特异性引物、鉴定方法。本申请利用辣椒重测序SNP数据进行全基因组关联分析，在1号染色体关联到控制辣椒果实维生素C含量的位点，此位点基因型与维生素C含量高低有较好的对应关系。根据SNP变异位点设计CAPS引物加以利用。本申请利用大的自然群体进行全基因组关联分析，得到的显著关联SNP位点具有广泛的应用价值，此标记的开发利用可在辣椒苗期鉴定出高维生素C含量的品系，具有高效的鉴定效果。具有高效的鉴定效果。具有高效的鉴定效果。

【技术实现步骤摘要】
辣椒中与控制果实维生素C含量紧密连锁的SNP及其CAPS特异性引物、鉴定方法


[0001]本申请涉及分子检测领域，具体涉及辣椒中与控制果实维生素C含量紧密连锁的SNP及其CAPS特异性引物、鉴定方法。

技术介绍

[0002]辣椒果实含有丰富的营养成分，其中维生素C(Vitamin C)含量在蔬菜中名列前茅。近年，随着测序技术的快速发展，分子育种技术快速进步。基于重测序数据的第三代标记系统如单核苷酸多态性(SNPs)和插入/缺失多态性(InDels)在辣椒中大量发现，用于遗传定位、多样性分析及标记辅助选择(MAS)。
[0003]不同辣椒品种间果实维生素C含量差异显著。辣椒维生素C合成途径比较复杂，至今还未完全解析。研究人员通过比较分析辣椒全基因组测序数据发现辣椒中存在三条维生素C合成途径，包括主要途径L
‑
半乳糖途径(L
‑
Galactose pathway)和肌醇途径(myo
‑
inositol pathway)、糖醛酸途径(L
‑
Galactose pathway)两条旁路途径。遗传分析表明，辣椒果实中的维生素C含量受加性
‑
显性
‑
上位性多基因控制，以加性效应为主，一般配合力与特殊配合力方差比值较大。目前，辣椒果实维生素C含量相关数量基因的定位研究很少。作为辣椒品质育种中的重点关注性状，亟需继续开发实用的与辣椒果实维生素C含量性状紧密连锁的分子标记。

技术实现思路

[0004]本专利技术的目的是提供辣椒中与控制果实维生素C含量紧密连锁的SNP。
[0005]本专利技术的另一目的是提供辣椒中与控制果实维生素C含量紧密连锁的SNP的CAPS特异性引物。
[0006]本专利技术的再一目的是提供鉴定高果实维生素C含量的辣椒品种的方法。
[0007]根据本申请的辣椒中与控制果实维生素C含量紧密连锁的SNP，所述SNP位于1号染色体的第32482037bp处，此处基因组碱基为A，变异碱基为G。
[0008]根据本申请的辣椒中与控制果实维生素C含量紧密连锁的SNP的CAPS特异性引物对，包括以下引物：
[0009]前引物：F:5
’
AGGCCCTACAATGTTGAGGT3
’
，
[0010]后引物：R:5
’
GCAAAGCATGTACCCTAAACTAG3
’
。
[0011]根据本申请的鉴定高果实维生素C含量的辣椒品种的方法，所述方法包括使用上述控制果实维生素C含量紧密连锁的SNP的CAPS特异性引物扩增待测样品的步骤。
[0012]根据本申请的鉴定高果实维生素C含量的辣椒品种的方法，其中，对PCR扩增引物进行VspI酶切，当SNP位点为变异碱基G时，PCR产物中有1个VspI酶切位点，琼脂糖凝胶电泳有两条亮带(194bp、117bp)；当SNP位点为参考基因组碱基A时，PCR产物中有两个VspI酶切位点，短带117bp被酶切为70bp和47bp的短带，短带在琼脂糖电泳凝胶上不明显，仅有明显
的194bp亮带。
[0013]据本申请的鉴定高果实维生素C含量的辣椒品种的方法，其中，当SNP位点碱基为A时，利用广泛靶向代谢组方法测定的辣椒果实的维生素C含量的离子流强度每秒计数值(count per second，cps)大于9.0E+6；当SNP位点碱基为C时，辣椒果实的维生素C含量小于9.0E+6cps。
[0014]本申请利用辣椒重测序SNP数据进行全基因组关联分析(GWAS，Genome Wide Associated Study)，在1号染色体关联到控制辣椒果实维生素C含量的位点，统计287份辣椒材料的维生素C含量与在Chr01：32482037处的碱基类型，此位点基因型与维生素C含量高低有较好的对应关系。根据SNP变异位点设计CAPS引物加以利用。本申请利用大的自然群体进行全基因组关联分析，得到的显著关联SNP位点具有广泛的应用价值，此标记的开发利用可在辣椒苗期鉴定出高维生素C含量的品系，具有高效的鉴定效果。
附图说明
[0015]图1为辣椒果实维生素C含量全基因组关联分析曼哈顿图；
[0016]图2为PCR产物及酶切PCR产物后琼脂糖凝胶电泳图，M，50bp marker I；P1
‑
P10，PCR产物，条带为311bp；E1
‑
E10，PCR产物酶切后。
具体实施方式
[0017]实施例1
[0018]对311份一年生辣椒(Capsicum annuum L.)重测序，测序平台为Illumina Solexa，采用Trimmomatic v0.33处理原始数据，去除接头、poly
‑
N和低质量片段，得到clean data，利用BWA0.75将clean data比对到Zunla
‑
1基因组数据，设置参数为aln
‑
o 1
‑
e10
‑
t 4
‑
l 32
‑
i 15
‑
q 10；利用Samtools 0.1.19，采用Bayesian算法，设置参数
‑
q 1
‑
C 50
‑
S
‑
D
‑
m 2
‑
F 0.002
‑
u，运行命令mpileup，查找SNP，过滤SNP，设置最小基因等位频率大于0.01，缺失率小于0.1。
[0019]将上述311份一年生辣椒(Capsicum annuum L.)果实去除种子和果柄，冷冻抽干后粉碎成粉末，采用广泛靶向代谢组方法测定代谢组，其中包括维生素C的含量。对上述过滤得到的SNP与维生素C含量数据进行全基因组关联分析，全基因组关联分析采用Gemma中的线型混合模型，如图1所示，在1号染色体有显著相关信号，其中第32482037bp处的p value为3.81e
‑
11，参考基因组碱基为A，变异碱基为G。
[0020]对Chr01：32482037的SNP位点设计CAPS引物，前引物为F:5
’
AGGCCCTACAATGTTGAGGT3
’
，后引物为R:5
’
GCAAAGCATGTACCCTAAACTAG3
’
。
[0021]上述引物的PCR扩增产物311bp，对PCR产物进行VspI酶切，当SNP位点为变异碱基G时，PCR产物中有1个VspI酶切位点，琼脂糖凝胶电泳有明显的两条亮带(194bp、117bp)；当SNP位点为参考基因组碱基A时，PCR产物中有两个VspI酶切位点，短带117bp被酶切为70bp和47bp的短带，短带在琼脂糖电泳凝胶上不明显，仅有明显的194bp亮带(本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.辣椒中与控制果实维生素C含量紧密连锁的SNP，其特征在于，所述SNP位于辣椒的1号染色体的第32482037bp处，此处基因组碱基为A，变异碱基为G。2.权利要求1所述的辣椒中与控制果实维生素C含量紧密连锁的SNP的CAPS特异性引物对，其特征在于，所述引物对包括以下引物：前引物：F:5
’
AGGCCCTACAATGTTGAGGT3
’
，后引物：R:5
’
GCAAAGCATGTACCCTAAACTAG3
’
。3.一种鉴定高果实维生素C含量的辣椒品种的方法，其特征在于，所述方法包括使用控制果实维生素C含量紧密连锁的SNP的CAPS特异性引物扩增待测样品的步骤，其中，所述引物对包括以下引物：前引物：F:5
’
AGGCCCTACAATGTTGAGGT3
’
，后引物：R:5
’
...

【专利技术属性】
技术研发人员：王立浩，曹亚从，程锋，张亢，张令奎，张宏霞，张正海，于海龙，陈姝敏，冯锡刚，吴华茂，
申请(专利权)人：中国农业科学院蔬菜花卉研究所，
类型：发明
国别省市：