西瓜白粉病生理小种1W抗性基因的SNP位点、CAPS分子标记及应用制造技术

本发明专利技术提供了西瓜白粉病生理小种1W抗性基因的SNP位点、CAPS分子标记及其应用，涉及分子育种技术领域，该SNP位点、CAPS分子标记与西瓜的白粉病生理小种1W抗性基因紧密连锁，与表型吻合度高、鉴定准确率高，可用于抗白粉病生理小种1W的西瓜品种快速筛选和育种中。理小种1W的西瓜品种快速筛选和育种中。

【技术实现步骤摘要】
西瓜白粉病生理小种1W抗性基因的SNP位点、CAPS分子标记及应用


[0001]本专利技术涉及分子育种
，尤其涉及一种西瓜白粉病生理小种1W抗性基因的SNP位点、CAPS分子标记及其应用、抗白粉病生理小种1W西瓜品种的鉴定方法及鉴定试剂盒。

技术介绍

[0002]白粉病是西瓜生产中一种常见的真菌性病害，发病严重时显著降低西瓜的品质和产量。目前生产中西瓜抗白粉病品种较少，难以支撑生产应用。目前生产中多采用药剂防治，长期使用不仅会增加经济成本，还会有抗药性、环境污染等隐患。
[0003]抗性品种的选育是解决这一问题的有效手段，传统育种技术周期长，耗费人力物力。利用分子标记可大大加快育种进程，但目前对于西瓜白粉病抗性分子标记研究较少。白粉病菌生理小种多，抗性来源较为复杂，不同生理小种的抗性遗传亦表现出不一致性。仅单囊壳白粉菌(Podosphaera xanthii)已发现11个生理小种，包括0、1W、2W U.S、2W France、3、4、5、N1、N2、N3和N4，其中我国白粉病生理小种类型主要为1W和2W France(刘阳,谢露露,张思远,等.西瓜主要病害抗病育种研究进展[J].中国蔬菜,2022(3):12)。针对白粉病菌生理小种1W的分子标记，研究较少，仅KIM K H等开发了2个CAPS标记(KIM K H,HWANG J H,HAN D Y,et al.Major quantitative trait loci and putative candidate genes for powdery mildew resistance and fruit
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related traits revealed by an intraspecific genetic map for watermelon(Citrullus lanatus var.lanatus)[J].PLoS One,2015,10(12):e0145665
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e0145665)，但专利技术人在实际研究中验证发现该标记在本试验材料中适用性较差，基因型与表型吻合度较低，难以用于生产。可见，本领域缺乏一种用于西瓜白粉病生理小种1W的快速鉴定分子标记。

技术实现思路

[0004]为了解决上述问题，本专利技术提供了一种西瓜白粉病生理小种1W抗性基因的SNP位点、CAPS分子标记及其应用，该CAPS分子标记与西瓜的白粉病生理小种1W抗性基因紧密连锁，与表型吻合度高、鉴定准确率高，可用于抗白粉病生理小种1W的西瓜品种快速筛选和育种中。
[0005]为了实现上述目的，本专利技术的第一方面提供了一种西瓜白粉病生理小种1W抗性基因的SNP位点，该SNP位点位于西瓜2号染色体第29538433位碱基，碱基多态性为A/T。抗白粉病生理小种1W西瓜品种的SNP位点为“T”，非抗性西瓜品种的SNP位点位点为“A”。
[0006]本专利技术的第二方面提供了一种西瓜白粉病生理小种1W抗性基因的CAPS分子标记，所述CAPS分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1或SEQ ID NO.2所示，CAPS分子标记核苷酸序列的第100位为权利要求1所述的SNP位点。
[0007]SEQ ID NO.1为白粉病生理小种1W抗性基因片段，其第100位序列为“T”：
[0008]GAGTGTGACATCCTTGGTGATGAATTTATGCCATTTTCATCTTCTTCTGGGGAAGAATTGATGGAACCATTGTTCTCAGCTTGACTGTATAGACTTGAATTCAAGTCATTGATAGATACACTAGAACCAAGATTCTTGTTATTATGTCCTTCATGGGTGACAGATATAAAGGTAGAAGC
[0009]SEQ ID NO.2为白粉病生理小种1W非抗性基因片段，其第100位序列为“T”：
[0010]GAGTGTGACATCCTTGGTGATGAATTTATGCCATTTTCATCTTCTTCTGGGGAAGAATTGATGGAACCATTGTTCTCAGCTTGACTGTATAGACTTGAAATCAAGTCATTGATAGATACACTAGAACCAAGATTCTTGTTATTATGTCCTTCATGGGTGACAGATATAAAGGTAGAAGC
[0011]本专利技术的第三方面提供了上述技术方案所述的SNP位点或CAPS分子标记在鉴定抗白粉病生理小种1W的西瓜品种中的应用。
[0012]本专利技术的第四方面提供了一种抗白粉病生理小种1W的西瓜品种鉴定方法，包括以下步骤：
[0013](1)提取待测样本DNA；
[0014](2)利用可扩增前述技术方案所述CAPS分子标记的引物对，对待测样本DNA进行PCR扩增，得到扩增产物；
[0015](3)以EcoRV酶(酶切位点GATATC)对扩增产物酶切后电泳；
[0016]若电泳得到1个条带，则其CAPS分子标记的多态性位点为A，鉴定为非抗白粉病生理小种1W的西瓜品种；
[0017]若电泳得到2个条带，则其CAPS分子标记的多态性位点为T，鉴定为抗白粉病生理小种1W的西瓜品种。
[0018]优选地，步骤(2)所述的引物对包括如SEQ ID NO.3所示的上游引物和如SEQ ID NO.4所示的下游引物。
[0019]上游引物SEQ ID NO.3：GAGTGTGACATCCTTGGTGA
[0020]下游引物SEQ ID NO.4：GCTTCTACCTTTATATCTGTCACCC
[0021]优选地，步骤(3)所述电泳后，若电泳得到1个条带，该条带片段大小为179bp；若电泳得到2个条带，2个条带片段大小分布为96bp和83bp。
[0022]优选地，步骤(2)所述PCR扩增反应体系包括：待测样本DNA 1μL，2
×
MIX 5μL，可扩增权利要求1所述CAPS分子标记的引物对0.5μL和ddH2O 3.5μL。
[0023]优选地，步骤(2)所述PCR扩增反应程序为：94℃预变性3min；94℃变性30s，55℃退火30s，72℃延伸30s，循环32次；72℃延伸5min。
[0024]本专利技术的第五方面提供了一种抗白粉病生理小种1W西瓜品种的鉴定试剂盒，包括如SEQ ID NO.3所示的上游引物和如SEQ ID NO.4所示的下游引物。
[0025]上游引物SEQ ID NO.3：GAGTGTGACATCCTTGGTGA
[0026]下游引物SEQ ID NO.4：GCTTCTACCTTTATATCTGTCACCC
[0027]优选地，还包括EcoRV酶、DNA提取试剂、PCR扩增试剂和凝胶电泳试剂中的一种或多种；所述的DNA提取试剂可以是CTAN法提取DNA所需试剂，包括但不限于液氮、CTAN裂解液、氯仿、异丙醇、无水乙醇。
[0028]与现有技术相比，本专利技术的有益效果：
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种西瓜白粉病生理小种1W抗性基因的SNP位点，其特征在于，该SNP位点位于西瓜2号染色体第29538433位碱基，碱基多态性为A/T。2.一种西瓜白粉病生理小种1W抗性基因的CAPS分子标记，其特征在于，所述CAPS分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1或SEQ ID NO.2所示，CAPS分子标记核苷酸序列的第100位为权利要求1所述的SNP位点。3.权利要求1所述SNP位点或权利要求2所述CAPS分子标记在鉴定抗白粉病生理小种1W的西瓜品种中的应用。4.一种抗白粉病生理小种1W的西瓜品种鉴定方法，包括以下步骤：(1)提取待测样本DNA；(2)利用可扩增权利要求2所述CAPS分子标记的引物对，对待测样本DNA进行PCR扩增，得到扩增产物；(3)以EcoRV酶对扩增产物酶切后电泳；若电泳得到1个条带，则其CAPS分子标记的多态性位点为A，鉴定为非抗白粉病生理小种1W的西瓜品种；若电泳得到2个条带，则其CAPS分子标记的多态性位点为T，鉴定为抗白粉病生理小种1W的西瓜品种。5.根据权利要求4所述的鉴定方法，其特征在于，步骤(2)所述的引物对包括如S...

【专利技术属性】
技术研发人员：高建昌，刘阳，张思远，谢露露，田健帆，刘季扬，
申请(专利权)人：中蔬生物科技寿光有限公司，
类型：发明
国别省市：