本发明专利技术属于生物学诊断技术领域，公开了一种关于水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记及其适用系统，其特征在于，所述DNA选择标记为根据水稻茎秆基部矮化控制基因htd1的InDel位点开发的、与矮杆表型完全连锁的标记。本发明专利技术提供的DNA选择标记进一步拓宽水稻的矮源利用，挖掘新的矮杆基因资源，该标记能准确鉴定突变后的htd1是否转育入水稻品种中，且上述与矮杆表型完全连锁的功能标记，在水稻矮杆育种、抗倒伏育种及高产育种中有重要利用价值。倒伏育种及高产育种中有重要利用价值。倒伏育种及高产育种中有重要利用价值。
【技术实现步骤摘要】
关于水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记及其适用系统
[0001]本专利技术属于生物学诊断
，尤其涉及一种关于水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记及其适用系统。
技术介绍
[0002]人类在大约一万年前开始驯化水稻时，就选择出了一个与高产有关的重要基因。这个基因叫做半矮秆基因SD1，它使水稻长得较矮，从而能结出更多谷粒，并且抗倒伏的能力更强。
[0003]目前在我国杂交稻中，水稻矮源几乎都依赖于SD1，且随着越来越多的籼粳杂交水稻的推广。另外，在水稻实践发现，即使杂交水稻含有纯合的SD1基因，部分杂交稻组合的株高也过高，加上穗部的重量重，导致水稻倒伏和减产，使部分组合的株高过高的矛盾更加突出。
[0004]为了进一步拓宽水稻的矮源利用，挖掘新的矮杆基因资源、并基于此开发新的DNA选择标记，仍然是水稻分子遗传育种研究中的一个重要方向。
技术实现思路
[0005]针对现有技术存在的问题，本专利技术提供了一种关于水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记及其适用系统。
[0006]本专利技术是这样实现的，一种水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记，其特征在于，所述DNA选择标记为根据水稻茎秆基部矮化控制基因htd1的InDel位点开发的、与矮杆表型完全连锁的标记；
[0007]进一步，所述InDel位点位于水稻第二染色体16361788
‑
16361876。
[0008]进一步，所述DNA选择标记为PARMS标记、InDel标记、KASP标记、CAPS或dCAPS标记。
[0009]进一步，所述InDel标记的PCR产物大小为60bp
‑
10kb，优选60bp
‑
1000bp，更优选110bp
‑
200bp。
[0010]进一步，所述DNA选择标记的引物组合为：
[0011]ID3017F:TCTTCCAGGGACTACGTGAA；
[0012]ID3017R:CTTTGGGATTCCACGAATA。
[0013]本专利技术另一目的在于提供一种关于水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记的适用系统，该系统包括：
[0014]样本获取模块，用于获取待检测样本，所述样本中含有水稻茎秆基部矮化控制基因htd1；
[0015]PCR扩增反应模块，与样本获取模块连接，用于利用PCR扩增反应液制备扩增反应体系，进行扩增反应；
[0016]核苷酸探针制备模块，用于制备核苷酸探针；
[0017]杂交模块，与PCR扩增反应模块、核苷酸探针制备模块连接，用于将PCR扩增后的
PCR产物与所述特异性寡核苷酸探针杂交，依次进行洗膜和显色。
[0018]进一步，所述核苷酸探针包括用于检测水稻茎秆基部矮化控制基因htd1的特异性寡核苷酸探针，其碱基序列如SEQ ID NO：1
‑
6所示。
[0019]进一步，所述PCR扩增反应液包括如下引物组合：
[0020]ID3017F:TCTTCCAGGGACTACGTGAA；
[0021]ID3017R:CTTTGGGATTCCACGAATA。
[0022]进一步，所述PCR扩增的条件为：先于55℃扩增12分钟，然后于97℃扩增12min，再分别依次于95℃扩增30
‑
90s、52
‑
58℃扩增20
‑
60s、72℃扩增30
‑
90s，对上述依次于94℃扩增30
‑
90s、52
‑
58℃扩增20
‑
60s、72℃扩增30
‑
90s进行重复35
‑
40个循环，然后于72℃扩增5min。
[0023]本专利技术另一目的在于提供一种计算机设备，包括存储器和处理器，所述存储器存储有计算机程序，所述处理器执行所述计算机程序时实现所述关于水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记的适用系统。
[0024]结合上述的技术方案和解决的技术问题，请从以下几方面分析本专利技术所要保护的技术方案所具备的优点及积极效果为：
[0025]第一、针对上述现有技术存在的技术问题以及解决该问题的难度，紧密结合本专利技术的所要保护的技术方案以及研发过程中结果和数据等，详细、深刻地分析本专利技术技术方案如何解决的技术问题，解决问题之后带来的一些具备创造性的技术效果。具体描述如下：
[0026]本专利技术基于水稻茎秆基部矮化控制基因的InDel位点开发了相关的DNA选择标记，并对其进行检测，根据检测结果的多态性确认茎秆基部矮化控制基因htd1的突变基因是否存在，及是否是纯合突变。
[0027]第二，把技术方案看做一个整体或者从产品的角度，本专利技术所要保护的技术方案具备的技术效果和优点，具体描述如下：
[0028]本专利技术提供的DNA选择标记进一步拓宽水稻的矮源利用，挖掘新的矮杆基因资源，该标记能准确鉴定突变后的htd1是否转育入水稻品种中，且上述与矮杆表型完全连锁的功能标记，在水稻矮杆育种、抗倒伏育种及高产育种中有重要利用价值。
附图说明
[0029]为了更清楚地说明本专利技术实施例的技术方案，下面将对本专利技术实施例中所需要使用的附图做简单的介绍，显而易见地，下面所描述的附图仅仅是本专利技术的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下还可以根据这些附图获得其他的附图。
[0030]图1是本专利技术实施例提供的关于水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记的适用系统结构图。
具体实施方式
[0031]为了使本专利技术的目的、技术方案及优点更加清楚明白，以下结合实施例，对本专利技术进行进一步详细说明。应当理解，此处所描述的具体实施例仅仅用以解释本专利技术，并不用于限定本专利技术。
[0032]为了使本领域技术人员充分了解本专利技术如何具体实现，该部分是对权利要求技术方案进行展开说明的解释说明实施例。
[0033]本专利技术实施例是这样实现的，一种水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记，其特征在于，所述DNA选择标记为根据水稻茎秆基部矮化控制基因htd1的InDel位点开发的、与矮杆表型完全连锁的标记；
[0034]所述InDel位点位于水稻第二染色体16361788
‑
16361876。
[0035]所述DNA选择标记为PARMS标记、InDel标记、KASP标记、CAPS或dCAPS标记。
[0036]所述InDel标记的PCR产物大小为60bp
‑
10kb，优选60bp
‑
1000bp，更优选110bp
‑
200bp。
[0037]所述DNA选择标记的引物组合为：
[0038]ID3017F:TCTTCCAGGGACTACGTGAA；
[0039]ID3017R:CTTTGGGATTCCACGAATA。
...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记，其特征在于，所述DNA选择标记为根据水稻茎秆基部矮化控制基因htd1的InDel位点开发的、与矮杆表型完全连锁的标记。2.根据权利要求1所述的水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记，其特征在于，所述InDel位点位于水稻第二染色体16361788
‑
16361876。3.根据权利要求1所述的水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记，其特征在于，所述DNA选择标记为PARMS标记、InDel标记、KASP标记、CAPS或dCAPS标记。4.根据权利要求1所述的水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记，其特征在于，所述InDel标记的PCR产物大小为60bp
‑
10kb，优选60bp
‑
1000bp，更优选110bp
‑
200bp。5.根据权利要求1所述的水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记，其特征在于，所述DNA选择标记的引物组合为：ID3017F:TCTTCCAGGGACTACGTGAA；ID3017R:CTTTGGGATTCCACGAATA。6.一种关于水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记的适用系统，其特征在于，该系统包括：样本获取模块，用于获取待检测样本，所述样本中含有水稻茎秆基部矮化控制基因htd1；PCR扩增反应模块，与样本获取模块连接，用于利用PCR扩增反应液制备扩增反应体系，进行扩增反应；核苷酸探针制备模块，用于制备核苷酸探针；杂交模块，与PCR扩增反应模块、核苷酸探针制备模块连接，用于将PCR扩增后的PCR产物与所述特...
【专利技术属性】
技术研发人员：杨善，莫俊杰，周鸿凯，
申请(专利权)人：广东海洋大学，
类型：发明
国别省市：
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