与大豆株高主效基因位点紧密连锁的分子标记及用途制造技术

本发明专利技术属于大豆分子育种技术领域，具体公开一种与大豆株高主效基因位点紧密连锁的分子标记。分子标记为Gm07_36170131_A_G或/和Gm07_36245158_T_C，Gm07_36170131_A_G的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示或SEQ ID NO：2所示；Gm07_36245158_T_C的核苷酸序列如SEQ ID NO：3所示或SEQ ID NO：4所示。本发明专利技术在QTL的定位区间鉴定了一个与大豆株高相关的分子标记，可用于大豆株高性状选育。用于大豆株高性状选育。用于大豆株高性状选育。

【技术实现步骤摘要】
与大豆株高主效基因位点紧密连锁的分子标记及用途


[0001]本专利技术属于大豆分子育种
，具体公开一种与大豆株高主效基因位点紧密连锁的分子标记及其用途。

技术介绍

[0002]大豆是我国重要的粮油饲兼用作物，在国民经济发展中具有重要的战略地位。大豆在中国已有5000年的种植史，在东北、华北、陕、川及长江下游地区均有出产，以长江流域及西南栽培较多，以东北大豆质量最优。由于大豆的营养价值很高，被称为“豆中之王”、“田中之肉”、“绿色的牛乳”等，是数百种天然食物中最受营养学家推崇的食物。
[0003]大豆株高(plant height,PH)作为株型构成的重要因素之一，也是影响产量的重要农艺性状。传统遗传学研究表明，大豆株高在一定范围内的增加能够引起产量的提高。因此，研究大豆株高对大豆高产育种具有重要意义。但大豆株高属数量遗传性状，受环境因素影响较大，故而对大豆产量性状的研究产生一定局限性。从传统数量遗传学角度对这些产量性状进行遗传分析，又很难确定控制相应性状的数量性状基因座(quantitative trait locus,QTL)数目、遗传效应及位置。但随着大豆全基因组测序完毕，分子生物学及SSR(simple sequence repeats)，SNP(single nucleotide polymorphism)等分子标记技术逐渐完善，有关大豆株高的很多QTL被找到，但仅有少数相关基因被克隆，大豆株高的调控机制解析进展缓慢。目前株高相关QTL很多，在soybase上记录的有几百个株高QTL位点，但目前在7号染色体上还没有发现相关QTL。

技术实现思路

[0004]鉴于以上技术问题，本专利技术提供一种与大豆株高主效基因位点紧密连锁的分子标记，从而针对大豆株高进行分子标记辅助选择育种，也可应用于挖掘大豆株高调控基因。
[0005]本专利技术第一方面，提供一种与大豆株高主效基因位点紧密连锁的分子标记，所述主效基因位点位于7号染色体36170131
‑
36245158之间，命名为qPH07
‑
1；所述分子标记为Gm07_36170131_A_G或/和Gm07_36245158_T_C，所述qPH07
‑
1定位在分子标记Gm07_36170131_A_G和Gm07_36245158_T_C之间的72.1kb区间内；
[0006]所述Gm07_36170131_A_G的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示或SEQ ID NO：2所示；
[0007]所述Gm07_36245158_T_C的核苷酸序列如SEQ ID NO：3所示或SEQ ID NO：4所示。
[0008]本专利技术第二方面，提供一种所述分子标记的引物，
[0009]所述Gm07_36170131_A_G的正向引物序列如SEQ ID NO：5所示；反向引物序列如SEQ ID NO：6所示；
[0010]所述Gm07_36245158_T_C的正向引物序列如SEQ ID NO：7所示；反向引物序列如SEQ ID NO：8所示。
[0011]本专利技术第三方面，提供一种所述引物在大豆株高基因qPH07
‑
1的定位与检测中的应用。
[0012]本专利技术第四方面，提供一种所述分子标记或者所述引物在大豆株高性状选育中的用途。
[0013]本专利技术第五方面，提供一种大豆株高性状选育的方法，包括以下步骤：
[0014]以母本长农16及父本吉林茶里花杂交产生的F2代群体的基因组DNA为模板，权利要求2所述引物为引物，进行PCR扩增；
[0015]分别将Gm07_36170131_A_G
‑
F/R扩增产物和Gm07_36245158_T_C
‑
F/R扩增产物进行测序分析，当F2代群体中存在分子标记Gm07_36170131_A_G，且当Gm07_36170131_A_G扩增产物自5
’
端第39位在母本长农16中为A，植株矮，或者F2代群体中存在分子标记Gm07_36245158_T_C，且Gm07_36245158_T_C扩增产物自5
’
端第30位在母本长农16中为T，植株矮；当F2代群体中存在分子标记Gm07_36170131_A_G，且当Gm07_36170131_A_G扩增产物自5
’
端第39位在父本吉林菜里花中为G，植株高；或者F2代群体中存在分子标记Gm07_36245158_T_C，且Gm07_36245158_T_C扩增产物自5
’
端第30位在父本吉林菜里花中为C，植株高。
[0016]优选地，PCR扩增反应体系为：20ng/μl DNA 4μl，rTaq酶0.5μl，3
×
GC BufferⅠ15μl，2.5mM dNTPs 2.5μl，2μM正反向引物各2.5μl，ddH2O补足到30μl。
[0017]优选地，PCR反应程序为：先94℃5min，然后94℃30s，58℃40s，72℃70s，扩增35个循环，最后72℃延伸10min，4℃保温。
[0018]本专利技术第六方面，提供一种大豆株高分型检测试剂盒，包括所述引物。
[0019]本专利技术第七方面，提供一种所述检测试剂盒在大豆株高性状选育中的用途。
[0020]对比现有技术，本专利技术的有益效果为：
[0021]1、本专利技术首次在大豆中定位了一个与大豆株高相关的QTL位点，该QTL位点LOD值为3.3，表型贡献率为13.1％，加性效应达到8.7，该位点位于Gm07_36170131_A_G和Gm07_36245158_T_C标记之间，物理距离是72.1kb。因此，无论是从QTL的定位，还是QTL对表型的贡献率来看，该区间都是大豆株高调控的重要位点。
[0022]2、本专利技术在QTL的定位区间鉴定了一个与大豆株高相关的分子标记，可用于大豆株高性状选育。
附图说明
[0023]图1是父母本株高差异；
[0024]图2是F2代个体表型正态分布图；
[0025]图3是株高相关QTL定位图。
具体实施方式
[0026]为能清楚说明本方案的技术特点，下面通过具体实施方式，结合附图，对本专利技术进行详细阐述。本专利技术的范围并不限于下述实施例。本领域的专业人员能够理解，在不背离本专利技术的精神和范围的前提下，可以对本专利技术进行各种变化和修饰。
[0027]下述实施例中所涉及的仪器、试剂、材料等，若无特别说明，均为现有技术中已有的常规仪器、试剂、材料等，可通过正规商业途径获得。下述实施例中所涉及的实验方法，检测方法等，若无特别说明，均为现有技术中已有的常规实验方法，检测方法等。
[0028]实施例1
[0029]与大豆株高相关QTL、分子标记的获得
[0030]1、遗传群体构建
[0031]利用株高显著差异的一对亲本(母本长农16，父本吉林茶里花(父本材料本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与大豆株高主效基因位点紧密连锁的分子标记，其特征在于，所述主效基因位点位于7号染色体36170131
‑
36245158之间，命名为qPH07
‑
1；所述分子标记为Gm07_36170131_A_G或/和Gm07_36245158_T_C，所述qPH07
‑
1定位在分子标记Gm07_36170131_A_G和Gm07_36245158_T_C之间的72.1kb区间内；所述Gm07_36170131_A_G的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示或SEQ IDNO：2所示；所述Gm07_36245158_T_C的核苷酸序列如SEQ ID NO：3所示或SEQ ID NO：4所示。2.一种权利要求1所述分子标记的引物，其特征在于，所述Gm07_36170131_A_G的正向引物序列如SEQ ID NO：5所示；反向引物序列如SEQ ID NO：6所示；所述Gm07_36245158_T_C的正向引物序列如SEQ ID NO：7所示；反向引物序列如SEQ ID NO：8所示。3.一种权利要求2所述的引物在大豆株高基因qPH07
‑
1的定位与检测中的用途。4.一种权利要求1所述的分子标记或者权利要求2所述的引物在大豆株高性状选育中的用途。5.一种大豆株高性状选育的方法，其特征在于，包括以下步骤：以母本长农16及父本吉林茶里花杂交产生的F2代群体的基因组DNA为模板，权利要求2所述引物为引物，进行PCR扩增；分别将Gm07_36170131_A_G
‑
F/R扩增产物...

【专利技术属性】
技术研发人员：李玉秋，刘晓冬，王英男，齐广勋，董岭超，董英山，夏正俊，王玉民，赵洪锟，袁翠平，
申请(专利权)人：吉林省农业科学院，
类型：发明
国别省市：