【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及分子遗传学，尤其涉及与菠菜fe元素含量相关的kasp分子标记开发及其应用。
技术介绍
1、菠菜(spinacia oleracea l.,2n＝2x＝12))属苋科藜亚科菠菜属植物，原产伊朗，是主要以绿叶为产品器官的一、二年生草本植物。因其适应性广、耐储藏、供应期长、栽培方式多样，营养比较全面，在世界各地普遍种植。
2、菠菜富含营养物质和促进健康的化合物，如维生素、矿质元素等，被认为是人类饮食中最健康的蔬菜之一。矿质营养元素是植物和动物生长发育所必需的营养元素，且人类只能通过植物性食物来获取。矿质元素分为大量元素和微量元素两种，其中微量元素包括cl、fe、mn、cu等。铁在人体和植物中都有重要作用。首先，在人体中，铁是血红蛋白与肌红蛋白、细胞色素以及一些呼吸酶的成分，参与体内氧与二氧化碳的转运、交换和组织呼吸过程。其次，对于植物而言，铁是叶绿素合成的催化剂，参与光合作用，并影响根系发育和整体生长。
3、目前，尚未开发与菠菜fe含量相关的分子标记，不利于菠菜高fe含量品种的选育。因此，本专利技术开发了与菠菜fe含量相关的kasp分子标记，用于选育理想的富含fe元素的菠菜品种。
技术实现思路
1、本专利技术提供与菠菜fe元素含量相关的kasp分子标记开发及其应用，用于选育富含fe元素的优质菠菜品种，缩短育种年限。
2、本专利技术提供一种与菠菜fe含量性状的分子标记，位点位置信息如下：
3、
4、本专利技术标记kmfe09位于菠菜1号染色体上，物理位置为43602473bp，snp位点处碱基为c/a，碱基为c的菠菜植株为低fe含量植株，碱基为a的菠菜植株为高fe含量植株。
5、优选的，该标记的位置信息是根据菠菜全基因组序列而确定的,相关网址为http://spinachbase.org/ftp/genome/monoe-viroflay/。
6、本专利技术还提供一种引物组合，用于扩增所述分子标记；
7、优选的，包括第一引物、第二引物和第三引物；
8、所述第一引物的的核苷酸序列如seq id no.1(caatgtggtcaagtgtggcgg)所示；
9、所述第二引物的的核苷酸序列如seq id no.2(acaatgtggtcaagtgtggcgt)所示；
10、所述第三引物的的核苷酸序列如seq id no.3(5’-tataaaaatattgcggaagcttataactaaatcg-3’)所示。
11、本专利技术还提供一种kasp引物组合，包括第一引物(正向引物)、第二引物(正向引物)和第三引物(通用的反向引物)；
12、所述第一引物为上述第一引物的5’端加上a荧光对应的标签序列a；
13、所述第二引物为上述第二引物的5’端加上b荧光对应的标签序列b；
14、所述第三引物为上述第三引物；
15、所述a荧光与b荧光不同。仅检测到通用标签a荧光，为cc基因型，对应的是菠菜中fe含量较低；仅检测到通用标签b荧光，为aa基因型，对应的是菠菜中fe含量较高；如果同时检测到通用标签a和b荧光，为ca基因型，则对应的是菠菜中fe含量处于中间水平。
16、根据所述kasp引物组合，所述第一引物的的核苷酸序列如seq id no.4
17、(5’-gaaggtgaccaagttcatgctcaatgtggtcaagtgtggcgg-3’；其中gaaggtgaccaagttcatgct为通用标签a)所示；
18、所述第二引物的的核苷酸序列如seq id no.5(5’-gaaggtcggagtcaacggattacaatgtggtcaagtgtggcgt-3’；其中gaaggtcggagtcaacggatt为通用标签b)所示。
19、本专利技术还提供含有所述引物组合的产品，所述产品为检测试剂或试剂盒。
20、本专利技术还提供一种鉴定fe含量和/或fe含量基因分型的方法，以待检测的菠菜dna为模版，利用所述引物组合，根据引物扩增结果判断菠菜fe含量和/或fe含量基因分型；
21、优选的，根据荧光检测结果判断。
22、根据所述鉴定菠菜fe含量和/或fe含量基因分型的方法，包括以下步骤：
23、(1)提取待检测的菠菜dna；
24、(2)稀释步骤(1)中的dna到20ng/μl，并向其中加入特异的kasp primer mix和
25、(3)通用的kasp master mix，进行pcr扩增；pcr产物在低于40℃下进行荧光检测分析；
26、上述特异的kasp primer mix含所述的引物组合；
27、优选的，上述通用的kasp master mix包含如下组份：通用的tret cassette荧光引物、rox内参染料、kleartaq dna聚合酶、dntp和mgcl2。
28、根据所述鉴定菠菜fe含量和/或fe含量基因分型的方法，pcr反应体系如下：每10μl反应体系包括4.86μl模板dna、5μlkasp master mix和0.14μlkasp primer mix。
29、本专利技术提供的kasp基因分型通量大且操作简单，只需将特异的kasp primer mix和通用的kasp master mix加入到含有dna样本的pcr微孔反应板中，进行pcr扩增。最终结果采用荧光检测仪进行分析即可。
30、所述kasp primer mix含有3条特异引物：分别带有通用标签a和b的正向引物1和2，以及一条反向引物。
31、 组分 96孔板(μl) 384孔板(μl) 模板dna 4.86 2.43 kasp master 本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种与菠菜Fe含量性状的分子标记，其特征在于，位点位置信息如下：
2.一种引物组合，其特征在于，用于扩增权利要求1所述分子标记；
3.一种KASP引物组合，其特征在于，包括第一引物、第二引物和第三引物；
4.根据权利要求3所述KASP引物组合，其特征在于，所述第一引物的的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示；
5.含有权利要求2-4任一项所述引物组合的产品，其特征在于，所述产品为检测试剂或试剂盒。
6.一种鉴定Fe含量和/或Fe含量基因分型的方法，其特征在于，以待检测的菠菜DNA为模版，利用权利要求2-4任一项所述引物组合，根据引物扩增结果判断菠菜Fe含量和/或Fe含量基因分型；
7.根据权利要求6所述鉴定菠菜Fe含量和/或Fe含量基因分型的方法，其特征在于，包括以下步骤：
8.根据权利要求7所述鉴定菠菜Fe含量和/或Fe含量基因分型的方法，其特征在于，PCR反应体系如下：每10μl反应体系包括4.86μl模板DNA、5μlKASP Master mix和0.14μlKASPPrimer m
9.根据权利要求6-8任一项所述鉴定菠菜Fe含量和/或Fe含量基因分型的方法，其特征在于，PCR反应条件如下：
10.权利要求2-4任一项所述引物组合或权利要求5所述产品在以下任一项或几项中的应用：
...【技术特征摘要】
1.一种与菠菜fe含量性状的分子标记，其特征在于，位点位置信息如下：
2.一种引物组合，其特征在于，用于扩增权利要求1所述分子标记；
3.一种kasp引物组合，其特征在于，包括第一引物、第二引物和第三引物；
4.根据权利要求3所述kasp引物组合，其特征在于，所述第一引物的的核苷酸序列如seq id no.4所示；
5.含有权利要求2-4任一项所述引物组合的产品，其特征在于，所述产品为检测试剂或试剂盒。
6.一种鉴定fe含量和/或fe含量基因分型的方法，其特征在于，以待检测的菠菜dna为模版，利用权利要求2-4任一项所述引物组合，根据引物扩增结果...
【专利技术属性】
技术研发人员：钱伟，张合龙，刘志远，折红兵，徐兆生，纪妮，
申请(专利权)人：中国农业科学院蔬菜花卉研究所，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。