结合PBP3的双环肽配体制造技术

本发明专利技术涉及多肽，其与分子支架共价结合，使得在支架的连接点之间对向存在两个或更多个肽环。特别地，本发明专利技术描述了作为青霉素结合蛋白(PBP，更特别地为PBP3)的高亲和力结合物的肽。本发明专利技术还包括包含所述肽配体的药物组合物，和所述肽配体在抑制或治疗由细菌感染介导的疾病或疾患中的用途，或用于对有感染风险的受试者提供预防的用途。受试者提供预防的用途。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】结合PBP3的双环肽配体


[0001]本专利技术涉及多肽，其与分子支架共价结合，使得在支架的连接点之间对向存在(subtend)两个或更多个肽环。特别地，本专利技术描述了作为青霉素结合蛋白(PBP，更特别地为PBP3)的高亲和力结合物的肽。本专利技术还包括包含所述肽配体的药物组合物，和所述肽配体在抑制或治疗由细菌感染介导的疾病或疾患中的用途，或用于对有感染风险的受试者提供预防的用途。

技术介绍

[0002]环肽能够以高亲和力和靶标特异性与蛋白质靶标结合，因此是对于治疗剂开发有吸引力的分子类别。事实上，临床上已经成功使用了几种环肽，例如抗菌肽万古霉素、免疫抑制剂环孢霉素或抗癌药奥曲肽(Driggers等人(2008),Nat Rev Drug Discov 7(7),608
‑
24)。良好的结合特性是由于肽与靶标之间形成的相对较大的相互作用表面以及环状结构的构象柔韧性降低所致。通常，大环与数百平方埃的表面结合，例如环肽CXCR4拮抗剂CVX15(Wu等人(2007),Science 330,1066
‑
71)、具有与整联蛋白αVb3结合的Arg
‑
Gly
‑
Asp基序的环肽(Xiong等人(2002),Science 296(5565),151
‑
5)或结合尿激酶型纤溶酶原激活因子的环肽抑制剂upain
‑
1(Zhao等人(2007),J Struct Biol 160(1),1
‑
10)。r/>[0003]由于其环状构型，肽大环比线性肽柔韧性差，导致与靶标结合后熵损失较小，并导致更高的结合亲和力。与线性肽相比，降低的柔韧性还导致锁定靶标特异性构象，增加结合特异性。这种作用已通过一种基质金属蛋白酶8(MMP
‑
8)的有效的和选择性抑制剂得到了例证，该抑制剂在开环时失去相对于其他MMP的选择性(Cherney等人(1998),J Med Chem 41(11),1749
‑
51)。通过大环化获得的有利的结合性质在具有多于一个肽环的多环肽中更为显著，例如在万古霉素、乳酸链球菌肽和放线菌素中。
[0004]不同的研究团队先前已将具有半胱氨酸残基的多肽系于(tether)一个合成的分子结构上(Kemp和McNamara(1985),J.Org.Chem；Timmerman等人(2005),ChemBioChem)。Meloen和同事已使用三(溴甲基)苯和相关分子将多个肽环快速定量地环化到合成支架上，以结构模拟蛋白质表面(Timmerman等人(2005),ChemBioChem)。WO 2004/077062和WO 2006/078161中公开了用于生成候选药物化合物的方法，其中所述化合物是通过将包含半胱氨酸的多肽连接到分子支架上而生成的，所述分子支架例如为三(溴甲基)苯。
[0005]已经开发了基于噬菌体展示的组合方法以生成和筛选针对目标靶标的双环肽的大型文库(Heinis等人(2009),Nat Chem Biol 5(7),502
‑
7和WO 2009/098450)。简而言之，在噬菌体上展示了包含三个半胱氨酸残基和两个六随机氨基酸的区域(Cys
‑
(Xaa)6‑
Cys
‑
(Xaa)6‑
Cys)的线性肽的组合文库，并通过将半胱氨酸侧链共价连接至小分子支架来进行环化。

技术实现思路

[0006]根据本专利技术的第一方面，提供了一种肽配体，其能够结合青霉素结合蛋白3(PBP3)，其包含多肽和分子支架，所述多肽包含被至少两个环序列隔开的至少三个半胱氨酸残基，并且所述分子支架与所述多肽的半胱氨酸残基形成共价键，使得在分子支架上形成至少两个多肽环。
[0007]根据本专利技术的进一步的方面，提供了一种药物组合物，其包含如本文所定义的肽配体，与一种或多种药学上可接受的赋形剂组合。
[0008]根据本专利技术的进一步的方面，提供了如本文所定义的肽配体用于抑制或治疗细菌感染介导的疾病或疾患的用途，或用于对有感染风险的受试者提供预防的用途。
具体实施方式
[0009]在一个实施方案中，所述环序列包含3、4、5或9个氨基酸。
[0010]在进一步的实施方案中，所述环序列包含被两个环序列隔开的三个半胱氨酸残基，所述两个环序列均由4个氨基酸组成。
[0011]在进一步的实施方案中，所述环序列包含被两个环序列隔开的三个半胱氨酸残基，所述两个环序列的一个由4个氨基酸组成，另一个由5个氨基酸组成。
[0012]在进一步的实施方案中，所述环序列包含被两个环序列隔开的三个半胱氨酸残基，所述两个环序列的一个由3个氨基酸组成，另一个由9个氨基酸组成。
[0013]本文提及的PBP包括“青霉素结合蛋白”，其可以存在于任何细菌物种中。在一个实施方案中，所述PBP是存在于一种或多种病原细菌物种内的PBP。在进一步的实施方案中，所述一种或多种病原细菌物种选自以下任一项：鲍曼不动杆菌(Acinetobacter baumannii)、炭疽杆菌(Bacillus anthracis)、百日咳博德特氏菌(Bordetella pertussis)、伯氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi)、流产布鲁氏菌(Brucella abortus)、犬布鲁氏菌(Brucella canis)、马耳他布鲁氏菌(Brucella melitensis)、猪布鲁氏菌(Brucella suis)、空肠弯曲杆菌(Campylobacter jejuni)、肺炎衣原体(Chlamydia pneumonia)、沙眼衣原体(Chlamydia trachomatis)、鹦鹉热衣原体(Chlamydophila psittaci)、肉毒梭菌(Clostridium botulinum)、艰难梭菌(Clostridium difficile)、产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)、破伤风梭菌(Clostrium tetani)、白喉棒状杆菌(Corynebacterium diphtheriae)、棘球绦虫(Echinococcus)、粪肠球菌(Enterococcus faecalis)、屎肠球菌(Enterococcus faecium)、大肠杆菌(Escherichia coli)(如产肠毒素大肠杆菌、肠致病性大肠杆菌、肠出血大肠杆菌或肠聚集性大肠杆菌)、土拉弗朗西斯菌(Francisella tularensis)、流感嗜血杆菌(Haemophilus influenzae)、幽门螺杆菌(Helicobacter pylori)、肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)、嗜肺军团菌(Legionella pneumophila)、问号钩端螺旋体(Leptospira interrogans)、单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种肽配体，其能够结合青霉素结合蛋白3(PBP3)，其包含多肽和分子支架，所述多肽包含被至少两个环序列隔开的至少三个半胱氨酸残基，并且所述分子支架与所述多肽的半胱氨酸残基形成共价键，使得在所述分子支架上形成至少两个多肽环。2.如权利要求1所定义的肽配体，其中所述环序列包含3、4、5或9个氨基酸。3.如权利要求1或2所定义的肽配体，其中所述PBP3是存在于一种或多种病原细菌物种内的PBP3。4.如权利要求3所定义的肽配体，其中所述一种或多种病原细菌物种选自以下任一项：鲍曼不动杆菌(Acinetobacter baumannii)、炭疽杆菌(Bacillus anthracis)、百日咳博德特氏菌(Bordetella pertussis)、伯氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi)、流产布鲁氏菌(Brucella abortus)、犬布鲁氏菌(Brucella canis)、马耳他布鲁氏菌(Brucella melitensis)、猪布鲁氏菌(Brucella suis)、空肠弯曲杆菌(Campylobacter jejuni)、肺炎衣原体(Chlamydia pneumonia)、沙眼衣原体(Chlamydia trachomatis)、鹦鹉热衣原体(Chlamydophila psittaci)、肉毒梭菌(Clostridium botulinum)、艰难梭菌(Clostridium difficile)、产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)、破伤风梭菌(Clostrium tetani)、白喉棒状杆菌(Corynebacterium diphtheriae)、棘球绦虫(Echinococcus)、粪肠球菌(Enterococcus faecalis)、屎肠球菌(Enterococcus faecium)、大肠杆菌(Escherichia coli)(如产肠毒素大肠杆菌、肠致病性大肠杆菌、肠出血大肠杆菌或肠聚集性大肠杆菌)、土拉弗朗西斯菌(Francisella tularensis)、流感嗜血杆菌(Haemophilus influenzae)、幽门螺杆菌(Helicobacter pylori)、肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)、嗜肺军团菌(Legionella pneumophila)、问号钩端螺旋体(Leptospira interrogans)、单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes)、麻风分枝杆菌(Mycobacterium leprae)、结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)、溃疡分枝杆菌(Mycobacterium ulcerans)、肺炎支原体(Mycoplasma pneumonia)、淋病奈瑟菌(Neisseria gonorrhoeae)、脑膜炎奈瑟菌(Neisseria meningitides)、肺炎球菌(Pneumococcus)、铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)、立克次氏体(Rickettsia rickettsia)、沙门氏菌(如邦戈尔沙门氏菌(Salmonella bongori)、肠沙门氏菌(Salmonella enterica)、地下沙门氏菌(Salmonella subterranean)、伤寒沙门氏菌(Salmonella typhi)或鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella typhimurium))、志贺氏菌(如索氏志贺氏菌(Shigella sonnei)或痢疾志贺氏菌(Shigella dysenteriae))、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)(如MRSA)、表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)、腐生葡萄球菌(Staphylococcus saprophyticus)、无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)、肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae)、酿脓链球菌(Streptococcus pyogenes)、苍白密螺旋体(Treponema pallidum)、霍乱弧菌(Vibrio cholerae)或鼠疫耶尔森菌(Yersinia pestis)。5.如权利要求1至4中任一项所定义的肽配体，其中所述PBP3是大肠杆菌PBP3，所述肽配体包含选自以下的氨基酸序列：C
i
SFPKC
ii
PWVEGC
iii
(SEQ ID NO：1)(在本文中称为BCY13949)；C
i
RTFGC
ii
WWEGC
iii
(SEQ ID NO：2)；C
i
LENC
ii
YYVPYYGYAC
iii
(SEQ ID NO：3)；
C
i
SFP[K(Ac)]C
ii
PWVEGC
iii
(SEQ ID NO：4)；C
i
YFPGC
ii
PWVENC
iii
(SEQ ID NO：5)；C
i
QFPVC
ii
PWVEGC
iii
(SEQ ID NO：6)；C
i
SFPMC
ii
PWVENC
iii
(SEQ ID NO：7)；C
i
SFPKC
ii
PWVE[dK]C
iii
(SEQ ID NO：8)；C
i
SFPKC
ii
PWVE[dA]C
iii
(SEQ ID NO：9)；C
i
SFPKC
ii
P[2Nal]VEGC
iii
(SEQ ID NO：10)；C
i
SFPKC
ii
P[1Nal]VEGC
iii
(SEQ ID NO：11)；C
i
SFP[HArg]C
ii
PWVEGC
iii
(SEQ ID NO：12)；C
i
AFPKC
ii
PWVEGC
iii
(SEQ ID NO：13)；C
i
SAPKC
ii
PWVEGC
iii
(SEQ ID NO：14)；C
i
SFAKC
ii
PWVEGC
iii
(SEQ ID NO：15)；C
i
SFPAC
ii
PWVEGC
iii
(SEQ ID NO：16)；C
i
SFPKC
ii
AWVEGC
iii
(SEQ ID NO：17)；C
i
SFPKC
ii
PWVAGC
iii
(SEQ ID NO：18)；C
i
SFPKC
ii
PWVEAC
iii
(SEQ ID NO：19)；C
i
KFPVC
ii
PWVEYC
iii
(SEQ ID NO：20)；C
i
HFPTC
ii
PWVEWC
iii
(SEQ ID NO：21)；C
i
TFPAC
ii
PWVEYC
iii
(SEQ ID NO：22)；C
i
LFPGC
ii
PWVEHC
iii
(SEQ ID NO：23)；C
i
FFPQC
ii
PWVEGC
iii
(SEQ ID NO：24)；C
i
HFPVC
ii
PWVENC
iii
(SEQ ID NO：25)；C
i
HFPKC
ii
PWVEGC
iii
(SEQ ID NO：26)；C
i
EFPKC
ii
PWVEGC
iii
(SEQ ID NO：27)；C
i
YFPKC
ii
PWVEGC
iii
(SEQ ID NO：28)；C
i
SYPKC
ii
PWVEGC
iii
(SEQ ID NO：29)；C
i
SFPKC
ii
PWVEHC
iii
(SEQ ID NO：30)；C
i
TFPKC
ii
PWVEGC
iii
(SEQ ID NO：31)；C
i
SFPKC
ii
PWVENC
iii
(SEQ ID NO：32)；C
i
WFPNC
ii
PWVEGC
iii
(SEQ ID NO：33)；C
i
YYPKC
ii
PWVEGC
iii
(SEQ ID NO：34)；C
i
RFPKC
ii
PWVEGC
iii
(SEQ ID NO：35)；C
i
SFPIC
ii
PWVEGC
iii
(SEQ ID NO：36)；C
i
VYPKC
ii
PWVEGC
iii
(SEQ ID NO：37)；C
i
IYPKC
ii
PWVEGC
iii
(SEQ ID NO：38)；C
i
SF[dA]KC
ii
PWVEGC
iii
(SEQ ID NO：39)；C
i
SFP[dA]C
ii
PWVEGC
iii
(SEQ ID NO：40)；C
i
SFPTC
ii
PWVEGC
iii
(SEQ ID NO：41)；C
i
VFPKC
ii
PWVEGC
iii
(SEQ ID NO：42)；
C
i
SFPHC
ii
PWVEGC
iii
(SEQ ID NO：43)；C
i
HYPKC
ii
PWVEGC
iii
(SEQ ID NO：44)；C
i
EYPKC
ii
PWVEGC
iii
(SEQ ID NO：45)；C
i
SFPLC
ii
PWVEGC
iii
(SEQ ID NO：46)；C
i
AFPHC
ii
PWVEFC
iii
(SEQ ID NO：47)；C
i
QFPGC
ii
PWVEFC...

【专利技术属性】
技术研发人员：M，
申请(专利权)人：拜斯科技术开发有限公司，
类型：发明
国别省市：