扩增HIV-1RRE全长序列的引物组合物及其应用制造技术

本发明专利技术公开了扩增HIV

【技术实现步骤摘要】
盒的用途为如下(a)或(b)或(c)或(d)或(e)：
[0017](a)扩增人免疫缺陷病毒Ⅰ型RRE全长序列；
[0018](b)鉴定或辅助鉴定人免疫缺陷病毒Ⅰ型；
[0019](c)鉴定或辅助鉴定待检者是否感染人免疫缺陷病毒Ⅰ型；
[0020](d)鉴定或辅助鉴定待测样本是否含有人免疫缺陷病毒Ⅰ型核酸；
[0021](e)区分或辅助区分人免疫缺陷病毒Ⅰ型，和，人乙型肝炎病毒或人丙型肝炎病 毒。
[0022]本专利技术另一个目的是提供一种试剂盒。
[0023]本专利技术提供的试剂盒，包括上述引物对或上述试剂；所述试剂盒的功能为如下(a) 或(b)或(c)或(d)或(e)：
[0024](a)扩增人免疫缺陷病毒Ⅰ型RRE全长序列；
[0025](b)鉴定或辅助鉴定人免疫缺陷病毒Ⅰ型；
[0026](c)鉴定或辅助鉴定待检者是否感染人免疫缺陷病毒Ⅰ型；
[0027](d)鉴定或辅助鉴定待测样本是否含有人免疫缺陷病毒Ⅰ型核酸；
[0028](e)区分或辅助区分人免疫缺陷病毒Ⅰ型，和，人乙型肝炎病毒或人丙型肝炎病 毒。
[0029]上述试剂盒的制备方法也是本专利技术保护的范围，包括将上述成套试剂中各物质单 独包装的步骤。
[0030]本专利技术还有一个目的是提供如下方法。
[0031]本专利技术提供一种鉴定或辅助鉴定人免疫缺陷病毒Ⅰ型的方法，包括如下步骤：
[0032](1)以待测病毒的RNA为模板，用上述引物对进行RT
‑/>PCR扩增，得到第一轮PCR 扩增产物；
[0033]或，以待测病毒的DNA为模板，用上述引物对进行PCR扩增，得到第一轮PCR扩 增产物；
[0034](2)以所述第一轮PCR扩增产物为模板，用上述引物对进行PCR扩增，得到第二 轮PCR扩增产物；
[0035](3)检测所述第二轮PCR扩增产物，若第二轮PCR扩增产物中具有352bp的特异 DNA片段，则所述待测病毒为或候选为人免疫缺陷病毒Ⅰ型；如果第二轮PCR扩增产 物中不具有352bp的特异DNA片段，则所述待测病毒不为或候选不为人免疫缺陷病毒
ꢀⅠ
型。
[0036]上述352bp的特异DNA片段的核苷酸序列为序列表中序列3或与其同源性在90％ 以上且具有相同功能的序列。
[0037]本专利技术还提供了一种鉴定或辅助鉴定待检者是否感染人免疫缺陷病毒Ⅰ型的方 法，包括如下步骤：
[0038](1)以来源于待检者的待测样本的RNA为模板，用上述的引物对进行RT
‑
PCR扩 增，得到第一轮PCR扩增产物；
[0039]或，以来源于待检者的待测样本的DNA为模板，用上述的引物对进行PCR扩增， 得到第一轮PCR扩增产物；
[0040](2)以所述第一轮PCR扩增产物为模板，用上述的引物对进行PCR扩增，得到第 二轮PCR扩增产物；
[0041](3)检测所述第二轮PCR扩增产物，若第二轮PCR扩增产物中具有352bp的特异 DNA片段，则所述待检者感染或候选感染人免疫缺陷病毒Ⅰ型；如果第二轮PCR扩增 产物中不具有352bp的特异DNA片段，则所述待检者未感染或候选未感染人免疫缺陷 病毒Ⅰ型。
[0042]上述中，所述人免疫缺陷病毒Ⅰ型的亚型可以为HIV
‑
1CRF07_BC重组亚型毒株、 HIV
‑
1CRF01_AE重组亚型毒株、HIV
‑
1CRF08_BC重组亚型毒株和/或HIV
‑
1B
’
亚型 毒株。
[0043]上述待测样本为离体血浆或者人免疫缺陷病毒Ⅰ型(HIV
‑
1)、人乙型肝炎病毒 (HBV)或人丙型肝炎病毒(HCV)。
[0044]人免疫缺陷病毒Ⅰ型RRE全长序列作为靶基因在开发制备具有如下任一功能产品 中的应用也是本专利技术保护的范围：
[0045](a)扩增人免疫缺陷病毒Ⅰ型RRE全长序列；
[0046](b)鉴定或辅助鉴定人免疫缺陷病毒Ⅰ型；
[0047](c)鉴定或辅助鉴定待检者是否感染人免疫缺陷病毒Ⅰ型；
[0048](d)鉴定或辅助鉴定待测样本是否含有人免疫缺陷病毒Ⅰ型核酸；
[0049](e)区分或辅助区分人免疫缺陷病毒Ⅰ型，和，人乙型肝炎病毒或人丙型肝炎病 毒。
[0050]上述人免疫缺陷病毒Ⅰ型RRE全长序列在本专利技术的实施例中为序列3或与其同源 性在90％以上序列。
[0051]本专利技术以HIVdatabase数据库中4种中国主要艾滋病流行亚型的HIV
‑
1毒株的 RRE全长序列为基础，采用Primer 5.0设计了一组引物，采用我国主要HIV
‑
1流行毒 株的血浆标本及其他病毒(HBV、HCV)的标本，对引物进行了特异性鉴定，确定引 物组合物HIV
‑1‑
RRE(含HIV
‑1‑
RRE
‑
U、HIV
‑1‑
RRE
‑
D)能有效扩增我国主要的HIV
‑
1 流行毒株的RRE全长序列，而与HBV、HCV等无交叉反应，可用于HIV
‑
1 RRE全长 序列扩增试剂的设计和开发。本专利技术对于HIV
‑
1RRE全长序列的扩增及鉴定、HIV
‑
1 的检测鉴定及HIV
‑
1致病机制的研究和新药物靶点的发现具有潜在的应用前景，对于 艾滋病防治和公共卫生具有重大影响。
附图说明
[0052]图1为HIV
‑
1 RRE目的基因上游序列多态性位点分布图(HXB2位置:7101
‑
7600)。
[0053]图2为HIV
‑
1 RRE目的基因下游序列多态性位点分布图(HXB2位置：8000
‑
8500)。
[0054]图3为部分HIV
‑
1 CRF07_BC RRE扩增结果。
[0055]图4为部分HIV
‑
1 CRF01_AE RRE扩增结果
[0056]图5为部分HIV
‑
1 CRF08_BC RRE扩增结果。
[0057]图6为部分HIV
‑
1 B
’
RRE扩增结果。
[0058]图7为HBV RRE扩增结果，M：DL
‑
2000Marker；1：HBV
‑
18414；2：HBV
‑
18430； 3：HBV
‑
18449；4：HBV
‑
18515；5：HBV
‑
18529；6：HBV
‑
18532；7：HBV
‑
18558；8：HBV本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.引物对，由引物1和引物2组成；所述引物1的核苷酸序列为序列表的序列1或将序列1至少一个经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得的与原序列功能相同的序列；所述引物2的核苷酸序列为序列表的序列2或将序列2至少一个经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得的与原序列功能相同的序列。2.根据权利要求1所述的引物对，其特征在于：所述引物对中，所述引物1和所述引物2的摩尔比为1：1。3.用于鉴定或辅助鉴定人免疫缺陷病毒Ⅰ型的PCR试剂，包括PCR试剂1和PCR试剂2；所述PCR试剂1和所述PCR试剂2均含有权利要求1所述的引物对；所述引物对中的引物1和引物2在所述PCR试剂1中的浓度均为0.4μM；所述引物对中的引物1和引物2在所述PCR试剂2中的浓度均为0.4μM。4.权利要求1或2所述的引物对或权利要求3所述的试剂在制备试剂盒中的应用，所述试剂盒的用途为如下(a)或(b)或(c)或(d)或(e)：(a)扩增人免疫缺陷病毒Ⅰ型RRE全长序列；(b)鉴定或辅助鉴定人免疫缺陷病毒Ⅰ型；(c)鉴定或辅助鉴定待检者是否感染人免疫缺陷病毒Ⅰ型；(d)鉴定或辅助鉴定待测样本是否含有人免疫缺陷病毒Ⅰ型核酸；(e)区分或辅助区分人免疫缺陷病毒Ⅰ型，和，人乙型肝炎病毒或人丙型肝炎病毒。5.一种试剂盒，包括权利要求1或2所述的引物对或权利要求3所述的试剂；所述试剂盒的功能为如下(a)或(b)或(c)或(d)或(e)：(a)扩增人免疫缺陷病毒Ⅰ型RRE全长序列；(b)鉴定或辅助鉴定人免疫缺陷病毒Ⅰ型；(c)鉴定或辅助鉴定待检者是否感染人免疫缺陷病毒Ⅰ型；(d)鉴定或辅助鉴定待测样本是否含有人免疫缺陷病毒Ⅰ型核酸；(e)区分或辅助区分人免疫缺陷病毒Ⅰ型，和，人乙型肝炎病毒或人丙型肝炎病毒。6.权利要求5所述试剂盒的制备方法，包括将权利要求3所述成套试剂中各物质单独包装的步骤。7.一种鉴定或辅助鉴定人免疫缺陷病毒Ⅰ型的方法，包括如下步骤：(1)以待测病毒的RNA为模板，用权利要求1或2所述的引物对进行RT
‑
PCR扩增，得到第一轮PCR扩增产物；或，以待测病毒的DNA为模板，用权利要求1或2所述的引物对进行PCR扩增，得到第一轮PCR扩...

【专利技术属性】
技术研发人员：李林，韩婧婉，施玉婷，朱博，李韩平，刘永健，贾磊，王晓林，李敬云，李天一，
申请(专利权)人：中国人民解放军军事科学院军事医学研究院，
类型：发明
国别省市：