检测分析物的方法技术

在一些方面，本文中公开了用于检测目标核酸分子的方法与组合物，所述方法包括进行线性寡核苷酸杂交链式反应(LO

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】检测分析物的方法
[0001]相关申请的交叉参考
[0002]本申请要求2019年12月20日提交的英国专利申请号GB 1919032.1的优先权，该申请出于所有目的经此引用全文并入本文。


[0003]本公开大体上涉及用于检测样品中目标分析物的方法与组合物。

技术介绍

[0004]单分子荧光原位杂交(smFISH)，包括以杂交链式反应(HCR)为例的扩增的smFISH方法，是用于测定分析物(如RNA)的表达水平的广泛采用的技术。这些方法的一个主要局限在于信号可能是暗淡的，而伴随地，背景荧光可能较高(尤其在诸如FFPE样品的样品中)，随组织类型、样品年龄和固定条件而变化较大。通常需要高放大率(例如60
×‑
100
×
)的成像。因此，通常仅对样品的非常小的区域进行成像(通常，40
‑
50个视场)，从而限制了检测样品中目标分析物可变性的能力。由此，需要改进的方法。本公开解决了这种及其它需要。
[0005]专利技术概述
[0006]在一些实施方案中，本文中提供了检测样品中的分析物的方法。在一些实施方案中，该方法包括：(i)进行线性寡核苷酸杂交链式反应(LO
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HCR)，其中使引发剂与至少第一和第二物类的多个LO
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HCR单体接触以生成杂交至目标核酸分子的聚合LO
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HCR产物，其中该第一物类包含与该引发剂互补的第一杂交区域和与该第二物类互补的第二杂交区域，其中该第一物类与该第二物类是线性单链核酸分子；其中该引发剂以一个或多个部分提供，并直接或间接杂交至目标核酸分子或包含在目标核酸分子中；和(ii)检测该聚合产物，由此检测该分析物。
[0007]在一些实施方案中，进行线性寡核苷酸杂交链式反应包括使目标核酸分子与引发剂接触以提供杂交至目标核酸分子的引发剂。
[0008]在任何前述实施方案中，该第一物类和/或该第二物类可以不包含发夹结构。
[0009]在任何前述实施方案中，该多个LO
‑
HCR单体可以不包含亚稳二级结构。
[0010]在任何前述实施方案中，该多个LO
‑
HCR单体可以不包含长度超过大约5、大约10、或大约20个核苷酸的重复序列。
[0011]在任何前述实施方案中，该LO
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HCR聚合物可以不包含支化结构。
[0012]在任何前述实施方案中，该LO
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HCR单体的长度可以为大约10至大约100个核苷酸。
[0013]在任何前述实施方案中，第一物类的LO
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HCR单体可杂交至第二物类的LO
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HCR单体，后者又可杂交至第一物类的LO
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HCR单体。
[0014]在任何前述实施方案中，第一物类的LO
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HCR单体可杂交至第二物类的LO
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HCR单体，后者又可杂交至第三物类的LO
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HCR单体，后者又可杂交至第四物类的LO
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HCR单体，后者又可杂交至第一物类的LO
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HCR单体。
[0015]在任何前述实施方案中，该分析物可以是细胞核酸分子，且该目标核酸分子可以
是细胞核酸分子或由细胞核酸分子生成的核酸分子。在一些实施方案中，该目标核酸分子包含含有指示所述细胞核酸分子的标记序列的报告基因。在一些实施方案中，该引发剂直接或间接杂交至该标记序列或包含在该标记序列中。
[0016]在任何前述实施方案中，该细胞核酸分子可以是DNA或RNA分子，包括gDNA、mRNA、miRNA、IncRNA。
[0017]在任何前述实施方案中，该核酸分子可以是由该细胞核酸分子生成的cDNA分子、包含所述细胞核酸分子的序列的扩增产物、或靶向所述细胞核酸分子的核酸探针或探针组件。
[0018]在任何前述实施方案中，该分析物可以是非核酸分析物，任选脂质或蛋白质，并且该目标核酸分子可包含含有指示所述非核酸分析物的标记序列的报告基因。
[0019]在任何前述实施方案中，该样品可包含细胞，其中任选该细胞被固定化、固定或悬浮。
[0020]在任何前述实施方案中，该分析物可以在组织样品中，任选在单个细胞中，原位检测。
[0021]在任何前述实施方案中，该方法可用于检测样品中的多种目标分析物，并对每种目标分析物可提供至少一种目标核酸分子。在一些实施方案中，对每种目标分析物生成多个聚合产物。
[0022]在任何前述实施方案中，该目标核酸分子可包含该标记序列的多个拷贝，使得可以由每个目标核酸分子引发多个LO
‑
HCR反应，和/或可以对每种目标分析物提供多个目标核酸分子。
[0023]在任何前述实施方案中，该目标核酸分子可以是杂交探针，所述杂交探针能够杂交至该分析物。在一些实施方案中，该杂交探针包含能够杂交至目标分析物的目标结合结构域，和包含指示所述分析物的标记序列的至少一个拷贝的引发剂结合结构域。
[0024]在任何前述实施方案中，该目标核酸分子可以是以一个或多个部分提供的可连结探针，包括挂锁探针或包含能杂交至目标分析物以使它们可连结在一起的多个组件部分的探针。
[0025]在任何前述实施方案中，该目标核酸分子可以是由该分析物或该目标分析物的报告基因生成的滚环扩增产物(RCP)。
[0026]在任何前述实施方案中，该引发剂可以以两个或更多个部分提供。
[0027]在任何前述实施方案中，该引发剂可以为引发剂复合体的形式，所述引发剂复合体能够支持多个LO
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HCR反应，使得可以由每个标记序列引发多个LO
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HCR反应。
[0028]在任何前述实施方案中，进行LO
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HCR反应可包括：(a)使目标核酸分子与引发剂接触以提供杂交至目标核酸分子的引发剂，其中该引发剂包含与第一物类LO
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HCR单体的第一杂交区域互补的输出结构域；(b)使第一物类的LO
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HCR单体杂交至该引发剂，其中该第一物类任选包含可检测标签；(c)使第二物类的LO
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HCR单体杂交至第一物类的LO
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HCR单体的第二杂交区域，其中该第二物类任选包含可检测标签；和(d)重复步骤(b)至(c)一次或多次以产生可检测的聚合LO
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HCR产物。
[0029]在任何前述实施方案中，进行LO
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HCR反应可包括使目标核酸分子同时与至少第一和第二物类的LO
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HCR单体接触的步骤。
[0030]在任何前述实施方案中，其中LO
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HCR反应中的多个LO
‑
HCR单体的至少一部分可以用可检测标签标记，任选该第一物类的LO
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HCR单体可以设有可检测标签。在一些实本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.检测分析物的方法，所述方法包括：(i)进行线性寡核苷酸杂交链式反应(LO
‑
HCR)，其中使引发剂与至少第一和第二物类的多个LO
‑
HCR单体接触以生成杂交至目标核酸分子的聚合LO
‑
HCR产物，其中所述第一物类包含与所述引发剂互补的第一杂交区域和与所述第二物类互补的第二杂交区域，其中所述第一物类与所述第二物类是线性单链核酸分子；且其中所述引发剂以一个或多个部分提供，并直接或间接杂交至目标核酸分子或包含在目标核酸分子中；和(ii)检测所述聚合产物，由此检测所述分析物。2.权利要求1的方法，其中进行线性寡核苷酸杂交链式反应包括使目标核酸分子与引发剂接触以提供杂交至目标核酸分子的引发剂。3.权利要求1或权利要求2的方法，其中所述第一物类和/或所述第二物类不包含发夹结构。4.权利要求1至3任一项的方法，其中所述多个LO
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HCR单体不包含亚稳二级结构。5.权利要求1至4任一项的方法，其中所述多个LO
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HCR单体不包含长度超过大约5、大约10、或大约20个核苷酸的重复序列。6.权利要求1至5任一项的方法，其中所述LO
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HCR聚合物不包含支化结构。7.权利要求1至6任一项的方法，其中所述LO
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HCR单体的长度为大约10至大约100个核苷酸。8.权利要求1至7任一项的方法，其中第一物类的LO
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HCR单体杂交至第二物类的LO
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HCR单体，后者又杂交至第一物类的LO
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HCR单体。9.权利要求1至7任一项的方法，其中第一物类的LO
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HCR单体杂交至第二物类的LO
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HCR单体，后者又杂交至第三物类的LO
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HCR单体，后者又杂交至第四物类的LO
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HCR单体，后者又杂交至第一物类的LO
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HCR单体。10.权利要求1至9任一项的方法，其中所述分析物是细胞核酸分子，并且其中所述目标核酸分子是细胞核酸分子或由细胞核酸分子生成的核酸分子。11.权利要求10的方法，其中所述目标核酸分子包含含有指示所述细胞核酸分子的标记序列的报告基因。12.权利要求11的方法，其中所述引发剂直接或间接杂交至所述标记序列或包含在所述标记序列中。13.权利要求10至12任一项的方法，其中所述细胞核酸分子是DNA或RNA分子，包括gDNA、mRNA、miRNA、IncRNA。14.权利要求10至13任一项的方法，其中所述核酸分子是由所述细胞核酸分子生成的cDNA分子、包含所述细胞核酸分子的序列的扩增产物、或靶向所述细胞核酸分子的核酸探针或探针组件。15.权利要求10至12任一项的方法，其中所述分析物是非核酸分析物，任选脂质或蛋白质，并且其中所述目标核酸分子包含含有指示所述非核酸分析物的标记序列的报告基因。16.权利要求1至15任一项的方法，其中所述样品包含细胞，其中任选所述细胞被固定化、固定或悬浮。
17.权利要求1至16任一项的方法，其中所述分析物在组织样品中，任选在单个细胞中，原位检测。18.权利要求1至17任一项的方法，其中所述方法用于检测样品中的多种目标分析物，并对每种目标分析物提供至少一个目标核酸分子。19.权利要求18的方法，其中对每种目标分析物生成多个聚合产物。20.权利要求11至17任一项的方法，其中所述目标核酸分子包含所述标记序列的多个拷贝，使得可以由每个目标核酸分子引发多个LO
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HCR反应，和/或其中对每种目标分析物提供多个目标核酸分子。21.权利要求1至20任一项的方法，其中所述目标核酸分子是杂交探针，所述杂交探针能够杂交至所述分析物。22.权利要求21的方法，其中所述杂交探针包含能够杂交至目标分析物的目标结合结构域，和包含指示所述分析物的标记序列的至少一个拷贝的引发剂结合结构域。23.权利要求1至22任一项的方法，其中所述目标核酸分子是以一个或多个部分提供的可连...

【专利技术属性】
技术研发人员：M，
申请(专利权)人：一零X基因组学有限公司，
类型：发明
国别省市：