用基于病毒的基因疗法进行治疗的方法技术

提供了促进持续转基因表达的用于用基于病毒的基因疗法治疗患者的方法。所述方法包括向所述患者施用白介素

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用基于病毒的基因疗法进行治疗的方法
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求2019年6月20日提交的美国临时专利申请第62/864,404号和2019年6月26日提交的美国临时专利申请第62/867,172号的优先权，所述美国临时专利申请的内容据此出于所有目的通过引用以它们的整体并入本文。
[0003]资助声明
[0004]本专利技术部分地根据由国立卫生研究院授予的拨款号NIH NHLBI RC3 HL103396
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01在政府资助下完成。政府可享有本专利技术中的某些权利。

技术介绍

[0005]若干临床研究已证明源于非致病性腺相关病毒(AAV)的DNA病毒载体用于将转基因成功递送至需要基因疗法的患者中的用途，所述患者诸如是罹患血友病B的那些患者。AAV载体构建体通过用由启动子、目标转基因和多腺苷酸尾组成的治疗盒替换病毒基因来产生。尽管已在患者中实现功能性转基因表达，但已假定转基因源性蛋白质或酶的有效血浆水平的维持受限于针对AAV载体的免疫应答(IR)，从而导致成功转导的肝细胞的消除。参见Nathwani AC等人,The New England Journal of Medicine,371:1994
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2004(2014)以及Nathwani AC等人,The New England Journal of Medicine,365:2357
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65(2011)。
[0006]在一些情况下，用皮质类固醇成功治疗了在AAV载体输注后6
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10周在一些患者中观察到的无症状性丙氨酸转氨酶(ALT)水平增加，此使得能够维持转基因源性蛋白质或酶在血液中的活性水平。参见Nathwani AC等人,Hum.Gene Ther.,28:1004
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12(2017)，Nathwani AC等人,(2014)(上文)，以及Nathwani AC等人,(2011)(上文)。发现转氨酶升高和转基因表达的不稳定性与识别AAV衣壳的循环细胞毒性T细胞(CTL)的载体剂量依赖性产生相关联，从而得出结论：适应性CTL IR可能导致经转导肝细胞的清除和转基因表达的丧失。Nathwani AC等人,(2017)(上文)，Nathwani AC等人,(2014)(上文)，以及Nathwani AC等人,(2011)(上文)。
[0007]可经受基因疗法治疗的疾患中的一者是血友病B。血友病B是一种由凝血因子IX(FIX)的活性缺乏引起的出血病症，所述活性缺乏由X染色体上的F9基因中的突变所致。在患者中所见的出血倾向具有与循环FIX水平相关的可变严重性：<1％正常活性(重度疾病)与自发性出血相关联，通常是关节和肌肉内出血，而>5％至40％活性(轻度)与罕见自发性出血和更好的关节功能保留相关联。凝血因子水平相对适度增加至15
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20％被认为足以针对这些患者中的关节出血和它的相关致衰弱性影响进行保护。
[0008]用于血友病B的当前标准疗法涉及静脉内输注替代FIX凝血因子浓缩物作为预防或用以治疗出血发作。这具有若干缺点，包括频繁预防性输注(多达每周3次)的成本和不便，需要围绕凝血因子水平的峰值和谷值来计划身体活动，以及有突破性出血的可能。尽管以替代疗法进行管理，但血友病B仍旧对患病者的日常生活具有可观的负性影响。
[0009]基因疗法正作为一种用以通过将功能性人FIX基因递送至肝细胞中来维持这些患者中的有效循环FIX水平的潜在治愈性方法被研究。同样，导致持续基因表达的用基于病毒
的基因疗法治疗患者的方法正被研究。

技术实现思路

[0010]因此，本领域中需要改善常规基因疗法的方法。具体来说，需要改善非整合型病毒载体诸如腺病毒中短暂转基因表达的时长的方法。本公开解决本领域中的这些和其他问题，例如通过提供有助于在基于AAV病毒的基因疗法后的持续转基因表达的方法，例如通过相伴阻抑IL6信号传导路径和/或NCoR2/SMRT脱乙酰路径。
[0011]在一些实施方案中，本公开提供了一种用于用基于病毒的基因疗法治疗患者的方法，所述方法包括向所述患者施用白介素
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6(IL6)路径抑制剂和基于病毒的基因疗法载体。在一些实施方案中，IL6路径抑制剂是IL6的抑制剂或白介素
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6受体(IL6R)的抑制剂。在一些实施方案中，IL6路径抑制剂是抗IL6或抗IL6R单克隆抗体。
[0012]本公开还提供了用于鉴定可能更有利地对基因疗法例如基于腺病毒的基因疗法起响应的患者的方法。在一些实施方案中，这些方法包括确定患者是否具有使所述患者对持续的基于病毒的基因疗法敏感的基因型。在一些实施方案中，方法评估受试者是否具有阻抑IL6信号传导路径和/或NCoR2/SMRT脱乙酰路径的突变。
[0013]在一些实施方案中，此种方法包括确定患者是否具有使所述患者对由基于病毒的基因疗法载体达成的持续感染敏感的基因型，以及响应于所述患者具有所述基因型的确定，将基于病毒的基因疗法载体施用至所述患者。
[0014]在一些实施方案中，确定患者是否具有所述基因型包括评估以下中的一者或两者：患者是否在SMRT/NCOR2基因中具有与降低的SMRT/NCOR2蛋白功能相关联的突变，以及患者是否在白介素
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6受体(IL
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6R)基因中具有与降低的IL
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6R功能相关联的突变。
[0015]在一些实施方案中，使患者对由基于病毒的基因疗法载体达成的持续感染敏感的基因型包含患者的IL
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6R基因的至少一个拷贝中导致IL
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6R单倍体缺陷的突变。在一些实施方案中，患者的IL
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6R基因的至少一个拷贝中的突变是IL
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6R基因中的错义突变。
[0016]在一些实施方案中，使患者对由基于病毒的基因疗法载体达成的持续感染敏感的基因型包含患者的SMRT/NCOR2基因的两个拷贝中使编码的SMRT/NCOR2蛋白的蛋白功能相对于野生型SMRT/NCOR2蛋白功能降低至少75％的突变。
[0017]在一些实施方案中，患者是需要治疗与酶活性的水平不足相关的疾病的受试者。
[0018]在另一方面，本公开提供了一种用于治疗与酶活性的水平不足相关的疾病的方法。方法包括确定患者是否具有使所述患者对由基于病毒的基因疗法载体达成的持续感染敏感的基因型，以及响应于所述患者具有所述基因型的确定，将基于病毒的基因疗法载体施用至所述患者。
[0019]在一些实施方案中，在确定患者不具有所述基因型后，方法包括将具有酶活性的蛋白质治疗剂施用至患者。
[0020]在一些实施方案中，确定患者是否具有所述基因型包括评估以下中的一者或两者：患者是否在SMRT/NCOR2基因中具有与降低的SMRT/NCOR2蛋白功能相关联的突变，以及患者是否在白介素
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于用基于病毒的基因疗法治疗患者的方法，所述方法包括向所述患者施用：1)白介素
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6(IL6)路径抑制剂；和2)基于病毒的基因疗法载体。2.如权利要求1所述的方法，其中所述IL6路径抑制剂是白介素
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6(IL6)的抑制剂或白介素
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6受体(IL6R)的抑制剂。3.如权利要求2所述的方法，其中IL6的所述抑制剂是抗IL6单克隆抗体。4.如权利要求3所述的方法，其中所述抗IL6单克隆抗体是司妥昔单抗、奥洛珠单抗、伊斯利莫单抗、克拉扎珠单抗、斯如库单抗、吉瑞利珠单抗、FM101、MEDI5117。5.如权利要求2所述的方法，其中IL6R的所述抑制剂是抗IL6R单克隆抗体。6.如权利要求5所述的方法，其中所述抗IL6R单克隆抗体是托珠单抗、沙利鲁单抗、乐维利单抗、沃巴利珠单抗或萨特利珠单抗。7.如权利要求1所述的方法，其中所述IL6路径抑制剂是JAK/STAT3信号传导路径、Ras/MAPK信号传导路径或PI3K/Akt信号传导路径的抑制剂。8.如权利要求1至7中任一项所述的方法，其中在施用所述基于病毒的基因疗法载体之前至少两天施用所述白介素
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6(IL6)路径抑制剂。9.如权利要求1至8中任一项所述的方法，其中在施用所述基于病毒的基因疗法载体之后施用所述白介素
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6(IL6)路径抑制剂至少一次。10.一种用于用基于病毒的基因疗法治疗患者的方法，所述方法包括向所述患者施用：1)NCOR2/SMRT组蛋白脱乙酰路径的抑制剂；和2)基于病毒的基因疗法载体。11.如权利要求10所述的方法，其中所述NCOR2/SMRT组蛋白脱乙酰路径的所述抑制剂是组蛋白脱乙酰基酶(HDAC)抑制剂。12.如权利要求11所述的方法，其中所述HDAC抑制剂选自由伏立诺他、罗米地辛、贝利司他和帕比司他组成的组。13.如权利要求10所述的方法，其中所述NCOR2/SMRT组蛋白脱乙酰路径的所述抑制剂是NCOR2/SMRT基因沉默剂。14.如权利要求1至13中任一项所述的方法，其中所述基于病毒的基因疗法载体是工程改造的腺相关病毒(AAV)载体。15.如权利要求14所述的方法，其中所述AAV载体是血清型8AAV(AAV8)载体。16.如权利要求1
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15中任一项所述的方法，其中所述基于病毒的基因疗法载体编码选自由以下组成的组的蛋白质：凝血因子、丝氨酸蛋白酶、细胞因子、细胞因子受体蛋白的可溶性部分、免疫球蛋白、T细胞受体的可溶性部分、主要组织相容性复合体(MHC)蛋白的可溶性部分、补体调控蛋白、生长因子、激素受体蛋白的可溶性部分、胆固醇受体蛋白的可溶性部分、转录因子蛋白和代谢酶。17.如权利要求1
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15中任一项所述的方法，其中所述基于病毒的基因疗法载体编码选自由以下组成的组的凝血因子：因子VII多肽、因子VIII多肽、因子IX多肽和因子X多肽。18.如权利要求17所述的方法，其中所述因子VIII多肽是B结构域缺失的因子VIII构建体。19.如权利要求18所述的方法，其中所述B结构域缺失的因子VIII构建体由包含与选自
由SEQ ID NO:X[FVIII
‑
CS01]、SEQ ID NO:4[FVIII
‑
CS04]和SEQ ID NO:X[FVIII
‑
CS23]组成的组的核酸序列的至少95％序列同一性的核酸序列编码。20.如权利要求17所述的方法，其中所述因子IX多肽具有R338L氨基酸取代。21.如权利要求20所述的方法，其中所述因子IX多肽由选自SEQ ID NO:X[FXI
‑
CS02]、SEQ ID NO:X[FXI
‑
CS03]、SEQ ID NO:X[FXI
‑
CS04]、SEQ ID NO:X[FXI
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CS05]和SEQ ID NO:X[FXI
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CS06]的核酸序列编码。22.如权利要求1
‑
15中任一项所述的方法，其中所述基于病毒的基因疗法载体编码选自由以下组成的组的蛋白质：粒细胞
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巨噬细胞集落刺激因子(GM
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CSF)、类视黄醇异构水解酶(RPE65)、运动神经元存活蛋白1(SMN1)。23.如权利要求1
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15中任一项所述的方法，其中所述基于病毒的基因疗法载体选自由talimogene laherparepvec、voretigene neparvovec
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rzyl和onasemnogene abeparvovec
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xioi组成的组。24.如权利要求1
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23中任一项所述的方法，所述方法还包括将皮质类固醇的疗程施用至所述患者。25.如权利要求24所述的方法，其中在将所述基于病毒的基因疗法载体施用至所述患者之后施用所述皮质类固醇的所述疗程。26.如权利要求25所述的方法，其中所述皮质类固醇的所述疗程是逐渐缩减剂量的所述皮质类固醇。27.如权利要求24至26中任一项所述的方法，其中所述皮质类固醇是泼尼松龙或泼尼松。28.如权利要求27所述的方法，其中施用泼尼松龙或泼尼松的疗程包括：紧接在将所述基于病毒的基因疗法载体施用至所述患者之后，在第一周期间将每天40至80mg的泼尼松龙或泼尼松施用至所述患者；紧接在将所述基于病毒的基因疗法载体施用至所述患者之后，在第二周期间将每天20至60mg的泼尼松龙或泼尼松施用至所述患者；以及紧接在将所述基于病毒的基因疗法载体施用至所述患者之后，在第三周期间将每天10至50mg的泼尼松龙或泼尼松施用至所述患者。29.如权利要求24至28中任一项所述的方法，其中以低剂量施用所述皮质类固醇类固醇。30.如权利要求29所述的方法，其中以每天至多20mg的剂量将所述皮质类固醇施用至所述患者。31.如权利要求29所述的方法，其中以每天至多10mg的剂量将所述皮质类固醇施用至所述患者。32.如权利要求29所述的方法，其中以每天至多5mg的剂量将所述皮质类固醇施用至所述患者。33.一种用于用基于病毒的基因疗法治疗患者的方法，所述方法包括向所述患者施用：1)白介素
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6(IL6)路径抑制剂；2)基于病毒的基因疗法载体；和3)每天至多20mg的剂量的皮质类固醇。
34.如权利要求33所述的方法，其中以每天至多10mg的剂量施用所述皮质类固醇。35.如权利要求33所述的方法，其中以每天至多5mg的剂量施用所述皮质类固醇。36.一种用于用基于病毒的基因疗法治疗患者的方法，所述方法包括：通过以下中的一者或两者来确定所述患者是否具有使所述患者对由基于病毒的基因疗法载体达成的持续感染敏感的基因型：评估所述患者是否在SMRT/NCOR2基因中具有与降低的SMRT/NCOR2蛋白功能相关联的突变，以及评估所述患者是否在白介素
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6受体(IL
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6R)基因中具有与降低的IL
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6R功能相关联的突变；并且如果所述患者具有所述SMRT/NCOR2基因中与降低的SMRT/NCOR2蛋白功能相关联的突变或所述IL
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6R基因中与降低的IL
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6R功能相关联的突变，那么将基于病毒的基因疗法载体施用至所述患者。37.一种用于用基于病毒的基因疗法治疗患者的方法，所述方法包括：通过以下方式来确定所述患者是否具有使所述患者对由基于病毒的基因疗法载体达成的持续感染敏感的基因型：评估所述患者是否在白介素
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6受体(IL
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6R)基因中具有与降低的IL
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6R功能相关联的突变；并且如...

【专利技术属性】
技术研发人员：I，
申请(专利权)人：武田药品工业株式会社，
类型：发明
国别省市：