抗纽约食管鳞状细胞癌1(NY-ESO-1)抗原结合蛋白及其使用方法技术

本公开提供了与HLA展示的纽约食管鳞状细胞癌1(NY

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】抗纽约食管鳞状细胞癌1(NY
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ESO
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1)抗原结合蛋白及其使用方法
[0001]相关应用
[0002]本申请要求于2019年7月3日提交的美国临时专利申请第62/870,232号、2020年5月5日提交的美国临时专利申请第63/020,177号和2020年5月8日提交的美国临时专利申请第63/021,826号的优先权。上述每一个专利申请的全部内容通过引用并入本文。
[0003]序列表
[0004]本申请包含序列表，该序列表已以ASCII格式以电子方式提交，并在此通过引用整体并入。所述ASCII副本创建于2020年7月2日，命名为118003_10520_SL.txt，大小为245,227字节。


[0005]本公开涉及与HLA展示的纽约食管鳞状细胞癌1(NY
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1)肽特异性结合的抗原结合蛋白以及使用那些结合蛋白的治疗和诊断方法。

技术介绍

[0006]纽约食管鳞状细胞癌1(NY
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1)是一种癌睾丸抗原(CTA)，也称为CTAG1B。由CTAG1B基因编码的NY
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1的表达仅限于生殖细胞。然而，NY
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1经常重新由不同的肿瘤类型异常表达。CTAG1B基因的主要蛋白质产物是一个180个氨基酸长的18KDa蛋白质，具有富含甘氨酸的N末端区域和极其疏水的C末端区域。然而，NY
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1的功能仍不明确。
[0007]已经观察并分析了癌症患者对NY
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1的自发CD8
+
和CD4
+
T细胞反应，Jager,E.等人(1998)《实验医学杂志(J EXP Med)》187:265
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270；Jager E.等人(2000)《实验医学杂志》191:628
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630)。特别地，发现NY
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ESO
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1肽157
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165、157
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167和155
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163在肿瘤反应性CD8
+
T细胞系中受HLA
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A2的限制，而肽56
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62由HLA
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A31 CD8
+
T细胞识别(Jager等人(1998)《实验医学杂志》187:265
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270；Wang,R.F.等人(1998)《免疫学期刊(J.Immunol)》161:3598
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3606)。在CD4 T细胞反应中受HLA
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DR4限制的几种表位也已得到证实，并且对肽157
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170的反应受到HLA
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DP4的限制，HLA
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DP4是一种在大多数白种人中发现的等位基因(Jager等人(2000)《实验医学杂志》191:625
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630；Zang等人(2001)《美国科学院院报(Proc Natl Acd Sci USA)》98:3964
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3969)。
[0008]NY
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1引发自发体液和细胞免疫反应的能力，连同其受限的表达谱，使其成为癌症治疗的良好候选靶点。尽管NY
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1抗原已被评估为癌症候选疫苗，但几乎没有获得完整的体液和细胞免疫反应。事实上，使用NY
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1作为治疗靶点具有很大挑战性，因为难以设计靶向HLA呈递的抗原的抗原结合蛋白以及需要避免脱靶结合，以防止可能导致治疗功效降低和/或副作用(例如，降低肿瘤细胞杀伤活性和/或在受试者中引起副作用的非特异性细胞毒性)增加的非特异性结合。
[0009]因此，本领域对以高特异性靶向NY
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ESO
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1并治疗NY
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ESO
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1相关癌症的新治疗策略的需求未能得到满足。

技术实现思路

[0010]本公开提供了与HLA展示的纽约食管鳞状细胞癌1(NY
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ESO
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1)肽的构象表位特异性结合的抗原结合蛋白。本公开的抗原结合蛋白以高度的特异性与HLA展示的NY
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1结合，但不与相差2、3、4、5个或更多个氨基酸的HLA展示的肽结合。本公开的抗原结合蛋白允许NY
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ESO
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1肽呈递细胞(即，在其表面呈递与MHC分子(例如HLA
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A2)结合的NY
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1肽的细胞)，诸如表达NY
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1并且在一些实施例中刺激T细胞活化的癌细胞，的特异性靶向，以例如刺激T细胞介导的对此类细胞的杀伤。此外，当与可检测部分融合时，本公开的抗原结合蛋白实现了对NY
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ESO
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1肽呈递细胞的数量和分布的变化具有高度敏感性的NY
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1阳性疾病或病症的诊断和预后，这是一种比循环NY
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1水平更为相关的疾病进展量度。
[0011]本公开的抗原结合蛋白可以是抗体，诸如全长(例如，IgG1或IgG4抗体)抗体，或可以仅包含抗体的抗原结合部分(例如，Fab、F(ab')2或scFv片段)，并且可以被修改以影响功能性，例如，消除残余效应功能(Reddy等人(2000)《免疫学期刊(J.Immunol)》164:1925
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1933)。在一些实施例中，本公开的抗原结合蛋白可以是抗体或其抗原结合片段。在某些实施例中，抗原结合蛋白可以是双特异性的。
[0012]在第一方面，本公开提供了与HLA展示的纽约食管鳞状细胞癌1(NY
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ESO
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1)肽(诸如包含NY
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1的氨基酸残基157
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165的HLA展示的肽)的构象表位特异性结合的重组抗原结合蛋白。在某些实施例中，抗原结合蛋白是抗体。在一些实施例中，抗体是全人源抗体。
[0013]本公开的示例性抗HLA
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A2:NY
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1抗原结合蛋白列于本文的表1和2中。表1列出了示例性抗HLA
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A2:NY
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ESO
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1抗体的重链可变区(HCVR)、轻链可变区(LCVR)、重链互补决定区(HCDR1、HCDR2和HCDR3))和轻链本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种抗原结合蛋白，其与HLA
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A2:纽约食管鳞状细胞癌1肽(NY
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ESO
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1肽)复合物特异性结合，所述复合物的至少一个氨基酸对应于选自下组的氨基酸：SEQ ID NO:271的M160、W161和Q164。2.根据权利要求1所述的抗原结合蛋白，其中所述分离的抗原结合蛋白与HLA
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A2呈递的NY
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ESO
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1多肽的构象表位特异性结合。3.根据权利要求1或2所述的抗原结合蛋白，其中所述至少一个氨基酸是至少两个氨基酸。4.根据权利要求3所述的抗原结合蛋白，其中所述至少一个氨基酸是三个氨基酸。5.一种抗原结合蛋白，其与HLA
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A2:NY
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ESO
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1 157
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165肽复合物特异性结合，其中所述分离的抗原结合蛋白与所述NY
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ESO
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1 157
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165肽的氨基酸M160、W161和Q164相互作用，如通过分辨率为或更高的X射线晶体学方法所确定的。6.根据权利要求5所述的抗原结合蛋白，其中所述分辨率为或更高。7.根据权利要求6所述的抗原结合蛋白，其中所述分辨率为或更高。8.一种抗原结合蛋白，其与HLA
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A2:NY
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ESO
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1 157
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165肽复合物特异性结合，但不与一种或多种选自下组的脱靶肽特异性结合：BCL9L 1351
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1359(SEQ ID NO:273)、GRID1 7
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15(SEQ ID NO:274)、ZDHHC1 376
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384(SEQ ID NO:276)、ITCH 807
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815(SEQ ID NO:277)和URB1 1853
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1861(SEQ ID NO:280)，其中i)与经所述一种或多种脱靶肽脉冲的细胞结合的所述抗原结合蛋白与ii)未脉冲细胞的比率小于约9。9.根据权利要求8所述的抗原结合蛋白，其中所述比率小于约8。10.根据权利要求9所述的抗原结合蛋白，其中所述比率小于约7。11.根据权利要求10所述的抗原结合蛋白，其中所述比率小于约6。12.根据权利要求11所述的抗原结合蛋白，其中所述比率小于约5。13.根据权利要求12所述的抗原结合蛋白，其中所述比率小于约4。14.根据权利要求13所述的抗原结合蛋白，其中所述比率小于约3。15.根据权利要求14所述的抗原结合蛋白，其中所述比率小于约2。16.根据权利要求1至15中任一项所述的抗原结合蛋白，其中所述抗原结合蛋白与单体HLA
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A2:NY
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ESO
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1 157
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165肽复合物结合，结合解离平衡常数(K
D
)如在25℃下的表面等离子体共振测定中所测量的小于约1nM。17.根据权利要求1至16中任一项所述的抗原结合蛋白，其中所述NY
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ESO
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1肽包含SLLMWITQC(SEQ ID NO:269)或SLLMWITQV(SEQ ID NO:291)的氨基酸序列。18.根据权利要求1至17中任一项所述的抗原结合蛋白，其中所述抗原结合蛋白是全长抗体、Fab、Fab'、(Fab')2、Fv、单链Fv(scFv)、T体构建体或嵌合抗原受体(CAR)。19.根据权利要求19所述的抗原结合蛋白，其中所述抗原结合蛋白是CAR。20.根据权利要求19所述的CAR，其中所述CAR包含重链可变区(LCVR)、轻链可变区(LCVR)、铰链区、跨膜结构域、共刺激结构域和信号传导结构域。21.根据权利要求20所述的CAR，其中所述共刺激结构域是4
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1BB共刺激结构域。22.根据权利要求20所述的CAR，其中所述共刺激结构域是CD28共刺激结构域。23.根据权利要求1至22中任一项所述的抗原结合蛋白，其中所述抗原结合蛋白是人单克隆抗体或其抗原结合片段。
24.根据权利要求1至23中任一项所述的抗原结合蛋白，其包含三个重链互补决定区(CDR)(HCDR1、HCDR2和HCDR3)，包含在表1中所列的任何一个重链可变区(HCVR)序列中；和三个轻链CDR(LCDR1、LCDR2和LCDR3)，包含在表1中所列的任何一个轻链可变区(LCVR)序列中。25.根据权利要求24所述的抗原结合蛋白，其中所述HCVR序列选自下组：SEQ ID NO:2、22、42、142和250。26.根据权利要求24所述的抗原结合蛋白，其中所述LCVR序列选自下组：SEQ ID NO:10、30、50、150和260。27.根据权利要求24所述的抗原结合蛋白，其中所述HCVR/LCVR序列选自下组：SEQ ID NO:2/10、22/30、42/50、62/70、82/90、102/110、122/130、142/150、162/170、180/186、196/203、211/219、230/238和250/258。28.根据权利要求24所述的抗原结合蛋白，其中所述HCVR/HCVR序列选自下组：SEQ ID NO:2/10、22/30、42/50、142/150和250/258。29.根据权利要求1至25中任一项所述的抗原结合蛋白，其包含HCVR，具有选自表1中所列的HCVR序列的氨基酸序列。30.根据权利要求29所述的抗原结合蛋白，其中所述HCVR序列选自下组：SEQ ID NO:2、22、42、142和250。31.根据权利要求1至30中任一项所述的抗原结合蛋白，其包含LCVR，具有选自表1中所列的LCVR序列的氨基酸序列。32.根据权利要求31所述的抗原结合蛋白，其中所述LCVR序列选自下组：SEQ ID NO:10、30、50、150和260。33.根据权利要求1至32中任一项所述的抗原结合蛋白，其包含：(a)HCVR，具有选自表1中所列的HCVR序列的氨基酸序列；和(b)LCVR，具有选自表1中所列的LCVR序列的氨基酸序列。34.根据权利要求33所述的抗原结合蛋白，其中所述HCVR/LCVR序列选自下组：SEQ ID NO:2/10、22/30、42/50、62/70、82/90、102/110、122/130、142/150、162/170、180/186、196/203、211/219、230/238和250/258。35.根据权利要求34所述的抗原结合蛋白，其中所述HCVR/HCVR序列选自下组：SEQ ID NO:2/10、22/30、42/50、142/150和250/258。36.根据权利要求1至35中任一项所述的抗原结合蛋白，其包含：(a)HCDR1结构域，具有选自下组的氨基酸序列：SEQ ID NO:4、24、44、64、84、104、124、144、164、213、232和252；(b)HCDR2结构域，具有选自下组的氨基酸序列：SEQ ID NO:6、26、46、66、86、106、126、146、166、182、199、215、234和254；(c)HCDR3结构域，具有选自下组的氨基酸序列：SEQ ID NO:8、28、48、68、88、108、128、148、168、184、201、217、236和256；(d)LCDR1结构域，具有选自下组的氨基酸序列：SEQ ID NO:12、32、52、72、92、112、132、152、172、188、221、240和260；(e)LCDR2结构域，具有选自下组的氨基酸序列：SEQ ID NO:14、34、54、74、94、114、134、
154、174、242和262；和(f)LCDR3结构域，具有选自下组的氨基酸序列：SEQ ID NO:16、36、56、76、96、116、136、156、190、205、224、244和264。37.根据权利要求1至28和36中任一项所述的抗原结合蛋白，其中所述抗原结合蛋白包含与表1中所列的HCVR序列具有至少80％的序列同一性的HCVR。38.根据权利要求37所述的抗原结合蛋白，其中所述抗原结合蛋白包含与表1中所列的HCVR序列具有至少90％的序列同一性的HCV...

【专利技术属性】
技术研发人员：K，
申请(专利权)人：里珍纳龙药品有限公司，
类型：发明
国别省市：