使用修饰的核酸表达多肽的方法技术

本文涉及使用修饰的核酸表达多肽的方法。报道了用于在细胞中重组生产多肽的方法，包括步骤：培养包含编码多肽的核酸的细胞，从细胞或培养基中回收多肽，其中，多肽的每个氨基酸残基都是由至少一个密码子编码的，将编码相同氨基酸残基的不同密码子组合在一个组中，按其在组内的具体使用频率定义组内的每个密码子，一组内所有密码子的具体使用频率之和为100％，其中多肽编码核酸中的密码子使用频率与其在组内的具体使用频率几乎相同。与其在组内的具体使用频率几乎相同。

【技术实现步骤摘要】
使用修饰的核酸表达多肽的方法
[0001]本申请为2013年4月15日提交的、专利技术名称为“使用修饰的核酸表达多肽的方法”的PCT申请PCT/EP2013/057808的分案申请，所述PCT申请进入中国国家阶段的日期为2014年10月16日，申请号为201380020266.6。
[0002]本文报道的方法所属的领域是优化多肽编码核酸，和改善由本文报道的方法优化的核酸所编码的多肽的表达。
[0003]专利技术背景
[0004]Cannarozzi,G.等人报道了在翻译动力学中的密码子顺序的作用(Cell 141 (2010)355
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367)。Plotkin,J.B.和Kudla,G.报道了密码子偏爱的原因和后果(Nat.Rev.Gen.12(2011)32
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42)。Weygand
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Durasevic,I.和 Ibba,M.报道了密码子使用的新作用(Science 329(2010)1473
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1474)。 Itzkovitz,S.等人报道了蛋白质编码序列中的重叠代码(Gen.Res.20 (2010)1582
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1589)。
[0005]WO 97/11086中报道了高水平的蛋白质表达。WO 03/70957中报道了生产植物多肽。WO 03/85114中(报道了)用于设计在宿主细胞中优化蛋白质表达的合成核酸序列的方法。US 5,082,767中报道了密码子配对优化。 WO 2008/000632中报道了用于实现改良的多肽表达的方法。WO 2007/142954 和US 8,128,938中报道了密码子优化方法。
[0006]Watkins,N.E.等人报道了DNA二聚体中的脱氧次黄苷(deoxyinosine)对的最近邻热动力学(Nucl.Acids Res.33(2005)6258
‑
6267)。
[0007]专利技术概述已发现对于在细胞中表达多肽，使用具有本文报道特征的多肽编码核酸是有利的。多肽编码核酸的特征是每个氨基酸都是由一组密码子编码的，按组内的具体使用频率相对于该密码子在细胞基因组中的整体使用频率，来定义密码子组内的每个密码子，(总)多肽编码核酸中的密码子使用频率与相应组内的使用频率几乎相同。
[0008]本文报道的一个方面是用于在细胞中重组生产多肽的方法，包括步骤：培养包含编码多肽的核酸的细胞，从细胞或培养基中回收多肽，
[0009]其中，多肽的每个氨基酸残基都是由一个或多个(至少一个)密码子编码的，将编码相同氨基酸残基的(不同)密码子组合在一个组中，按其在组内的具体使用频率定义组内的每个密码子，一组内所有密码子的具体使用频率之和为100％，
[0010]其中多肽编码核酸中每个密码子的整体使用频率与其在组内的具体使用频率几乎相同。
[0011]在一个实施方案中，氨基酸残基G、A、V、L、I、P、F、S、T、N、Q、Y、 C、K、R、H、D和E分别由一组密码子编码，而氨基酸残基M和W由单个密码子编码。
[0012]在一个实施方案中，氨基酸残基G、A、V、L、I、P、F、S、T、N、Q、Y、 C、K、R、H、D和E分别由包含至少两个密码子的一组密码子编码，而氨基酸残基M和W由单个密码子编码。
[0013]在一个实施方案中，如果氨基酸残基实际只由1个密码子编码，则密码子的具体使用频率是100％。
[0014]在一个实施方案中，氨基酸残基G由最多4个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基A由最多4个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基V由最多4个密码
子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基L 由最多6个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基I由最多3个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基M实际只由1个密码子编码。在一个实施方案中，氨基酸残基P由最多4个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基F由最多2个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基W实际只由1个密码子编码。在一个实施方案中，氨基酸残基S由最多6个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基T由最多 4个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基N由最多2个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基Q由最多2个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基Y由最多2个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基C由最多2个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基K由最多2个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基R 由最多6个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基H由最多2个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基D由最多2个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基E由最多2个密码子的组编码。
[0015]在一个实施方案中，氨基酸残基G由1至4个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基A由1至4个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基V由1至4个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基L 由1至6个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基I由1至3个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基M由1个密码子的组编码，即，实际上由1个密码子编码。在一个实施方案中，氨基酸残基P由1 至4个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基F由1至2个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基W由1个密码子的组编码，即，实际上由1个密码子编码。在一个实施方案中，氨基酸残基S由1至6 个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基T由1至4个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基N由1至2个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基Q由1至2个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基Y由1至2个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基C由1至2个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基K由 1至2个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基R由1至6个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基H由1至2个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基D由1至2个密码子的组编码。在一个实施方案中，氨基酸残基E由1至2个密码子的组编码。
[0016]在一个实施方案中，每个组仅包括在细胞基因组中的整体使用频率大于5％的密码子。在一个实施方案中，每个组仅包括在细胞基因组中的整体使用频率为8％或更高的密码子。在一个实施方案中，每个组仅包括在细胞基因组中的整体使用频率为10％或更高的密码子。在一个实施方案中，每个组仅包括在细胞基因组中的整体使用频率为15％或更高的密码子。
[0017]在一个实施方案中，编码多肽的核酸中特定氨基酸残基的密码子顺序按5
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至3
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方向是，即，对应于，相应氨基酸密码子基序中的密码子顺序。
[0018]在一个实施方案中，对于从多肽的N
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末端开始，多肽中每个顺序出现的特定氨基酸，编码核酸包括与各特定氨基酸在氨基酸密本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.用于在细胞中重组生产多肽的方法，包括步骤：培养包含编码多肽的核酸的细胞，从细胞或培养基中回收多肽，其中，多肽的每个氨基酸残基都是由至少一个密码子编码的，将编码相同氨基酸残基的不同密码子组合在一个氨基酸密码子基序内，其中编码多肽的核酸中特定氨基酸残基的密码子顺序按5
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至3
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方向，即，对应于相应氨基酸密码子基序中的密码子顺序；其中对于从多肽的N
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末端开始，多肽中每个顺序出现的特定氨基酸，编码核酸为与各特定氨基酸的氨基酸密码子基序中相应顺序位置上的密码子相同的密码子；其中在多肽中特定氨基酸下一次出现时，已经到达氨基酸密码子基序的最后一个密码子后，编码核酸为位于氨基酸密码子基序的第一位上的密码子，依此类推；其中细胞是CHO细胞，其中针对如下的氨基酸密码子基序：丙氨酸选自SEQ ID NO:64、65、66、67和68，和/或精氨酸选自SEQ ID NO:69和70，和/或天冬酰胺选自SEQ ID NO:71和72，和/或天冬氨酸选自SEQ ID NO:73和74，和/或,半胱氨酸选自SEQ ID NO:75和76，和/或谷氨酰胺选自SEQ ID NO:77、78、79和80，和/或谷氨酸选自SEQ ID NO:81和82，和/或甘氨酸选自SEQ ID NO:83和84，和/或组氨酸选自SEQ ID NO:85和86，和/或异亮氨酸选自SEQ ID NO:87和88，和/或亮氨酸选自SEQ ID NO:89、90和91，和/或赖氨酸选自SEQ ID NO:92和93，和/或苯丙氨酸选自SEQ ID NO:94和95，和/或脯氨酸选自SEQ ID NO:96和97，和/或丝氨酸选自SEQ ID NO:98、99和100，和/或苏氨酸选自SEQ ID NO:101、102和103，和/或酪氨酸选自SEQ ID NO:104和105，和/或缬氨酸选自SEQ ID NO:106、107和108，其中氨基酸残基M和W由单个密码子编码。2.根据权利要求1的方法，其中多肽是抗体、或抗体片段、或抗体融合多肽。3.编码多肽的核酸，其特征是多肽的每个氨基酸残基都是由至少一个密码子编码的，将编码相同氨基酸残基的不同密码子组合在一个氨基酸密码子基序内，其中编码多肽的核酸中特定氨基酸残基的密码子顺序按5
’
至3
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方向，即，对应于相应氨基酸密码子基序中的密码子顺序；其中对于从多肽的N
‑
末端开始，多肽中每个顺序出现的特定氨基酸，编码核酸包括与各特定氨基酸的氨基酸密码子基序中相应顺序位置上的密码子相同的密码子；其中在多肽中特定氨基酸下一次出现时，已经到达氨基酸密码子基序的最后一个密码
子后，编码核酸包括位于氨基酸密码子基序的第一位上的密码子；其中针对如下的氨基酸密码子基序：丙氨酸选自SEQ ID NO:64、65、66、67和68，和/或精氨酸选自SEQ ID NO:69和70，和/或天冬酰胺选自SEQ ID NO:71和72，和/或天冬氨酸选自SEQ ID NO:73和74，和/或,半胱氨酸选自SEQ ID NO:75和76，和/或谷氨酰胺选自SEQ ID NO:77、78、79和80，和/或谷氨酸选自SEQ ID NO:81和82，和/或甘氨酸选自SEQ ID NO:83和84，和/或组氨酸选自SEQ ID NO:85和86，和/或异亮氨酸选自SEQ ID NO:87和88，和/或亮氨酸选自SEQ ID NO:89、90和91，和/或赖氨酸选自SEQ ID NO:92和93，和/或苯丙氨酸选自SEQ ID NO:94和95，和/或脯氨酸选自SEQ ID NO:96和97，和/或丝氨酸选自SEQ ID NO:98、99和100，和/或苏氨酸选自SEQ ID NO:101、102和103，和/或酪氨酸选自SEQ ID NO:104和105，和/或缬氨酸选自SEQ ID NO:106、107和108，其中氨基酸残基M和W由单个密码子编码。4.包含根据权利要求3的核酸的CHO细胞。5.用于增加原核细胞中的多肽表达的方法，包括步骤：
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提供编码多肽的核酸,其中多肽的每个氨基酸残基都是由至少一个密码子编码的，将编码相同氨基酸残基的不同密码子组合在一个组中，按其在组内的具体使用频率定义组内的每个密码子，一组内所有密码子的具体使用频率之和为100％，其中多肽编码核酸中的密码子使用频率与其组内的具体使用频率几乎相同。6.一种增加多肽在CHO细胞中表达的方法，包括以下步骤，
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提供编码根据权利要求3的多肽的核酸。7.一种在细胞中重组产生多肽的方法，包括培养包含编码该多肽的核酸的细胞，并从该细胞或培养基中回收该多肽的步骤，其中多肽的每个氨基酸残基都是由至少一个密码子编码的，将编码相同氨基酸残基的不同密码子组合在一个氨基酸密码子基序内，其中编码多肽的核酸中特定氨基酸残基的密码子顺序按5
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至3
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方向，即，对应于相应氨基酸密码子基序中的密码子顺序；其中对于从多肽的N
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末端开始，多肽中每个顺序出现的特定氨基酸，编码核酸为与各特定氨基酸的氨基酸密码子基序中相应顺序位置上的密码子相同的密码子；其中在多肽中特定氨基酸下一次出现时，已经到达氨基酸密码子基序的最后一个密码
子后，编码核酸为位于氨基酸密码子基序的第一位上的密码子，依此类推；其中所述细胞是BHK细胞，其中针对如下的氨基酸密码子基序：丙氨酸选自SEQ ID NO:64、65、6...

【专利技术属性】
技术研发人员：S，
申请(专利权)人：弗，
类型：发明
国别省市：