与猪肌肉滴水损失性状关联的SNP分子标记及其应用制造技术

本申请实施例公开了一种大白猪肌肉滴水损失关联的SNP分子标记及其应用。该SNP分子标记为猪基因HOXA5内含子变体多态性核苷酸位点rs81470247，该位点上下游100bp的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，该序列的第101位碱基处存在突变，其中碱基K是T或G，导致多态性。本申请还开发了用于该SNP分子标记的引物，并以此建立了通过鉴定该SNP标记来筛选低滴水损失的大白猪品系的方法，为选育低滴水损失大白猪品系、优质猪肉选育或含量检测提供帮助，具有重要的食用价值、经济效益与社会价值。经济效益与社会价值。经济效益与社会价值。

【技术实现步骤摘要】
与猪肌肉滴水损失性状关联的SNP分子标记及其应用


[0001]本申请涉及猪肌肉滴水损失分子标记
，尤其涉及与猪肌肉滴水损失性状关联的SNP分子标记及其应用。

技术介绍

[0002]猪肉的持水力(WHC,water holding capacity)是指当肌肉受到如加压、切碎、加热、冷冻、贮存、加工等外力作用时，对其组织内水分的保持能力或向其中添加水分时的水合能力。猪肉的持水力是衡量其品质和经济价值的一项重要指标。如果肌肉的持水力差，从家畜屠宰后到肉被烹饪前的一段时间内，肉会因失水而导致失重，造成经济损失。
[0003]现有技术常用滴水损失(DL,drip loss)度量持水力，实质是指在不施加任何外力，只受重力作用下，蛋白质系统的液体损失量，或称贮存损失和自由滴水。DL测定值与持水力呈负相关，即滴水损失越大，则肌肉的系水力越差，滴水损失越小，则肌肉系水力越好。滴水损失能较好地模拟鲜肉在自然吊挂以及贮存销售过程中水分的流失状况，更能反应生产过程中水分的流失状况。
[0004]现有技术中已经发现了MAMSTR基因rs337473375位点、RYR1基因g.1843C>T位点和PHKG1基因的rs697732005位点是影响苏淮猪肉滴水损失的候选基因位点，可作为降低苏淮猪肉滴水损失的潜在分子标记。另外，有文献公开，FASTKD2及MDH1B基因进行cDNA测序发现两个错义突变位点，其中FASTKD2中错义突变SNP g.6742G>A的次等位基因频率为0.4，它与糖原含量、滴水损失关联分析所得P值分别为4.47
×
10
‑4、5.37
×
10
‑4，其亦可以作为种猪肉质选育的一个分子标记。
[0005]由此可见，滴水损失性状关联所涉及基因庞杂，继续深入研究和探索与其相关联的基因及多态性位点仍然具有十分现实的意义。

技术实现思路

[0006]有鉴于此，本申请的目的在于至少提供一种有别现有技术的不同基因或位点的分子标记，以为丰富和探索猪滴水损失性状关联的基因以及为高质量肉质猪品系选育提供帮助。
[0007]第一方面，本申请实施例公开了一种大白猪肌肉滴水损失关联的SNP分子标记，所述SNP分子标记为猪基因HOXA5内含子变体多态性核苷酸位点rs81470247，该位点上下游100bp的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，该序列的第101位处的碱基是T或G，导致多态性。
[0008]在本申请实施例中，基因型为TT的个体肌肉滴水损失比例显著低于基因型TG和GG的个体。
[0009]第二方面，本申请实施例公开了用于PCR扩增第一方面的SNP分子标记相关序列的引物对，具有如SEQ ID NO.2～3所示的核苷酸序列。
[0010]第三方面，本申请实施例公开了一种检测与大白猪肌肉滴水损失性状相关SNP分子标记的方法，包括PCR扩增SEQ ID NO.1所示的序列，并对扩增产物进行测序，判断序列第
101位碱基处的多态性。
[0011]具体的实施例中，所述方法包括如下步骤：
[0012]取大白猪的组织样品，并提取总DNA；
[0013]用已提取的总DNA为模板，使用如SEQ ID NO.2～3所示的引物进行PCR扩增；
[0014]对所述扩增的产物进行测序，根据测序结果，判读在SEQ ID NO.1所示序列第101位的T/G多态性。
[0015]第四方面，本申请实施例公开了一种筛选低肌肉滴水损失的大白猪品系的方法，包括检测猪基因HOXA5内含子变体多态性核苷酸位点rs81470247的基因型，选育基因型为TT的个体为种猪。
[0016]第五方面，本申请实施例公开了第一方面的SNP分子标记、或第二方面的引物对在大白猪低肌肉滴水损失品系育种、优质猪肉选育或含量检测中的应用。
[0017]与现有技术相比，本申请至少具有以下有益效果：
[0018]本申请实施例发现了与大白猪肌肉滴水损失相关联的SNP位点，开发了用于该位点的引物对；并以此建立了通过鉴定该SNP标记来筛选低滴水损失的大白猪品系的方法，为选育低滴水损失大白猪品系、优质猪肉选育或含量检测提供帮助，具有重要的食用价值、经济效益与社会价值。
附图说明
[0019]图1为本申请实施例提供的与大白猪肌肉滴水损失性状相关联分子标记的曼哈顿图；图中，水平线以上代表有关联的标记，由此说明，该分子标记位于大白猪第18号染色体上。
[0020]图2为本请实施例提供的大白猪基因组DNA的凝胶电泳图，M泳道表示10000bp Marker分子量标准，1、2泳道表示提取的基因组DNA，其中，10000bp Marker分子量条带，从上到下依次为10000bp、7000bp、4000bp、2000bp、1000bp、500bp、200bp。
[0021]图3为本请实施例提供的所筛选的分子标记所在DNA片段的凝胶电泳图，M泳道表示1000bp Marker分子量标准，1
‑
3泳道表示不同退火温度所扩增的DNA产物，退火温度依次为：55℃、58℃、60℃。其中，1000bp Marker分子量条带，从上到下依次为1000bp、700bp、500bp、400bp、300bp、200bp、100bp。
[0022]图4为本请实施例提供的SNP突变位点的序列比对分型图，其中箭头处表示突变位点。
具体实施方式
[0023]为了使本申请的目的、技术方案及优点更加清楚明白，以下结合实施例对本申请进行进一步详细说明。应当理解，此处所描述的具体实施例仅仅用以解释本申请，并不用于限定本申请。
[0024]一、试验样品采集
[0025]实验猪群来自湖北某种猪场的1197头纯种大白猪公猪(已阉割，体重为90kg左右)。猪群自由采食、饮水，整个饲喂方式、饲养条件等始终保持一致，为常规方法。
[0026]在屠宰前，采集所有试验猪的耳组织样品，放入75％乙醇中保存，为提取猪基因组
DNA备用，具体方法参照北京天根生化技术有限公司生产的基因组DNA试剂盒提供的说明书。
[0027]屠宰完后，从胸、腰椎间砍断脊柱与眼肌。然后切取左半胴体背最长肌为肉样，用于肌肉品质测定。
[0028]二、猪背最长肌滴水损失测定
[0029]猪宰后2h以内，切取厚约8cm肉块，剔除肉块外周肌膜，顺肉块纤维走向修整成4个大小为2
×2×
2cm3的试样；将测定管编号，放入试管架中；称量试样放入前的质量记为m1；将测定管2～4℃放置48h，取出试样，用滤纸轻轻吸干表层残留液体，称量试样放入后的质量记为m2；同一样品测定4个试样，用平均值表述测定结果。
[0030]三、猪基因组DNA的提取与检测
[0031]本试验采用北京天根生化技术有限公司生产的基因组DNA试剂盒(TIANamp Genomic DNA Kit)从猪本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种大白猪肌肉滴水损失关联的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记为猪基因HOXA5内含子变体多态性核苷酸位点rs81470247，该位点上下游100bp的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，该序列的第101位处的碱基是T或G，导致多态性。2.根据权利要求1所示的SNP分子标记，其特征在于，基因型为TT的个体肌肉滴水损失比例显著低于基因型TG和GG的个体。3.用于PCR扩增权利要求1所述的SNP分子标记相关序列的引物对，具有如SEQ ID NO.2～3所示的核苷酸序列。4.一种检测与大白猪肌肉滴水损失性状相关SNP分子标记的方法，其特征在于，包括PCR扩增SEQ ID NO.1所示的序列，并对扩增...

【专利技术属性】
技术研发人员：曹建华，张晓倩，赵书红，余梅，
申请(专利权)人：华中农业大学，
类型：发明
国别省市：