一种预测鸡蛋壳颜色的方法及其专用的SNP位点技术

本发明专利技术公开了一种预测鸡蛋壳颜色的方法，包括如下步骤：检测待测鸡个体基于SNP1位点、SNP2位点、SNP3位点和/或SNP4位点的基因型，如果待测鸡个体的基因组中基于SNP1位点的基因型为CC纯合型、基于SNP2位点的基因型为GG纯合型、基于SNP3位点的基因型为GG纯合型和/或基于SNP4位点的基因型为AA纯合型，则鸡蛋壳颜色为或疑似为白壳；SNP1位点、SNP2位点、SNP3位点和SNP4位点依次位于鸡基因组第12号染色体的第3345012位、第3345976位、第3346276位和第3348704位。本发明专利技术提供的方法可以早期预测鸡个体、鸡品系或鸡品种的蛋壳颜色，具有重要的应用价值。应用价值。

【技术实现步骤摘要】
一种预测鸡蛋壳颜色的方法及其专用的SNP位点


[0001]本专利技术属于生物
，具体涉及一种预测鸡蛋壳颜色的方法及其专用的SNP位点。

技术介绍

[0002]家禽蛋壳颜色具有重要的经济价值，消费者对不同的蛋壳颜色具有一定的偏好性，因此有必要对蛋壳颜色性状进行研究和选育。鸡蛋壳颜色主要有褐壳、白壳和绿壳三种，主要蛋壳色素是原卟啉
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IX和胆绿素，这两种色素的含量和比例不同会导致不同的蛋壳颜色。家禽蛋壳颜色长期受到关注，但它的形成机制还没有得到完整的解析。根据已有研究成果，褐壳蛋性状是受到多基因控制的数量性状，而白壳蛋性状是受到单基因或者少数基因控制的质量性状，绿壳蛋性状是由SLCO1B3基因控制的。从遗传角度来讲，褐壳蛋鸡携带褐壳基因产生褐壳鸡蛋，白壳蛋鸡在褐壳基因位点呈隐性或者在其他位点存在常染色体隐性基因抑制蛋壳色素的产生、转运或者沉积都会产生白壳鸡蛋。白壳蛋鸡主要以白来航鸡为主，而产白壳蛋的商品鸡是在白来航鸡的基础上培育的。
[0003]近年来，SNP作为第三代分子标记，以其数量多、分布广、遗传稳定等优点受到广泛重视。基于白壳蛋鸡、褐壳蛋鸡和绿壳蛋鸡的基因信息进行分析，可以挖掘更加稳定高效的SNP位点。因此，有必要探索基于SNP位点多态性进行鸡蛋壳颜色预测或辅助预测的方法。

技术实现思路

[0004]本专利技术的目的是预测或辅助预测鸡蛋壳颜色，从而进行鸡品种或品系的选育。
[0005]本专利技术首先保护用于检测鸡基因组中基于SNP1位点的基因型的物质甲、基于SNP2位点的基因型的物质乙、基于SNP3位点的基因型的物质丙和/或基于SNP4位点的基因型的物质丁在预测或辅助预测鸡蛋壳颜色中的应用。
[0006]本专利技术还保护用于检测鸡基因组中基于SNP1位点的基因型的物质甲、基于SNP2位点的基因型的物质乙、基于SNP3位点的基因型的物质丙和/或基于SNP4位点的基因型的物质丁在制备用于预测或辅助预测鸡蛋壳颜色的试剂盒中的应用。
[0007]用于检测鸡基因组中基于SNP1位点的基因型的物质甲、基于SNP2位点的基因型的物质乙、基于SNP3位点的基因型的物质丙和/或基于SNP4位点的基因型的物质丁在筛选或辅助筛选生产白壳蛋或褐壳蛋的鸡个体、鸡品系或鸡品种中的应用也属于本专利技术的保护范围。
[0008]用于检测鸡基因组中基于SNP1位点的基因型的物质甲、基于SNP2位点的基因型的物质乙、基于SNP3位点的基因型的物质丙和/或基于SNP4位点的基因型的物质丁在制备用于筛选或辅助筛选生产白壳蛋或褐壳蛋的鸡个体、鸡品系或鸡品种的试剂盒中的应用也属于本专利技术的保护范围。
[0009]用于检测鸡基因组中基于SNP1位点的基因型的物质甲、基于SNP2位点的基因型的物质乙、基于SNP3位点的基因型的物质丙和/或基于SNP4位点的基因型的物质丁在鸡遗传
育种中的应用也属于本专利技术的保护范围。
[0010]上述任一所述的应用中，所述物质甲、所述物质乙、所述物质丙或所述物质丁可为引物。
[0011]上述任一所述的应用中，所述物质甲、所述物质乙、所述物质丙或所述物质丁可为进行鸡基因组测序所需的物质。
[0012]本专利技术还保护鸡基因组中SNP1位点、SNP2位点、SNP3位点和/或SNP4位点的基因型的应用，可为A1)
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A3)中的至少一种：
[0013]A1)预测或辅助预测鸡蛋壳颜色；
[0014]A2)筛选或辅助筛选生产白壳蛋或褐壳蛋的鸡个体、鸡品系或鸡品种；
[0015]A3)鸡遗传育种。
[0016]上述任一所述的应用中，如果鸡个体、鸡品系或鸡品种的基因组中基于SNP1位点的基因型为CC纯合型、基于SNP2位点的基因型为GG纯合型、基于SNP3位点的基因型为GG纯合型和/或基于SNP4位点的基因型为AA纯合型，则鸡蛋壳颜色为或疑似为白壳；如果鸡个体、鸡品系或鸡品种的基因组中基于SNP1位点的基因型为TT纯合型、基于SNP2位点的基因型为AA纯合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型和/或基于SNP4位点的基因型为GG纯合型，则鸡蛋壳颜色为或疑似为褐壳。
[0017]本专利技术还保护一种预测或辅助预测鸡蛋壳颜色的方法，可包括如下步骤：检测待测鸡个体、鸡品系或鸡品种基于SNP1位点、SNP2位点、SNP3位点和/或SNP4位点的基因型，然后进行如下判断：
[0018]如果待测鸡个体、鸡品系或鸡品种的基因组中基于SNP1位点的基因型为CC纯合型、基于SNP2位点的基因型为GG纯合型、基于SNP3位点的基因型为GG纯合型和/或基于SNP4位点的基因型为AA纯合型，则鸡蛋壳颜色为或疑似为白壳；
[0019]如果待测鸡个体、鸡品系或鸡品种的基因组中基于SNP1位点的基因型为TT纯合型、基于SNP2位点的基因型为AA纯合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型和/或基于SNP4位点的基因型为GG纯合型，则鸡蛋壳颜色为或疑似为褐壳。
[0020]本专利技术还保护一种筛选或辅助筛选生产白壳蛋或褐壳蛋的鸡个体、鸡品系或鸡品种的方法，可包括如下步骤：检测待测鸡个体、鸡品系或鸡品种基于SNP1位点、SNP2位点、SNP3位点和/或SNP4位点的基因型，然后进行如下判断：
[0021]如果待测鸡个体、鸡品系或鸡品种的基因组中基于SNP1位点的基因型为CC纯合型、基于SNP2位点的基因型为GG纯合型、基于SNP3位点的基因型为GG纯合型和/或基于SNP4位点的基因型为AA纯合型，则该待测鸡个体、鸡品系或鸡品种为或疑似为生产白壳蛋的鸡个体、鸡品系或鸡品种；
[0022]如果待测鸡个体、鸡品系或鸡品种的基因组中基于SNP1位点的基因型为TT纯合型、基于SNP2位点的基因型为AA纯合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型和/或基于SNP4位点的基因型为GG纯合型，则该待测鸡个体、鸡品系或鸡品种为或疑似为生产褐壳蛋的鸡个体或鸡品种。
[0023]上述任一所述的方法中，所述检测待测鸡个体、鸡品系或鸡品种基于SNP1位点、SNP2位点、SNP3位点和/或SNP4位点的基因型的方法可为直接测序。
[0024]上述任一所述的方法中，所述检测待测鸡个体、鸡品系或鸡品种基于SNP1位点、
SNP2位点、SNP3位点和/或SNP4位点的基因型的方法可为利用引物进行PCR扩增，然后测序。所述引物用于扩增所述SNP位点。
[0025]上述任一所述SNP1位点位于鸡基因组第12号染色体的第3345012位。
[0026]上述任一所述SNP2位点位于鸡基因组第12号染色体的第3345976位。
[0027]上述任一所述SNP3位点位于鸡基因组第12号染色体的第3346276位。
[0028]上述任一所述SNP4位点位于鸡基因组第12号染色体的第3348704位。
[0029]本专利技术通过比较鸡个体的测序数据，获得4个SNP位点；之后通过基因组重测序技术获得不同蛋壳颜色群体中4本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.用于检测鸡基因组中基于SNP1位点的基因型的物质甲、基于SNP2位点的基因型的物质乙、基于SNP3位点的基因型的物质丙和/或基于SNP4位点的基因型的物质丁在预测或辅助预测鸡蛋壳颜色中的应用；SNP1位点位于鸡基因组第12号染色体的第3345012位；SNP2位点位于鸡基因组第12号染色体的第3345976位；SNP3位点位于鸡基因组第12号染色体的第3346276位；SNP4位点位于鸡基因组第12号染色体的第3348704位。2.用于检测鸡基因组中基于SNP1位点的基因型的物质甲、基于SNP2位点的基因型的物质乙、基于SNP3位点的基因型的物质丙和/或基于SNP4位点的基因型的物质丁在制备用于预测或辅助预测鸡蛋壳颜色的试剂盒中的应用；SNP1位点位于鸡基因组第12号染色体的第3345012位；SNP2位点位于鸡基因组第12号染色体的第3345976位；SNP3位点位于鸡基因组第12号染色体的第3346276位；SNP4位点位于鸡基因组第12号染色体的第3348704位。3.用于检测鸡基因组中基于SNP1位点的基因型的物质甲、基于SNP2位点的基因型的物质乙、基于SNP3位点的基因型的物质丙和/或基于SNP4位点的基因型的物质丁在筛选或辅助筛选生产白壳蛋或褐壳蛋的鸡个体、鸡品系或鸡品种中的应用；SNP1位点位于鸡基因组第12号染色体的第3345012位；SNP2位点位于鸡基因组第12号染色体的第3345976位；SNP3位点位于鸡基因组第12号染色体的第3346276位；SNP4位点位于鸡基因组第12号染色体的第3348704位。4.用于检测鸡基因组中基于SNP1位点的基因型的物质甲、基于SNP2位点的基因型的物质乙、基于SNP3位点的基因型的物质丙和/或基于SNP4位点的基因型的物质丁在制备用于筛选或辅助筛选生产白壳蛋或褐壳蛋的鸡个体、鸡品系或鸡品种的试剂盒中的应用；SNP1位点位于鸡基因组第12号染色体的第3345012位；SNP2位点位于鸡基因组第12号染色体的第3345976位；SNP3位点位于鸡基因组第12号染色体的第3346276位；SNP4位点位于鸡基因组第12号染色体的第3348704位。5.用于检测鸡基因组中基于SNP1位点的基因型的物质甲、基于SNP2位点的基因型的物质乙、基于SNP3位点的基因型的物质丙和/或基于SNP4位点的基因型的物质丁在鸡遗传育种中的应用。6.如权利要求1至5任一所述的应用，其特征在于：所述物质甲、所述物质乙、所述物质丙或所述物质丁为引物。7.鸡基因组中SNP1位点、SNP2位点、SNP3位点和/或SNP4位点的基因型的应用，为A1)
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A3)中的至少一种：A1)预测或辅助预测鸡蛋壳颜色；A2)筛选或辅助筛选生产白壳蛋...

【专利技术属性】
技术研发人员：邓学梅，华国营，李俊英，陈建飞，李锦南，
申请(专利权)人：中国农业大学，
类型：发明
国别省市：