一种肉用绵羊繁殖性能SNP位点组合及其应用制造技术

本发明专利技术公开一种肉用绵羊繁殖性能SNP位点组合及其应用，涉及基因育种技术领域，本发明专利技术提供的位点组合包括2917个SNP位点，其物理位置信息基于绵羊v4.0基因组序列比对确定，所述SNP位点为SNP0001

【技术实现步骤摘要】
一种肉用绵羊繁殖性能SNP位点组合及其应用


[0001]本专利技术涉及生物
，尤其涉及一种肉用绵羊繁殖性能SNP位点组合及其应用。

技术介绍

[0002]绵羊是最早驯化的家养动物，也是我国最常见的一种养殖动物，随着人类的活动及选择，具有不同优质资源的绵羊品种逐渐形成，然而在实际生产中，国内外绵羊品种种类繁多，个体差异大，要选择具有特定目标性状的品种进行饲养生产，从而获得更高的经济价值或市场效益成为绵羊养殖的重大难题之一。
[0003]绵羊选择育种的历史中，经历了从经验育种到育种理论和方法的探索，有选择学说，纯系学说，回交育种、轮回育种、诱变育种、单粒传、理想株型；再到标记辅助选择育种，探索了各种各样的标记，比如扩增片段长度多态性标记辅助选择(AFLP)、微卫星标记辅助选择(SSR)和单核苷酸多态性标记辅助选择(SNP)。
[0004]目前，分子标记技术由于其准确度高、可操作性强等优点越来越受到重视，其中基于单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNP）的分子标记技术应用得越来越广泛。SNP作为生物基因组中的一种遗传分子标记，在动植物遗传进化分析、重要经济形状筛选、分子育种等方面起着越来越重要的作用。基于SNP的SNP芯片是进行现代遗传育种便捷高效的工具，由于其容易实现SNP高通量、自动化检测，可以检测出基因组 DNA上每个碱基对的变化，包括插入、缺失、颠倒、转换等，已经成为非常理想的SNP检测技术，在绵羊育种领域中的运用也越来越多。
[0005]绵羊现有的商业化SNP芯片有Illumina Ovine SNP50 Beadchip（50K）、 Illumina Sheep HD Genotyping Beadchip（680K）和Illumina Ovine LD（5K），前两者是在学术生产研究中最为常用的。其中 IlluminaOvine SNP50Beadchip 是 Illumina 公司与UCSC、CSIRO、USDA 及 Agresearch 等研究团队和机构共同研制，包括覆盖绵羊全基因组的超过 54K 个 SNP 位点，可用于遗传育种、全基因组关联分析、数量性状基因座定位、基因优选及比较基因组学等研究。而Illumina Sheep HD Genotyping Beadchip（680K）同为Illumina 公司生产的 SNP芯片，是由国际绵羊基因组协会（ISGC）在 Ovine SNP50 的基础上进行扩增的高密度芯片。但是现有的绵羊SNP芯片主要依据西方品种绵羊的数据，缺乏中国绵羊品种与国外绵羊品种结合的 SNP 数据，存在位点均匀性不足、对功能性位点和区域的体现不足、超过10%的位点在中国绵羊群体为极低频位点等诸多问题，设计一款适用于中国绵羊群体且能对繁殖功能进行快速有效检测SNP芯片，有着十分重要的意义。

技术实现思路

[0006]为满足我国当前育种生产上对繁殖性能方向的芯片位点功能检测、功能研究方面的需求，本专利技术提供了一种基于世界范围内的16个野羊（亚洲摩弗伦）和232个家羊个体的高深度全基因组重测序数据，以绵羊 v4.0基因组为参考，结合已有的与绵羊繁殖功能相关
的研究，获得了一种检测准确，使用方便，市场前景广阔的一种肉用绵羊繁殖性能SNP位点，所述位点能够用于绵羊品种的筛选、绵羊品种的鉴定、绵羊的育种、种质资源的保护以及种质资源的改良。
[0007]为实现本专利技术的技术目的，本专利技术第一方面提供一种肉用绵羊繁殖性能SNP位点组合，所述SNP涵盖在UBE2Q1、DGCR8、BMPR1B、PAPPA、IGF1的基因片段中。
[0008]其中，所述SNP位点组合包括2917个SNP位点，其物理位置信息基于绵羊 v4.0基因组序列比对确定，具体如表1所示。
[0009]表1 本申请提供的SNP位点组合的物理位置信息
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本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种肉用绵羊繁殖性能SNP位点组合，其特征在于，所述肉用绵羊繁殖性能SNP涵盖在UBE2Q1、DGCR8、BMPR1B、PAPPA、IGF1的基因片段中。2.如权利要求1所述的肉用绵羊繁殖性能SNP位点组合，其特征在于，所述SNP为多个SNP位点组合，包括2917个，其物理位置信息基于绵羊 v4.0基因组序列比对确定，具体如表1所示。3.如权利要求1所述的肉用绵羊繁殖性能SNP位点组合，其特征在于，所述繁殖性能包括产羔率指标或/和多胎性指标或/和胎产羔数指标。4.一种肉用绵羊繁殖性能检测探针组合，其特征在于，所述探针组合检测权利要求1所述...

【专利技术属性】
技术研发人员：李孟华，李心，罗凌云，杨继，吕锋骅，
申请(专利权)人：中国农业大学，
类型：发明
国别省市：