一种大白猪眼肌深度性状的SNP分子标记及应用制造技术

本发明专利技术属于动物分子标记制备技术领域，具体涉及一种大白猪眼肌深度性状的SNP分子标记及应用。所述分子标记克隆自登陆号为INRA0052808的基因片段。通过基因芯片技术对所述基因片段通过分型筛选得到一种与大白猪眼肌深度性状关联的SNP标记，所述SNP标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，在所示序列的第101位的碱基处有一个A/G的等位基因突变，当所述序列第101位的核苷酸为A时，判定大白猪具有更高的眼肌深度。本发明专利技术为大白猪眼肌深度性状的标记辅助选择提供了新的遗传资源。的标记辅助选择提供了新的遗传资源。

【技术实现步骤摘要】
一种大白猪眼肌深度性状的SNP分子标记及应用


[0001]本专利技术属于动物分子标记制备
，具体涉及一种大白猪眼肌深度性状的SNP分子标记及应用。本专利技术的分子标记可用于大白猪眼肌深度性状的分子标记辅助选择。

技术介绍

[0002]猪胴体性状包括背膘厚度、眼肌面积和胴体瘦肉率等，这些都是猪的重要经济性状，它与人们的肉食营养、肉食品加工和养猪业经济效益都密切相关。因此，猪胴体形状研究已成为猪育种工程的一个重要组成部分。世界各国相关科技工作者也将猪肌肉的生长发育作为研究的重点与热点，而眼肌深度是度量猪肌肉生长发育的重要指标(朱砺等.肉质性状与胴体性状间的相关分析[J].四川农业大学学报,2002(01):20
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22.)。
[0003]前人研究表明，眼肌深度性状是一个中、高等遗传力性状，遗传力在0.43
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0.54间(Onteru S K,et al.A whole
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genome association study for pig reproductive traits[J].Anim Genet,2011,43(1):18
‑
26.)，表明有较大空间可以通过遗传改良的方法来改善猪眼肌深度性状，使之通过人工选择往人们所需要的方向发展。由于眼肌深度性状形成机制的复杂性，加上只能在屠宰后进行测定且费用较高，且与其它性状间可能存在不利和拮抗相关，直接导致传统的选育方法对很难对眼肌深度取得较大遗传进展(倪德斌等，猪活体背膘厚、眼肌面积(B超)测定方法的研究[J].养殖与饲料,2015(01):5
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9.)。随着分子生物技术的飞速发展，采用分子生物学手段，深入分析眼肌深度性状的遗传机制，为该性状的改良提供了新机会(Soller M,Beckmann J S.Genetic polymorphism in varietal identification and genetic improvement.[J].TAG.Theoretical and applied genetics.Theoretische und angewandte Genetik,1983,67(1).)。利用基因组选择技术(周磊等.基因组选择在我国种猪育种中应用的探讨[J].中国畜牧杂志,2018,54(03):4
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8.)，制定合理的遗传改良方案成为基因组时代家畜动物育种研究的热点(Fern
á
ndez A I,et al.Genome
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wide linkage analysis of QTL for growth and body composition employing the PorcineSNP60 BeadChip[J].BMC Genet,2012,13(1):41.)。
[0004]随着高通量测序技术的不断发展，在家畜的全基因组范围内已经检测出大量的遗传标记，这使得以表型数据和基因型数据关联为基础的全基因组关联分析在在家畜经济性状、疾病抗性等复杂性状遗传研究中得到广泛的应用(王继英等，全基因组关联分析在畜禽中的研究进展[D].2013；尹建良等，猪全基因组关联分析研究进展及展望[J].中国猪业,2017,12(10):32
‑
36；乔贤等,全基因组关联分析在畜禽重要经济性状中的研究进展[J].家畜生态学报,2017,38(10):1
‑
9.；赵德胜等,家畜全基因组关联分析研究进展[J].中国畜牧兽医,2018,45(02):463
‑
470)。全基因组关联分析在全基因组范围内寻找与目标性状显著关联的SNP位点，并通过连锁不平衡分析进一步确定候选基因，为解析复杂数量性状的遗传基础提供了有效的分析手段(张哲等，杜洛克猪生长性状全基因组关联分析[J].广东农业科学,2014,41(14):139
‑
143.)。过去的数十年中，分子遗传的飞速发展使得更多影响肉质性状的基因或遗传标记得到了鉴定与验证。目前，在对于猪胴体性状的全基因组关联分析
的研究中，Kim根据黑素皮质素受体
‑
4(melanocortin
‑
4receptor)俌可能涉及调节人和小鼠的摄食行为和体重，把MC4R作为一个影响猪生长性能的候选基因，并最终发现MC4R与猪的背膘厚及生长速度相关(Kim J,et al.A gene
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based radiation hybrid map of the pig chromosome 6q32 region associated with a QTL for fat deposition traits[J].Animal genetics.2006,37:522
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523)。垂体特异性转录因子1(Pituitary transcription factor 1,PIT1)通过参与调节机体细胞生长与发育，对垂体激素分泌细胞基因转录起重要调节作用，影响平均背膘厚及第一肋骨背膘厚(Kuryl J,Pierzchala M.Association of POU1F1/RsaI gennotypes with carcass traits in pigs[J].Journal of applied genetics.2000,42:309
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316)。而眼肌深度是猪重要的胴体形状之一。鉴于眼肌深度性状的重要性，对于眼肌深度性状的全基因组关联分析是十分必要的。
[0005]本专利技术利用MVP软件((X Liu et al.Iterative Usage of Fixed and Random Effect Models for Powerful and Efficient Genome
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Wide Association Studies[J].Plos Genetics,2016,12(2):e1005767.))和混合线性模型(Mixed Linear Model,MLM)进行GWAS分析，筛选出与猪眼肌深度显著相关的SNP位点，为美系大白猪眼肌深度性状标记辅助选择和全基因组选择提供了新的遗传基础。

技术实现思路

[0006]本专利技术的目的在于克服现有技术的缺陷，筛选一种与美系大白猪眼肌深度性状相关的SNP标记，本专利技术利用50K的基因芯片对SNP进行分型，并使用全基因组分析方法(GWAS)筛选与美系大白猪眼肌深度相关的SNP(ASGA0014571)，为猪的标记辅助选择提供一种新的分子标记资源。
[0007]本专利技术的技术方案如下所述：
[0008]申请人通过基因分型技术并参阅Ensembl，得到INRA0052808上下游100bp的核苷酸序列，具体序列如下所述：
[0009]ATCTCCATATCCAATTAGAAACAAGTTTTAGCTGCTTATGTTTTCTCATATGGATGGCTCA本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种SNP分子标记在美系大白猪眼肌深度标记辅助选择中的应用，所述分子标记的核苷酸序列如下所示：ATCTCCATATCCAATTAGAAACAAGTTTTAGCTGCTTATGTTTTCTCATATGGATGGCTCACATAGCAGGTGACAGGCATCTCCTTCTACTGAATCAGGCRTCTTCATATTTAAGTTTTGTATGGGGACCATTTC...

【专利技术属性】
技术研发人员：项韬，张云路，李新云，赵书红，梅全顺，付川珂，
申请(专利权)人：华中农业大学，
类型：发明
国别省市：