一种基于二代测序的PEDV病毒基因组分析方法技术

本发明专利技术公开了一种基于二代测序的PEDV病毒基因组分析方法，其特征在于，包括如下步骤：下载宿主猪的基因组序列和转录本序列，作为宿主参考序列；获得去宿主污染的测序序列；拼接基因组；将基因组进行同源比对；挑选比对结果；将比对的起始位点作为基因的起始位点。本发明专利技术与现有技术相比，能够准确预测出基因结构，避免遗漏。

A genome analysis method of PEDV based on second generation sequencing

【技术实现步骤摘要】
一种基于二代测序的PEDV病毒基因组分析方法
本专利技术涉及基因检测领域，具体涉及一种基于二代测序的PEDV病毒基因组分析方法。
技术介绍
目前现有的PEDV分析方法两方面的局限，第一，PEDV病毒二代测序数据中存在部分甚至大量的宿主猪的基因组序列，宿主基因组的污染会影响PEDV病毒基因组的拼接。第二，拼接预测病毒基因结构的方法主要是GeneMarkS等预测软件，但由于PDEV病毒基因组中基因相互重叠，其中基因内部还存在Ribosomalframeshift现象，现有的基因预测软件并不能准确识别出正确的基因结构。
技术实现思路
为了克服现有技术的上述缺陷，本专利技术的目的在于提供一种基于二代测序的PEDV病毒基因组分析方法。与现有的方法相比，本专利技术的分析方法通过拼接基因组方面利用比对的策略去除数组基因组污染再用Spades拼接软件进行拼接。再基因结构识别方面搜集相近病毒基因组的基因信息并通过整理形成PEDV病毒基因序列的数据库，再利用同源预测的方式进行基因预测。为了实现本专利技术的目的，所采用的具体的技术本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种基于二代测序的PEDV病毒基因组分析方法，其特征在于，包括如下步骤：/n1)下载宿主猪的基因组序列和转录本序列，作为宿主参考序列；/n2)运行Bowtie2软件，将测序数据与所述步骤1中的宿主参考序列进行比对，剔除比对到宿主序列的测序数据，获得去宿主污染的测序序列；/n3)根据PEDV基因组大小150X的数据量从所述步骤2当中获得的去宿主污染的测序序列中截取用于拼接的序列；/n4)运行SPAdes软件，参数设置为k-mer分别设置为55,77,121，cov-cutoff值设置为auto，以所述步骤3当中获得的序列作为输入，拼接基因组；/n5)利用NCBI网站自带的Edirect软件，...

【技术特征摘要】
1.一种基于二代测序的PEDV病毒基因组分析方法，其特征在于，包括如下步骤：
1)下载宿主猪的基因组序列和转录本序列，作为宿主参考序列；
2)运行Bowtie2软件，将测序数据与所述步骤1中的宿主参考序列进行比对，剔除比对到宿主序列的测序数据，获得去宿主污染的测序序列；
3)根据PEDV基因组大小150X的数据量从所述步骤2当中获得的去宿主污染的测序序列中截取用于拼接的序列；
4)运行SPAdes软件，参数设置为k-mer分别设置为55,77,121，cov-cutoff值设置为auto，以所述步骤3当中获得的序列作为输入，拼接基因组；
5)利用NCB...

【专利技术属性】
技术研发人员：崔天一，孙子奎，
申请(专利权)人：上海派森诺生物科技股份有限公司，
类型：发明
国别省市：上海;31