宏基因组的重组装方法、重组装装置及终端设备制造方法及图纸

本申请适用于生物信息技术领域，一种宏基因组的重组装方法、重组装装置及终端设备，包括：获取经过基因组装处理和宏基因组分箱处理后的初始基因组集合，所述初始基因组集合中包括多个微生物基因组；提取所述初始基因组集合中每个物种的非冗余基因组，其中，所述非冗余基因组为所属物种对应的目标基因个数最多的微生物基因组；对各个非冗余基因组分别进行重组装处理，得到重组装后的微生物基因组。通过上述方法，能够得到质量较高的微生物基因组，进而为后续的基因研究提供了可靠的研究对象。

The method, device and terminal equipment of recombination of macrogenome

【技术实现步骤摘要】
宏基因组的重组装方法、重组装装置及终端设备
本申请属于生物信息
，尤其涉及一种宏基因组的重组装方法、重组装装置及终端设备。
技术介绍
宏基因组是环境中全部微小生物遗传物质的总和，包含了可培养和不可培养的微生物的基因。以宏基因组为研究对象的研究方法称为宏基因组学，该方法不需要进行微生物培养，可以直接对取自环境样品中的核苷酸序列进行分析和研究。目前，宏基因组学包括提取环境样品中的基因组数据(如核苷酸序列)、对提取的基因组数据进行测序得到基因测序序列、对基因测序序列进行基因组装处理得到重叠群、对重叠群进行宏基因组分箱处理得到微生物基因组、以及对得到的微生物基因组进行基因研究等。但是，通过现有的宏基因组分箱方法得到的微生物基因组缺少较多的基因特征，微生物基因组的质量较差，无法为后续的基因研究提供可靠的研究对象。
技术实现思路
本申请实施例提供了一种宏基因组的重组装方法、重组装装置及终端设备，可以解决现有的宏基因组分箱方法得到的微生物基因组的质量较差的问题。第一方面，本申请实施例提供了一种宏基因组的重组装方法，包本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种宏基因组的重组装方法，其特征在于，包括：/n获取经过基因组装处理和宏基因组分箱处理后的初始基因组集合，所述初始基因组集合中包括多个微生物基因组；/n提取所述初始基因组集合中每个物种的非冗余基因组，其中，所述非冗余基因组为所属物种对应的目标基因个数最多的微生物基因组；/n对各个非冗余基因组分别进行重组装处理，得到重组装后的微生物基因组。/n

【技术特征摘要】
1.一种宏基因组的重组装方法，其特征在于，包括：
获取经过基因组装处理和宏基因组分箱处理后的初始基因组集合，所述初始基因组集合中包括多个微生物基因组；
提取所述初始基因组集合中每个物种的非冗余基因组，其中，所述非冗余基因组为所属物种对应的目标基因个数最多的微生物基因组；
对各个非冗余基因组分别进行重组装处理，得到重组装后的微生物基因组。


2.如权利要求1所述的宏基因组的重组装方法，其特征在于，所述初始基因组集合中包括M×H个子集合，其中，M为基因组装方法的种类数，H为N种宏基因组分箱方法的参数的总和，Ln为第n种宏基因组分箱方法的参数的个数，基于第m种基因组装方法进行基因组装处理、并基于第h个参数以及第h个参数对应的宏基因组分箱方法进行宏基因组分箱处理后得到的至少一个微生物基因组为一个子集合，M、H、N和Ln均为正整数，m<M，h<H。


3.如权利要求2所述的宏基因组的重组装方法，其特征在于，所述初始基因组集合包括M个第一集合，每个第一集合包括基于相同的基因组装方法处理得到的微生物基因组，所述提取所述初始基因组集合中每个物种的非冗余基因组，包括：
提取每个第一集合中的每个物种的非冗余基因组，得到第二集合，所述第二集合包括从M个第一集合中提取的非冗余基因组；
提取所述第二集合中的每个物种的非冗余基因组。


4.如权利要求3所述的宏基因组的重组装方法，其特征在于，对于所述第一集合和所述第二集合中的任一集合，提取所述集合中每个物种的非冗余基因组，包括：
分别计算所述集合中每个微生物基因组的测序覆盖率，并根据所述测序覆盖率将所述集合中的各个微生物基因组划分为多个物种，每个物种包括K个微生物基因组；
对于每个物种，当K＝1时，确定属于所述物种的一个微生物基因组为所述物种的非冗余基因组；
当K>1时，确定属于所述物种的K个微生物基因组中目标基因个数最多的微生物基因组为所述物种的非冗余基因组；
若属于所述物种的K个微生物基因组中包括至少两个目标基因个数最多的微生物基因组，则从所述至少两个目标基因个数最多的微生物基因组中确定基因序列最长的微生物基因组为所述物种的非冗余基因组。


5.如权利要求1所述的宏基因组的重组装方法，其特征在于，在对各个非冗余基因组分别进行重...

【专利技术属性】
技术研发人员：余珂，乔雪姣，张立羽，谢克聪，
申请(专利权)人：余珂，
类型：发明
国别省市：广东;44