肠道微生物测序数据处理方法、装置、存储介质及处理器制造方法及图纸

本申请公开了一种肠道微生物测序数据处理方法、装置、存储介质及处理器。该方法包括：获取目标对象的肠道微生物菌群的测序数据；根据标准基因数据库对测序数据进行注释，得到注释结果；根据注释结果，对目标对象的肠道微生物菌群进行评估，获得目标对象的肠道微生物的菌群信息。通过本申请，解决了相关技术中尚未有采用宏基因组基因数据分析方法对肠道微生物菌群和对菌群的状态进行有效的分析的方法，以及尚不能实现通过采用宏基因组基因分析方法对个体肠道微生物进行全面、多元的分析，并满足个性化分析的需求的问题。

Data processing method, device, storage medium and processor of intestinal microbial sequencing

【技术实现步骤摘要】
肠道微生物测序数据处理方法、装置、存储介质及处理器
本申请涉及基因测序数据分析领域，具体而言，涉及一种肠道微生物测序数据的处理方法、装置、存储介质及处理器。
技术介绍
随着人类微生物组计划(HMP)和人类肠道宏基因组学(MateHIT)项目的开展，越来越多的研究表明，人体的生理代谢和生长发育不仅受自身基因控制，有许多现象，如对疾病的易感性、药物反应等，无法全部用人体基因的差异来解释。这是因为，人体内生活着大量微生物，它们的组成和活动与人的生长发育、生老病死息息相关。16SrRNA(SmallsubunitribosomalRNA)基因是对原核微生物进行系统进化分类研究时最常用的分子标记物(Biomarker)，广泛应用于微生物生态学研究中。近些年来随着高通量测序技术及数据分析方法等的不断进步，大量基于16SrRNA基因的研究使得微生物生态学研究得到了快速的发展，在肠道微生物研究方面也得到广泛的应用，然而使用16SrRNA基因数据分析法也存在诸多问题，比如水平基因转移、多拷贝的异质性、基因扩增效率的差异、数据分析方法的选择等，这些问题都影本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种肠道微生物测序数据的处理方法，其特征在于，所述方法包括：/n获取目标对象的肠道微生物菌群的测序数据；/n根据标准基因数据库对所述测序数据进行注释，得到注释结果；/n根据所述注释结果，对所述目标对象的肠道微生物菌群进行评估，获得所述目标对象的肠道微生物的菌群信息。/n

【技术特征摘要】
1.一种肠道微生物测序数据的处理方法，其特征在于，所述方法包括：
获取目标对象的肠道微生物菌群的测序数据；
根据标准基因数据库对所述测序数据进行注释，得到注释结果；
根据所述注释结果，对所述目标对象的肠道微生物菌群进行评估，获得所述目标对象的肠道微生物的菌群信息。


2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述目标对象的肠道微生物的菌群信息包括肠道微生物的种类信息和各种所述肠道微生物的物种相对丰度，其中，所述物种相对丰度为所述测序数据中所属物种的目标基因的相对丰度的加和，每个所述目标基因的相对丰度根据所述注释结果获得。


3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，在获得所述目标对象的肠道微生物的菌群信息之后，所述方法还包括：
基于所述菌群信息对所述目标对象的肠道微生物的进行性能分析，所述性能分析涉及如下至少之一：多样性分析、有益菌分析、有害菌分析及疾病预测分析。


4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，
在所述性能分析涉及所述多样性分析的情况下，基于所述菌群信息对所述目标对象的肠道微生物的进行性能分析包括：计算所述目标对象的肠道微生物的多样性指数，确定所述多样性指数在参考人群中的位置；
在所述性能分析涉及有益菌分析和/或有害菌分析的情况下，基于所述菌群信息对所述目标对象的肠道微生物的进行性能分析包括：计算所述目标对象的肠道微生物中有益菌指数和/或有害菌指数，确定所述有益菌指数和/或有害菌指数在参考人群中的位置；
在所述性能分析涉及疾病预测分析的情况下，基于所述菌群信息对所述目标对象的肠道微生物的进行性能分析包括：计算所述目标对象的肠道疾病指数，确定所述肠道疾病指数在参考人群中的位置。


5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，
所述多样性指数按照如下方法计算：在所述目标对象的肠道微生物中，计算每种肠道微生物的所述物种相对丰度与所述物种相对丰度的对数的乘积；将所有所述肠道微生物计算得到的乘积进行加和，得到所述多样性指数；
所述肠道疾病指数通过以下方法计算：统计第一类微生物的物种相对丰度均值X1和第二类微生物的物种相对丰度均值X2，所述X1与所述X2的差值即为所述肠道疾病指数；其中，第一类微生物指在患有特定疾病的人群中的物种相对丰度值相对健康人群中的物种相对丰度值大于第一预设标准的肠道微生物的组合；第二类微生物指在健康人群中的物种相对丰度值相对患有特定疾病的人群中的物种相对丰度值大于第二预设标准的肠道微生物的组合。


6.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，
在性能分析涉及多样性分析，且基于所述菌群信息对所述目标对象的肠道微生物的进行性能分析，计算得到所述目标对象的肠道微生物的多样性指数的情况下，还包括将所述目标对象的肠道微生物的多样性指数导入参考人群的数据库以用于下一次性能分析步骤中；
在性能分析涉及有益菌分析和/或有害菌分析，且基于所述菌群信息对所述目标对象的肠道微生物的进行性能分析，计算得到所述目标对象的肠道微生物中有益菌指数和/或有害菌指数的情况下，还包括将所述目标对象的肠道微生物中有益菌指数和/或有害菌指数导入所述参考人群的数据库以用于下一次性能分析步骤中；
在性能分析涉及疾病预测分析，且基于所述菌群信息对所述目标对象的肠道微生物的进行性能分析，计算得到所述目标对象的肠道疾病指数的情况下，还包括将所述目标对象的肠道疾病指数导入所述参考人群的数据库以用于下一次性能分析步骤中。


7.一种肠道微生物测序数据的处理装置，其特征在于，所述装置包括：
第一获取模块，用于获取目标对象的肠道微生物菌群的测序数据；
注释模块，用于根据标准...

【专利技术属性】
技术研发人员：张东亚，张陈陈，夏慧华，刘洋荧，薛文斌，
申请(专利权)人：深圳碳云智能数字生命健康管理有限公司，深圳数字生命研究院，
类型：发明
国别省市：广东;44