【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】TGFβR2核酸内切酶变体、组合物和使用方法相关申请的交叉引用本申请根据35U.S.C.§119(e)要求2016年10月28日提交的美国临时申请第62/414,260号和2016年10月17日提交的美国临时申请第62/409,163号的权益，这些美国临时申请中的每一个都以全文引用的方式并入本文中。关于序列表的声明与本申请相关的序列表以文本格式提供以代替纸质副本，并且在此通过引用并入本说明书中。包含序列表的文本文件的名称是BLBD_078_02WO_ST25.txt。所述文本文件为79KB，于2017年10月17日创建，并且通过EFS-Web以电子方式与本说明书一同提交。
本公开涉及改进的基因组编辑组合物。更具体地，本公开涉及用于编辑人转化生长因子β受体2(TGFβR2)基因的核酸酶变体、组合物和其使用方法。
技术介绍
全球受癌症困扰的人数在1975年到2000年间翻了一番。癌症是全球发病率和死亡率的第二大原因，其中在2012年，新发病例约为1410万，癌症相关死亡人数达820万。最常见的癌症是乳腺癌、肺癌和支气管癌、前列腺癌、结肠癌和直肠癌、膀胱癌、皮肤黑色素瘤...
【技术保护点】
1.一种多肽，其包括切割人转化生长因子β受体2(TGFβR2)基因中的靶位点的归巢核酸内切酶(HE)变体。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.10.17 US 62/409,163;2016.10.28 US 62/414,2601.一种多肽，其包括切割人转化生长因子β受体2(TGFβR2)基因中的靶位点的归巢核酸内切酶(HE)变体。2.根据权利要求1所述的多肽，其中所述HE变体是LAGLIDADG归巢核酸内切酶(LHE)变体。3.根据权利要求1或权利要求2所述的多肽，其中所述多肽包括所述HE变体的生物活性片段。4.根据权利要求3所述的多肽，其中与对应的野生型HE相比，所述生物活性片段缺少1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个或8个N末端氨基酸。5.根据权利要求4所述的多肽，其中与对应的野生型HE相比，所述生物活性片段缺少所述4个N末端氨基酸。6.根据权利要求4所述的多肽，其中与对应的野生型HE相比，所述生物活性片段缺少所述8个N末端氨基酸。7.根据权利要求3所述的多肽，其中与对应的野生型HE相比，所述生物活性片段缺少1个、2个、3个、4个或5个C末端氨基酸。8.根据权利要求7所述的多肽，其中与对应的野生型HE相比，所述生物活性片段缺少所述C末端氨基酸。9.根据权利要求7所述的多肽，其中与对应的野生型HE相比，所述生物活性片段缺少所述2个C末端氨基酸。10.根据权利要求1到9中任一项所述的多肽，其中所述HE变体是选自由以下组成的组的LHE的变体：I-AabMI、I-AaeMI、I-AniI、I-ApaMI、I-CapIII、I-CapIV、I-CkaMI、I-CpaMI、I-CpaMII、I-CpaMIII、I-CpaMIV、I-CpaMV、I-CpaV、I-CraMI、I-EjeMI、I-GpeMI、I-GpiI、I-GzeMI、I-GzeMII、I-GzeMIII、I-HjeMI、I-LtrII、I-LtrI、I-LtrWI、I-MpeMI、I-MveMI、I-NcrII、I-Ncrl、I-NcrMI、I-OheMI、I-OnuI、I-OsoMI、I-OsoMII、I-OsoMIII、I-OsoMIV、I-PanMI、I-PanMII、I-PanMIII、I-PnoMI、I-ScuMI、I-SmaMI、I-SscMI和I-Vdi141I。11.根据权利要求1到10中任一项所述的多肽，其中所述HE变体是选自由以下组成的组的LHE的变体：I-CpaMI、I-HjeMI、I-OnuI、I-PanMI和SmaMI。12.根据权利要求1到11中任一项所述的多肽，其中所述HE变体是I-OnuILHE变体。13.根据权利要求1到12中任一项所述的多肽，其中所述HE变体包括DNA识别界面中在选自由以下组成的组的氨基酸位置处的一个或多个氨基酸取代：如SEQIDNO:1-5中所示的I-OnuILHE氨基酸序列或其生物活性片段的19、24、26、28、30、32、34、35、36、37、38、40、42、44、46、48、59、68、70、72、75、76、77、78、80、82、168、180、182、184、186、188、189、190、191、192、193、195、197、199、201、203、223、225、227、229、231、232、234、236、238和240。14.根据权利要求1到13中任一项所述的多肽，其中所述HE变体包括所述DNA识别界面中在选自由以下组成的组的氨基酸位置处的至少5个、至少15个、优选地至少25个、更优选地至少35个或甚至更优选至少40个或更多个氨基酸取代：如SEQIDNO:1-5中所示的I-OnuILHE氨基酸序列或其生物活性片段的19、24、26、28、30、32、34、35、36、37、38、40、42、44、46、48、59、68、70、72、75、76、77、78、80、82、168、180、182、184、186、188、189、190、191、192、193、195、197、199、201、203、223、225、227、229、231、232、234、236、238和240。15.根据权利要求1到14中任一项所述的多肽，其中所述HE变体切割TGFβR2靶位点并且包括在选自由以下位置组成的位置组的至少一个位置中的至少5个、至少15个、优选地至少25个、更优选地至少35个或甚至更优选地至少40个或更多个氨基酸取代：SEQIDNO:1-5中的任一个或其生物活性片段的26、32、34、35、36、37、38、40、42、44、46、48、68、70、75、76、78、80、116、138、143、159、168、178、180、182、184、188、190、192、193、195、197、199、203、207、223、225、227、232、240和264。16.根据权利要求1到15中任一项所述的多肽，其中所述HE变体切割TGFβR2靶位点并且包括以下氨基酸取代中的至少5个、至少15个、优选地至少25个、更优选地至少35个或甚至更优选地至少40个或更多个：SEQIDNO:1-5中的任一个或其生物活性片段的L26M、N32R、K34Q、S35R、S36K、V37A、G38N、S40G、E42S、G44V、Q46E、T48G、V68K、A70R、N75G、A76S、S78R、K80S、V116L、L138M、T143N、S159P、F168L、E178D、C180S、F182G、N184D、S188R、S190R或S190G、L192T、G193T、Q195G、Q197G、V199R、T203S、K207R、Y223R、Y223H、K225Y、K227R、F232N、T240R和E264K。17.根据权利要求1到15中任一项所述的多肽，其中所述HE变体切割TGFβR2靶位点并且包括以下氨基酸取代中的至少5个、至少15个、优选地至少25个、更优选地至少35个或甚至更优选地至少40个或更多个：SEQIDNO:1-5中的任一个或其生物活性片段的L26M、N32R、K34Q、S35R、S36K、V37A、G38N、S40G、E42S、G44V、Q46E、T48G、V68K、A70R、N75G、A76S、S78R、K80S、V116L、L138M、T143N、S159P、F168L、E178D、C180S、F182G、N184D、S188R、S190R、L192T、G193T、Q195G、Q197G、V199R、T203S、K207R、Y223R、K225Y、K227R、F232N和T240R。18.根据权利要求1到15中任一项所述的多肽，其中所述HE变体切割TGFβR2靶位点并且包括以下氨基酸取代中的至少5个、至少15个、优选地至少25个、更优选地至少35个或甚至更优选地至少40个或更多个：SEQIDNO:1-5中的任一个或其生物活性片段的L26M、N32R、K34Q、S35R、S36K、V37A、G38N、S40G、E42S、G44V、Q46E、T48G、V68K、A70R、N75G、A76S、S78R、K80S、V116L、L138M、T143N、S159P、F168L、E178D、C180S、F182G、N184D、S188R、S190R、L192T、G193T、Q195G、Q197G、V199R、T203S、K207R、Y223H、K225Y、K227R、F232N、T240R和E264K。19.根据权利要求1到18中任一项所述的多肽，其中所述HE变体包括与SEQIDNO:6-7中的任一个中所示的氨基酸序列至少80％、优选地至少85％、更优选地至少90％或甚至更优选地至少95％相同的氨基酸序列，或其生物活性片段。20.根据权利要求1到19中任一项所述的多肽，其中所述HE变体包括SEQIDNO:6中所示的所述氨基酸序列或其生物活性片段。21.根据权利要求1到19中任一项所述的多肽，其中所述HE变体包括SEQIDNO:7中所示的所述氨基酸序列或其生物活性片段。22.根据权利要求1到21中任一项所述的多肽，其中所述多肽结合SEQIDNO:11中所示的多核苷酸序列。23.根据权利要1到22中任一项所述的多肽，其进一步包括DNA结合结构域。24.根据权利要求23所述的多肽，其中所述DNA结合结构域选自由以下组成的组：TALEDNA结合结构域和锌指DNA结合结构域。25.根据权利要求24所述的多肽，其中所述TALEDNA结合结构域包括约9.5个TALE重复单元到约15.5个TALE重复单元。26.根据权利要求24或权利要求25所述的多肽，其中所述TALEDNA结合结构域结合所述TGFβR2基因中的多核苷酸序列。27.根据权利要求24到26中任一项所述的多肽，其中所述TALEDNA结合结构域结合SEQIDNO:12中所示的所述多核苷酸序列。28.根据权利要求27所述的多肽，其中所述多肽结合并切割SEQIDNO:13中所示的所述多核苷酸序列。29.根据权利要求24所述的多肽，其中所述锌指DNA结合结构域包括2个、3个、4个、5个、6个、7个或8个锌指基序。30.根据权利要求1到29中任一项所述的多肽，其进一步包括：肽连接子和末端加工酶或其生物活性片段。31.根据权利要求1到30中任一项所述的多肽，其进一步包括：病毒自切割2A肽和末端加工酶或其生物活性片段。32.根据权利要求30或权利要求31所述的多肽，其中所述末端加工酶或其生物活性片段具有5'-3'核酸外切酶、5'-3'碱性核酸外切酶、3'-5'核酸外切酶、5'瓣状核酸内切酶、解旋酶或非模板依赖性DNA聚合酶活性。33.根据权利要求30到32中任一项所述的多肽，其中所述末端加工酶包括Trex2或其生物活性片段。34.根据权利要求1到33中任一项所述的多肽，其中所述多肽包括SEQIDNO:8或SEQIDNO:9中所示的氨基酸序列或其生物活性片段。35.根据权利要求34所述的多肽，其中所述多肽包括SEQIDNO:8中所示的所述氨基酸序列或其生物活性片段。36.根据权利要求34所述的多肽，其中所述多肽包括SEQIDNO:9中所示的所述氨基酸序列或其生物活性片段。37.根据权利要求1到36中任一项所述的多肽，其中所述多肽在SEQIDNO:11或13中所示的多核苷酸序列处切割所述人TGFβR2基因。38.一种编码根据权利要求1到37中任一项所述的多肽的多核苷酸。39.一种编码根据权利要求1到37中任一项所述的多肽的mRNA。40.一种编码根据权利要求1到37中任一项所述的多肽的cDNA。41.一种载体，其包括编码根据权利要求1到37中任一项所述的多肽的多核苷酸。42.一种细胞，其包括根据权利要求1到37中任一项所述的多肽。43.一种细胞，其包括编码根据权利要求1到37中任一项所述的多肽的多核苷酸。44.一种细胞，其包括根据权利要求41所述的载体。45.一种细胞，其包括由根据权利要求1到37中任一项所述的多肽引入的一种或多种基因组修饰。46.根据权利要求42到45中任一项所述的细胞，其中所述细胞包括编码免疫效力增强子、免疫抑制信号阻尼子或工程化抗原受体中的一种或多种的多核苷酸。47.根据权利要求46所述的细胞，其中所述多核苷酸进一步包括可操作地连接到编码所述免疫效力增强子、所述免疫抑制信号阻尼子或所述工程化抗原受体的所述多核苷酸的RNA聚合酶II启动子。48.根据权利要求47所述的细胞，其中所述RNA聚合酶II启动子选自由以下组成的组：短EF1α启动子、长EF1α启动子、人ROSA26基因座、泛素C(UBC)启动子、磷酸甘油酸激酶-1(PGK)启动子、巨细胞病毒增强子/鸡β-肌动蛋白(CAG)启动子、β-肌动蛋白启动子和骨髓增殖性肉瘤病毒增强子、阴性对照区缺失、dl587rev引物结合位点取代的(MND)启动子。49.根据权利要求46到48中任一项所述的细胞，其中所述多核苷酸进一步编码可操作地连接到所述免疫效力增强子、所述免疫抑制信号阻尼子或所述工程化抗原受体，散布于其之间和/或位于其两侧的一种或多种自切割病毒肽。50.根据权利要求49所述的细胞，其中所述自切割病毒肽是2A肽。51.根据权利要求46到50中任一项所述的细胞，其中所述多核苷酸进一步包括异源多腺苷酸化信号。52.根据权利要求46到51中任一项所述的细胞，其中所述免疫抑制信号阻尼子包括抵消免疫抑制因子的酶功能。53.根据权利要求52所述的细胞，其中所述免疫抑制信号阻尼子包括犬尿氨酸酶活性。54.根据权利要求46到51中任...
【专利技术属性】
技术研发人员：乔丹·贾儒尔，凯尔·哈文斯，
申请(专利权)人：蓝鸟生物公司，
类型：发明
国别省市：美国,US
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