SMN2基因多拷贝数的检测方法技术

本发明专利技术公开了一种SMN2基因多拷贝数的检测方法，包括如下步骤：步骤一，根据SMN2基因第6、7号内含子与SMN1基因第6、7号内含子上的差异碱基设计特异性扩增SMN2基因的引物；在特异性扩增SMN2基因的引物3’端倒数第三个碱基处引入错配碱基；针对SMN2基因设计特异性检测探针SMN2‑P，在探针的5’端和3’端做标记；针对RPP30基因设计特异性引物RPP30‑F\RPP30‑R和探针RPP30‑P，在探针的5’端和3’端做标记；步骤二，通过外周血提取标本DNA；步骤三，制备PCR反应体系，进行PCR程序；对标记进行采集，对拷贝数定量；本检测方法成本低，且检测出的拷贝数定量的准确性高。

Detection of Multiple Copies of SMN2 Gene

The invention discloses a method for detecting the multiple copy number of SMN2 gene, which includes the following steps: step 1, designing a primer for specific amplification of SMN2 gene according to the difference base of intron 6 and 7 of SMN2 gene and intron 6 and intron 7 of SMN1 gene; introducing a mismatch base at the reciprocal third base of primer 3'end of the specific amplification of SMN2 gene; and designing specificity for SMN2 gene. Detection probe SMN2 P was labeled at the 5 and 3 ends of the probe; specific primers RPP30 F RPP30 R and probe RPP30 P were designed for the RPP30 gene, and labeled at the 5 and 3 ends of the probe; Step 2, DNA was extracted from peripheral blood; Step 3, preparation of a PCR reaction system, collection of labels and quantification of copies; Cost of this detection method Low, and the accuracy of quantifying the number of copies detected is high.

【技术实现步骤摘要】
SMN2基因多拷贝数的检测方法
本专利技术基因检测
，特别是一种检测SMN2基因拷贝数变异的定量PCR方法。
技术介绍
脊髓性肌萎缩症(SpinalMuscularAtrophy，SMA)是常染色体隐性遗传疾病，缺陷基因携带者频率可高达1/50。SMA的关键基因是运动神经元生存基因(Survivalmotorneuron，SMN)，SMN位于5号染色体长臂，包含高度同源的两拷贝，SMN1和SMN2。其中，SMN1是SMA的致病基因，约95％～98％的SMA患者是由于SMN1纯合缺失引起的，约2％～5％的患者是SMN1发生1拷贝缺失，另1拷贝存在点突变。SMN1与SMN2之间存在5个差异碱基，分布在内含子6到外显子8上。SMN1可以产生全长运动神经元蛋白，其同源基因SMN2由于外显子7上的突变(c.840C＞T)导致SMN2基因产生可变剪接体，使产生的SMN蛋白不稳定或无功能，只有约10％的SMN2可以翻译成全长SMN蛋白。在SMN1纯合缺失患者中，SMN2在一定程度上可以起到补偿作用，与疾病的严重程度有关，其拷贝数越多，患者表型越轻，预后越好。在正常个体中SMN2的拷贝数可以从本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.SMN2基因多拷贝数的检测方法，其特征在于，包括如下步骤：步骤一，比对SMN1和SMN2基因序列，确定两个基因之间的差异位点共有五个碱基差异，位于第6号内含子、第7号外显子、第7号内含子和第8号外显子上；根据SMN2基因第6、7号内含子与SMN1基因第6、7号内含子上的差异碱基设计特异性扩增SMN2基因的引物；在特异性扩增SMN2基因的引物3’端倒数第三个碱基处引入错配碱基；针对SMN2基因设计特异性检测探针SMN2‑P，在探针的5’端和3’端做标记；针对RPP30基因设计特异性引物RPP30‑F\RPP30‑R和探针RPP30‑P，在探针的5’端和3’端做标记；步骤二，通过外周血提取标本...

【技术特征摘要】
1.SMN2基因多拷贝数的检测方法，其特征在于，包括如下步骤：步骤一，比对SMN1和SMN2基因序列，确定两个基因之间的差异位点共有五个碱基差异，位于第6号内含子、第7号外显子、第7号内含子和第8号外显子上；根据SMN2基因第6、7号内含子与SMN1基因第6、7号内含子上的差异碱基设计特异性扩增SMN2基因的引物；在特异性扩增SMN2基因的引物3’端倒数第三个碱基处引入错配碱基；针对SMN2基因设计特异性检测探针SMN2-P，在探针的5’端和3’端做标记；针对RPP30基因设计特异性引物RPP30-F\RPP30-R和探针RPP30-P，在探针的5’端和3’端做标记；步骤二，通过外周血提取标本DNA；步骤三，制备PCR反应体系，进行PCR程序；PCR反应体系包括：补加去离子水至终体积为20～100μL。经过PCR程序后，再进行标记采集，对拷贝数定量。2.根据权利要求1所述的SMN2基因多拷贝数的检测方法，其特征在于，步骤一，根据SMN2的第6号内含子差异位点设计两条特异性上游引物SMN2-F0和SMN2-F，所述SMN2-F0将差异碱基放在引物3’末端最后一位；所述SMN2-F在3’端覆盖差异碱基，同时在倒数第3位引入错配碱基G，产生强错配GT；根据SMN2第7号内含子上的差异位点设计两条特异性下游引物SMN2-R0和SMN2-R，所述SMN2-R0是在引物3’端最后一个碱基覆盖差异碱基；所述SMN2-R在3’端覆盖差异碱基，同时在倒数第3位引入错配碱基G，形成强错配GA；根据SMN2基因设计特异性检测探针SMN2-P，5’端荧光标记FAM，3’端荧光标记TAMRA；根据RPP30基因设计特异性引物RPP30-F\RPP30-R和探针RPP30-P，探针5’端荧光标记HEX，3’端荧光标记TAMRA。3.根据权利要求2所述的SMN2基因多拷贝数的检测方法，其特征在于，SMN2-F0引物序列为：CCATATAAAGCTATCTATATATAGCTATCTATA，SMN2-R0引物序列为：TTGTTTTACATTAACCTTTCAACTTTC，SMN2-F引物序列为：CCATATAAAGCTATCT...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨芳梅，黄希文，查帮玲，卢德景，
申请(专利权)人：合肥欧创基因生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：安徽,34