用于地中海贫血检测的探针、基因芯片及制备方法和应用技术

本申请公开了一种用于地中海贫血检测的探针、基因芯片及制备方法和应用。本申请的用于地中海贫血检测的探针的制备方法，包括根据不同地中海贫血基因、修饰基因和不同突变，构建捕获区间库；据此设计捕获探针；捕获区间库包括，alpha基因簇和beta基因簇所有珠蛋白基因及其重要调控区域全长片段、已有记录的断点突变位点、缺失突变中选取的SNP位点，和地贫修饰基因上的SNP位点。本申请的制备方法，针对地贫所有基因簇及其相关基因进行探针设计，使探针能覆盖所有地贫基因突变。结合Tn5建库和高通量测序，不仅能覆盖所有突变，而且操作简便、通量高、成本低，适于地贫大规模人群诊断与筛查，以及新的未知基因突变的研究和预测。

Probe, Gene Chip, Preparation and Application for Thalassemia Detection

The present application discloses a probe, a gene chip, a preparation method and application for detection of thalassemia. The preparation method of the probe applied for detection of thalassemia includes constructing capture interval library according to different thalassemia genes, modified genes and mutations; designing capture probes accordingly; the capture interval library includes all globin genes of alpha gene cluster and beta gene cluster and full-length fragments of their important regulatory regions, recorded breakpoint mutation sites and deletion processes. The SNP loci selected in the mutation and the SNP loci on the modifier genes of the poor. The preparation method of this application is to design probes for all gene clusters and related genes of thalassemia, so that the probes can cover all mutations of thalassemia genes. Combining the construction of Tn5 library and high throughput sequencing, it can not only cover all mutations, but also be easy to operate, high throughput and low cost. It is suitable for the diagnosis and screening of large-scale population in poor areas, as well as the research and prediction of new unknown gene mutations.

【技术实现步骤摘要】
用于地中海贫血检测的探针、基因芯片及制备方法和应用
本申请涉及地中海贫血检测领域，特别是涉及一种用于地中海贫血检测的探针、基因芯片及制备方法和应用。
技术介绍
地中海贫血是全世界最常见的遗传病之一，主要分布于地中海地区、中东、印度、东南亚和非洲。地中海贫血也是中国南方最常见、危害最大的遗传病之一。地中海贫血在热带和亚热带，以及中国东南部的发病率达2.5％-15％。其中，据广东省卫生规划委员会统计的数据显示，广东户籍人口中地贫基因携带率约16.8％，同型地贫基因夫妇约占1.7％，每年有超过5000例重型α地贫和1500例重型β地贫的胎儿出生。根据珠蛋白基因缺陷的种类不同，地贫主要分为α-地中海贫血和β-地中海贫血。α-地中海贫血主要是α珠蛋白基因(16p13.3)发生点突变或拷贝数变异所导致的，其中95％的α-地中海贫血患者是由于α珠蛋白基因大片段缺失所致，即缺失型α地贫。目前已鉴定的α-地贫缺失类型至少有36种，其中中国人占8种。东南亚缺失型(--SEA)、右侧缺失(-α3.7)和左侧缺失(-α4.2)是中国人最常见的3种缺失型。此外，还有68种α珠蛋白基因点突变可导致α-地中海贫血本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于地中海贫血检测的探针的制备方法，其特征在于：包括根据不同地中海贫血基因、修饰基因和不同突变，构建捕获区间库；根据所述捕获区间库设计捕获探针，对所述捕获区间库进行高质量和高效率的捕获；所述捕获区间库包括以下区域，(a)alpha基因簇所有珠蛋白基因和重要调控区域，包括HBA1、HBA2、HBZ、HBQ1、HS‑40区域，和5’HVR、HVR、3’HVR，针对以上基因全长片段并将其向外延伸70bp作为目标捕获区域；(b)beta基因簇所有珠蛋白基因和重要调控区域，包括HBB、HBD、HBG1、HBG2、HBE1、LCR HS‑1、LCR HS‑2、LCR HS‑3、LCR HS‑4和L...

【技术特征摘要】
1.一种用于地中海贫血检测的探针的制备方法，其特征在于：包括根据不同地中海贫血基因、修饰基因和不同突变，构建捕获区间库；根据所述捕获区间库设计捕获探针，对所述捕获区间库进行高质量和高效率的捕获；所述捕获区间库包括以下区域，(a)alpha基因簇所有珠蛋白基因和重要调控区域，包括HBA1、HBA2、HBZ、HBQ1、HS-40区域，和5’HVR、HVR、3’HVR，针对以上基因全长片段并将其向外延伸70bp作为目标捕获区域；(b)beta基因簇所有珠蛋白基因和重要调控区域，包括HBB、HBD、HBG1、HBG2、HBE1、LCRHS-1、LCRHS-2、LCRHS-3、LCRHS-4和LCRHS-5，针对以上基因全长片段并将其向外延伸70bp作为目标捕获区域；(c)以已有记录的缺失型alpha地贫突变断点及缺失型beta地贫突变断点作为目标捕获区域；(d)以已记录的缺失型alpha突变所涉及的最大的缺失范围为目标，在其范围内，每隔1kb选取1个SNP位点，所选SNP位点在dbSNP中记录的MAF在0.3-0.5之间，同时，所选SNP位点所在序列在基因组上无其它高度同源序列，以所选的SNP位点作为目标捕获区域；(e)以地贫修饰基因上一系列的SNP位点为目标捕获区域，其中，地贫修饰基因包括BCL11A、HBS1L、MYB、KLF1、BCL11A和MYB-HBS1Lintergenic。2.根据权利要求1所述的制备方法，其特征在于：所述捕获探针的长度为50-120bp，捕获探针与杂交区域的变性温度为60-100℃；并且，对于杂交区域的GC含量高于0.6或低于0.3的捕获探针，乘数大于2...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵素敏，徐湘民，彭智宇，商璇，茅矛，叶宇华，郭俊甫，魏小凤，阿叁，张倩倩，袁媛，陈超，郭凤禹，李云，陈仕平，卢森，
申请(专利权)人：深圳华大基因股份有限公司，南方医科大学，
类型：发明
国别省市：广东,44