用于基因组组装和单倍体型定相的定相读取集的生成制造技术

本文公开了通过核酸分子的分段和重排以保留单个分子的相位信息或物理连锁信息的方式促进序列数据(如基因组序列数据)的准确定相的方法、组合物和系统。这通过独立于它们的磷酸二酯骨架结合分子、切割所述分子、连接以及通过长读取测序技术对所述分子进行测序以恢复跨越至少一个区段的区段序列信息来不同地实现。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于基因组组装和单倍体型定相的定相读取集的生成交叉引用本申请要求于2016年2月23日提交的美国临时申请号62/298,906的权益，该临时申请通过引用以其全文明确地并入于此，并且本申请还要求于2016年2月23日提交的美国临时申请号62/298,966的权益，该临时申请通过引用以其全文明确地并入于此，并且本申请还要求于2016年3月9日提交的美国临时申请号62/305,957的权益，该临时申请通过引用以其全文明确地并入于此。
技术介绍
在理论上和实践中，仍然难以确定复杂DNA样品(如具有二倍体或多倍体基因组的DNA样品，或包含大量重复序列或相同序列的DNA样品)的单倍体型相位信息。由于感兴趣的基因座被高度重复的区域或长段的相同序列隔开而导致困难，使得读取信息的标准组装不足以将相位信息分配给基因座处的等位基因。
技术实现思路
本文公开了与通过分段重排的核酸分子(如染色体)的生成和测序(如长读取测序)对核酸序列数据准确定相有关的方法、组合物和系统。本文公开了从第一DNA分子生成长距离相位信息的方法，该方法包括：a)提供具有第一区段和第二区段的第一DNA分子，其中所述第一区段和所述第二区段在所述第本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种从第一DNA分子生成长距离相位信息的方法，该方法包括：(a)提供具有第一区段和第二区段的第一DNA分子，其中所述第一区段和所述第二区段在所述第一DNA分子上不相邻；(b)使所述第一DNA分子与DNA结合部分接触，使得所述第一区段和所述第二区段独立于所述第一DNA分子的共同的磷酸二酯骨架而与所述DNA结合部分结合；(c)切割所述第一DNA分子，使得所述第一区段和所述第二区段不由共同的磷酸二酯骨架连接；(d)通过磷酸二酯键将所述第一区段与所述第二区段附接以形成重新组装的第一DNA分子；以及(e)对单个测序读取中包含所述第一区段与所述第二区段之间的接头的所述重新组装的第一DNA分子的至少4k...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.02.23 US 62/298,906;2016.02.23 US 62/298,966;1.一种从第一DNA分子生成长距离相位信息的方法，该方法包括：(a)提供具有第一区段和第二区段的第一DNA分子，其中所述第一区段和所述第二区段在所述第一DNA分子上不相邻；(b)使所述第一DNA分子与DNA结合部分接触，使得所述第一区段和所述第二区段独立于所述第一DNA分子的共同的磷酸二酯骨架而与所述DNA结合部分结合；(c)切割所述第一DNA分子，使得所述第一区段和所述第二区段不由共同的磷酸二酯骨架连接；(d)通过磷酸二酯键将所述第一区段与所述第二区段附接以形成重新组装的第一DNA分子；以及(e)对单个测序读取中包含所述第一区段与所述第二区段之间的接头的所述重新组装的第一DNA分子的至少4kb的连续序列进行测序，其中第一区段序列和第二区段序列代表来自第一DNA分子的长距离相位信息。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述DNA结合部分包含多个DNA结合分子。3.根据权利要求2所述的方法，其中使所述第一DNA分子与多个DNA结合分子接触包括与DNA结合蛋白的群体接触。4.根据权利要求3所述的方法，其中所述DNA结合蛋白的群体包含核蛋白。5.根据权利要求3所述的方法，其中所述DNA结合蛋白的群体包含核小体。6.根据权利要求3所述的方法，其中所述DNA结合蛋白的群体包含组蛋白。7.根据权利要求2所述的方法，其中使所述第一DNA分子与多个DNA结合部分接触包括与DNA结合纳米颗粒的群体接触。8.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一DNA分子具有在所述第一DNA分子上与所述第一区段或所述第二区段不相邻的第三区段，其中进行(b)中的所述接触，使得所述第三区段独立于所述第一DNA分子的共同的磷酸二酯骨架而与所述DNA结合部分结合，其中进行(c)中的所述切割，使得所述第三区段不通过共同的磷酸二酯骨架与所述第一区段和所述第二区段连接，其中所述附接包括通过磷酸二酯键将所述第三区段与所述第二区段附接以形成所述重新组装的第一DNA分子，以及其中(e)中测序的连续序列包含单个测序读取中所述第二区段与所述第三区段之间的接头。9.根据权利要求1所述的方法，其包括使所述第一DNA分子与交联剂接触。10.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其包括使所述第一DNA分子与交联剂接触。11.根据权利要求9所述的方法，其中所述交联剂为甲醛。12.根据权利要求10所述的方法，其中所述交联剂为甲醛。13.根据权利要求1所述的方法，其中所述DNA结合部分与包含多个DNA结合部分的表面结合。14.根据权利要求1所述的方法，其中所述DNA结合部分与包含珠子的固体框架结合。15.根据权利要求1所述的方法，其中切割所述第一DNA分子包括与限制性内切核酸酶接触。16.根据权利要求1所述的方法，其中切割所述第一DNA分子包括与非...

【专利技术属性】
技术研发人员：小理查德·E·格林，丹尼尔·S·罗赫萨尔，保罗·哈特利，马可·布兰切特，
申请(专利权)人：多弗泰尔基因组学有限责任公司，
类型：发明
国别省市：美国,US