用于测序文库制备的方法和组合物技术

本文提供了邻近连接的方法和用于此类方法的组合物

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于测序文库制备的方法和组合物
[0001]交叉引用
[0002]本申请要求于
2020
年
12
月
30
日提交的美国临时申请号
63/132,304、
于
2021
年2月4日提交的美国临时申请号
63/145,859、
于
2021
年6月
29
日提交的美国临时申请号
63/216,170、
于
2021
年6月
30
日提交的美国临时申请号
63/217,009、
于
2021
年7月
22
日提交的美国临时申请号
63/224,722
以及于
2021
年
11
月
19
日提交的美国临时申请号
63/281,499
的权益，其中每一个其全部内容通过引用并入本文
。

技术介绍

[0003]获得高质量
、
连续的基因组序列通常很困难，特别是当可用于序列分析的源材料有限的情况下
。
虽然获取原始序列数据变得更快且成本更低，但用于有效且准确地分析和组装数据的合适方法仍然是一个挑战
。

技术实现思路

[0004]在一个方面，提供了一种核酸处理的方法
。
在一些情况下，该方法可以包括获得稳定化样品，所述稳定化样品包含与至少一个核酸结合蛋白复合的核酸分子；将所述核酸分子切割成多个区段，所述多个区段包含至少第一区段和第二区段，其中所述切割通过转座酶实现；将第一重组酶位点附接至所述第一区段和所述第二区段；以及在重组酶存在下使所述第一区段和所述第二区段与包含第二重组酶位点的接头接触，从而产生联接的核酸，所述联接的核酸包含来自所述第一区段的第一序列
、
来自所述接头的接头序列和来自所述第二区段的第二序列
。
在一些实施方案中，切割和附接在协同反应中发生
。
在其他实施方案中，切割和附接顺序发生
。
[0005]在一些情况下，转座酶是
Tn5
转座酶
。
在一些情况下，第二重组酶位点包含两个定向为同向重复的重组酶位点
。
在一些情况下，重组酶是整合酶
。
在一些情况下，整合酶是整合酶
、Bxb1
整合酶或其组合
。
[0006]在一些情况下，所述方法进一步包括通过将所述联接的核酸的5’
末端连接至所述联接的核酸的3’
末端来环化所述联接的核酸
。
[0007]在某些情况下，所述方法进一步包括对联接的核酸的至少一部分进行测序
。
在某些情况下，所述测序包括对所述第一序列的至少一部分和所述第二序列的至少一部分进行测序
。
在某些情况下，所述方法进一步包括将所述第一序列的至少一部分和所述第二序列的至少一部分映射至基因组
。
在某些情况下，所述方法进一步包括使用来自所述测序的信息进行三维基因组分析
。
[0008]在多种情况下，稳定化样品是交联样品
。
在多种情况下，所述获得所述稳定化样品包括获得样品和使所述样品稳定化
。
在多种情况下，所述获得所述稳定化样品包括获得先前稳定化的样品
。
在多种情况下，所述核酸结合蛋白包含染色质或其组分
。
在多种情况下，稳定化样品包含通过在约
62℃
下用约
0.3
％ SDS
处理细胞而制备的细胞核
。
在多种情况下，第一重组酶位点和第二重组酶位点包含
attP
和
attB
整合酶位点
。
在多种情况下，第一重组
酶位点与第二重组酶位点不同
。
在多种情况下，第一重组酶位点是
attP
或
attB
整合酶位点
。
在多种情况下，第二重组酶位点是
attP
或
attB
整合酶位点
。
在多种情况下，第一重组酶位点是
attP
整合酶位点并且第二重组酶位点是
attB
整合酶位点
。
在多种情况下，第一重组酶位点是
attB
整合酶位点并且第二重组酶位点是
attP
整合酶位点
。
在多种情况下，联接的核酸不形成发夹环
。
在多种情况下，第一重组酶位点和第二重组酶位点包含转座酶嵌合末端
。
在多种情况下，接头序列包含条形码序列
。
在多种情况下，条形码序列指示来源分区
。
在多种情况下，条形码序列指示来源细胞
。
在多种情况下，条形码序列指示来源细胞群
。
在多种情况下，条形码序列指示来源生物体
。
在多种情况下，条形码序列指示来源物种
。
在多种情况下，分区是阵列或珠上的孔
、
液滴或表面位置
。
在多种情况下，所述方法在不超过4小时内完成
。
在多种情况下，稳定化样品包含不超过
50,000
个细胞
。
在多种情况下，稳定化样品包含至少
10,000
个细胞
。
在多种情况下，稳定化样品包含稳定化细胞核
。
在多种情况下，稳定化样品包含不超过
50,000
个细胞核
。
在多种情况下，稳定化样品包含至少
10,000
个细胞核
。
在多种情况下，稳定化样品不进行超声处理
。
[0009]另一方面，提供了一种核酸处理的方法，其中该方法包括获得稳定化样品，该稳定化样品包含与至少一个核酸结合蛋白复合的核酸分子；将核酸分子切割成多个区段，该多个区段至少包含第一区段和第二区段区段；将第一重组酶位点附接至第一区段和第二区段；以及在重组酶存在下使第一区段和第二区段与包含第二重组酶位点的接头接触，从而产生联接的核酸，该联接的核酸包含来自第一区段的第一序列
、
来自接头的接头序列和来自第二区段的第二序列，其中第二重组酶位点包含两个定向为同向重复的重组酶位点
。
在一些实施方案中，切割和附接在协同反应中发生
。
在其他实施方案中，切割和附接顺序发生
。
另一方面，提供了核酸处理的方法，其中该方法包括获得稳定化样品，该稳定化样品包含与至少一个核酸结合蛋白复合的核酸分子；将核酸分子切割成多个区段，该多个区段至少包含第一区段和第二区段；将第一重组酶位点附接至第本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.
一种核酸处理方法，包括：
(a)
获得稳定化样品，所述稳定化样品包含与至少一个核酸结合蛋白复合的核酸分子；
(b)
将所述核酸分子切割成多个区段，所述多个区段包含至少第一区段和第二区段，其中所述切割通过转座酶实现；
(c)
将第一重组酶位点附接至所述第一区段和所述第二区段；以及
(d)
在重组酶存在下使所述第一区段和所述第二区段与包含第二重组酶位点的接头接触，从而产生联接的核酸，所述联接的核酸包含来自所述第一区段的第一序列
、
来自所述接头的接头序列和来自所述第二区段的第二序列
。2.
如权利要求1所述的方法，其中所述转座酶是
Tn5
转座酶
。3.
如权利要求1所述的方法，其中所述第二重组酶位点包含两个定向为同向重复的重组酶位点
。4.
如权利要求1所述的方法，其中所述重组酶是整合酶
。5.
如权利要求4所述的方法，其中所述整合酶是整合酶
、Bxb1
整合酶或其组合
。6.
如权利要求1所述的方法，进一步包括通过将所述联接的核酸的5’
末端连接至所述联接的核酸的3’
末端来环化所述联接的核酸
。7.
如权利要求1所述的方法，进一步包括对所述联接的核酸的至少一部分进行测序
。8.
如权利要求7所述的方法，其中所述测序包括对所述第一序列的至少一部分和所述第二序列的至少一部分进行测序
。9.
如权利要求8所述的方法，进一步包括将所述第一序列的至少一部分和所述第二序列的至少一部分映射至基因组
。10.
如权利要求7所述的方法，进一步包括使用来自所述测序的信息进行三维基因组分析
。11.
如权利要求1所述的方法，其中所述稳定化样品是交联样品
。12.
如权利要求1所述的方法，其中所述获得所述稳定化样品包括获得样品和使所述样品稳定化
。13.
如权利要求1所述的方法，其中所述获得所述稳定化样品包括获得先前稳定化的样品
。14.
如权利要求1所述的方法，其中所述核酸结合蛋白包含染色质或其组分
。15.
如权利要求1所述的方法，其中所述第一重组酶位点和所述第二重组酶位点包含
attP
和
attB
整合酶位点
。16.
如权利要求1所述的方法，其中所述第一重组酶位点与所述第二重组酶位点不同
。17.
如权利要求1所述的方法，其中所述第一重组酶位点是
attP
或
attB
整合酶位点
。18.
如权利要求1所述的方法，其中所述第二重组酶位点是
attP
或
attB
整合酶位点
。19.
如权利要求1所述的方法，其中所述联接的核酸不形成发夹环
。20.
如权利要求1所述的方法，其中所述第一重组酶位点和所述第二重组酶位点包含转座酶嵌合末端
。21.
如权利要求1所述的方法，其中所述接头序列包含条形码序列
。22.
如权利要求
21
所述的方法，其中所述条形码序列指示来源分区
。
23.
如权利要求
21
所述的方法，其中所述条形码序列指示来源细胞
。24.
如权利要求
21
所述的方法，其中所述条形码序列指示来源细胞群
。25.
如权利要求
21
所述的方法，其中所述条形码序列指示来源生物体
。26.
如权利要求
21
所述的方法，其中所述条形码序列指示来源物种
。27.
如权利要求1所述的方法，其中所述方法在不超过4小时内完成
。28.
如权利要求1所述的方法，其中所述稳定化样品包含不超过
50,000
个细胞
。29.
如权利要求
28
所述的方法，其中所述稳定化样品包含至少
10,000
个细胞
。30.
如权利要求1所述的方法，其中所述稳定化样品包含稳定化细胞核
。31.
如权利要求1所述的方法，其中所述稳定化样品包含不超过
50,000
个细胞核
。32.
如权利要求
31
所述的方法，其中所述稳定化样品包含至少
10,000
个细胞核
。33.
如权利要求1至
32
中任一项所述的方法，其中所述稳定化样品不进行超声处理
。34.
一种核酸处理方法，包括：
(a)
获得稳定化样品，所述稳定化样品包含与至少一个核酸结合蛋白复合的核酸分子；
(b)
将所述核酸分子切割成多个区段，所述多个区段包含至少第一区段和第二区段；
(c)
将第一重组酶位点附接至所述第一区段和所述第二区段；以及
(d)
在重组酶存在下使所述第一区段和所述第二区段与包含第二重组酶位点的接头接触，从而产生联接的核酸，所述联接的核酸包含来自所述第一区段的第一序列
、
来自所述接头的接头序列和来自所述第二区段的第二序列，其中所述第二重组酶位点包含两个定向为同向重复的重组酶位点
。35.
如权利要求
34
所述的方法，其中所述切割是通过转座酶实现的
。36.
如权利要求
35
所述的方法，其中所述转座酶是
Tn5
转座酶
。37.
如权利要求
34
所述的方法，其中所述重组酶是整合酶
。38.
如权利要求
34
所述的方法，其中所述整合酶是整合酶
、Bxb1
整合酶或其组合
。39.
如权利要求
34
所述的方法，进一步包括通过将所述联接的核酸的5’
末端连接至所述联接的核酸的3’
末端来环化所述联接的核酸
。40.
如权利要求
34
所述的方法，进一步包括对所述联接的核酸的至少一部分进行测序
。41.
如权利要求
38
所述的方法，其中所述测序包括对所述第一序列的至少一部分和所述第二序列的至少一部分进行测序
。42.
如权利要求
41
所述的方法，进一步包括将所述第一序列的至少一部分和所述第二序列的至少一部分映射至基因组
。43.
如权利要求
34
所述的方法，进一步包括使用来自所述测序的信息进行三维基因组分析
。44.
如权利要求
34
所述的方法，其中所述稳定化样品是交联样品
。45.
如权利要求
34
所述的方法，其中所述获得所述稳定化样品包括获得样品和使所述样品稳定化
。46.
如权利要求
34
所述的方法，其中所述获得所述稳定化样品包括获得先前稳定化的样品
。47.
如权利要求
34
所述的方法，其中所述核酸结合蛋白包含染色质或其组分
。
48.
如权利要求
34
所述的方法，其中所述第一重组酶位点和所述第二重组酶位点包含
attP
和
attB
整合酶位点
。49.
如权利要求
34
所述的方法，其中所述第一重组酶位点与所述第二重组酶位点不同
。50.
如权利要求
34
所述的方法，其中所述第一重组酶位点是
attP
或
attB
整合酶位点
。51.
如权利要求
34
所述的方法，其中所述第二重组酶位点是
attP
或
attB
整合酶位点
。52.
如权利要求
34
所述的方法，其中所述联接的核酸不形成发夹环
。53.
如权利要求
34
所述的方法，其中所述第一重组酶位点和所述第二重组酶位点包含转座酶嵌合末端
。54.
如权利要求
34
所述的方法，其中所述接头序列包含条形码序列
。55.
如权利要求
54
所述的方法，其中所述条形码序列指示来源分区
。56.
如权利要求
54
所述的方法，其中所述条形码序列指示来源细胞
。57.
如权利要求
54
所述的方法，其中所述条形码序列指示来源细胞群
。58.
如权利要求
54
所述的方法，其中所述条形码序列指示来源生物体
。59.
如权利要求
54
所述的方法，其中所述条形码序列指示来源物种
。60.
如权利要求
34
所述的方法，其中所述方法在不超过4小时内完成
。61.
如权利要求
34
所述的方法，其中所述稳定化样品包含不超过
50,000
个细胞
。62.
如权利要求
61
所述的方法，其中所述稳定化样品包含至少
10,000
个细胞
。63.
如权利要求
34
所述的方法，其中所述稳定化样品包含稳定化细胞核
。64.
如权利要求
34
所述的方法，其中所述稳定化样品包含不超过
50,000
个细胞核
。65.
如权利要求
64
所述的方法，其中所述稳定化样品包含至少
10,000
个细胞核
。66.
如权利要求
34
至
65
中任一项所述的方法，其中所述稳定化样品未经超声处理
。67.
一种方法，包括：
(a)
获得稳定化生物样品，所述稳定化生物样品包含与至少一个核酸结合蛋白复合的核酸分子；
(b)
使所述核酸分子与树枝状大分子接触以形成复合物，其中所述树枝状大分子的一种或多种聚合物包含末端的伯胺；
(c)
将所述核酸分子切割成多个区段，所述多个区段包含至少第一区段和第二区段；以及
(d)
将所述多个区段中的第一区段和第二区段在拼接序列处附接
。68.
如权利要求
67
所述的方法，其中用交联剂修饰所述树枝状大分子
。69.
如权利要求
67
所述的方法，进一步包括，在
(b)
之前使所述树枝状大分子与交联剂接触
。70.
如权利要求
68
或权利要求
69
所述的方法，其中交联剂包含补骨脂素
、
氮芥
、
环磷酰胺
、
苯丁酸氮芥
、
乌拉莫司汀
、
美法仑
、
苯达莫司汀
、
双
(2
‑
氯乙基
)
乙胺
、
双
(2
‑
氯乙基
)
甲胺
、
三
(2
‑
氯乙基
)
胺
、
异环磷酰胺
、
卡莫司汀
、
洛莫司汀
、
链脲霉素
、
白消安
、
顺铂
、
卡铂
、
双环铂
、
依铂
、
洛铂
、
米铂
、
奈达铂
、
奥沙利铂
、
吡铂
、
赛特铂
、
四硝酸三铂
、
丙卡巴肼
、
六甲蜜胺
、
达卡巴嗪
、
米托唑胺
、
替莫唑胺
、
丝裂霉素
C、
亚硝酸
、
甲醛
、
乙酰基醛
、
阿霉素
、
柔红霉素
、
表柔比星或伊达比星
。71.
如权利要求
70
所述的方法，其中所述补骨脂素包含
N
‑
羟基琥珀酰亚胺
(NHS)
酯缀合
的补骨脂素
。72.
如权利要求
67
至
71
中任一项所述的方法，其中所述树枝状大分子包含聚酰胺
‑
胺
(PAMAM)
树枝状大分子
。73.
如权利要求
68
至
72
中任一项所述的方法，进一步包括：
(e)
将所述交联剂与所述树枝状大分子解偶联
。74.
如权利要求
73
所述的方法，其中所述解偶联包括热碱处理
。75.
如权利要求
73
所述的方法，其中所述解偶联包括暴露于
UV
辐射
。76.
如权利要求
67
至
75
中任一项所述的方法，其中所述多个区段的一部分接合以形成多联体
。77.
如权利要求
76
所述的方法，其中所述多联体包括至少...

【专利技术属性】
技术研发人员：伊丽莎白，
申请(专利权)人：多弗泰尔基因组学有限责任公司，
类型：发明
国别省市：