基于酶切组合基因分型测序技术的许氏平鲉基因组SNP分子标记方法技术

本发明专利技术公开了基于酶切组合基因分型测序技术的许氏平鲉基因组SNP分子标记方法，包括许氏平鲉基因组DNA提取、Adapter接头设计、许氏平鲉基因组DNA酶切、连接Adapter、混合样品和PCR扩增、回收序列片段和高通量测序、数据分析开发SNP位点，其中Adapter接头的设计与MseI和NlaIII的酶切末端和后续Illumina Hiseq测序平台要求的引物序列一致。有益效果为：本发明专利技术分子标记方法技术稳定、重复性高、能够在降低成本的情况下大量开发基因组分子标记。

【技术实现步骤摘要】
基于酶切组合基因分型测序技术的许氏平鲉基因组SNP分子标记方法
本专利技术涉及许氏平鲉基因组分子标记开发
，尤其是涉及基于酶切组合基因分型测序技术的许氏平鲉基因组SNP分子标记方法。技术背景分子标记是能区分生物种间、种内群体间及群体内个体间遗传差异的DNA序列片段。利用分子标记能够开展物种鉴别、遗传多样性评估、遗传分化监测和个体分类聚群等科学研究。目前使用较为广泛的分子标记有线粒体DNA（mitochondrialDNA）、微卫星标记（simplesequencerepeat,SSR）、单核苷酸多态位点（singlenucleotidepolymorphism,SNP）等。随着高通量测序技术和生物信息学分析方法的发展，分子遗传学研究要求分子标记需具有成本低、遗传信息量大、基因分型效率高等特点。因而SNP标记越来越成为重要的分子标记。相对于线粒体DNA和SSR标记而言，SNP标记具有数据量大、覆盖度高、分型效率高等特点。SNP广泛分布在基因组编码区和非编码区，借助高通量测序技术能够在低成本的情况下开发得到数以万计的标记位点。随着测序技术的发展和测序成本的降低，SNP标记已经成本文档来自技高网...

【技术保护点】
1. 基于酶切组合基因分型测序技术的许氏平鲉基因组SNP分子标记方法，包括许氏平鲉基因组DNA提取、Adapter接头设计、许氏平鲉基因组DNA酶切、连接Adapter、混合样品和PCR扩增、回收序列片段和高通量测序、数据分析开发SNP位点，其特征在于：所述Adapter接头的设计与MseI和NlaIII的酶切末端和后续Illumina Hiseq测序平台要求的引物序列一致。

【技术特征摘要】
1.基于酶切组合基因分型测序技术的许氏平鲉基因组SNP分子标记方法，包括许氏平鲉基因组DNA提取、Adapter接头设计、许氏平鲉基因组DNA酶切、连接Adapter、混合样品和PCR扩增、回收序列片段和高通量测序、数据分析开发SNP位点，其特征在于：所述Adapter接头的设计与MseI和NlaIII的酶切末端和后续IlluminaHiseq测序平台要求的引物序列一致。2.根据权利要求1所述的基于酶切组合基因分型测序技术的许氏平鲉基因组SNP分子标记方法，其特征在于：所述Adapter接头序列由Illumina测序平台接头序列、样品标签序列两部分组成。3.根据权利要求2所述的基于酶切组合基因分型测序技术的许氏平鲉基因组SNP分子标记方法，其特征在于：所述样品标签序列设计原则如下：（a）样品标签序列为6碱基序列且不能含有连续两个相同的碱基；（b）样品标签序列间必须有至少两个差异碱基；（c）样品标签不能与酶切位点相同或相近。4.根据权利要求1所述的基于酶切组合基因分型测序技术的许氏平鲉基因组SNP分子标记方法，其特征在于：所述许氏平鲉基因组DNA提取步骤为：（a）将肌肉样品中加入600-700μl消化缓冲液和18-22μl蛋白酶K溶液，震荡混匀后置于50-60℃下消化4-6h；（b）将步骤a消化好的溶液冷却至室温后，加入等体积的平衡酚，摇晃混匀至乳状溶液，离心，然后重复上述步骤2-3次；（c）将步骤b得离心上清液体中加入等体积-20℃预冷酒精，振动至DNA沉淀下来，离心，离心沉淀用250-350μl浓度为70-80%酒精溶液漂洗两次，离心后弃上清液，晾干后在离心管中加入100μl去离子水，溶解DNA，待用。5.根据权利要求4所述的基于酶切组合基...

【专利技术属性】
技术研发人员：高天翔，徐胜勇，陈治，杨天燕，蔡珊珊，赵林林，
申请(专利权)人：浙江海洋大学，
类型：发明
国别省市：浙江,33