结直肠癌的DNA甲基化标志物以及利用其检测结直肠癌的方法和试剂盒技术

本发明专利技术公开了结直肠癌的DNA甲基化标志物以及利用其检测结直肠癌的方法和试剂盒，所述标志物是基因FXYD1、DZIP3、RPS24、AKT2、UBTF、DAGLB、LPAR6、TP63、CX3CR1和TACC2序列的甲基化。本发明专利技术还公开了检测所述DNA甲基化标志物的探针、方法和试剂盒，以及利用上述DNA甲基化位点的数据预测结直肠癌发生风险的计算机模块。

DNA methylation marker of colorectal cancer and method and kit for detecting colorectal cancer by using the same

The present invention discloses DNA methylation markers for colorectal cancer and methods and kits for detecting colorectal cancer by using them. The markers are methylation of FXYD1, DZIP3, RPS24, AKT2, UBTF, DAGLB, LPAR6, TP63, CX3CR1 and TACC2 sequences. The invention also discloses probes, methods and kits for detecting the DNA methylation markers, and a computer module for predicting the risk of colorectal cancer using the data of the DNA methylation sites.

【技术实现步骤摘要】
结直肠癌的DNA甲基化标志物以及利用其检测结直肠癌的方法和试剂盒
本专利技术属于生物
本专利技术涉及疾病检测；更具体而言，本专利技术涉及结直肠癌的DNA甲基化标志物以及利用其检测结直肠癌的方法和试剂盒。
技术介绍
我国结直肠癌发病率和死亡率分别位居所有肿瘤发病率和死亡率的第5位，对于癌症，早期筛查的意义远超治疗。常规的结直肠癌诊断的金标准是肠镜，但创伤性，心理感受较痛苦，病人普遍比较抗拒；便潜血试验则需要多次采样，会给病人带来很多不便，从而造成受检者筛查意愿降低，依从性差。肿癌标志物的血液学检查，具有无创、采样方便的特点，可以大大提高受检者的依从性。如果能够有方法对结直肠癌的发生或复发风险进行评估，对于结直肠癌的防治而言，无疑更具意义。对于合适的结直肠癌标志物研究一直是本领域中的重要问题，需要在结直肠癌标志物方面进行持续的研究。
技术实现思路
本专利技术人通过SequenomMassARRAY甲基化DNA定量分析技术研究结直肠癌患者外周血细胞基因FXYD1、DZIP3、RPS24、AKT2、UBTF、DAGLB、LPAR6、TP63、CX3CR1和TACC2的甲基化水平与结直肠癌发生的关联，探讨其与结直肠癌发生、作为早期筛查标志物的应用前景。经过努力，本专利技术人发现了人的体液中FXYD1、DZIP3和RPS24基因中的多个DNA甲基化位点与结直肠癌发生显著相关，可以用于预测结直肠癌发生、作为早期筛查标志物。因此，在第一方面，本公开提供了预测结直肠癌发生的DNA甲基化标志物，所述标志物包括如下基因至少一个的甲基化：DZIP3(cg14787155)和FXYD1(cg17682828)。在一个实施方案中，所述基因DZIP3(cg14787155)的甲基化包括cg14787155_CpG_12。在一个实施方案中，所述基因DZIP3(cg14787155)的甲基化还包括cg14787155CpG_3.4；CpG_5；CpG_6；CpG_7；CpG_8；CpG_9.10；CpG_11；CpG_12；CpG_14.15；CpG_16。在一个实施方案中，所述基因FXYD1(cg17682828)的甲基化包括cg17682828_CpG_11。在更优选的实施方案中，所述基因FXYD1(cg17682828)的甲基化还包括如下中的至少一个：cg17682828_CpG_2.3(FXYD1)和cg17682828_CpG_9.10(FXYD1)。优选地，还包括cg17682828CpG_4.5；CpG_7.8。在一个实施方案中，所述标志物还包括基因RPS24(cg23620279)的甲基化：cg23620279_CpG_6.7.8(RPS24)或cg23620279_CpG_9(RPS24)。在一个实施方案中，所述标志物还包括基因DAGLB(cg25513090)的甲基化：cg25513090_CpG_7；优选cg23620279_CpG_6.7.8；cg14787155_CpG_14.15；cg17682828_CpG_11；cg25513090_CpG_7。在一个实施方案中，所述标志物包括基因TACC2(cg27089675)或AKT2(cg25333225)的甲基化：(1)cg17682828_CpG_9.10(FXYD1)-cg27089675_CpG_4(TACC2)；或(2)cg17682828_CpG_7.8(FXYD1)-cg25333225_CpG_1(AKT2)。(3)cg14787155_CpG_24(DZIP3)-cg25333225_CpG_4(AKT2)。所述DZIP3(cg14787155)、FXYD1(cg17682828)、RPS24(cg23620279)、DAGLB(cg25513090)、TACC2(cg27089675)和AKT2(cg25333225)序列编号是基于SEQIDNO.1-6中所示序列的编号。在一个实施方案中，所述基因的核苷酸序列参见Genbank数据库：DZIP3(GeneID:9666)；FXYD1(GeneID:5348)；RPS24(GeneID:6229)；DAGLB(GeneID:221955)；TACC2(GeneID:10579)；AKT2(GeneID:208)。在第二方面，本公开提供了用于检测本公开的DNA甲基化标志物的引物对，所述引物对扩增SEQIDNO.1-6的序列。在一个实施方案中，所述引物对为SEQIDNO.11-SEQIDNO.22。在第三方面，本公开提供了一种检测本公开第一方面所述的DNA甲基化标志物的方法，所述方法包括1)提取DNA样品，2)对所述DNA样品进行亚硫酸盐处理，3)用本公开第二方面所述的引物对扩增所述亚硫酸盐处理的样品，获得扩增产物，4)对所述扩增产物进行消化(例如采用SAP酶)，5)对所述消化后的扩增产物进行转录和酶切，6)采用质谱方法对所述转录和酶切产物进行检测，获得样品序列中本公开第一方面所述的DNA甲基化标志物的甲基化情况。在一个实施方案中，在5)中包括对所述转录和酶切产物进行纯化。在一个实施方案中，所述质谱方法是飞行质谱方法。在第四方面，本公开提供了一种DNA甲基化标志物检测试剂盒，所述试剂盒包括本公开第二方面所述的引物对；所述试剂盒或者包括涵盖本公开第一方面中所述的甲基化位点的探针序列，其中本公开的CpG位点中的C保持不变或者被T替换。在第五方面，本公开提供了一种利用本公开第一方面所述DNA甲基化位点的数据预测结直肠癌发生风险的计算机模块，所述计算机模块包括：DNA甲基化值情况接收模块、数据存储模块、用于诊断、筛查与预测结直肠癌发生风险的处理器模块和用于输出结果的输出模块，其中，所述数据存储模块存储接收到的数据、本公开第一方面所述的CpG甲基化情况，所述用于预测结直肠癌发生风险的处理模块将所接收的DNA甲基化情况与本公开第一方面所述的CpG甲基化情况进行比较。在第五方面，本公开提供了一种利用本公开第一方面所述DNA甲基化标志物或者本公开第二所述的引物对用于癌症诊断、筛查与风险预测的用途，例如制备用于癌症诊断、筛查与风险预测的试剂的用途。在第六方面，本公开提供了一种采用基因芯片对基因组中序列为SEQIDNO.1-6的片段进行检测方法。优选地，所述检测包括对基因组中序列为SEQIDNO.1-6的片段进行CG位点进行甲基化情况的检测。本公开对基因DZIP3(cg14787155)、FXYD1(cg17682828)、RPS24(cg23620279)、DAGLB(cg25513090)、TACC2(cg27089675)和AKT2(cg25333225)序列甲基化与结直肠癌之间的相关性进行评估，设计了一对引物，该引物扩增的DNA序列中覆盖了个DNA甲基化位点，利用此引物可对其中的DNA甲基化位点进行检测，评估结直肠癌的发生风险。本公开的方法有如下优点：1)本公开选择检测的甲基化位点分布于基因DZIP3(cg14787155)、FXYD1(cg17682828)、RPS24(cg23620279)、DAGLB(cg25513090)、TACC2(cg27089675)和AKT2(cg25333225)序列上，与结直本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.预测结直肠癌发生的DNA甲基化标志物，所述标志物包括如下基因至少一个的甲基化：DZIP3(cg14787155)和FXYD1(cg17682828)。

【技术特征摘要】
1.预测结直肠癌发生的DNA甲基化标志物，所述标志物包括如下基因至少一个的甲基化：DZIP3(cg14787155)和FXYD1(cg17682828)。2.根据权利要求1的DNA甲基化标志物，所述基因DZIP3(cg14787155)的甲基化包括cg14787155_CpG_12。3.根据权利要求1或2的DNA甲基化标志物，所述基因DZIP3(cg14787155)的甲基化还包括cg14787155CpG_3.4；CpG_5；CpG_6；CpG_7；CpG_8；CpG_9.10；CpG_11；CpG_12；CpG_14.15；CpG_16。4.根据权利要求1-3任一项的DNA甲基化标志物，所述基因FXYD1(cg17682828)的甲基化包括cg17682828_CpG_11；优选所述基因FXYD1(cg17682828)的甲基化还包括如下中的至少一个：cg17682828_CpG_2.3(FXYD1)和cg17682828_CpG_9.10(FXYD1)；优选地，还包括cg17682828CpG_4.5；CpG_7.8。5.根据权利要求1-4任一项的DNA甲基化标志物，所述标志物还包括基因RPS24(cg23620279)的甲基化：cg23620279_CpG_6.7.8(RPS24)或cg23620279_CpG_9(RPS24)。6.根据权利要求1-5任一项的DNA甲基化标志物，所述标志物还包括基因DAGLB(cg25513090)的甲基化：cg25513090_CpG_7；优选cg23620279_CpG_6.7...

【专利技术属性】
技术研发人员：李盛英，陈颖，罗浪，宁争志，龚伦军，
申请(专利权)人：深圳市太科健康科技有限公司，
类型：发明
国别省市：广东,44