与猪多个经济性状相关的SNP分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术提供一个与猪多个经济性状相关的SNP分子标记及其应用。通过优化的GBS技术对3702头具有重要经济性能记录的杜洛克猪群体进行GWAS研究，分析得到一个影响猪100kg体重背膘厚、30‑100kg日增重、平均日采食量和平均日采食时间的SNP(chr1：179090701)位点，对该位点在中国地方猪种及商品猪种中进行SNP频率分析，发现商品猪中T为优势等位基因，地方猪中C为优势等位基因。商品猪比地方猪增重快、瘦肉率高，说明该SNP位点可作为分子标记用于选育优良猪种，在瘦肉率低或增重慢的群体中，通过选择该位点等位基因T的个体，可以提高育种群体的瘦肉率和生长速度。

SNP molecular markers related to multiple economic traits in pigs and their application

The present invention provides a SNP molecular marker and its application related to many porcine economic traits. The study of GWAS by optimizing the GBS technology has an important economic performance record of the 3702 head group of Duroc pigs, obtained an effect of swine 100kg weight, backfat thickness, 30 100kg daily gain, average daily feed intake and average daily feeding time of SNP (chr1:179090701) loci on the loci of SNP in frequency analysis China pig breeds and commercial pig breeds, found in pig T was the dominant allele in pig C allele. Commodity pig weight fast, lean meat rate higher than the local pig, which indicated that the SNP loci can be used as molecular markers for breeding pigs, the lean meat rate low or slow weight gain group, through the selection of the allele T of the individual, can improve the breeding population of lean rate and growth rate.

【技术实现步骤摘要】
与猪多个经济性状相关的SNP分子标记及其应用
本专利技术涉及分子遗传学领域，特别是涉及与猪多个经济性状相关的分子标记，具体地，涉及与猪100kg体重背膘厚、30-100kg日增重、平均日采食量和平均日采食时间相关的SNP分子标记、其应用以及该分子标记在育种中的应用。
技术介绍
我国是一个养猪大国，猪肉产量和质量的市场需求日益增加，提高猪肉产量、改善猪肉胴体质量，成为育种科学家长期以来不断探索的工作。早期的育种工作主要集中于猪的表型选择，随着基因组工作的不断推进和遗传标记的广泛开发，分子选择正逐渐成为可靠而有效的选择方法。单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism，SNP)标记是第三代分子标记，是指在基因组DNA序列上有单个碱基的突变而产生的一种多态性，这种突变包括单碱基的颠换、转换、插入和缺失。SNP具有量大、高频率、低突变率等优点，广泛应用于基因组分析、生物信息自动化检测、简单和复杂疾病的遗传研究、畜牧育种标记及全球种族遗传学等研究。分子标记辅助选择育种，是在分子水平上对目标性状进行选择，可以不受环境影响，通过遗传背景选择，减少连锁累赘，从而加速育种过程及精准度。全基因组关联分析(Genome-wideassociationstudies，GWAS)是畜禽经济性状遗传改良和机理解析的重要方法。随着二代测序技术的发展，全基因组重测序和简化基因组测序技术成为高通量SNP分型的有力工具，GBS(Genotyping-by-sequencing)是简化基因组测序的经典代表，是一种高效的全基因组SNP分型方法，可以从群体中直接鉴定SNP并进行分型，能以较低的成本获得几万到几十万不等的SNP分型信息，已被广泛应用于动植物的分子标记开发、群体遗传分析、全基因组关联分析以及基因组选择育种等研究中(DeDonatoetal.，2013；Elshireetal.，2011；Heetal.，2014)。猪的背膘厚表示脂肪多少，背膘厚度越厚瘦肉率越低，相反，则瘦肉率高，因此，猪的背膘厚与猪产肉性能具有强相关性。猪的采食模式是在特定的饲养环境和管理条件下，猪只为了适应当前环境所形成的一种稳定的、具有一定可塑性的采食习惯。平均日采食量与猪增重相关的生长性能具有强相关性。而猪的日增重直接与猪的生长性能相关，因此，研究猪的背膘厚、日增重和采食时间等经济性状，在育种中具有重要的研究意义。利用优化的GBS技术对猪群体进行GWAS研究，有助于快速找到影响猪重要经济性状的有意义的分子标记，为猪的标记辅助选择育种提供有利的理论依据。
技术实现思路
本专利技术的第一个目的在于提供与猪经济性状相关的SNP分子标记。本专利技术的第二个目的是提供该SNP分子标记的应用。本专利技术的目的是通过以下技术方案实现的：测定并记录3702头温氏杜洛克猪的重要经济性状，利用优化的GBS技术对杜洛克猪体进行GWAS研究，得到了一个与猪100kg体重背膘厚、30-100kg日增重、平均日采食量和平均日采食时间显著相关的SNP位点，该SNP位于基因组版本EnsemblSscrofa10.2的chr1：179090701，该分子标记的多态性为T和C。统计该SNP位点在重测序的地方猪种(金华猪、五指山猪、陆川猪、梅山猪、巴马香猪、荣昌猪、莱芜猪和民猪)与商品猪种(杜洛克猪、长白猪、约克夏猪和杜长大猪)中的SNP频率，发现其SNP频率分布在地方猪种和商品猪种中存在显著差异，商品猪中T为优势等位基因，地方猪中C为优势等位基因。具体地，所述SNP分子标记位于SEQIDNO.1所示的核苷酸序列中第101位碱基。由此，得到了一种与猪多个经济性状相关的SNP分子标记，在瘦肉率低或增重慢(生产速度慢)的群体中，通过选择等位基因T的个体，可以提高群体的瘦肉率和生长速度。进一步地，本专利技术提供了所述SNP分子标记在猪的标记辅助选择育种中的应用。所述应用具体体现为一种利用所述SNP分子标记对猪进行辅助育种的方法，可包括以下步骤：(1)检测样品猪在所述SNP分子标记的基因型；(2)选择具有优势等位基因基因型的样品猪进行优势品系的选育。作为优选，选择基因型为T/T的猪进行选育。其中，所述优势品系主要表现为低背膘厚、瘦肉率高、生长速度快。进一步地，所述步骤(1)可采用直接测序，或先扩增含所述SNP位点的片段再检测的方式进行，例如，设计引物，从SEQIDNo.1所示的序列中扩增出含有所述SNP分子标记的片段，再检测该位点上的等位基因。本专利技术还提供了所述SNP分子标记在鉴定瘦肉率高、生长速度快的猪种中的应用。另一方面，用于扩增含有本专利技术所述SNP位点片段的引物对也属于本专利技术的保护范围。所述引物对的作用为：从SEQIDNo.1所示的序列中扩增出含有所述SNP位点的片段。本专利技术的有益效果在于：通过优化的GBS技术对3702头具有重要经济性能记录的杜洛克猪群体进行GWAS研究，通过对GWAS结果的分析得到一个与猪主要经济性状显著相关的SNP(chr1：179090701)位点，对这个位点在中国地方猪种及商品猪种中进行SNP频率分析，发现其SNP频率分布在地方猪种和商品猪种中存在显著差异，商品猪中T为优势等位基因，地方猪中C为优势等位基因。商品猪比地方猪增重快、瘦肉率高，说明这个SNP位点可作为分子标记应用于优良猪种的选育。在瘦肉率低或增重慢的群体中，通过选择等位基因T的个体，可以提高育种群体的瘦肉率和生长速度。本专利技术通过检测SNP分子标记能够早期、快速、低成本、有效的预测猪瘦肉率高低与否和生长速度快慢与否，在猪种改良方面具有广阔的应用前景，并能够取得优异的经济价值。附图说明图1A-图1D分别为猪100kg体重背膘厚、30-100kg日增重，平均日采食量，平均日采食时间的GWAS结果的曼哈顿图。具体实施方式以下实施例进一步说明本专利技术的内容，但不应理解为对本专利技术的限制。在不背离本专利技术精神和实质的情况下，对本专利技术方法、步骤或条件所作的修改或替换，均属于本专利技术的范围。实施例1猪经济性状全基因组关联分析1.试验材料以杜洛克猪纯种群体为研究对象，收集2007年8月至2016年1月出生的33,960头个体(12,987头公猪和20,973头母猪)的生产性能记录用于本研究。常规性能测定严格按照猪场内部规范进行，包括达30-100kg日增重(Averagedailygainfrom30kgto100kgliveweight，ADG)、100kg体重背膘厚(Backfatthicknessat100kgliveweight，BF)、平均日采食量和平均日采食时间。2.试验方法2.1常规测定性状(1)30-100kg日增重：当猪只体重达到30±5kg时，即空料准备始测(始测前一天下午清理料槽剩料至当天早上)，空料12小时后用称重仪称取猪只的体重，记为始测体重；经过2-3个月的饲养，当猪只体重达到100±5kg时，开始进行终测；终测前一天下午开始停料，空料10小时后称取猪只的体重，记为终测体重；根据始测和终测时的体重和日龄，计算30-100kg日增重这个指标。由于校正公式对终测体重有一定要求，因此后续数据处理时，将终测体重<75kg或>140kg的个体记录设定为缺失值。(2)100本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种与猪多个经济性状相关的SNP分子标记，其特征在于，该SNP分子标记位于基因组版本Ensembl Sscrofa 10.2的chr1：179090701位点，该分子标记的多态性为T和C；所述经济性状包括100kg体重背膘厚、30‑100kg日增重、平均日采食量和平均日采食时间。

【技术特征摘要】
1.一种与猪多个经济性状相关的SNP分子标记，其特征在于，该SNP分子标记位于基因组版本EnsemblSscrofa10.2的chr1：179090701位点，该分子标记的多态性为T和C；所述经济性状包括100kg体重背膘厚、30-100kg日增重、平均日采食量和平均日采食时间。2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于，商品猪中T为优势等位基因，地方猪中C为优势等位基因。3.根据权利要求1或2所述的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记位于SEQIDNO.1所示的核苷酸序列中第101位碱基。4.权利要求1～3任一项所述的SNP分子标记在猪的标记辅助选择育种中的应用。5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，包括以...

【专利技术属性】
技术研发人员：胡晓湘，郭晓莉，谈成，吴珍芳，刘德武，李宁，
申请(专利权)人：中国农业大学，
类型：发明
国别省市：北京,11