评估细胞乳腺样品的方法和用于实践所述方法的组合物技术

提供用于评估细胞乳腺样品的方法。所述方法的各方面包括以流式细胞计数法获得样品数据、细胞数据和其组合，并且然后基于所获得的数据评估所述细胞乳腺样品。此外，提供可用于实践所述方法的各种实施方案的组合物，例如试剂盒、系统和程序。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】评估细胞乳腺样品的方法和用于实践所述方法的组合物相关申请的交叉引用按照美国法典第35篇第119条(e)款，本申请要求2015年5月26日提交的美国临时专利申请序列号62/166,583的申请日的优先权，所述申请的公开内容以引用的方式并入本文。引言乳腺癌是美国第三种主要的癌症死亡原因。据估计，在2011年，美国有2,899,726名女性患有乳腺癌。在2014年，据估计，美国有新增232,670例乳腺癌，并且估计40,000人将死于此疾病。乳腺癌每年在每100,000名女性中造成22.2例死亡，并且美国大约12.3％的女性在其生命中的某个点将被诊断患有乳腺癌。诊断的癌症期(其是指体内癌症的程度)决定治疗选择并且对于存活时间具有强烈影响。在1期(即，“局部的”，癌症局限于初级位点)诊断的乳腺癌的五年相对存活率是98.5％。然而，当在2期(即，“区域性的”，癌症扩散到区域淋巴结)诊断时，乳腺癌的五年相对存活率下降至84.6％，并且当在3期(即，“远距离的”，癌症已转移)诊断时下降至25％。由此，乳腺癌的早期检测和诊断极大地预测患者结果，包括治疗反应和存活。因为癌症转移与晚期癌症强烈相关，所以确定患者的癌症是否是转移性的对于执业医师选择治疗策略和/或作出是否开始治疗的患者结果预测可以是非常有用的步骤(乳腺癌监测和流行病学数据以seer.cancer.gov从美国国家癌症研究所检索)。使诊断复杂化的因素中的一个是假阳性测试，其导致过度诊断。在美国，乳腺癌的过度诊断的估计百分比是30％。给出假阳性结果的乳房X线照相术是常见的。通过乳房X线照相术每年进行筛选、持续10年的60岁女性具有约50％的机率具有导致跟踪测试的至少1个假阳性和约20％的机率具有导致活组织检查的假阳性(参见Schwartz等人(2000)WestJMed.173(5):307–312)。过度诊断可能是过于依赖主观判定(例如像由人类评价者(例如，细胞学家、组织学家或病理学家)所作出的主观判定)和或过少变量(例如，测试单一基因或蛋白质的表达)的测试的结果。已经显示，仅Her2蛋白的免疫组织化学在所有病例的40％中过高估计其过表达，这需要额外的测试以进行正确的诊断。除对于受试者的医学治疗的直接影响之外，假阳性测试结果对于受试者的身体和心理健康也可具有间接的负面影响。除用于医学目的的诊断测试之外，制药工业依赖于癌症存在、癌症时期、癌症进展、以及癌症发展的确定作为用于评价治疗和新药物的措施。由此，部分地由于以上所讨论的那些因素，制药工业正舍弃免疫组织化学作为评价新药物和治疗的临床和临床前性能的方式，并且追求更量化的方法。此外，由于原发性癌症与转移性癌症之间的患者结果的巨大差异，对于了解癌症发展以便识别新的治疗靶标具有极大的兴趣。专利技术概述提供用于评估细胞乳腺样品的方法。所述方法的各方面包括以流式细胞计数法获得样品数据、细胞数据和其组合，并且然后基于所获得的数据评估细胞乳腺样品。此外，提供可用于实践所述方法的各种实施方案的组合物，例如试剂盒、系统和程序。附图简述结合附图阅读以下详细描述时可最透彻地理解本专利技术。要强调的是，根据惯例，附图的各种特征不成比例。相反，为清楚起见，各种特征的尺寸任意地放大或缩小。在附图中包括以下各图。图1描绘对于雌激素受体、孕酮受体、Her2mRNA、HER2蛋白、DAPI、以及CD45标记的细胞的选通策略。图2描绘针对根据图1选通的细胞生成的补偿矩阵。图3描绘针对其生成数据的选通靶细胞群体的实例。图4描绘DNA指数(DI)和细胞周期数据的生成。图5描绘关于转移模型的表达CD44和E-钙粘着蛋白的细胞群体。图6描绘her2mRNA和雌激素受体标记物分离以及样品细胞群体的可分辨的WBC和肿瘤DNA指数。图7描绘使用5个变量降阶模型的来自肿瘤和健康受试者的样品的统计学分离。图8描绘使用完全转移模型的来自转移性肿瘤和非转移性肿瘤的样品的统计学分离。图9描绘使用降阶转移模型的来自转移性肿瘤和非转移性肿瘤的样品的统计学分离。图10描绘根据如本文所述的多参数模型的癌样品相对于正常样品分类。图11描绘关于图10的正常样品的对照比较。图12提供示出生成并评估用于癌样品和非癌样品分类的多参数模型的过程的流程图。详细描述提供用于评估细胞乳腺样品的方法。所述方法的各方面包括以流式细胞计数法获得样品数据、细胞数据和其组合，并且然后基于所获得的数据评估细胞乳腺样品。此外，提供可用于实践所述方法的各种实施方案的组合物，例如试剂盒、系统和程序。在描述本专利技术方法和组合物之前，应理解本专利技术不限于所述的特定方法或组合物，因而，当然也可有所变化。还应理解，本文所用的术语仅出于描述具体实施方案的目的，并且不意图具有限制性，因为本专利技术的范围将仅受限于所附权利要求书。在提供数值范围的情况下，应理解，还明确公开了此范围的上下限之间的各中间值，其中除非上下文另外明确地指出，精确到下限单位的十分位一。在规定范围中的任何规定值或中间值与在此规定范围中的任何其他规定值或中间值之间的各个较小范围涵盖在本专利技术内。这些较小范围的上下限可被独立地包括在所述范围中或排除在所述范围外，并且当两个界限之一、都不或全都包括在所述较小范围中时各个范围也涵盖在本专利技术内，除非是所述规定范围中的任何明确排除的极限值。在所述规定范围包括所述极限值中的一个或两个的情况下，本专利技术中还包括排除那些所包括的极限值中的任一个或两个的范围。除非另外定义，否则本文所用的所有技术和科学术语都具有与本专利技术所属领域中的普通技术人员通常所理解的相同含义。虽然在实践或测试本专利技术时可使用与本文所描述的那些类似或等效的任何方法和材料，但是现在描述一些可能和优选的方法和材料。为了公开和描述公布在引用时所涉及的方法和/或材料，本文中提到的所有公布均以引用的方式并入本文。应理解，如果有矛盾，本公开取代所并入公布的任何公开内容。本领域的技术人员在阅读本公开时将显而易见的是，本文所描述且说明的各个个别实施方案具有离散组分和特征，所述组分和特征可易于与任何其他若干实施方案的特征分离或组合而不偏离本专利技术的范围或精神。任何叙述的方法均可以叙述的事件的顺序或以在逻辑上可能的任何其他顺序进行。必须指出，除非上下文明确地另外规定，否则如在本文和所附权利要求书中使用，单数形式“一个(a)”、“一种(an)”和“所述(the)”包括复数指示物。因此，例如，提及“一个细胞”包括多个此类细胞并且提及“所述肽”包括提及一种或多种肽及其为本领域的技术人员所知的等效物(例如多肽)等。本文所讨论的公布仅仅提供它们在本公开的提交日期之前的公开内容。本文中的任何内容均不应解释为承认由于先前专利技术而使本专利技术无权先于这些公布。此外，所提供的公布日期可不同于可能需要独立确认的实际公布日期。方法如上所概述的，本专利技术的实施方案涉及评估细胞乳腺样品(即，乳腺细胞的样品或乳腺细胞样品)的方法。“细胞乳腺样品”意指含有例如利用如以下更详细地描述的那些方法从受试者的乳腺(即，从乳腺组织)得到的细胞的样品。根据本文所述的方法，通过以下更详细地描述的以流式细胞计数法分析样品来从样品获得数据，接着通过评价数据来对样品进行评估。数据从样品获得的数据可包括各种数据类别，包括但不限于例如样品数据和细本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种评估细胞乳腺样品的方法，所述方法包括：a)以流式细胞计数法分析所述细胞乳腺样品，以获得：i)包括样品细胞密度数据的样品数据；ii)包括DNA含量数据、增殖数据和细胞体积数据的上皮细胞数据；以及iii)白细胞(WBC)数据；以及b)评价所获得的样品数据、上皮细胞数据和WBC数据以评估所述细胞乳腺样品。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.05.26 US 62/166,5831.一种评估细胞乳腺样品的方法，所述方法包括：a)以流式细胞计数法分析所述细胞乳腺样品，以获得：i)包括样品细胞密度数据的样品数据；ii)包括DNA含量数据、增殖数据和细胞体积数据的上皮细胞数据；以及iii)白细胞(WBC)数据；以及b)评价所获得的样品数据、上皮细胞数据和WBC数据以评估所述细胞乳腺样品。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述WBC数据包括WBC的群体中至少一种乳腺癌生物标记物的水平。3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述至少一种乳腺癌生物标记物包括雌激素受体、孕酮受体、或其组合。4.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述细胞乳腺样品是细针抽吸样品。5.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法还包括使所述细胞乳腺样品的细胞在足以产生标记的细胞乳腺样品的条件下与标签接触，其中所述标签是核标签或选自由以下组成的组的细胞表面标记物的标签：CD45、雌激素受体和孕酮受体。6.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述细胞乳腺样品从受试者获得，并且所述评价包括评估所述受试者是否患有肿瘤性疾病。7.一种评估细胞乳腺样品的方法，所述方法包括：a)以流式细胞计数法分析细胞乳腺样品：i)包括样品细胞计数数据的样品数据；ii)包括DNA含量数据、上皮细胞计数数据和癌症生物标记物数据的上皮细胞数据；以及iii)包括WBC增殖数据的白细胞(WBC)数据；以及b)评价所获得的样品数据、上皮细胞数据和WBC数据以评估所述细胞乳腺样品。8.根据权利要求7所述的方法，其中所述癌症生物标记物数据包括人类表皮细胞生长因子受体2(HER2)表达数据。9.根据权利要求7或8所述的方法，其中所述细胞乳腺样品是细针抽吸样品。10.根据权利要求7至9中任一项所述的方法，其中所述方法还包括使所述细胞乳腺样品的细胞在足以产生标记的细胞乳腺样品的条件下与标签接触，其中所述标签是核标签或选自由以下组成的组的细胞表面标记物的标签：CD45、雌激素受体、孕酮受体、以及HER2。11....

【专利技术属性】
技术研发人员：基思·舒尔茨，阿曼达·诺埃尔·查尔金，赛义达姆德·贾法莱恩穆罕马迪，
申请(专利权)人：茵赛德斯有限公司，
类型：发明
国别省市：美国,US