一种基因捕获试剂盒制造技术

本发明专利技术提供一种基因捕获试剂盒。本发明专利技术的基因捕获试剂盒包括用于基因捕获的探针，所述用于基因捕获的探针包括针对目标基因的探针、以及针对内参基因的探针。根据本发明专利技术，在基于基因捕获测序的CNV检测中，即使在后期的数据处理中不使用背景数据库的情况下，也能够获得良好的检测结果。

A gene capture Kit

The present invention provides a gene capture kit. The invention of the gene trap kit includes a probe for gene trapping, the probe for gene capture probe, including target gene and reference gene for probe. According to the invention, in the CNV detection based on gene capture and sequencing, even in the later stage of data processing, no background database can be used, and a good detection result can also be obtained.

【技术实现步骤摘要】
一种基因捕获试剂盒
本专利技术属于分子体外诊断领域，具体涉及特别适用于特定的结构变异体外诊断的基因捕获试剂盒。
技术介绍
基因的拷贝数变异(CopyNumberVariation，CNV)是一类在临床上非常重要的结构变异，与多种肿瘤的预后，靶向药物的敏感性相关。可靠的CNV检测结果可以为临床用药以及病情评估等提供十分重要的依据。目前临床上所使用的CNV检测技术大多为基于PCR或免疫组化的实验手段(如FISH，IHC等)。此类方法仅可对常见的已知基因进行CNV检测，且单次检测仅可覆盖一个基因。基于新一代测序(Next-GenerationSequencing，NGS)平台的CNV检测，可以在保证检测性能的前提下一次性给出多个基因的CNV检测结果，同时对于低纯度肿瘤样本有更好的检测效果。传统的基于NGS平台的CNV检测使用全基因组低深度测序数据。随着NGS技术的不断进步，基于目标区域捕获的高深度测序技术在临床检测的应用场景下逐渐表现出优势。对于基于NGS平台的CNV检测而言，需要在后期的数据处理中引入背景数据库。这种引入背景数据库的数据处理方式存在下述缺点：(1)背景数据库一般获得自健康正常人的目标基因测序数据，需要单独建立，成本高；(2)背景数据库受建立时的实验条件、测序平台的影响大，如何确保获得目标基因测序数据时的实验条件、测序平台与建立背景数据库时的实验条件、测序平台的一致性是一个难题；(3)对于全基因组高通量测序这种偏好性相对较小的数据而言，背景库的建立过于繁琐。
技术实现思路
鉴于上述现有技术中存在的不足，本专利技术的目的在于提供一种新的基因捕获试剂盒，如果在基于基因捕获测序的特定的结构变异检测中，使用该基因捕获试剂盒进行基因捕获，则即使在后期的数据处理中不使用背景数据库的情况下，仍能够获得良好的检测结果。本专利技术人为解决上述问题进行了深入研究，结果发现：通过在基于基因捕获测序的特定的结构变异检测中，使用包含针对内参基因的探针的基因捕获试剂盒，即使在后期的数据处理中不使用背景数据库的情况下，也能够获得良好的检测结果，从而完成了本专利技术。需要说明的是，在本说明书中，特定的基因结构变异是指基因拷贝数变异、大片段重排或部分串联重复。即，本专利技术包括：1.一种基因捕获试剂盒，其包括用于基因捕获的探针，所述用于基因捕获的探针包括：针对目标基因的探针；以及针对内参基因的探针。2.根据项1所述的基因捕获试剂盒，其中，所述用于基因捕获的探针是生物素化的。3.根据项1或2所述的基因捕获试剂盒，其中，该基因捕获试剂盒还包括链霉亲和素标记的磁珠。4.根据项1～3中任一项所述的基因捕获试剂盒，其中，该基因捕获试剂盒还包括用于阻断非特异性杂交的DNA片段。5.根据项1～4中任一项所述的基因捕获试剂盒，其中，该基因捕获试剂盒还包括用于提供杂交捕获反应的离子环境的缓冲液。6.根据项1～5中任一项所述的基因捕获试剂盒，其中，该基因捕获试剂盒还包括用于洗脱物理吸附或非特异性杂交的清洗液。7.根据项1～6中任一项所述的基因捕获试剂盒，其中，该基因捕获试剂盒还包括用于对捕获到的目标基因和/或内参基因进行扩增的引物。8.根据项1～7中任一项所述的基因捕获试剂盒，其中，该基因捕获试剂盒用于在基因捕获测序中进行基因捕获。9.根据项1～8中任一项所述的基因捕获试剂盒，其中，所述基因捕获测序用于检测基因拷贝数变异、大片段重排或部分串联重复。10.一种用于基因拷贝数变异、大片段重排或部分串联重复检测的二代测序DNA文库的构建方法，其包括：对DNA文库中的目标基因和内参基因进行基因捕获的步骤；其中，所述基因捕获使用项1～9中任一项所述的基因捕获试剂盒进行。11.一种基因捕获方法，其使用权利要求1～9中任一项所述的基因捕获试剂盒进行。根据本专利技术，在基于基因捕获测序的特定的结构变异检测中，即使在后期的数据处理中不使用背景数据库的情况下，也能够获得良好的检测结果。附图说明图1显示在实施例1的数据处理步骤中，采用A方案的数据处理结果的图。图2显示在实施例1的数据处理步骤中，采用B方案的数据处理结果的图。专利技术的具体实施方式本说明书中提及的科技术语具有与本领域技术人员通常理解的含义相同的含义，如有冲突以本说明书中的定义为准。首先，在一个方面中，本专利技术提供一种基因捕获试剂盒(本专利技术的基因捕获试剂盒)，其包括用于基因捕获的探针，所述用于基因捕获的探针包括：针对目标基因的探针、以及针对内参基因的探针。在本说明书中，基因捕获是指：基于核苷酸序列之间的互补配对原理，利用带有标记(例如生物素)的寡核苷酸探针调取一个或多个目的基因，并通过链霉亲和素磁珠将目的基因从基因文库中分离出来。在本说明书中，寡核苷酸、多核苷酸与核酸三者可以互换使用，构成上述三者的基本单元均是核苷酸(包括核糖核苷酸和/或脱氧核糖核苷酸)。在本说明书中，目标基因是指：可反映目标疾病状态、指导目标疾病用药和/或预测预后的基因。通常认为，在罹患目标疾病的患者中，该基因具有特定的结构变异。例如，在所述目标疾病为癌症的情况下，所述目标基因可以是在癌症中可能发生特定的结构变异的基因。作为目标基因，因不同的目标疾病而异，通常是不同的。所述目标疾病可以是例如：血液病(例如白血病)或实体癌(例如胃癌、乳腺、结肠直肠癌、肺癌等)。具体例如，在所述目标疾病是血液病的情况下，所述目标基因可以是例如MLL基因。再例如，基因组的大片段的缺失与重排将导致DNA序列的拷贝数变异，并出现新型排列方式。在乳腺癌患者中，BRCA1/2基因的外显子区域发生大片段缺失与重排可表现为200多种亚型。BRCA1/2基因常见的变异形式包括点突变、插入和缺失、大片段缺失重排。BRCA1/2基因异常与乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌等肿瘤的发生有密切关系。BRCA1/2检测的临床意义在于评估乳腺癌-卵巢癌综合征(HBOC)发病风险、预测铂类药物敏感性、提示肿瘤预后。又例如，在所述目标疾病是下表中所列出的癌症的情况下，所述目标基因可以是选自下表中所列出的与该癌症对应的基因中的一种或两种以上或全部。基因癌症在本说明书中，内参基因是指：不能用作目标基因、但可用作参照、提供背景数据信息的染色体DNA区域。内参基因是人类基因组上拷贝数相对稳定的基因或区域，其是一段高度保守、且不具有特定的结构变异的DNA序列。通常认为，无论是在健康正常人中，还是在目标疾病的患者中，该基因都不具有特定的结构变异。对于不同的目标疾病，内参基因可以相同，也可以不同。本专利技术人发现，选自下组中的一个或两个以上或全部的内参基因在不同的目标疾病的检测中可以通用。除了针对目标基因的探针和针对内参基因的探针以外，所述用于基因捕获的探针还可以包括针对与目标疾病相关的其它基因的探针。与目标疾病相关的其它基因是指：在目标疾病中可能发生各种类型突变的基因，其可用作诊断目标疾病、指导目标疾病用药和/或预测预后的基因，但在罹患目标疾病的患者的患病细胞的基因组中，该基因的特定的结构变异不常见或不具备临床意义。优选地，所述用于基因捕获的探针是生物素化的。这样，可以使用链霉亲和素标记的固相载体将捕获了目标基因后的探针分离出来，所述固相载体优选为磁珠。因此，优选地，本专利技术的基因捕获试剂盒还包括链霉亲和素标记的磁珠。在基因捕获二代本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种基因捕获试剂盒，其包括用于基因捕获的探针，所述用于基因捕获的探针包括：针对目标基因的探针；以及针对内参基因的探针。

【技术特征摘要】
1.一种基因捕获试剂盒，其包括用于基因捕获的探针，所述用于基因捕获的探针包括：针对目标基因的探针；以及针对内参基因的探针。2.根据权利要求1所述的基因捕获试剂盒，其中，所述用于基因捕获的探针是生物素化的。3.根据权利要求2所述的基因捕获试剂盒，其中，该基因捕获试剂盒还包括链霉亲和素标记的磁珠。4.根据权利要求1所述的基因捕获试剂盒，其中，该基因捕获试剂盒还包括用于阻断非特异性杂交的DNA片段。5.根据权利要求1所述的基因捕获试剂盒，其中，该基因捕获试剂盒还包括用于提供杂交捕获反应的离子环境的缓冲液。6.根据权利要求1所述的基因捕获试剂盒，其中，该基因捕获试剂盒还包括用于洗脱物理吸附或非特异性杂交的...

【专利技术属性】
技术研发人员：梁峻彬，荆瑞琳，王晓雯，魏少华，刘卉，侯光远，玄兆伶，李大为，陈重建，
申请(专利权)人：安诺优达基因科技北京有限公司，浙江安诺优达生物科技有限公司，安诺优达义乌医学检验有限公司，
类型：发明
国别省市：北京,11