检测基因融合的多重PCR制造技术
Multiple PCR detection of gene fusion
This article provides a method and composition for detecting gene fusion related to cancer, for example. The method and composition of the invention can be used to detect gene fusion with very high sensitivity and specificity. This method and composition can detect gene fusion in free circulating tumor RNA, for example, from plasma samples.
【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】检测基因融合的多重PCR专利技术背景许多癌症与基因融合相关。可能最早报道的例子是在60年代，BCR-ABL与慢性骨髓性白血病（CML）的关联（Nowell和Hungerford（1960），J.Natl.CancerInst.25:85）。从那以后，已经报道了许多不同组织中的癌症的数百个基因融合（Presner和Chinnaiyan（2009），Curr.OpinGenet.Dev.19:82）。另一个例子是酪氨酸受体激酶ALK.EML4-ALK（棘皮动物微管相关蛋白样4型间变性淋巴瘤激酶）融合与非小细胞肺癌（NSCLC）相关。在这种情况下，ALK的细胞外部分N末端替换为EML4（KIF5B、HIP1、KLC1、TFG也可以以类似的方式与ALK融合）。所得到的融合基因的表达由强EML4启动子驱动，导致ALK的细胞内酪氨酸激酶结构域的更高表达。另外，EML4形成卷曲螺旋，其导致配体非依赖性二聚化和ALK酪氨酸激酶结构域的组成性激活。基因融合的检测对于指导治疗是重要的。大多数目前的检测方法需要肿瘤组织的活组织检查，这对尤其是后期的许多癌症患者是不可行的。活组织检查组织切...
【技术保护点】
一种组合物，其包含：‑ 对于基因1和基因2之间的融合位点特异性的至少一个第一引物对，其中所述至少一个引物对包含在所述融合位点的5'侧上开始的至少一个正向引物和在所述融合位点的3'侧上开始的至少一个反向引物；‑ 对于其为所述融合位点5'的基因1的一部分特异性的第二引物对；和‑ 对于其为所述融合位点3'的基因1的一部分特异性的第三引物对。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.04.17 US 62/149,3811.一种组合物，其包含：-对于基因1和基因2之间的融合位点特异性的至少一个第一引物对，其中所述至少一个引物对包含在所述融合位点的5'侧上开始的至少一个正向引物和在所述融合位点的3'侧上开始的至少一个反向引物；-对于其为所述融合位点5'的基因1的一部分特异性的第二引物对；和-对于其为所述融合位点3'的基因1的一部分特异性的第三引物对。2.权利要求1的组合物，其进一步包含对于对照序列特异性的第四引物组。3.权利要求1或2的组合物，其中所述至少一个第一引物对包含至少三个引物对。4.前述权利要求中任一项的组合物，其进一步包含热稳定DNA聚合酶。5.前述权利要求中任一项的组合物，其进一步包含逆转录酶。6.前述权利要求中任一项的组合物，其进一步包含来自个体的生物样品。7.权利要求6的组合物，其中所述生物样品是来自血浆的RNA。8.前述权利要求中任一项的组合物，其中基因1选自ALK、RET、ROS、NTRK、BRAF、ABL和FGFR。9.权利要求8的组合物，其中基因1是ALK，并且基因2选自EML4、KIF5B、HIP1、KLC1和TFG。10.权利要求8的组合物，其中基因1是RET，并且基因2选自KIF5B、CCDC6、NCOA4和TRIM33。11.一种用于检测来自个体的生物样品是否携带融合基因的方法，所述方法包括：-用来自所述个体的生物样品和权利要求1-5中任一项的组合物进行扩增反应；-测定来自所述至少一个第一引物对的扩增产物的量；-检测是否存在来自所述第二引物对的扩增产物量和来自所述第三引物对的扩增产物量的差异；-如果：（i）来自步骤（B）中测定的所述至少一个第一引物对的扩增产物的量大于来自所述至少一个第一引物对和不携带融合基因的对照多核苷酸的扩增产物的量；或（ii）...
【专利技术属性】
技术研发人员：A贝戈维奇，R杜亚，D郭，XM马，E奥尔迪纳里奥，
申请(专利权)人：豪夫迈·罗氏有限公司，
类型：发明
国别省市：瑞士,CH
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