一种与水稻高抗性淀粉含量基因sbe3‑rs紧密连锁的分子标记、引物及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种与水稻高抗性淀粉含量基因sbe3‑rs紧密连锁的分子标记、扩增该分子标记的引物对以及检测水稻高抗性淀粉含量基因sbe3‑rs的方法。所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示或SEQ ID NO：2所示。本发明专利技术分子标记位于高抗性淀粉突变体基因sbe3‑rs的内部，与水稻高抗性淀粉含量基因sbe3‑rs紧密连锁，与非基因内部标记相比，本发明专利技术分子标记不会出现分离，可以更有效地提高育种效率。

A gene with high resistant starch content of rice sbe3 RS closely linked molecular markers, primers and its application

The invention discloses a gene with high resistant starch content of rice sbe3 RS molecular markers closely linked, the primers of molecular markers and gene detection of high resistant starch content of rice sbe3 RS method. The nucleotide sequence of the molecular markers such as SEQ ID shown in NO:1 or SEQ ID NO:2 shown. The invention of internal molecular markers in high resistant starch mutant sbe3 gene RS, closely linked with the high starch content of rice resistance gene sbe3 RS, compared with the non gene marker, molecular marker of the invention does not occur, can effectively improve the efficiency of breeding.

【技术实现步骤摘要】
一种与水稻高抗性淀粉含量基因sbe3-rs紧密连锁的分子标记、引物及其应用
本专利技术涉及生物
，具体地说涉及一种与水稻高抗性淀粉含量基因sbe3-rs紧密连锁的分子标记、引物及其应用。
技术介绍
淀粉是人类食物和能量的主要来源，其进入人体后，绝大部分在小肠中酶解后被消化吸收，小部分可逃避酶解进入小肠，在大肠中被微生物发酵利用后，最终排出体外，前者为可消化吸收淀粉(digestiblestarch，DS)，后者为抗性淀粉(resistantstarch，RS)。RS具有降血糖、降血脂、促进肠道健康及促进矿物质的消化和吸收等重要生理功能。高RS饮食者与低RS饮食者相比，具有较少的胰岛素反应，这对糖尿病患者控制餐后血糖值有很大益处，尤其对于非胰岛素依赖性病人，通过摄食高RS食物，可延缓或抑制餐后血糖上升，有效改善糖尿病人的病情。基于表型选择的常规育种方法存在选择效率低和育种周期长等缺点，迫切需要注入现代分子技术手段，辅之于高效率地基因型定向选择，才能快速高效地培育出优异水稻新品种。随着分子生物学和基因组学的迅速发展，分子标记技术的应用更加广泛。基于PCR的分子标记如微卫星或SSR(simplesequencerepeat)等具有多态率高、相对稳定、检测方法简便快速及易于操作等特点而被广泛的应用。由于分子标记辅助选择不易受环境因素影响和性状显隐性干扰等，可以从分子水平定向选择目标性状基因，同时还有可能打破不利基因之间的连锁而高效率地聚合多个优良基因于一体。通常所说的分子标记既包括目标基因的连锁标记也包括目标基因自身功能标记。分子标记辅助多基因聚合育种技术已经成为水稻、玉米等作物育种研究的一种发展趋势，运用该技术能否有效地将优质、多抗和高产等基因聚合到少数骨干品种中，关键在于能否获得与目标性状基因或主效QTL紧密连锁的实用分子标记。中国专利201210266649.9定位了控制水稻RS含量的主效基因sbe-rs，该突变基因在对应于水稻淀粉分支酶SBE3基因第16外显子的第105位出具有T→C的碱基突变，并且针对该位点开发了一个CAPS功能分子标记，为通过分子标记辅助选择技术活转基因手段培育高RS含量的高产水稻新品种提供理论和技术指导。但是，由于CAPS分子标记设计到先PCR反应后用限制性内切酶Spel酶切步骤，所以使用起来存在步骤繁琐，费用昂贵等一系列弊端，因此，建立一种新的基于PCR技术的基因分型方法来快速、准确地鉴定水稻高抗性淀粉突变体基因sbe3-rs基因型已成为目前抗性淀粉育种应用中亟待解决的技术难题。
技术实现思路
本专利技术所要解决的技术问题是提供一种与水稻高抗性淀粉含量基因sbe3-rs紧密连锁的分子标记、扩增该分子标记的引物对以及检测水稻高抗性淀粉含量基因sbe3-rs的方法。为了解决上述技术问题，本专利技术采用如下技术方案：一种与水稻高抗性淀粉含量基因sbe3-rs紧密连锁的分子标记，所述分子标记的核苷酸序列如SEQIDNO：1所示或SEQIDNO：2所示。一种扩增上述分子标记的引物对，包括引物1和引物2，所述引物1的核苷酸序列如SEQIDNO：3所示，所述引物2的核苷酸序列如SEQIDNO：4所示。一种检测水稻高抗性淀粉含量基因sbe3-rs的方法，包括如下步骤：(1)PCR扩增：以从待测水稻中提取的基因组DNA作为DNA扩增模板，以SEQIDNO：3所示的核苷酸序列和SEQIDNO：4所示的核苷酸序列组成为扩增引物对进行PCR扩增；(2)扩增产物的鉴定：若所得PCR扩增产物为241bp碱基片段，则待测水稻为高抗性淀粉品种，若所得PCR扩增产物为246bp碱基片段，则待测水稻为不含高抗性淀粉含量基因sbe3-rs品种。进一步地，步骤(2)中，所述241bp碱基片段为SEQIDNO：1所示的核苷酸序列，所述246bp碱基片段为SEQIDNO：2所示的核苷酸序列。进一步地，步骤(1)中，从待测水稻中提取的基因组DNA的提取方法为碱煮法，具体步骤为：取1/10的水稻籽粒胚乳，加入40ml的0.2Mol/L的氢氧化钠水溶液，在100℃条件下水浴3分钟，再加入60ml的0.17Mol/L的tris-HCL，在100℃条件下水浴1分钟。进一步地，步骤(1)中，PCR扩增的反应体系为：含Mg2+的10XBuffer2μl，10mM的dNTP0.4μl，5μM的如SEQIDNO：3所示的核苷酸序列和5μM的如SEQIDNO：4所示的核苷酸序列各2μl，从待测水稻中提取的基因组DNA1μl，5U/μl的taq酶0.5μl，其余为超纯水，反应体积为20μl，滴加一滴矿物油覆盖；PCR扩增的反应程序为：94℃5min；94℃60s、53.5℃60s，72℃60s，35个循环；72℃10min。本专利技术还提供上述分子标记、引物对以及检测水稻高抗性淀粉含量基因sbe3-rs的方法在水稻育种中的应用。本专利技术的有益效果体现在：本专利技术分子标记位于高抗性淀粉突变体基因sbe3-rs的内部，与水稻高抗性淀粉含量基因sbe3-rs紧密连锁，与非基因内部标记相比，本专利技术分子标记不会出现分离，可以更有效地提高育种效率。本专利技术引物对可以很好地扩增经过简单处理所得到的从待测水稻中提取的基因组，克服了现有技术中与该基因紧密连锁的其他分子标记无法扩增经过简单处理所得到的从待测水稻中提取的基因组的问题，获得本专利技术检测水稻高抗性淀粉含量基因sbe3-rs的方法，该本专利技术方法能够对播种前的水稻种粒进行快速基因鉴定筛选，然后有选择性地播种，减少用工用地，缩短育种周期，进一步提高育种效率。本专利技术检测水稻高抗性淀粉含量基因sbe3-rs的方法克服了常规育种中因表型选择而导致育种效率低等问题，同时可取代专利201210266649.9中使用酶切的方案，可以利用本专利技术引物对对水稻高抗性淀粉突变体基因sbe3-rs进行早期世代选择而缩短育种周期，从而较快地筛选出高抗性淀粉突变体基因sbe3-rs的水稻材料。本专利技术可应用于水稻育种，以提高育种效率。附图说明图1是SEQIDNO：5所示的核苷酸序列和SEQIDNO：6所示的核苷酸序列组成的引物对扩增高抗性淀粉突变体基因sbe3-rs和不含高抗性淀粉突变体基因sbe3-rs品种后，扩增产物碱基片段对比图。图2是SEQIDNO：3所示的核苷酸序列和SEQIDNO：4所示的核苷酸序列组成的引物对扩增高抗性淀粉突变体基因sbe3-rs品种降糖稻1号和不含高抗性淀粉突变体基因sbe3-rs品种FD1710以及两者杂交种的电泳图。具体实施方式以下的实施例便于更好地理解本专利技术，但并不限定本专利技术。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料，如无特殊说明，均由常规生化试剂公司购买得到。实施例1高抗性淀粉突变体基因sbe3-rs性状鉴定专用引物对SEQIDNO：3所示的核苷酸序列和SEQIDNO：4所示的核苷酸序列的获得1.1双亲基因组扩增用于创建水稻重组自交系(recombinantinbredline，RIL)群体的双亲分别是降糖稻1号4和安徽丰大种业股份有限公司选育的FD1710。FD1710为母本，不含高抗性淀粉突变体基因sbe3-rs；降糖稻1号为父本，含高抗性淀粉突变体基因sbe3本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种与水稻高抗性淀粉含量基因sbe3‑rs紧密连锁的分子标记，其特征在于，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示或SEQ ID NO：2所示。

【技术特征摘要】
1.一种与水稻高抗性淀粉含量基因sbe3-rs紧密连锁的分子标记，其特征在于，所述分子标记的核苷酸序列如SEQIDNO：1所示或SEQIDNO：2所示。2.一种扩增如权利要求1所述的分子标记的引物对，其特征在于，包括引物1和引物2，所述引物1的核苷酸序列如SEQIDNO：3所示，所述引物2的核苷酸序列如SEQIDNO：4所示。3.如权利要求1所述的分子标记在水稻育种中的应用。4.如权利要求2所述的引物对在水稻育种中的应用。5.一种检测水稻高抗性淀粉含量基因sbe3-rs的方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)PCR扩增：以从待测水稻中提取的基因组DNA作为DNA扩增模板，以SEQIDNO：3所示的核苷酸序列和SEQIDNO：4所示的核苷酸序列组成为扩增引物对进行PCR扩增；(2)扩增产物的鉴定：若所得PCR扩增产物为241bp碱基片段，则待测水稻为高抗性淀粉品种，若所得PCR扩增产物为246bp碱基片段，则待测水稻为不含高抗性淀粉含量基因sbe3-rs品种。6.如权利要求5所述的检测水稻高抗性淀粉含量基因sbe3-rs的方法，其特征在于，步骤(2)中，所述241bp碱基片段为SEQIDNO：1所示的核苷酸序列，所述2...

【专利技术属性】
技术研发人员：朱先飞，李婧婧，何立斌，付求来，张志清，赵峰，潘华，柏瑞，
申请(专利权)人：安徽丰大种业股份有限公司，
类型：发明
国别省市：安徽,34