影响猪肉质性状的功能候选基因及其筛选方法技术

本发明专利技术公开了一种影响猪肉质性状的功能候选基因及其筛选方法，其中功能候选基因是RXRG、GPI、CPT2和/或GABARAPL1。筛选方法包括以下步骤：(1)选取肉质性状差异大的两个极端猪种的背最长肌，提取DNA，独立建库；(2)采用MeDIP‑Seq技术对样本DNA库进行全基因组DNA甲基化测序；(3)获得两个极端猪种的全基因组DNA甲基化水平的图谱，并筛选到差异甲基化表达基因；(4)对差异甲基化基因进行GO功能注释和KEGG Pathway分析，筛选出与脂肪酸生成和分解等肉质性状相关的功能基因和调控通路；(5)结合MeDIP‑seq和RNA‑seq的试验结果，进行DNA甲基化和表达谱的联合分析，获得猪肉质性状的功能候选基因。本发明专利技术筛选出参与猪肉质性状调节相关的功能候选基因，为今后的深入研究奠定基础。

【技术实现步骤摘要】
影响猪肉质性状的功能候选基因及其筛选方法
本专利技术涉及一种影响猪肉质性状的功能候选基因及其筛选方法。
技术介绍
猪肉质性状是动物经济蛋白生产的重要指标。尽管目前已经进行了大量针对猪肉质性状的遗传机制的研究，但全基因组水平探索候选基因和遗传机制的研究还是相对有限。过去20年DNA测序技术快速发展，目前已经成为研究遗传机制的重要手段。大量的研究表明转录因子、生长因子受体和信号通路机制参与肉品质性状形成的调节过程。DNA甲基化是最早发现的基因表观遗传修饰之一，先前的报道表明，甲基化的CpG双核苷酸通过改变染色质结构或影响一些转录因子的结合活性抑制基因的表达。同时DNA甲基化调节不同的生理进程，包括胚胎发育、x染色体失活、细胞分化和抑制印迹基因的表达。DNA甲基化几乎只发生在5'碳胞嘧啶的位置[8]。然而这些CpG点在基因组中所占比例仅为1％。远低于其他二核苷酸序列的出现频率[9]。70％～80％的CpG双核苷酸处于DNA甲基化状态。但是存在一些区域，非甲基化的CpG不是均匀分布，而且呈现局部聚集倾向，是胞嘧啶和鸟嘌呤的富集区，CpG双核苷酸序列密度很高，以大小为300-3000bp左右且本文档来自技高网...

【技术保护点】
影响猪肉质性状的功能候选基因，其特征在于，所述影响猪肉质性状的功能候选基因是RXRG、GPI、CPT2和/或GABARAPL1。

【技术特征摘要】
1.影响猪肉质性状的功能候选基因，其特征在于，所述影响猪肉质性状的功能候选基因是RXRG、GPI、CPT2和/或GABARAPL1。2.影响猪肉质性状的功能候选基因的筛选方法，包括以下步骤：(1)选取肉质性状差异大的两个极端猪种的背最长肌，提取DNA，独立建库；(2)采用高通量的全基因组DNA甲基化免疫共沉淀测序技术对样本DNA库进行全基因组DNA甲基化测序；(3)获得两个极端猪种的全基因组DNA甲基化水平的图谱，并筛选到差异甲基...

【专利技术属性】
技术研发人员：王重龙，董辉，刘林清，钱坤，钱蓉，
申请(专利权)人：安徽省农业科学院畜牧兽医研究所，
类型：发明
国别省市：安徽,34