黄瓜雄性不育基因、分子标记、筛选方法及其用途技术

本发明专利技术涉及与黄瓜雄性不育基因相关的SNP和InDel标记及其筛选方法，并根据这些标记筛选获得了黄瓜雄性不育基因。具体地，筛选方法包括如下步骤。(1)配置群体；(2)建库测序；(3)分离群体分组分析(BSA)和(4)竞争性等位基因特异性PCR(KASP)，精细定位不育基因，并得到与不育性状紧密连锁的SNP或InDel位点。该雄性不育基因的获得为快速鉴定黄瓜雄性不育性植株和黄瓜杂交种的高效生产提供了有效的工具。

【技术实现步骤摘要】
黄瓜雄性不育基因、分子标记、筛选方法及其用途
本专利技术涉及分子遗传育种
，具体地说，涉及与黄瓜雄性不育基因相关的SNP或InDel的标记，及其筛选，以及获得的雄性不育基因及它们在鉴定雄性不育植株的用途。
技术介绍
目前在其他作物上定位了很多雄性不育基因，并开发了很多与雄性不育基因紧密连锁的标记，但在在黄瓜上雄性不育基因的报道很少，更谈不上应用。此外，目前利用最多的是核质互作不育系、光敏不育系及温敏不育系等，对核不育基因的利用很少，主要是因为难以找到保持系。传统上基因定位的方法是利用已有的分子标记，分离群体中大量的筛选差异条带，定位基因太过耗时耗力。虽然专利申请CN105420408A对黄瓜不育基因的分子标记进行了探索，但是其只获得了一个SNP标记，并且该SNP标记过于单一，不能定位黄瓜不育基因。
技术实现思路
在本申请的一个实施方案中，本申请涉及一种获得植物雄性不育分子标记SNP或InDel标记和定位雄性不育基因的方法。所述方法包括以下步骤：(1)配置群体：将植物雄性不育系作为母本与可育远缘品种为父本进行杂交，得到杂种F1，由杂种F1自交得到F2代分离群体，F2代分离群体中存在雄本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种定位黄瓜雄性不育基因的方法，所述方法包括以下步骤：(1)配置群体：将植物雄性不育系作为母本与可育远缘品种为父本进行杂交，得到杂种F1，由杂种F1自交得到F2代分离群体，F2代分离群体中存在雄性可育和雄性不育两种表型；(2)建库测序：提取母本、父本、F2代中可育单株和不育单株的基因组DNA并分别混合形成4个混池即母本池、父本池、可育池及不育池，对各混池的基因组DNA进行双末端测序，对测序得到的读段用BWA软件与正常黄瓜基因组比对，基于比对的结果，使用GATK软件进行SNP的检测和注释；(3)分离群体分组分析(BSA)：根据测序获得的SNP的检测结果，计算可育池与不育池的Δ(SNP‑index...

【技术特征摘要】
1.一种定位黄瓜雄性不育基因的方法，所述方法包括以下步骤：(1)配置群体：将植物雄性不育系作为母本与可育远缘品种为父本进行杂交，得到杂种F1，由杂种F1自交得到F2代分离群体，F2代分离群体中存在雄性可育和雄性不育两种表型；(2)建库测序：提取母本、父本、F2代中可育单株和不育单株的基因组DNA并分别混合形成4个混池即母本池、父本池、可育池及不育池，对各混池的基因组DNA进行双末端测序，对测序得到的读段用BWA软件与正常黄瓜基因组比对，基于比对的结果，使用GATK软件进行SNP的检测和注释；(3)分离群体分组分析(BSA)：根据测序获得的SNP的检测结果，计算可育池与不育池的Δ(SNP-index)值，采用Δ(SNP-index)值的99％的置信区间，来确定目标基因所在区域,其中SNP-index指某个染色体位点含有SNP的读段数与测到的该位点的总读段数的比值，Δ(SNP-index)指可育池与不育池的SNP-index值之差；(4)竞争性等位基因特异性PCR(KASP)：针对候选区间内选取的候选SNP位点设计SNP分型引物在F2群体中进行KASP分型，得到与不育性状紧密连锁的SNP或InDel位点；(5)根据KASP分型结果构建遗传图谱，定位雄性不育基因。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于步骤(4)中F2群体中的植株至少为500株。3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于步骤(4)中F2群体中的植株为938株。4.根据权利要求1的方法，其特征在于步骤(4)中所用的分型引物为：(1)AATTACATGAATAAGTGTTCGTAATTTCG(SEQIDNO:5)和AATTACATGAATAAGTGTTCGTAATTTCC(SEQIDNO:6)；(2)GGTTTGGAATCTTGCTTGGCATTG(SEQIDNO:7)和GGTTTGGAATCTTGCTTGGCATTC(SEQIDNO:8)；(3)ATCTAG...

【专利技术属性】
技术研发人员：韩毅科，杜胜利，赵峰月，魏爱民，刘楠，陈正武，付薪蒙，
申请(专利权)人：天津科润农业科技股份有限公司黄瓜研究所，
类型：发明
国别省市：天津,12